张居正的改革目标是富国强兵，富国强兵的基础是财政。财政的一方面，自然是增加收入。但收入的增加总是有限的，所以同步进行的，便是节省开支。
相对增加收入，节省开支在中国传统文化中更容易被接受。问题在于说着容易，执行起来却是困难。处处都要花钱，你让我如何节省法？
张居正就要啃这块硬骨头，而且还要先拿皇帝开刀！
其实，节流从皇帝下手，算不上张居正的创举。本来嘛，皇帝作为帝国的主人，就应该有带头示范作用。而且皇宫的开销也委实巨大。比如在隆庆二三年间，每年国家的收入为二百五十余万两银子，支出则是四百余万两，赤字达到一百多万，这是相当可怕的。那么，如何缓解财政危机呢？隆庆年间的办法有两个。一是削减国防经费，二是削减皇宫开销。
削减国防经费，会带来边疆的动荡，弄不好外敌入侵，就得不偿失了。而削减皇宫开销，相对来说害处小得多，最多皇帝苦一点嘛。
隆庆三年时候，隆庆皇帝明穆宗朱载垕向户部索要三十万两银子做开销。当时的内阁，包括李春芳、陈以勤、张居正等人，他们毫不客气，把当时的收入状况一五一十列出来，然后告诉皇帝：您瞧，这账面上还亏钱一百多万呢，哪里给您找钱啊？省省吧，啊？
朱载垕盯着账目看了看，无可奈何地说：“啊，户部确实缺银两，但我内库也缺少银两，所以我才来取啊。那么，先拿十万两我用，好不好？”
皇帝的索取硬是被减少了三分之二。那时候的内阁也是负责的。
在万历皇帝继位后，年方10岁的他，自然更只有承受张居正的“虐待”了。当然，在张居正看来，这不是虐待，是教育。
比如说，万历皇帝新继位，准备安排一些翰林学士编写他爹当政时候的《穆宗实录》，按照惯例大家是有一顿开工酒宴可以吃的。正当翰林学士们摩拳擦掌准备大吃一顿时，张居正却上疏请求减免这顿赐宴。他说：现在先帝刚驾崩，国事百废待兴，我们都战战惶惶，那里有心情吃酒宴啊。再说，一顿宴席要花几百两银子，省下来也好。
就在隆庆六年的冬天，张居正又建议万历皇帝，大年三十的晚上，可以把灯火省了，年初一也不必再设宴会。万历皇帝点头道：“早吩咐停止了。我伺候圣母吃饭的时候，也都很简单，逢到节日，一般只准备一些果宴。这样一来，这个春节又节省下七百多两银子。”
万历元年十月，张居正讲历史，说到宋仁宗不爱珠饰的故事。万历皇帝确实聪明，他说：“珠宝什么的最没用了，贤臣才是真宝贝呢！”
张居正大喜，对皇帝说：“对呀，贤明的君主，都是重视粮食而轻贱珠玉。粮食可以活命，珠玉饥不可食，寒不可衣。”
万历皇帝也很配合地说：“宫人们都喜欢珠玉，但是我在赏赐的时候，每次都尽量俭省。”
张居正道：“皇上说到这一点，真是社稷苍生的福泽。”
君臣之间这段一唱一和彩排般的对话结束，显示了万历皇帝的圣明。这年内承运库太监申请拨一笔款买金珠的时候，张居正就老老实实的把这奏章给他驳回去了。
