奕突遭罢黜，内心愤懑不平。国运衰弱，清室无力回天，也令他心灰意冷，身心疲惫。下野就下野吧，干了大半辈子窝心事，也该歇歇啦。官帽没了，我仍是大清朝的亲王。他要过与世无争的生活，远离政治，于是以养病为名躲到北京西山的戒台寺，隐居十年。
光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，中国军队一败再败。当此危机时刻，许多大臣建议慈禧起用奕。慈禧经过长时间拖延后，正式召见奕，让他管理总理衙门事务，恢复他军机大臣职务。奕复职后，把主要精力放在各国的调停上，在谋求英、法、美、德、俄各国联合对日干涉失败后，他起用李鸿章赴日谈判，签订了丧权辱国的《马关条约》。为了挽回《马关条约》使中国蒙受的巨大损失，奕利用国际矛盾，促使俄、法、德三国干涉，迫使日本放弃对中国辽东半岛的要求。在这一过程中，俄使曾提出在中国东三省修建铁路以通海参崴的要求。奕指示清朝驻俄公使许景澄照会俄国政府，表示中国将自修东三省铁路，显示了维护主权的姿态。
甲午战后，要求维新变法的呼声日渐高涨，年轻的光绪帝意图奋发有为，也倾向维新。奕对于维新却百般抵制，拒不同意光绪帝召见康有为。此时，他又成了维新变法的重要阻挠者。
奕的最后几年，是在朗润园（今北京大学校园的一部分）度过的。光绪二十四年（1898年）奕病殁，享年66岁。他因生前为清王朝作出了巨大贡献而受到颂扬，身后追谥号“忠”，配享太庙，入祀贤良祠。
奕主持内政外交20多年，是当时清政府中极少数对外部世界了解较深、头脑也较清醒的政治家之一。他深知清朝积弱积贫，无力与西方列强抗衡。因为有足够的前车之鉴，他清楚战争失败的严重后果。所以，奕处理外交事务一向以和解为基础，在列强的侵迫下甚至一味妥协，希图维持苟安的局面。许多自诩“清流”的廷臣对奕不满，抨击他软弱无能。不过，当奕于光绪十年（1884年）被夺职后，清王朝就陷入了更加深重的危机中——中法战争（1884年）、中日战争（1894年）、义和团运动、八国联军侵入北京（1900年）……内忧外患，纷至沓来。假使在这期间，他仍主持枢要，对外对内应会采取一些不同对策，清王朝的局面未必会如此危殆。他至少会阻止慈禧太后挪用海军军费修建颐和园，以及她一意孤行的其他一些蠢事。
奕生前曾感慨地说过：“我大清宗社，乃亡于方家园。”方家园胡同在北京朝阳门内，是慈禧太后的母家。旧时，凤凰是皇后、皇太后的象征，因为这里是慈禧和隆裕二朝皇太后的诞生地，所以又称“凤凰巢”。慈禧太后近半个世纪的专权加快了清王朝的覆灭步伐，从这个角度讲，说清朝皇室的宗社亡于方家园也不无道理。
在时人笔记中关于奕的逸闻趣事很多。据记载，奕仪表堂堂，高鼻梁，身材修长。因为出身高贵，他在下属面前执傲有威，待之以礼。何刚德《春明梦录》记载了自己谒见恭亲王时的一段经历：“见面行礼不还，然却送茶坐炕，请升朝珠，甚为客气。叙谈颇久，人甚明亮。惟送客不出房门。”给人的印象是，他与部下总要保持一定距离，以维护王爷的尊贵身份。但与老友共事，却流露出很浓的人情味。何刚德的座师（考进士时的主考官）军机大臣宝鋆，是恭王的老部下。两人在军机处共事多年，一荣俱荣，一损俱损。光绪十年（1884年），同遭罢斥。宝鋆死后，奉诏入祀京师贤良祠。他的神主进入贤良祠之日，奕在仪式举行前先往阅视祭器、祭品，以表示对宝鋆的深情和悼念。但是当正式典礼开始，他却消失了踪影。何刚德不明就里，询问身边的满人，回答说：“皇子于廷臣，不能行跪拜礼，其来也重交情，其去也重体制。”这就是奕，既要遵守体制，又不忘老友真情。
奕与同僚共事喜好诙谐。他与宝鋆相处久，常开玩笑。某日军机处将散值，宝鋆先往如厕，许久才返。奕嘲笑他：“往何处撇宝去？”“撇宝”是当时市井流传的玩笑话，与“如厕”同义。但“撇宝”的“宝”与宝鋆的“宝”同音，奕此话实际暗含戏噱。宝鋆随口答称：“哪里，是出恭。”这“出恭”的“恭”与“恭亲王”的“恭”又同音。“宝”与“恭”二字，堪称针锋相对。
又一日，恭亲王自太庙出，指着庙碑下面的屃，对宝鋆说：“你看这个宝贝。”宝鋆号佩蘅，而“贝”与“佩”发音相近。以“宝贝”暗指宝鋆。宝鋆的回答也很巧妙：“这也是龙生九子之一。”恭亲王兄弟（包括早殇的在内）一共九个。奕爱开玩笑，一方面反映了他性格开朗随和，另一方面也是为了避免同事间话语无多，涉及正题，不慎之中招惹是非或泄露机密。但作为一个活生生的人来说，他还是很有个性的。
光绪二十四年（1898年）四月初十日奕病卒，终年66岁，留下遗折一份，内中写道“伏愿我皇上敬天法祖，保泰持盈，首重尊养慈闱，以陛圣治，况值强邻环伺，诸切隐忧，尤宜经武整军，力图自强之策。至于用人行政，伏望恪遵成宪，维系人心，与二三大臣，维怀永图”。表现了他对清朝命运的关注。念奕数十年的劳绩，慈禧太后特颁懿旨，赐谥“忠”称“恭忠亲王”，入贤良祠，配享太庙。
奕虽出身于皇族，但其一生道路坎坷不平，历经挫折。他曾受命与英、法、日等国签订屈辱的不平等条约。国运衰败，不是他一人所能挽回的，他内心想维护大清，可无力回天，不能苛责。可贵的是，他锐气不减，在面临列强侵略的封建末世，力排顽固守旧势力的阻挠，发愤图强，掀起广泛的洋务运动，倡办近代外交，致力于教育体制改革，培养了一大批新型人才。他所倡导的洋务运动对推动中国工业、国防、外交近代化具有一定的进步意义。虽然他在主观上是为了维护大清王朝的利益和统治，但在客观上却有利于整个中华民族的进步。他的这个历史功绩是应当值得肯定的。