高拱用人，向来不拘一格。前面已经说过，殷正茂有军事才能，但好贪污，高拱仍让他去广西平叛，因为他虽有瑕疵，但能办成事。与其用一个完美的庸人，不如用一个有缺陷的能人。
张居正尽管是高拱的政敌，但他在用人上，继承了高拱的这种不拘一格的方略。尤其在技术性非常强的军事领域，张居正起用的多是那些能力出众的将领，至于生活小节方面有瑕疵，他是不计较的。
张居正作为首辅，自身的能力再是出色，也不可能面面俱到。他更重要的任务，是在全国数以万计的官员，和数以万计的读书人中，选拔出合格的人才。这一方面，张居正曾经说过，“为国家爱养人才，不敢以私意用舍。”这一点可见看出张居正的气度。
一般来说，所谓一朝天子一朝臣，大凡朝廷里面的更新换代，新上台的领导总喜欢用自己提拔的一批人，而把前任的党羽撤换下去。当初高拱掌握政权的时候，就是只用听话的，异己的人一概排斥，所以得到揽权擅政的恶名。
但张居正则不。首先张居正从高拱的经历，得到了教训，决不重蹈覆辙。其次高拱本身就是一个很出色的吏部尚书，他的用人水平，不但超过严嵩，也超过夏言和徐阶，他所提拔的人，都是出色的人才。
所以对张居正来说，干吗硬要推翻高拱的炉灶，去自己再找呢？直接继承他的成果不好么？这固然是很简单的道理，但却也需要当权者有极大的气度，才能不存门户之见，真正将人才用如指掌。
比如说当时的重庆大才子张佳胤，是嘉靖二十九年进士，有名的能臣，同时又和高拱关系很深。在高拱下野之后，因为对张居正的规矩摸不透，他有些消极。张居正知道他是人才，接连去了两封信，希望他能出来做事。针对张佳胤的顾虑，张居正直言不讳地说：
“您不要误会，我不会因为你是前任首辅（高拱）推荐用的人，就对你存有介怀。天下的贤才，与天下共用，何必定要去计较你推我推？而且我和高拱本来关系就很好，更何况他举荐的贤才，我怎么会不用呢？您又何必有嫌疑呢？”
再比如王崇古，是高拱的同年和亲密战友。但张居正也对他同样倚为长城。还有高拱提拔起来的水利专家潘季驯，在隆庆后期因为犯错误而在家赋闲，也是张居正再次把他起用，并建立绝大功劳的。
当然这只是一方面。对于朝中还有一些官员，不但是高拱的心腹，而且对张居正的掌权，怀有很深的敌意。对于这部分人，张居正决然不能容忍，必须铲除而后快。因为容留他们在朝廷上，虽然也可以干一些事，却会动摇他本人的主政大体，甚至说这些人干的越好，对他自己的威胁越大。张居正和司马汪道昆谈到此时曾说：
有一小撮坏分子，用花言巧语来扰乱政治，这实在关系到朝廷的根基！所谓“芝兰当路，不得不锄”，对他们决不能客气！其他人不管是理解我，还是怪罪我，这又有什么关系呢！
张居正当国十年，在用人方面还有一个特点，那就是他在地方官员、边防将帅和主管专项事务的职务上，总是尽可能寻求那些才能出众之辈。唯有在内阁，他用人的标准，选的却都是那些锋芒不露的老好人型。
之所以如此，实在是张居正在多年目睹和切身参与的政治斗争中，所吸取的教训所致。
在明朝的政治体系中，文官系统的权力极大。明太祖朱元璋是个例外，他的时代，自己一个人又当皇帝又当宰相，把政务都包干了。但他的后代，当然不可能都如他那么生猛。所以在多数时候，全国的大政，还是控制在文官集团手里。这个文官集团，在过去的朝代，往往是以宰相作为权力的集中代表。而在明朝朱元璋废止了宰相，权力便分散形成内阁与六部的相互制约上。
在多数情况下，这种制约力度并不强。六部虽然有对于实际政务的执行，但内阁大学士更是明朝国家政治的中枢。如果朝廷中存在着政治斗争，那么这斗争必然发生在内阁大学士之间，而六部的官员和职权，仅仅是作为他们斗争的工具罢了。
正因为如此，所以当张居正刚刚进入翰林院之时，严嵩必须要借助内阁大学士的身份，才把夏言斗倒害死；而徐阶之所以能成为严嵩十余年的劲敌，并最终将其剪除，其内阁大学士的身份也是必不可少的。徐阶一手干掉了严嵩，权势通天。但即便在这种情况下，因为错把高拱和郭朴引入内阁，结果造成了剧烈的冲突。直到徐阶把高拱逼下野为止，内阁工作都无法正常开展。
而再后来呢，张居正回忆起徐阶退休后的岁月。自己虽然排名第三，但首辅李春芳和次辅陈以勤都是厚道人，所以各项政务工作，基本能顺利开展。等到老资格赵贞吉入阁后，形势立刻改变，内阁重新陷入相互争夺的状态。再往后，高拱来了，那真是前门驱狼后门进虎，此后的三年，自己就是在阴霾下度过的……