不过，万历最初的节俭，是出于乖孩子听话。随着年龄增长，对生活的质量开始挑剔起来，开销也增大了。本来宫中的花销，是每年由户部拨款一百万两。从万历六年开始，增为一百二十万两，万历七年以后，皇帝又开始得寸进尺。这时，张居正就拿出老师的姿态，向万历皇帝解释说：“万历五年收入为4359400两，支出为3494200两，结余80多万两；而万历六年收入只有3559800两，支出倒有3888400两，倒亏欠了30多万两。古代的贤王，大约每三年的收入，应该可以积蓄下一年的支出，才算有储备，现在一年入不敷出，怎么得了？万一发大灾了怎么办？发生大规模战争怎么办？那时候仓库也空了，老百姓也榨取干了，国家也就危险了！所以，希望皇上把这笔账放在桌子上，没事就翻翻，自己计算一下咱们国家的经济，能省则省，一定要使得每年收入大于支出，这样国家才能靠谱。俗话说，常将有日思无日，莫待无时想有时。此言虽小，可以喻大。
额外的索要被拒绝了，万历皇帝又想让户部多铸造一些钱币，来供给自己使用。张居正又出言劝谏，告诉皇帝，咱大明帝国现在是银本位，之所以要铸造钱铜币，是为了方便老百姓买卖时候当零钱用的，不是说铸造钱币供皇上您挥霍的。您之前下令铸钱，已经让民间的通货发生了混乱，要是再滥发钱币，金融秩序会被扰乱，老百姓生活也会受到影响。所以，请您收回铸造钱币的圣旨吧。要铸造，也等过几年，民间的钱币不够了您再铸造。
那么眼下的经济困难怎么办呢？张居正还是那句话，能省则省。不然，“以有限之财，供无穷之用，将来必有大可忧者。”
万历皇帝被张老师这么一顿劝说，也只好又收回了铸钱的圣旨。一次小规模的通货膨胀得以避免。
就这样，在万历的年龄和贪欲一起成长的过程中，张居正不断与他的贪欲作斗争，纠正万历皇帝的奢侈行为，保证他的俭省。在他的严厉督促下，皇室开销大为减少。比如说光禄寺（掌管皇帝膳食）的开销，在嘉靖末年，每年是十七万两银子左右，而在万历初年，减少到了十三四万。中间节省出来的差额，几乎相当于每年国家收入的百分之一了。
不但对自己的学生万历皇帝严格，张居正对于皇太后也不放松。
万历五年五月，宫内口传圣旨说，慈庆、慈宁两宫，有些陈旧了，要求拨款翻修一新。张居正认为没有必要，所以立刻就拒绝了。他说：治国之道，节用为先，而消耗钱财的事情，土木工程最大。对于土木工程，必要的，花多少钱都要修，不必要的，就一定要节约。慈庆、慈宁两个宫殿，是两位皇太后的住处，要是不够气派，那根本不用等圣旨，我们做大臣的早下令翻修了。不过如今这两个宫殿，是万历年完成的，当时我们都曾去参观，真是金碧辉煌，巍峨华丽的很。现在才不到三年，壮丽如故，何必再翻修呢？再说，翻修就要花很多钱，很多人力。我知道皇上您有孝心，但两位太后希望皇上积福爱民，大概也不会以穷修乱建为孝吧？今天这事，省一分，则老百姓受一分好处，天下的黎民万口同声，都祝皇太后万寿无疆，这才是皇上的大孝啊！希望您将前项工程，暂行停止，等几年后宫殿有所损坏，然后重修未晚。
当时万历皇帝年幼，实际权力掌握在皇太后手里，张居正知道这次修理两宫，是皇太后的意思，但是为了国家着想，他还是在皇太后面前顶了一下。结果，皇太后和皇帝对张居正言听计从，也就把工程停止了。
慈圣太后毕竟是一个中年妇女，关心自己和儿子的健康幸福，总有些迷信思想，她常想起要搞一些宗教活动，或者做一些“功德”。万历元年，慈圣太后和皇帝说，要在豚州的胡良河、巨马河，建立两座大桥。皇帝对张居正讲了，张居正说：“皇上您才即位啊，应该让老百姓休养生息。修桥太费民力，又费银钱，恐怕国库拿不出来，怎么办？”
万历皇帝只好说，我母后自己出钱买材料，自己出钱募工人，不要官府出钱，也不要老百姓出力。这样张居正才同意修桥。于是慈圣太后自己拿出五万两银子的私房钱，由工部派员监工，在万历二年正月修成两座桥。
