二是开展水土保持和水土流失治理工作。推进小流域综合治理，开展坡改梯及水土保持林草工程建设。水土流失综合治理面积预定3万公顷，封禁修复面积125万公顷。大力发展设施牧业，重点建设抗灾饲草料基地、草场灌溉供水工程及灌溉配套工程，增加草地灌溉面积。建立完善的水土保持监督网络。
三是加大重要生态保护区、水源涵养区、江河源头区的保护力度。建立健全水质预警预报系统，加强水污染防治和水环境保护，确保农牧区的饮用水水源、水质和水生态安全。
四是推进城市饮用水源工程建设。从水源地综合整治、水源地建设、水源地监控体系建设三个方面入手，通过截污、种草控制面源，改（扩）建水源地机井、泵站、引水管（渠）来增加年供水量，通过监控中心、监控信息管理系统建设来提升饮用水源监控能力。
五是推进中小河流域治理工程和山洪灾害防治。加快重点中小河流治理，提高乡（镇）、村庄、人口密集区防洪能力；加快小型水库除险加固步伐，增强水资源调控能力；开展冰湖灾害防治，降低冰湖灾害隐患。
六是坚持依法治水。完善水资源配置、节约保护、防汛抗旱、农村水利、水土保持等领域的政策法规，监督落实水资源论证、取水许可、水工程建设规划同意书、洪水影响评价、水土保持方案等制度，健全预防为主、预防与调处相结合的水事纠纷调处机制，深化水行政许可审批制度改革。
实施安居工程，建设农牧区人居环境
站在人类的角度来看，地球上的物质环境是由人居环境和自然环境组成的。人居环境是整体环境中生物因子最活跃、生命色彩最富丽的特殊生境，自然环境是人居环境的缓冲带和保障层；人居环境建设富有理想色彩和自觉性，自然环境保护是人居环境建设的自然辐射和延展趋势。人居环境和自然环境的界限是相对的、阶段性的，最贴近人居环境的那层自然环境即将被纳入人居环境，它对人居环境的影响是直接的经常的，人居环境建设的一举一动总会牵动那层自然环境。人居环境建设必须具有长远眼光和全局观念，充分考虑对自然环境的扰动和受制因素。
西藏实施农牧民安居工程，涉及农房改造、游牧民定居、贫困户安居及边境县“兴边富民”安居，标准住房和整洁庭院是人居环境建设的核心内容。同时，村庄环境“四化”，即绿化、美化、净化、亮化，以及“万村千乡”市场、新型能源开发应用、饮用水安全保障是安居工程的配套工程，被细化为水、电、路、讯、气、广播电视、邮电和优美村居“八到农家”项目，显示着人居环境建设的实用性和人性化。
安居工程实施8年，农牧民人居环境和生活质量显著改善。2006年2月，西藏新农村安居工程实施方案正式出台，随后农牧民安全适用房建造及配套项目建设在农村和牧区次第铺展开来，西藏大地上因此掀起了人居环境建设的热潮。
安居工程总体目标是：“十一五”期间，确保完成21.98万户农牧民住房改造计划，让全区80%农牧民住上安全适用房。安居工程必须贯彻六项原则，即“六个结合”：改善农牧民居住条件与建设社会主义新农村结合、安居与乐业结合、体现民居建筑特色与满足群众愿望结合、政府引导与发挥群众主体作用结合、工程建设与保护当地生态环境结合、工程建设进度与保证住房建设质量结合。安居工程资金来源是：以国家、自治区、地（市）、县四级政府，以及援藏配套资金为主导，辅以农牧民自筹资金和银行贷款。安居工程在2011—2013年的补助标准是：农房改造每户补助1万元，游牧民定居每户补助1.5万元，贫困户安居2011年每户补助1.5万元、2012—2013年每户补助2万元，边境县“兴边富民”安居每户补助1.2万元。另按每户0.5万元的标准安排抗震设防（加固）补助。
安居工程实施中，兼顾了生态环境保护与村庄、牧区的规划、绿化。就生态保护问题，自治区政府要求设计单位和施工单位要根据当地生态状况，科学规划、合理施工，村落布局和民房定位要充分考虑对生态环境的影响，鼓励在旧房原址组织新建，同时为新村环境的绿化美化留出充裕空间。为此下发了《关于加强西藏自治区农牧民安居工程环境保护工作的通知》，明确了安居工程中环境保护的相关事宜。
技术人员在安居工程建设中施展专长，对工程质量和节能建筑材料应用进行把关指导。自治区、地（市）住建部门抽调专业人员充实到安居工程施工现场，依据《西藏农牧民安居工程设计方案图集》《西藏农牧民住房设计通用图集》《西藏自治区村庄规划建设指导性意见》《西藏自治区村庄综合治理技术导则》等技术标准，深入一线，细化方案，科学规划工程项目，耐心细致地做施工指导。他们还全程参与了对全区4.92万户农牧民住房的危房改造、建筑节能升级改造，以及农牧区人居环境综合整治的试点工作。