经过仔细的总结，张居正得出一个结论：
对于自己而言，建设好大明江山是最终目的。为了这个目的，必须要保证自己掌握朝廷大权。
而为了掌握大权，就必须确保，内阁中都是老实听话的人，而不能再有刺头，更不能有足以威胁自己地位的人。
方针定了，在引进人才上面，自然可以按图索骏。
隆庆六年，高拱被驱逐，不久高仪又病死，张居正成为内阁中硕果仅存的一人。一个人的内阁当然是笑话，张居正必须至少补一个人进来。
从当时朝廷的人才班子来看，三朝元老杨博最有资格。杨博不但文武双全，而且德高望重。他的资历，比高拱都要靠前（杨博是嘉靖八年进士，高拱是嘉靖二十年的进士）。他入内阁，当然是众望所归了。
但是从张居正的立场来说，决不能让杨博入阁。道理很简单，就是因为杨博的才干和资历都太大了。这个比自己早十八年入阁的元老，非但曾经被严世蕃称为天下三大奇才中的第一个，而且还是以吏部尚书的官职，同时监管兵部的事情，也就是同时手握军事、人事大权。他的潜力，比起高拱来说，也只多不少。如果让这样一个厉害人物进入内阁，张居正自己，是绝没有把握能控制住杨博的。
当然，数十年来的事实表现，杨博并没有个人掌握大权的野心。早在严嵩收拾夏言的时代，他就专心于国防，带兵抵抗蒙古铁骑，丝毫不掺和朝廷内阁中的争斗。再往后，徐阶与严嵩长期对峙，徐阶与高拱此起彼伏，包括张居正对高拱暗箭伤人，他都置身事外。换个说法，这位老前辈是来干实事的，不争权力，只搞业务，可谓天使的品德，魔鬼的手段。
但张居正不会把希望寄托在这个上面。从他自己的切身经历，以及多年观察到的事件，人是会改变的，良心和品质都是未必能靠得住的。高拱在翰林院和国子监的时候，不是相当清廉么？可是自从成为内阁首辅，没多久也开始收受贿赂了。徐阶先生不是老老实实的辞了官下野，只希望享清福么？可是来自朝廷中的迫害，并不肯因此而放过他。所以，什么良心，什么道德，在权势面前，都可能毫无作用。当然，杨博老前辈的人品，我不应该无端猜疑。然而，我为什么要把自己的前途，还有我振兴大明，改革弊政的远大理想寄托在杨博老前辈的人品上呢，为什么又要用内阁中的权力去诱惑他呢？既然他愿意从事实务工作，愿意带兵打仗，那就让他清清静静的干自己喜欢干的事情吧。内阁之事，不必烦劳。
当然，就算从朝廷惯例上，不用杨博也是有道理的。明朝的中枢政治，原本就是二元制，吏部尚书掌握朝廷官员的任免权，其地位本来在内阁大学士以上。即使到了后来内阁权重以后，据说当时吏部尚书如果在路上遇到大学士，照例也是不需要避道的。在这种情况下，当然不应该把吏部尚书和内阁大学士给结合起来，所以推举大学士的时候，通常是把礼部尚书、吏部侍郎，或是翰林学士提升为内阁大学士。
这两方面的原因加起来，张居正自然不会让杨博入阁。第二年也就是万历元年，杨博退休。万历二年杨博去世，被皇帝赠授“太傅”。
在万历皇帝请张居正推荐内阁大学士的时候，张居正思考再三，推举了礼部尚书吕调阳。吕调阳是嘉靖二十九年的进士，比张居正晚一届。他也曾担任过国子监祭酒等职，并且以廉正闻名。从地位和名声上，确实是一位合格的内阁大学士人选。更关键的，除了廉正的声望之外，吕调阳擅长的在于治学和道德，并没有出色的政治手段，对于权术更是一窍不通。照俗话说的，就是个老好人，是和当年的李春芳，陈以勤一般的老好人。
这样的人选对于张居正才是最合适的。他知道内阁里除了自己，只需要一位忠厚老实，和衷共济的长者就行了，真要再添一位雄心勃勃，韬略深远，器度恢弘的重臣，恐怕反而会引起麻烦。
用吕调阳而不用杨博或者其他强人，这自然是张居正的私心，怕动摇了自己的权威。然而从大明帝国的角度来说，内阁之中的斗争，从嘉靖时期开始，差不多半个世纪以来，几乎一直没有停过。这样的局面对于国家的大政稳定，也相当的不利。所以张居正对内阁人才的这种选拔，在维护自己权益的同时，也符合稳定内阁，稳定朝政的利益。
此外需要强调的是，张居正虽然刻意选择了不会对自己造成威胁的人，但这绝不等于他丝毫不计德才。恰恰相反，张居正的用人，都是经过深思熟虑，并且为每一个岗位，挑选适合的人。比如内阁大学士，权力可能很大，更是国家政治的重心人物，万众瞩目，那就一定要选择道德水平和声望都较高的人。吕调阳正符合这一点。张居正和吕调阳，在隆庆五年会试的时候，张居正担任主考官，而吕调阳担任副主考，那个时候他们就已经彼此认识并且熟悉了。张居正深知，吕调阳正是自己所要的最合适的内阁人选：没有野心，听话，同时有节操，有德行，能勤恳的为国家出力。所以张居正才将他提拔到内阁里面，和他长期合作。在万历七年吕调阳死后，张居正评价说：
