松锦之战后一年，也就是崇德八年（1643年），皇太极于八月初九暴卒。由于皇太极生前没有指定嗣君的继承人，争夺皇位的斗争十分激烈，多尔衮和豪格是最有力的竞争者。阿济格极力主张多尔衮即位，甚至跪地请求多尔衮答应他的要求。阿济格这样竭尽全力支持多尔衮登基，并不是他俩关系特别好，恰恰相反，他与多尔衮有较大的嫌隙。阿济格支持多尔衮是暗藏私心的。首先，阿济格与豪格互相仇怨。他认为，豪格若当权，“我等俱无生理”；其次，阿济格心胸狭窄，多尔衮同豪格比较，他情愿屈居胞弟多尔衮之下，也不愿臣属侄儿豪格；再次，论血缘关系，多尔衮距他亲近些，当时是十分注重血缘亲疏的。阿济格等推举多尔衮即帝位的企图，遭到皇太极原所统领的两黄旗将领的强烈反对，他们坚持要在皇太极的儿子中选一个做皇帝。斗争的结果，皇太极第九子、不满6岁的福临被选中，多尔衮和济尔哈朗辅政。
顺治元年（1644年），多尔衮称摄政王。他施展权术，打击政敌，排挤济尔哈朗，集军政大权于一身。此时，正值李自成农民起义军攻占北京，明崇祯皇帝自缢身亡。明山海关总兵吴三桂向清军乞降，请求清军帮助镇压农民军。多尔衮认为这是入主中原的天赐良机，率阿济格等迅速入关，迎战李自成。李自成没料到清军突然参战，惊慌失措，策马便走，全军惨遭大败。阿济格和多铎率八旗精锐，以吴三桂为前锋，追击李自成军，越过北京，直至固关始返。
十月，清顺治帝迁入北京，行定鼎登基典礼。在叙功时，晋封阿济格为和硕英亲王，赏赐两个马鞍。阿济格终于获得了清朝最高一级王爵。这时，清军兵强马壮，进关后连连获胜，士气旺盛，加之招降了许多明将，实力陡增。多尔衮等分析形势后，认为“今日事势，莫急于西‘贼’，破此，则大业成矣”。于是集中全部精锐，重点进攻李自成的大顺军。阿济格被命为靖远大将军，统率将士征陕西，以截断大顺军的后路。
十一月，阿济格攻陷太原、平阳等城，占据山西。顺治二年（1645年）阿济格自山西保德渡过黄河进入陕西绥德，在大顺军降将唐通的配合下，击败大顺军李过、郝摇旗部，占领延安、娜州（今富县），直逼西安。与此同时，清定国大将军多铎在潼关击败大顺军后，也抵逼西安。大顺军腹背受敌，主动放弃西安，下陕南，由商州龙驹寨走武关，退入商洛地区。清军得胜的捷报传至北京，多尔衮令阿济格负责安顿关中及追歼大顺军，多铎按原计划转而趋往南京，进攻南明弘光政权。
阿济格任命了西北地区官员之后，随即率师南下。而大顺军由于连续大败，精神颓丧，行军又拖家带口，动作迟缓。其主力撤到河南内乡后，竟停滞不前，直到阿济格追赶上来，才拔营南下湖北。阿济格穷追不舍，先后在河南邓县，湖北承关、德安、武昌等地，与大顺军接仗八次，皆获胜。四月，阿济格水陆并进，在距江西九江20公里处突入大顺军老营，俘杀大顺军著名大将刘宗敏和李自成的两个叔父，招降大顺军军师宋献策等，同时俘获大批大顺军随军将领家属。大顺军连遭大败，主要原因在于战略上的失误。李自成想夺取东南作为抗清基地，一味东进，沿途仓促对付阿济格的攻击，处于被动挨打的境地。如果李自成能在群众基础较好的地区，发动人民的反清运动，组织反击，可能就是另外一种情况了。另外一个重要原因是，阿济格充分利用了大顺军的错误，勇追猛打，不让敌手有喘息之机。同时，摸清了大顺军的战略意图，超前拦击，打乱了大顺军的战略步骤。
大顺军经过一连串重大挫折后，处境愈发艰难，东下的路被阿济格截断，所掌握的数万艘船只也被阿济格缴获。多铎所领的清军由归德（商丘）、泗州，趋近南京。李自成夺取东南的打算根本无法实现，不得不掉头向西南方向撤退，准备穿过江西西北部转入湖南，行至湖北通山县境九宫山麓，遭到当地地主武装的伏击，不幸壮烈牺牲。
与农民军英勇抗清相反，明宁南侯左良玉之子左梦庚率骑步兵10万停泊在九江，阿济格军一到，左氏不战而降。于是，阿济格轻易占领了河南12城，湖广39城，江西6城，江南6城，并任命官员镇守。多尔衮闻捷讯，派侍臣到阿济格军中慰劳，随后下谕，让阿济格班师回京。
阿济格这次万里征战，和以往的征战不同。以往他是以明廷为对手，这次是镇压李自成农民起义军。从清朝统一中国的意义上说，阿济格是建立了奇功。但也必须看到他是一个屠杀农民军的刽子手。在镇压农民军的过程中，阿济格暴戾风狠，残酷无情。他攻占陕西米脂后，惨无人道地将李自成故里的居民，不分老幼全部屠戮一空。阿济格的嗜杀成性，凶残无道，显露出清入关初时暴虐的侧影。