代善与褚英为同母所生，比褚英小三岁。在努尔哈赤诸子中，褚英与代善因为年长，最早崭露头角。但褚英心胸狭隘，擅作威福，被他欺压的诸弟和大臣们忍无可忍，群起向努尔哈赤告发，列举他的罪状。由此，努尔哈赤取消了褚英的嗣位资格。褚英不仅不思改悔，反而书写符咒，对天焚烧，企图置父亲、诸弟、五大臣于死地。阴谋被举发后，努尔哈赤下令将其囚禁。褚英在狱中仍无悔意，两年后，努尔哈赤终于下决心将他处死。
努尔哈赤处死褚英后，宣布次子代善为嗣子。这是因为，论嫡庶，代善与褚英同为大福晋佟佳氏所生；论长幼，代善在诸子中年龄居长；论军功，代善是诸子中最出色的；论实力，代善在八旗中拥有正红旗、镶红旗两旗，在诸子中最强。努尔哈赤曾预留谕旨说：“我死后，想把小儿子们和大福晋给大阿哥（代善）厚养。”实际已认定代善为汗位的继承人。
代善身居诸贝勒之首，外统重兵，内佐国政，功勋卓著。然而功高震主，权大逼君，随着权势日重，逐渐成为众矢之的。天命五年（1620年），代善38岁，接连发生的几件事，使他的汗王梦终成泡影。
第一件事，被揭发与大福晋乌拉那拉氏关系暧昧。努尔哈赤共有后妃16人。当时正妻称大福晋（大妃），妾称小福晋（小妃）。第一个妻子佟佳氏哈哈纳扎青，生长女东果格格及长子褚英、次子代善。第二个妻子富察氏衮代，原嫁给努尔哈赤叔伯哥哥威准为妻，威准死后改嫁努尔哈赤，生子莽古尔泰、德格类、费扬古和女莽古济格格。努尔哈赤又先后纳下一批妻妾，其中一些是各部落首领的女儿。他的第三个妻子叶赫那拉氏孟古哲哲，叶赫部贝勒杨吉砮之女，14岁与努尔哈赤成亲，因为生有皇太极，后来被追尊为孝慈皇后。第四个妻子乌拉那拉氏阿巴亥，乌拉部贝勒满泰之女，12岁嫁努尔哈赤，比努尔哈赤小31岁。年幼的阿巴亥风姿绰约，深得努尔哈赤宠爱。她先后生育三个儿子阿济格、多尔衮、多铎。爱屋及乌，努尔哈赤对三个幼子也视若掌上明珠，在他们年幼时就把作为国家根本的八旗中的三个旗分给他们，各自掌管一旗。乌拉那拉氏与努尔哈赤婚后生活一直很美满，谁料想20年后却变起肘腋。
天命五年（1620年），努尔哈赤的小福晋代因察揭发，大福晋（乌拉那拉氏）两次备饭送与大贝勒（代善），并且一日数次遣人赴大贝勒家，大福晋还多次深夜出宫。努尔哈赤派大臣扈尔汉进行调查，回报确有其事。报告还提到，每逢大汗摆设宴席，大福晋总是浓妆艳抹，对大贝勒频送秋波。对此事众贝勒早有觉察，都觉得不成体统，但是又畏惧大贝勒、大福晋，没人敢说。此报告虽不能确指两人有奸情，但乌拉那拉氏钟情于大贝勒应没有问题。
出现这种尴尬局面，努尔哈赤也有责任。这一年，努尔哈赤已62岁，他感到老之将至，曾亲口对代善交代，自己百年之后，将把大福晋和诸幼子交给他收养。满族本有“父死子妻庶母”的旧俗，乌拉那拉氏年龄与代善相仿，代善又是努尔哈赤指定的汗位继承人，乌拉那拉氏即使为自己预设后路，似乎也顺理成章。再说“家丑不可外扬”，努尔哈赤不愿把这种丑闻弄得沸沸扬扬，于是找了一个借口将她休离，对代善则没有深究。但不管怎么说，这件事还是让努尔哈赤耿耿于怀。
第二件事，修建府第时患得患失，得寸进尺。大福晋被休离不久，努尔哈赤决定把都城由界藩山城迁居萨尔浒城（都在今辽宁省新宾县境内）。努尔哈赤先到新城址勘察，指定了各贝勒兴建府第的地方。代善认为划给其长子岳托的居地优于自己，就以居地狭小为由，要求父汗调换。努尔哈赤满足了代善的请求，但他仍不满意。几经反复，就引起了努尔哈赤的不满，认为代善遇事斤斤计较，私心重，全不考虑父汗的难处，没有孝心。这加剧了父子间的隔阂。
第三件事，虐待前妻之子。半年以后，又发生一件震惊后金的大事：代善的次子硕托企图叛逃投靠明朝。事情败露后，代善不仅不为硕托开脱，反而三番五次向父汗跪求，要亲手杀掉硕托，幸亏努尔哈赤没同意。事实真相很快调查清楚：硕托是代善前妻的儿子，因为代善听信继妻的挑唆，虐待硕托，硕托在家受尽欺凌，走投无路，才产生叛逃的念头。努尔哈赤对硕托动了怜悯之心，把他留在自己身边生活。对代善的举动，努尔哈赤非常气愤，严厉斥责他：“你也是我前妻生的儿子，你为何不想我是怎么对待你的？为何偏听后妻的话虐待前妻的儿子？”对于父亲的一连串斥责，代善心虚理亏，不敢正面回答，只好解释说硕托与自己的妾通奸，有小妾喀勒珠为证人。这回努尔哈赤亲自调查取证，喀勒珠如实交代，没有看见硕托与代善的妾通奸，都是代善继妻指使她诬陷的。事情真相水落石出以后，努尔哈赤对代善彻底失望了。他当着众贝勒的面怒斥代善：“你偏听继妻诬陷之词，竟要杀死亲子，又将如何对待其他兄弟？像你这样的人哪有资格做一国之君，执掌大权？”随即宣布废除代善嗣子之位，将他的部属全部收回。
代善被废黜后，羞愧难当，亲手杀死了屡进谗言的继妻，向父汗叩见认错，表示痛加改悔，重新做人。努尔哈赤虽不再让他继承汗位，还是网开一面，将没收的部属还给他。这件事给代善留下刻骨铭心的教训，丢了储位，赔了夫人，此后遇到事情总是三思而行，格外小心。
努尔哈赤两次立嗣失败，从此不再指定汗位继承人。他明确宣布日后由八和硕贝勒共治国政，并共同推举有才能而且能纳谏者继承汗位。在八和硕贝勒中，代善居首，在统治集团中仍有重要影响。
这几件事，使代善的大汗梦彻底落空，也反映出其人格上的缺陷：与大福晋关系暧昧，说明他行为不检点；为修建府第患得患失，说明他私心重；虐待前妻之子，说明他娇宠后妻，偏听偏信。总起来看，代善的弱点，就是情、色、财这三关过不去。
古人云：修身、齐家、治国、平天下。这中间有一个逻辑关系，要治理好国家，首先要管理好家事，要管理好家事，首先要端正自己。代善连“齐家”的本事都没有，的确缺乏君临天下的资质。
不过，代善的优点也很突出，为人比较宽厚，遇事不露锋芒，能忍则忍，能退则退。这应是他数十年身处权力斗争的旋涡，却总能履险如夷，身历三朝而终归寿终正寝的重要原因。