在万湖会议上，希特勒最后决定在整个西欧开始屠杀犹太人。最初，戈培尔似乎想将屠杀行动同镇压天主教会一样推迟到所谓“最后胜利”之日，但既然希特勒决心已定，他也就决心紧跟了。
1935年，戈培尔主持德国的反犹太人活动。6月，他宣称“我们再也不想要犹太人了”，将犹太人逐出国防军和劳役部门；9月，颁布纽伦堡法律，剥夺犹太人的德国公民权，禁止犹太人和雅利安人通婚，犹太人和非犹太人之间的任何交往均属犯罪行动。
此外，戈培尔还气势汹汹地扬言：“只有将所有犹太人消灭干净，才能解决犹太人问题。只要还有一个犹太人活着，这个犹太人就始终会与国家社会主义德国为敌。因此，不能对犹太人讲任何宽容和人道。”
1936年1月17日，戈培尔面对18000名纳粹分子发表了激烈演说，他宣布德国必须拥有殖民地。他说：“德国确实是一个贫困的国家，我们没有殖民也没有原材料。”在谈到德军供应不足的问题时，他说：“没有黄油我们还能活，可没有大炮我们就活不下去了。”
1937年5月28日，戈培尔发表演说，猛烈抨击天主教会神职人员的腐化堕落。1938年，戈培尔再次组织反犹太人运动。10月，情报与安全局局长海德里希奉命逮捕1.7万名波兰犹太人，用闷罐车驱逐出境；为纪念啤酒店暴动而制造“水晶之夜”（亦称“砸玻璃之夜”），将犹太人经常集会的会场、住宅和店铺的玻璃全部砸碎（价值500万马克）而诡称为德国人民“自发的示威”，身穿褐色制服的纳粹党冲锋队员还高唱：“今天，德国是我们的；明天，整个世界都是我们的！”
在纳粹德国发动波兰战争之前，戈培尔操纵宣传机器煽动战争狂热。《柏林日报》先使用大字标题警告“当心波兰”，后又谎称“波兰军队推进到德国国境边缘”。
《领袖日报》则动用危言耸听的标题“华沙扬言将轰炸但泽-极端疯狂的波兰人发动令人难以置信的挑畔！”
《十二点钟报》报道波兰人攻击3架德国客机。《人民观察家报》编发特大通栏标题“波兰全境处于战争狂热中！上西里西亚陷入混乱！”
1939年9月1日的早报则竞相报道所谓“波兰志愿人员和上西里西亚叛乱分子”袭击靠近边界的德国格莱维茨广播电台的消息。实际上，袭击行动是纳粹党卫队保安处的特工人员炮制的。
纳粹德国发动侵略战争后，最高统帅部在作战部设有国防军宣传处，负责军事新闻检查和编发国防军公报。在整个战争时期，戈培尔都力图把国防军宣传处变为国民教育与宣传部的职能部门，以便使政治宣传和军事宣传协调起来，但是未能成功。戈培尔与里宾特洛甫争夺对外宣传权的斗争也以妥协告终。尽管如此，戈培尔仍竭力利用手中的宣传工具，为配合法西斯战争而鼓噪呐喊，颇具成效。
戈培尔认为广播是战争时期最重要的宣传工具，演说比写作更能吸引人心。由“哈哈勋爵”主持的对英广播节目，在宣传纳粹战争政策、影响英国公众心理方面是相当成功的。盟国提出法西斯必须无条件投降的原则之后，戈培尔乘机鼓吹德国不是胜利就是毁灭，此外别无选择。
1940年6月，在德军侵苏战争之前，戈培尔试图让人们相信3个星期或5个星期之内德军将入侵英国，告诫人们“不要试图猜测——你们不会猜着，继续你们的工作。可以肯定，届时你们将听到你们必须知道的消息”。
1943年2月2日，德军在“命运之城”斯大林格勒战役中惨败后，戈培尔下令全国娱乐场所关闭3天，在第一天和第三天停止交通1分钟。
同年2月18日，在柏林体育馆里，聚集了15000万精选的听众，戈培尔发表著名的煽动性演说《论总体战》。演说历时2小时15分钟，据称是纳粹领导人在战争时期所作的最长的演说。演说直言不讳地以“经过国家社会主义教育和训练的德国人民能够承受全部真相”开头；第一部分不讲德军的败绩而强调“犹太人——布尔什维克”的危险，指明德国胜利的必然性，旨在告诫德国听众和其他欧洲国家的听众；第二部分则旨在说服德国公众相信胜利必须通过总体战来赢得，共有10个结论性问题，其中最重要的是第4个问题“你们想要总体战吗？你们想让战争比我们所想象的更具总体性和彻底性吗？”；演说最后以西奥多·科纳的诗句“国家屹立而风暴消失”作为结尾，获得雷鸣般的掌声。
演说之后，戈培尔下令关闭柏林的豪华饭店和娱乐场所，装模作样地带头不用宽敞阔气的客厅、不上高级茶点，并通过纪录片大肆宣传。
戈培尔还经常为希特勒朗诵《腓特烈大帝史》，共同期待第三帝国“时来运转”。
1944年6月，戈培尔出任德国总体战动员委员会全权总监。7月20日，德国发生谋杀希特勒事件。戈培尔积极组织镇压并及时通过广播电台发布挫败谋杀的公告，使奄奄一息的纳粹政权又缓过劲来，8月24日，为了挽救第三帝国，戈培尔下达总动员令。
1945年1月，戈培尔出任柏林城防司令，鼓吹焦土政策和毒气战，下令枪毙被俘盟军飞行员，主张固守柏林。4月，戈培尔夫妇迁居总理府地下室。这时，希特勒已决定自杀，并立下遗嘱任命邓里兹为总统、戈培尔为总理。
戈培尔或许已意识到纳粹政权的崩溃，写下《元首政治遗嘱的附录》，声称“要在元首身边结束我的生命”，“在今后的艰苦岁月里，树立榜样比活着更为重要”。5月1日，戈培尔夫妇先让党卫队员毒死他们的6个孩子，然后让党卫队员从背后开枪——结束了他们的生命。