完工后，慈圣太后又要在豚州建碧霞元君庙。再以后，万历二年建承恩寺、海会寺，三年修东岳庙，四年建慈寿寺，五年建万寿寺……慈圣太后做了这许多功德，张居正也很有原则：只要您花自己的钱，我不反对。
等到万历七年二月，皇帝发疹。慈圣太后很是担心，就准备请大批僧侣开坛做法，普度众生，以便用这些“功德”，保佑皇上早日痊愈。张居正随即上疏说：“开坛是祖宗法典禁止的，怎么能再开端？皇上有病，在郊庙、社稷祈祷就是，这样名正言顺，神仙也会保佑，何必再开戒坛？”于是戒坛也只有停止。到三月初，万历皇帝的病体也就大愈了。
万历八九年间，慈圣太后又在五台山建大宝塔寺，并且不断的搞施舍。张居正还要劝告说，您与其拿这些钱来修庙，不如拿来赈济灾民，这样的功德，难道不是更大么？
张居正对皇室费用的节省，简直到了见缝插针的地步。万历九年四月十八日，张居正向皇帝报告华东地区遭遇灾害，难民蜂起的现状，并建议赈济灾民，严惩那些刻毒百姓的贪官污吏。万历皇帝同意了。
张居正顺势进言说，今年水旱灾害频繁，估计财政收入会大受影响，所以希望皇上“量入为出”，再厉行节约，宫中的一切用度及衣服、车马之类，可减者减之，可裁者裁之。
万历皇帝说好吧，今年宫中的用度都节省点，就连逢年过节的赏赐，也只照常例，不再有额外增加。
张居正说：“皇上你所谓的‘常例’，其实也是近年相沿的，并不是祖宗的旧例。实际上以前的皇帝都是更节约的。”言下之意，您还得更省。
就这样，张居正硬着头皮，一点一点从皇帝的牙缝里，抠下白花花的银子，省出来用在边防建设，兴修水利，或者其他方面。
除了从皇帝皇太后那里“抢钱”，张居正还想尽一切办法节约政府开资。其中影响最大的，要数对驿站的整顿。
明代从北京到各省的交通干线，沿途都有驿站，就是官办的招待所，供往来的公务人员休息，以及获得交通工具。驿站有政府派的主管官吏，还有从民间征集的马、驴、夫役。牲口的草料等，也都是民间征集来的。
这种政府设施，既是庞大帝国维持中央和地方关系必要的制度，同时也意味着对老百姓的掠夺。最初时候，驿站的夫役还能够免除纳粮，从嘉靖二十七年后，这点特权也给取消了。
正因为驿站对老百姓负担这么大，所以在明太祖时代，关于使用驿站的规定非常严密，只有军国大事才能用驿站，而且即使是达官贵人，将军都督，也最多只许带一个随从。这样，老百姓的负担还算有限。
但是随着朱元璋死去，对驿站的使用限制越来越宽松。首先允许使用驿站的条例，从太祖时代的六条，增加到嘉靖三十七年的五十一条。各部门在发布驿站通信证（勘合）的时候，又非常大方，而且领用通行证的人也没有缴还的限期，甚至还可以转送他人。
这样一来，驿站附近的老百姓就算是掉进了地狱。长年累月，都有大群手持通行证的官吏或者官吏亲友，蝗虫般来到驿站，百般勒索，粮食、柴炭、酒席、蔬菜、民夫、牲口……有时被征用的民夫，愿意缴纳一些银钱，换取他们放走自己。这个恶例一开，部分官员更开始了等同于绑票勒索的罪恶勾当。驿站的工作人员和地方政府，一方面拿着国家的财产去接待过往的官僚，为自己拉关系寻求好处，另一方面则对附近的民众百般征索。国家财产和老百姓的生活都被糟蹋着。
