张居正要完成富国强兵的理想，要把他在经济、国防方面的改革推行到底，就必须建立高效的行政机构，也必须有严格的法律法规作为保障。所以在他的执政期内，坚持依法办事，绝不姑息。
在这一点上，常给他带来麻烦的，倒是他的支持者——慈圣太后。这位李太后就如她的封号一样，心慈手软。她又迷信宗教，总是想通过做一些善事来求神佛保佑自己和儿子。比如修桥、盖庙，张居正不给她拨款，她就拿自己的私房钱，总之是相当虔诚。但是即使是皇太后吧，私房钱也总是有限的，修桥修庙不能无限的修下去，于是她又想出了一条不花钱的功德——大赦。
救人一命，胜造七级浮屠，要是救人十命，岂不是胜造十座七级浮屠么？这等于省下了几十万两银子啊。李太后打着小商人的如意算盘。万历元年（1573）九月间，刑部进行秋审，判定了一批罪行严重，应该处死刑的犯人，上奏皇帝，请求批示。这本来是一件例行公事，谁知道却发生了变故。万历皇帝出来对张居正说：“慈圣太后传旨，吩咐说这些人一概赦免，先生觉得如何？”
张居正当然明白慈圣太后的意思，但他更明白法理的精神，于是对皇帝说：
春生秋杀，本是天道之常。现在皇上即位以后，停刑已经不止一次了。照这样下去，杂草不能清除，就会伤害禾苗；恶人不能除去，就会伤害善良。所以不应该停刑，还应照常处决。
万历皇帝奏明太后，太后虽然心里为自己没有造成百十座七级浮屠有些遗憾，但也知道张居正说得有理。于是这年应处死刑的，一概执行。
在这里，皇太后代表的，认为赦免体现仁慈，当然是有道理的。从统治阶级的角度来看，不负实际责任的人可以主张宽大，能少杀一条命，也是一桩功德。但是有着责任的人，却必须对整个法律引起的效果负责。之所以制定死刑，就是为了儆示世人，不要犯罪。通过一个或几个犯罪者的头颅，能够阻止千百桩潜在的罪行，保护千百个善良之辈。如果为了拯救罪犯的命，却导致法律威严的丧失，其实是做了一桩大恶。
东周时候的著名政治家子产曾对他的继任者说：“火焰看上去凶猛，人人都害怕躲避，所以真正被烧死的人很少；水看上去柔弱，人人不以为意，所以淹死的反而很多。立法执法，应该像火，而不要像水。”
结果在他的继承者子太叔手上，却一味的宽大，导致法律松弛，甚而引发了民众的暴动，最终被迫调动军队镇压，才勉强恢复了秩序，于是反而流出了更多的鲜血。
这个教训，张居正是知道的。他也因而主张凶猛的立法和执法。他清楚，秋斩所砍下的每一颗头颅，都是在装点法律的尊严，也是在巩固大明帝国的根基。他曾说过：“使吾为刽子手，吾亦不离法场而证菩提。”他说：“君子为国，务强其根本，振其纪纲，厚集而拊循之，勿使有衅，脱有不虞，乘其微细，急扑灭之，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”大意就是，建设一个国家，必须保证其体制上的稳定，对于任何不详的苗头，都要趁早不计代价的扑灭，否则如果任其蔓延，后果就不堪设想了。
这实际上就是中国的法家思想的精髓。所以战国时候的君王，为了一个逃亡到邻国的罪人，可以拿出价值连城的宝贝去交换回来处刑。一个罪人造成的危害当然有限，但法律的尊严却是无价的。
对于盗贼，张居正深恶痛疾。因为盗贼是对封建社会统治秩序的挑战，也是对普通良民生命安全的严重威胁。他说，对盗贼一定要捕获，捕获了一定要处决，这样其他人自然不敢为盗了。相反，要是因为顾忌代价，不去全力追捕，只要有一个盗贼得以逍遥法外，就会使得其他有恶念的人心存侥幸，最后导致盗贼猖獗。
为了督促各地官吏捕盗，他把这个写入了考成法。
万历七年，有个叫张国用的盗贼被捕，由南京顺天府派差役押送，但是过了若干时限，还没有到达。张居正得知此事，竟然以首辅之尊，亲自过问。他认为，这必然是盗贼在半途上贿赂了押解的人，乘机逃脱了。在他看来，这不是小事，而是赤裸裸的挑战国法。于是他下令，顺天府先将差役的家属都抓起来，然后派人沿着押解的行程，一路查询过去，看看到底是从哪个地方逃脱的，务必得到下落，不然的话，就等着按照考成法领受处罚吧！
