以“科研为先导，以任务带学科”，从而提高师资水平，提高研究生和本科生培养质量，是1988年东南大学更名后的一个重要办学思路。当时把校内若干个承担国家重大研究课题、为现代工业、农业和国防解决一些关键技术的研究集体，组成为重大科研基地，学校在人力、物力、财力及很多政策上给予优先。开始号称“九大”
基地，以后又添上一个，成为“十大科研基地”，这是我校的“重中之重”。
1.毫米波国家重点实验室这个实验室是我国在毫米波技术研究方面唯一的一个国家重点实验室，具有“国家队”的水平。该实验室依托于东南大学电磁场与微波技术重点学科，该学科创始人李嗣范教授长期在教学、科研方面作了大量开拓性工作，产生了许多重要成果。在多年研究工作的基础上，于1991年经国家计委和国家教委批准，该实验室正式开始建设，1993年10月建成，通过国家验收，现已正式开放运行。
该科研基地的技术负责人孙忠良教授以动手能力强而著称，在毫米波精确制导方面作出了杰出贡献。他开拓了毫米波这个波段的一批尖端技术产品，已广泛应用于雷达、制导、卫星地面站、射电望远镜等各种系统，分别获得国家科技进步奖一等奖、电子部一等奖等7个重大奖项。
这个实验室依据4个研究方向设立4个研究室，有着实力雄厚的科研梯队，自1993年起该实验室实行对外开放，现有一批国内外学者在此从事毫米波领域研究工作。
2.移动与多点无线通信网技术国家重点实验室该实验室是1989年由世界银行贷款资助的项目。其从事的基础研究和关键技术研究主要内容有:语音编码技术;安全通信技术;无线人网技术;数字移动及多点无线通信网的优化设计;复合电磁波噪声特性的测量与研究、个人通信网关键技术等。从“七五”到“九五”期间，承担了10多项国家攻关项目、"863”高技术项目和自然科学基金项目等，现在有不少成果已转化为生产力。
该实验室的学术带头人程时听教授以热心提携新秀而为人们称道。实验室首任主任、技术负责人是林福华教授。现在，该室的青年教授、博士生导师尤肖虎等已成长起来，挑起了教学、科研的重担。
3.计算机辅助建筑设计(CAAD)国家专业实验室。
该实验室始建于1984年。到1989年，由世界银行贷款资助，在原有基础上建立国家CAAD专业实验室。其特点是结合本科生、研究生教学开展计算机辅助建筑设计，并同时承接了一些国家重大项目，开发应用软件7件，其中“计算机辅助住宅方案设计系统”获建设部优秀软件奖。
该室的学术带头人是建筑大师齐康教授，1993年遴选为中国科学院院士，后又被选为法国通讯院士。最初的技术负责人是赵辰副教授。
4.分子与生物分子电子学实验室它是国家教委开放实验室，成立于1985年，是我校以基础性前沿交叉学科—分子电子学为主攻方向的一个科学研究基地。
其目标是探索和研制新一代电子器件和计算机，在功能分子纳米组装技术、分子层次上能量和信息传递规律、分子存储和光开关、分子设计以及计算原理和系统等方面，开展了多层次的深人研究，发表国际论文200多篇，承担并较好完成了一些国家重大的自然科学基金项目“分子器件基础研究”、“基于分子器件神经网络的研究”等，在国际上受到同行重视。
该实验室学术带头人是我国分子电子学科创始人韦任教授、院士，技术负责人是年轻的陆祖宏教授。这个研究基地的特点是研究人员年轻，绝大部分在35岁以下;学位层次高，基本上是国内外博士;以及多学科交叉，成员分别来自物理学、化学、生物学、电子学和计算机科学等学科。1992年起被命名为“吴健雄实验室”。
5"CIMS研究中心(东大计算机集成制造系统研究中心)它于1998年成立，是跨学科的科研联合机构，接受国家“863"高技术计划自动化领域CIMS主题专家组所下达的科研任务。其特点一是多学科的联合攻关，在东大内，有计算机系、自控系及研究所、机械系、仪器系、管理学院、电气系等为主要成员，共同完成CIMS研究方向的任务;二是与国家“863”高技术计划紧密相关，主要接受“863”的课题;三是与中大型企业尤其是制造业结合在一起，解决我国90年代以来制造业出现的高新技术问题，增强我国制造业的国际竞争力。
该基地的科研理念是“集成”。从1988年到1991年，我校多学科连续攻关，完成了“北京第一机床厂CIMS工程初步设计”，并通过国家评审，几年后荣获人们称之为工业界的诺贝尔奖—“国际工业领先奖”。
学术带头人顾冠群教授于1999年遴选为中国工程院院士，并于同年担任东大校长。该基地还产生了周伯鑫、吴锡英等一些技术负责人和学科骨干教授。