目睹这一切，张居正再也无法容忍。万历三年，他提出整顿驿站的计划，简单来说分为三条。
首先，是对使用驿站的人员做严格的限定，什么人，什么事才能用驿站，而且人数也有规定。不在规定接待范围的，不许去驿站投宿，驿站也不许接待。凡是违反的，一律严肃处理；知情瞒报的，检察部门也要一体治罪。
其次，是规定驿站提供的食宿用品，仅限于粮食、蔬菜、柴火、蜡烛，不许再有额外的东西，否则，索取的和提供的都要治罪。
其三，规定驿站按制度提供车马民夫，此外禁止再向附近的老百姓勒索人力物力财力。
后来又规定了通行证必须按期回收，不许一个人拿了终身享用。
这样的规定，比起明太祖时期已经宽松了很多，也不算什么新鲜玩意，在隆庆年间也有类似的条款，只不过那时候的规定，最后都流于形式。但张居正不怕，他手中有考成法，所有的事务都有登记，他用六科监督巡抚、巡按，他自己在内阁控制六科，所有的章程、条例都要切实执行。
就这样，在“恢复祖制”的旗号下，张居正又一次实现了自己的理想。他心情非常轻松，因为残虐民众的制度，终于恢复成为有节有制的国家交通制度了。
不少人认为驿站是小事，张居正却认为是关系国计民生的大事，执行非常严格。他的儿子去参加考试，按照规定不在使用驿站的范围，他就吩咐儿子，一定要自己雇车。他父亲张文明过生日，张居正自己忙于公事无暇回去，就吩咐仆人背着寿礼，骑驴回家祝寿。万历八年，张居正的弟弟张居敬病重回乡，保定巡抚好心发给了一张通信证，张居正随即缴还，还附去一封信，强调了一番遵纪守法、以身作则的重要性。
要从根本上维持一个制度，不仅要以身作则，还要从上层抓起。所以张居正对有权发出通行证的巡抚、巡按衙门先行整顿。甘肃巡抚侯东莱，是西北地区镇守边疆的一个能臣，他的儿子违反规定用了驿站设备，遭到言官的弹劾。张居正虽然知道侯东莱的价值，但也不能因为一个巡抚破坏国家规定，只好把侯公子的官职革去了。后来在保定检查驿站使用情况，竟发现有十几个官员违反规定。一次要处罚这么多人比较困难，张居正就先把太仆寺和太原府的官员处分了一番。
经过这样严厉的处理，各地官员滥用驿站的问题有所改善，但还有两拨人比较难对付。
一拨是宫中的太监，张居正管不到他们，只有让冯保管束手下。
另一拨是孔夫子的后代衍圣公。当时的衍圣公，是孔子六十四代孙孔尚贤。这位大圣人的后人，每年从山东曲阜入京朝贡，沿途都是骚扰不堪，闹得鸡飞狗跳，民不聊生。而且地方官说了很多次，衍圣公都不听。万历八年，张居正终于忍不住了，他说：
现在驿站管理条例日趋完善，朝廷大臣稍有违反都要问罪，而衍圣公所过，百姓如被虏贼，司法部门也拿他没辙。想当初孔圣人是秉礼为教的，假如他老人家生在今天，也一定会严格遵守朝廷法令，怎么他的后代反而这么不知好歹呢？以后再骚扰，就不必客气，严格按法律治罪！
衍圣公听到风声，也不得不稍加收敛。到第二年，张居正又和山东巡抚商量，把衍圣公入朝的周期，由每年一次改成三年一次。这样一来，山东到北京交通干线附近的居民，也就减少了不少的惊惶。
张居正对驿站简单而有力的整顿，当然让官员和权贵们减少了公费旅行的乐趣，但在节省政府开支和减少民众负担上，却取得了实在的成效。在张居正的主持下，开源、节流两项并行，万历初年的财政状况，基本保持良好。