有人觉得张居正这样太严厉了，拿出孔子的话和他辩驳：“苟子之不欲，虽赏之不窃。”意思是，要是能够教化老百姓懂得廉耻，就算你出钱鼓励他去做盗贼，他也不会去了。言下之意，教化为主，何必多杀人？
张居正可不吃这一套，他说：从来只听说圣贤的君王，杀一个人是为了制止更多的杀人，判一桩刑是希望以后不必再判更多的刑，却没听说过把有罪的人释放了算是仁慈！“苟子之不欲，虽赏之不窃”，孔子说这话，是因为当时鲁国政治混乱，风气不好，所以拿这个来警示，并不是说就不能处罚犯罪！人多是有贪欲的，要满足贪欲，最快捷的方法就是去做强盗，做强盗可比遵守礼法，辛勤耕耘要爽快多了！能够安于贫苦，不需要畏惧刑罚，自己就能不做坏事的，也只有历史上的那几位圣人。如今你们说，不要我严明刑法来禁止为非作歹，却要我通过教化，让老百姓都安于贫苦而不做坏事，那除非天下都是圣人！就连当年的贤君舜，贤臣皋陶，面对盗贼也必须用刑罚，何况现在呢！再说，往日执法人员都不敢捕拿盗贼，就是因为盗贼抓住了未必处决，而一旦不被处决，盗贼出来后就会纠集党羽来报复，所以盗贼越来越多。如今则不一样了，有圣明天子在上，而我张居正在执政，“法在必行，奸无所赦”。还有什么值得怀疑的么？
万历五年的时候，慈圣太后为皇帝定下了王伟的女儿，准备举行婚礼。于是由钦天监负责选择黄道吉日，最后选定十二月大利。
这位太监为了显示自己的专业水平，又补充了一句：一年之中，惟有十二月大利，其余皆有碍。
这时候，麻烦来了。因为明朝之前的各位皇帝，都是16岁以后成婚的。如果在万历五年的十二月举行婚礼，这时新郎只有15岁，新娘只有14岁，稍微嫌太年轻了一点。但要等到万历六年的十二月，这还有一年多时间呢，又未免太迟，等不及。可要在这两者中间结婚呢，钦天监不是说了么，月份不利。
这可真是进退两难了。皇太后就请张居正来决定。张居正思索之后，就确定在万历六年的三、四月之间。那时候万历已经16岁了，而且正当暮春，天气好，又是万物生机勃勃的时节。
然而，钦天监不是说月份不利么？张居正很会说话：“钦天监计算出来的黄道吉日，那是根据平民百姓的规矩算的。但是皇上非同常人，所以皇上的吉日与庶人也不同。像我张居正比较愚昧，从来不信阴阳风水之说，做事只根据按理该做的，按势可做的，就去做，并没有拘泥于什么时日，也没有刻意趋吉避凶，结果误打误撞，往往还能得到天意眷顾，获得吉利。何况皇上是天地百神之主，他的一举一动，都将受到上天的保佑，哪里会被这阴阳风水的小小道术所拘禁呢？”这番话，说的皇太后连连点头，于是决定在万历六年三月结婚。
等到九月，慈圣太后再次大发慈悲。她派太监传圣旨，说皇上结婚大喜啊，咱图个吉利，命内阁拟旨暂免行刑吧！
得，这大赦的兴头又来了，刑部面面相觑。
张居正可不会为太后凑这个趣。他立即上疏，先把春生秋杀的大道理说了一遍，又把赏罚分明的规矩解释了一通，随即话头一转，开始动之以情：
“我连夜看了下这些要处决的犯人，有杀爷爷奶奶的，有杀爸爸妈妈的，有打死哥哥舅舅的，有杀人一家三口的，有强盗劫财害命的……这都是些伤天害理之辈啊，难道您还想赦免他们，这岂不是违反上天的意思么？”
生怕皇太后还不听从，张居正又投其所好，拿出迷信的部分来了：
“太后现在看见这些犯人要被处斩，觉得他们可怜，想赦免他们。可您不知道，被他们杀害那些人更可怜啊！那些死鬼，含冤蓄愤于幽冥之中，要是皇上不能杀死凶手，为他们泄愤，只怕他们的这些冤苦怨毒之气，要郁积不散，引发各种天灾人祸。这样受害的，可又不止一家一户了！”
这封奏章上去，皇太后毛骨悚然，立刻传下旨来：“先生说的是，今年照旧行刑。”
就这样，张居正不断与皇太后的“仁慈”之心做斗争，维护法律的尊严。但另一方面，为了这尊严，有时候也不禁稍微严苛了一些。