自2008年起，安居工程中的抗震设防备受重视，政府强调新建住房的安全性能，并及时落实了相应的资金和技术。2008年以来，西藏地震灾害频繁发生，严重威胁着农牧民生命财产安全；同时，借鉴了四川汶川地震灾区住房结构及其损毁情况的经验教训。2009年自治区决定追加投资20亿元，用于全区建成的农房加固，同时对安居工程在建的农房实施抗震加固。住建部门要求，新建农房一律采取石木结构和砖木结构，不再采用土木结构，以确保新建房屋质量及其安全保障。另外，有的地方聘请当地建筑师担任监理，对在建住房实行跟踪监理和巡回监理，检查施工安全措施落实情况，以及脚手架在施工进度各个阶段的安全状况，尽其所能排除施工安全事故或者建筑物安全隐患。
全区安居工程实施了八年，预期目标和建设任务于2013年顺利收官。2006年，全区有5.6万户、29万农牧民住上了安全适用的新房；2007年，安居工程建成5.2万户住房，又有22万农牧民住上了标准安居房。到2010年底，全区安居工程完成投资170亿元，惠及27.48万户、140多万农牧民，人均住房面积达到23.62平方米。2011年，新投入10.14亿元解决了6.39万户、34万农牧民的安居问题，并全面完成5261个村级组织活动场所建设任务和192个村（居）委会服务功能完善建设项目。2012年，阿里地区采用“国家补一点、援藏贴一点、自己筹一点、劳务投一点”方式，整合自治区和地区补助资金6425万元，计划实施2848户安居工程，当年完工。2013年是实施安居工程的最后一年，按照《西藏自治区2011—2013年农牧民安居工程建设实施方案》，建设总量为61977户，扣除2012年提前实施的 9942 户边境地区农牧民安居工程，需要实际建设的还有 52035 户，依据补助标准，需要自治区财政补助的87487万元全部下拨到了各地（市）。
自治区政府在全区倾力实施的安居工程，对于像西藏这样欠发达的边疆民族地区具有非凡意义。安居工程，就是为农牧民提供安全、整洁、舒适的适用房，满足他们对居住的基本需求。安居工程实施前，不少农牧民住在低矮、潮湿，昏暗、拥挤的木板房里，有的居住条件甚至处在人畜杂居时代——楼上住人、楼下圈畜；很多家庭多么希望根据家庭需要扩建、新建住房，重新规划院落，改造厨房和厕所，但是苦于筹不到那么一笔现金，就无从谈起村庄、牧民点的规划问题、环境卫生治理问题了。是安居工程圆了众多家庭的新房梦，家里家外的绿化（美化）梦。新建住房要么是石木房，要么是砖木房，清一色整齐、宽敞、明亮、节能的藏式新居；院落往往依势而建，规划得错落有致，很多院落傍依小河，又为绿树环绕，彻底实现人畜分居。往日简陋的不安全的土坯房，以及脏乱差的村落环境淡出了人们的视野。
近来，有记者就安居工程给农牧民家庭生活带来的具体变化，深入农牧区采访，走村串点，到农牧户家里做客，进行实地查看和访问，采集了丰富新鲜的资料。“……我住上了不漏雨的房子，宽敞、舒适，这要是搁在以前，想都不能想。”拉萨市夺底乡洛欧村的强巴云丹老人这么直接向记者述说。他回忆道：童年时代，他当过庄园奴隶，住在领主家的马棚里，夏天漏雨，冬天透风，一年熬到头也睡不几个踏实觉，人过得跟小牲畜一样；民主改革的时候，政府把领主的三间房子分给他家7口人居住，从此有了自家房屋，不再担心雨淋、挨冻了，一家老小都笑哈哈的，一边干活一边唱歌跳舞，活得有了人样儿。但是，随着家里人口增加，他结婚后就感到住房越来越拥挤了，不知什么时候房子开始漏雨了，一直没有条件返修、扩建，2008被判为危房，列入安居工程房改范围。老人指着院中正房兴奋地说：眼前三间新房只他一人住着，偶尔孙子过来陪他住上一阵。在房屋外面围了一个独院，平时没事就在院里经管点蔬菜、养养花。屋里摆设是政府帮他添置的电视、桌椅、卡垫等家具。
在山南地区乃东县金鲁村，一座座带有院落的藏式小楼整齐排开，其间是平整的水泥路，路边上立起高高的太阳能路灯。有记者讲述：“在村民强巴群觉老人家做客，看到院里载满了苹果树、梨树、核桃树。小客厅里弥漫着酥油茶的清香。房屋设计得讲究，一排长长的落地窗充分利用了阳光。主人介绍说，旧西藏的时候，百姓为了抵御寒冷，只好建造厚厚的土墙和尽可能小的窗户。与以前人畜混居、低矮阴暗的旧居相比，新居好比宫殿，仅客厅就有大小三间，一家三代人各有各的卧室。
“据悉，强巴群觉一家的这栋占地100余平方米的藏式二层小楼房，是花了10多万元建起来的，其中国家补助了2万元，剩下的一半靠贴息贷款。3年前，政府把分散在三个山沟里的金村、鲁村、甲村一并搬迁到了这里，组成了金鲁村。100多户村民的新房面积和装修标准都与强巴群觉家差不多。
“强巴群觉给笔者杯中添满甜茶，继续面带微笑地说：‘我们的生活令不少城里人羡慕，我们住别墅、赚钱多。我们现在糌粑也吃得少了，大米白面多了……’”