张居正主政以来，无论军事、行政、外交，他都能拿出自己独到的见解，但在一个方面，他却只能干瞪眼。
没办法，这一方面的专业性太强——水利。
在中国古代，水利问题简直和江山稳定，皇朝兴亡生死攸关。尤其是中华民族的母亲河黄河，随着环境恶化，屡屡成灾，三千年间决口一千多次，大改道二十六次，给中下游的民众带来了极大的危害。在嘉靖后期，黄河从河南经过山东转入江苏，然后从泗水冲到淮河流域，再跟淮河一起进入黄海。这样，河南，江苏，山东，以及朱元璋祖坟所在的安徽，都在黄河的威胁之下。
对于明朝而言，除了要防范黄河决堤外，另一件大事就是漕运。也就是每年把江南鱼米之乡产的四百万石粮食，通过淮河和黄河运输到北京。张居正主政之初，为了富国强兵，计划在北京仓库屯上十年的粮食，大约二千五百万石。所以他对漕运和河道，是相当关心的。
隆庆六年，万历元年，万历二年，粮食都运到了。可就在这年，黄河在邳州决口，淮河也决口。万历三年，黄河在砀山决口，滚滚黄水不断南流，甚至通过京杭大运河灌入了长江，在江南引起恐慌。而由于大量黄河水进入运河，又导致京杭大运河在高邮决口，一时之间，风声鹤唳。
对明朝政府最直接的麻烦就是：黄河乱决口，从南向北运粮食的水道怎么办？
张居正身为首辅，只能请教河道总督傅希挚。傅总督其实也不是特别有谱，说了些不着边际的话。最后在张居正的一再催促下，傅希挚决定把山东境内的东西两条泇河贯通，形成从南到北的另一条水道。
方案提出来后，工部方面对此提出疑问，认为从地形来看，开掘的难度系数很大，在当前黄河泛滥的情况下，花费人力物力去搞这种不靠谱的工程，真是乱弹琴！
张居正以他的个性，认为事在人为，他也相信作为专家的傅希挚不会乱提建议，所以坚决的支持傅希挚，人力物力，要什么给什么。然而万历三年这次工程最终还是失败了。张居正非常的焦急和愤恨。
焦急也罢，愤恨也罢，现在黄河还没归位，每年四百万石的漕粮，还是要寻找水道北上。这年九月，张居正的两位同年：南京工部尚书刘应节和右侍郎徐拭，又请求开通胶河与莱河，穿过山东半岛把渤海湾和黄海连接起来，以后运粮可以部分走海路。
隆庆五年高拱当政的时候，张居正曾反对这个计划，但现在黄河屡次决口，已容不得他犹豫。所以他又对这二位大力支持，派徐拭前往山东，会同山东巡抚李世达办理此事，也是要钱给钱，要人给人。对于朝野反对的意见，他一一驳斥，甚至认为，反对者都是出于私心，担心开胶莱河会占用山东大量劳动力，或者因为胶莱河的开掘，减少本地的重要性。
万历皇帝也完全按照张先生的意思下达诏书，并且声言，“再有造言阻挠的，拿来重处。”
然而最后，张居正又一次遭到失败。朝野反对声音渐起，李世达和徐拭先后动摇的时候，张居正还鼓励他们坚持。但等到万历四年，通过实地考察，一则凿山引水，筑堤建闸的开销太多，二则运河的水源问题还是难以解决。再加上，即使胶莱河能开挖成功，要解决海运问题，还必须整顿京杭大运河淮安以下的部分。但现在黄河泛滥，京杭大运河已经在高邮、宝应一带决口，所以皮球又踢了回来——还是不行。到万历四年六月，终于停止胶莱新河的建筑，这是张居正在水利方面的第二次失败。
以张居正这样的牛人，竟然连续遭到两次大败，也并不奇怪。实在是治水这东西，需要的基础知识太多，在内阁里挥斥方遒的首辅，怎么能了解黄河的属性呢？所以，他只能相信他认为的专家，并且调动国家的人力物力财力去全心支援他。当专家本身没有足够干才时，投入越大，损失和失败也就越大。
万历四年二月，负责漕粮的漕运总督吴桂芳又提出一个建议，说现在因为黄河入海口在云梯关，水道淤塞、泥沙横流，造成黄河泛滥。那么，不如多在黄河下游开一些出海口，让黄河水更畅通的流入大海，这样淮河水也因此降低，下游泛滥造成的民众灾难也可以减少了。
张居正没有治河的经验，但他有治河的决心。所以再看到吴桂芳这奏疏的时候，又决定全力支持他。一旦下定决心，还是那样，要啥给啥，而且帮他挡住一切不利的言论反对。当时有人认为，要是入海口开多了，会不会对漕运发生影响？张居正说，现在淮扬一带的老百姓，正被洪水整得死去活来，救他们要紧啊。如果日后真影响到漕运，自有办法解决，你们不用太担心。
吴桂芳得到张居正支持，信心倍增，又提出了大胆的方案，认为要救上游的水灾，必须牺牲当时已经残破不堪的安东县城（今涟水县），让黄河从这里冲入海，就可以保全其他地方。张居正依然是全力支持，果断推进，说挖就挖，说冲就冲！
到万历四年七月，草湾的出海口完成，黄河水下去了。张居正写信给吴桂芳表示祝贺，赞美道：“海口疏通，淮、扬之间，欢声雷动，从此人得平土而居”，“以此知天下无不可为之事”。
然而正当他兴高采烈时，淮河水却又暴涨，兴化、泰州一带，又是一片汪洋。
这回怎么办？张居正再次虚心向吴桂芳请教。吴桂芳建议，把淮河水引入黄河，让黄河成为淮河的分流口，这样就可以消除淮水的灾难。