6"姗煤联合循环发电技术实验室这是在东大热能工程研究所长期研究工作基础上发展起来的一个重点科研基地，始建于1969年。到1988年成为国家教委正式批准的以科研为主、同时承担高级人才培养任务的国家教委开放实验室。
该实验室以研究方向的长期性、课题的大型性，以及梯队的20年如一日的团结作战为特色。从“六五”至“九五”，其项目都列人国家重大科研攻关项目，这一个重大项目历时几十年，正一步步由中试进人工业实用化阶段，其中仅“八五”项目，我校该实验室就得到经费4140万元。
其研究方向为高效率、低污染发电与能源新技术、节能新技术等。
学术带头人是徐益谦教授，技术负责人是章名耀教授。
7.振动工程研究中心是一个产、学、研联合体，于1992年正式建立。基本队伍是东大动力工程系的振动工程研究所，成员有中国电力企业联合会、北京电力科学研究所、徐州、谏壁、哈尔滨、南京等汽轮电机厂、发电厂、江苏省电力局等10多个单位。主攻方向是研究解决大型和重要旋转机械振动的重大工程技术问题，实行“工程性基础研究—应用、开发—试验、生产”的系列运行机制，具有解决科技难题和转化产成品的优势。
由于该实验室在国家“七五”、“八五”期间技术上的突出贡献，已于90年代中期被批准为国家级工程研究中心。
学术负责人为高喜教授。
8.改良型商分辨率显示器件实验室该实验室与美籍华人张可南教授有长期合作关系，主要是研究、开发改良型高分辨率显示器件，得到国家智力引进办和机电部的项目支持，一些高技术成果已向电子产品转化。
其特色是在机制上的国际合作以及成品上的国际首创性。
1991年通过机电部鉴定的该实验室研制的1000线单色内偏显示管，鉴定认为是“国际首创”。
90年代中期以后，与国际著名的菲力浦公司建立了长期合作关系，在此设立“东菲显示管技术研究开发中心”，现已是一个跨国的科研基地。
学术带头人是童林夙教授，技术负责人是年轻的王保平教授。
9.国家专用集成电路系统工程技术研究中心它经国家科委批准，以东南大学为依托单位。其宗旨是赶超国际高科技水平电子产品，将成果转化为产品、实现产业化。主要任务是进行超大规模集成(VLSI)电路及其系统的逆向工程，对微电子产品进行研究、开发和创新。
目前已实现产业化的科研成果有10余种，到1999年，该中心与大企业熊猫集团共同建立了“东大熊猫电子研究院”。
学科负责人是孙大有教授。
10.电光源研究中心成立于1990年，现有5个研究室，一个实验室，两个校外协作工厂。
它是以我校的电子精密机械专业、光电子技术专业为学术依托和基础的。我校这两个专业是在我国成立最早、为数最少的两个专业，其学科负责人早在60年代初就开始从事科研工作。
该基地于1986年开始从事节能荧光灯新工艺、设备、仪器的研究、开发工作，先后承担了轻工部、国务院经贸办、国家科委的科技攻关任务。研制成多种生产线及关键设备，荣获国家科技进步奖。在90年代前期，已先后向企业界转让科技成果节能灯生产线8条及部分关键设备，共获转让费860余万元。现该基地正向科工贸一体化方向发展。
这个研究中心的学术、技术负责人是李广安教授。
分析我校在1988年东大更名后建起的十大科研基地，可以看出其中八个基地都与电子信息技术或电子信息产业相关;另两个，一是能源技术，一是建筑设计技术。这反映出当代的科技趋势及人类生活的需求，也反映了我校的许多优势学科。
这十大基地的效益有两个，一是科研成果，二是人才培养。每个基地都承担培养硕士、博士高层次人才的任务，还有些建立了博士后流动站。
在这十大基地发展过程中，其有效的机制不仅有基础学术研究和高技术开发两支队伍，两大关系，而且还有一个长期存在但不声名显扬的另一支队伍—党务工作。党务工作者人数极少，通常1}2人，在科研基地中主要承担协调关系、处理矛盾、凝聚人心、保证稳定运转的职能，一个基地几十人或上百人，各种事务、关系、矛盾都要有人来处理。如果没有党务队伍，各基地的学术、技术负责人就不能专心从事自己该做的业务工作，甚至会因矛盾、分歧而使整个工作停滞。而且，我们看到，各基地的党务队伍不仅尽心做好协调工作，而且有的还在科研基地关键时刻发挥了重大作用。如有的基地负责人曾因长时间科研失败，陷人困境，这时党支书记提出让全校各有关系科专家来“会诊”，组织多学科攻关，结果终于冲破困难，达到了成功。