问题是这样一来，就牵扯到专门负责黄河的河道总督傅希挚。你往人家的地盘放水，总得打个招呼吧。张居正便写信给傅希挚疏通，说“河、漕如左右手，当同心协力，以期共济。”傅希挚却很不满意，为了你的河道，要增加我的风险，凭啥？两边就形成了僵局。
在这整个过程中，张居正作为外行，并没有去横加干涉。但他能尊重专家的意见，能在必要时拿出全部的力量去支持工程，也愿意将自己的一些观点提供出来。当发现自己认识有误，并惮于立刻改正。凡此种种，都表现了一个政治家应有的气度，比之“外行指挥内行”的时髦惯例，是要可敬百倍了。
在明代对于黄河和漕运的事务，最初是分属两个机关，河道总督管黄河，漕运总督管漕运。又因为当时漕运是用到了黄河从淮安到入海这一段的，于是黄河的这一段又划归漕运总督兼管。这么着，“丫”字形的水道，三截归两人，怎么分割都不利索。而两位总督，也就处于无休止的争吵状态了。万历四五年间，为了黄河、淮河泛滥的事，河道总督傅希挚和漕运总督吴桂芳就相互掐得不可开交。
张居正是支持吴桂芳的，所以他把山东巡抚李世达调来当河道总督，顶替傅希挚。结果等傅希挚走后，李世达和吴桂芳还是要闹摩擦。张居正终于发现这是制度的问题，不是人的问题。
那怎么办？改呗。于是在万历五年十月，张居正名命吴桂芳兼任河、漕总督。三个月后又升吴桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。
丫字形的两个机构，至此正式合并，权力统一了，管辖范围整合了，水利工作也可以更好推动了。张居正写信给吴桂芳，鼓励他迎难而上，不顾议论，甩开大干一场，并且表示我一定会给予全力的支持！
不幸的是，正当机构调整完成时，张居正倚重的专家吴桂芳竟然病死。
幸运的是，正当张居正为吴桂芳去世而心疼不已时，另一个真正的超级专家横空出世，拯救了在洪水下呻吟的百姓，拯救了大明皇朝的漕运，也拯救了张居正。
他就是明清两代最伟大的水利专家——潘季驯。
潘季驯（1521～1595年），字时良，号印川，浙江乌程（今吴兴）人。他是嘉靖二十九年进士，比张居正晚一届。隆庆四年黄河决口，高拱慧眼识英雄，起用潘季驯去堵口子，果然手到病除。
张居正对于高拱用着上手的人才，只要不和我作对。从来都是照单全收。吴桂芳一死，他立刻任命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
关于黄、淮水利的事，万历六年，潘季驯提出他的主意，简单来说，就是借着淮河的清流，来冲刷黄河的泥沙，使得两条河并流，这样水势急而泥沙少，顺利奔向大海，也就不会四处泛滥了。这种思路，是吴桂芳“束淮入黄”的升级版本，也和张居正原先的考虑相吻合。
潘季驯还把他的主意列为六点：
第一，堵塞决口，使得河水回归主道；
第二，加固堤防，以防止决堤；
第三，修建带闸的坝，以防外河冲击；
第四，创建滚水坝，以巩固堤岸；
第五，把吴桂芳先前搞的浚海工程先停下来，免得浪费钱；
第六，“恢复老黄河”的议论也先醒醒吧。
张居正看出潘季驯是真正的治河之人，对他全力支持，毫无牵制。他再次拿出考成法的厉害兵器，宣布所有跟治河相关的事务，潘总理有绝对的权威！所有相关官员，凡是不听潘总理指示的，一律拿下治罪！果然，随后淮安水利道河南佥事杨化隆和淮安府通判王宏化，在被潘季驯弹劾后，都由吏部拿下了。
在这治理的过程中，也有人对潘季驯的治河方案提出异议。张居正自己当然是不懂水利的，但他把这些意见，都拿来和潘季驯提出讨论，完全是虚心请教的样子。潘季驯也不辞辛苦地对外行张居正解释了一通，打消了张居正的顾虑。
由此可见，说张居正狂傲自大，固执己见，唯我独尊，那是在他确实该自信，有资本固执己见的领域。对自己不熟悉的领域，张居正绝不夜郎自大，而是会信任真正的专家。
张居正对于潘季驯很感激：这位经验丰富的专家，对我的帮助太大了！
潘季驯对张居正也很感激。因为他给了自己机会发挥才能报效国家，而且他真正是提供了最大的支持，却不曾胡乱干涉。
经过一年多的努力，到万历七年十月，潘季驯奏报河工告成。困扰大明朝野的难题，从此消除。一贯东西游荡的黄河河道，也从此稳定了多年。这是非常难得的功绩。张居正非常高兴，写信给潘季驯，大举褒扬，甚至把潘季驯比作大禹。而潘季驯则把功劳归结于皇帝的圣明，以及张居正的全力支持，领导有方，“臣等何敢贪天功以为己力哉！”
万历八年二月，因为治河的功劳，潘季驯被加封为太子太保，升工部尚书兼都察院左副都御史。这当然离不开张居正的提拔。而到万历十二年，张居正全家被抄之后，潘季驯敢于冒着皇帝的震怒，上疏替张居正求情，以至于自己被革职为民。
张居正和潘季驯，真可以算是在共同拼搏中建立的生死之交了。