我与老吕同在内阁这么多年，对他也算很了解了。吕调阳这人，外表很温和，内心其实有机辨。外貌很和善，但意志很坚毅。他对一切事情都不轻易发表议论，为人则有原则，不肯轻易附和旁人的意见。他曾说过：“作为大臣，就应该同心协力，为国家出力。只要对社稷有好处的事情，哪怕是遭到嫌弃怨恨，也应该共同分担，怎么能还怀有彼此争斗的心思呢？要是各自心怀嫉恨，坚持自己的主张，而在朝廷上争吵不休，把国家的体面放到什么地方啊！”我和老吕共事六年，对内一起辅佐皇上，勤于政务，对外参与机密大事的商议，“莫逆于心，莫违于口，六年如一日也。”
可见，吕调阳是一个老实人，却不是一个毫无原则，甚至阿谀奉承之徒。张居正要防止的，只是出现过于强势的高拱一类人物，再次引起内阁的争斗。在此大前提下，他依然会选择德才兼备的人担任阁员。
除了吕调阳入阁之外，张居正还起用了一系列名臣。
比如在吕调阳担任大学士后，空出来的礼部尚书，就起用了陆树声。陆树声是嘉靖二十年的会试第一，比张居正早两届，曾经担任南京翰林院，南京国子监祭酒等。在当时，北京是首都，有一套行政班子，南京是陪都，也有一套行政班子，不过相对北京，地位上相当，权势上算得上闲职。后来在嘉靖、隆庆两朝，朝廷召陆树声为吏部右侍郎，陆树声都称自己生病，因此推脱掉了。其中的缘由，当然可能是担心朝中的争斗太过激烈。因为嘉靖后期和隆庆年间，正是严嵩、徐阶、高拱、张居正等先后角逐的战场。可见陆树声算得上一位德高望重而又明哲保身，淡泊名义的高人。等到张居正当权之后，准备起用陆树声，陆树声照例还是推辞。这时候张居正便亲自登门，用晚辈的礼节敦请陆先生出仕。在张居正的诚意下，陆树声终于肯当官了。张居正依然坚持用后辈进见先辈之礼待遇他。
对于那些和自己不对劲的官员，张居正也绝不留情。比如隆庆末期的户部尚书张守直，张居正与高拱之间的斗争，他没有参与，但在一些大政方针上，他每每和张居正意见相左。等到张居正的大权确立之后，也就待不下去了，直接致仕回家，而把王国光替补。王国光是个头脑开明而又相当务实的人，他在任上，采取了一些改革措施，简化繁文赘节，节省了行政成本，提高了办事效率。他还采用了一些有效的办法，减少钱粮的消耗。张居正用的刑部尚书王之诰，是张居正的亲家，他的女儿嫁给了张居正的第四个儿子张简修。虽然如此，王之诰并没有因此阿附张居正，在和张居正的交道中也能坚持自己的主张，称得上难能可贵。
除此之外，工部尚书朱衡，左都御史葛守礼得到留任。朱衡是一个在政务和用人上都很出色的官员，他在河工治水方面颇有成绩，还提拔和支持过著名清官海瑞。葛守礼的操守道德，也是众望所归的。总之，在张居正一手搭建的新班子里面，基本上都是德才兼备的人，这份名单，让天下人也没有话说。张居正也很得意地在给朋友的信里说，如今咱大明朝，皇上还是个年幼的孩子，可是朝中多是有德行的长者，岂不是盛世么？
张居正的用人，大抵便是这样的风格。一方面，满朝都是长者，看上去确实和风习习。另一方面，也确实没有人能够对其造成威胁。不仅在万历初年是这样，就是在他当政的若干年中，也都是这样。他引入内阁的臣僚，都是绝无可能对他构成威胁的。除了吕调阳之外，还有张四维，也是张居正看来才能并不出众的人。后来他又引进了申时行和马自强。马自强在过去，曾经和张居正在一些观点上有分歧。但张居正依然在万历六年调他进入内阁，因为张居正知道他的踏实。这样的举动，让马自强对张居正非常感激，虽然他只当了几个月大学士就病故了。申时行继张居正之后，曾经担任了九年的首辅，称得上是有能力的一个人物，而且在个人主见和志向上，也颇有独到。只不过，张居正的这位副手，是嘉靖四十一年的进士，从资历上比张居正差了整整五届。这就注定他的人脉和根基，无法与张居正相匹敌，所以最终张居正还是安全的。
这些，都是张居正从高拱的覆灭上吸取的教训。内阁之中，一山难容二虎。要想保全自己的权势，把主要精力用到实现自己的变法梦想上，就必须防止出现竞争者。站在后世旁观者的角度，我们当然可以指责张居正，为了自身地位而没有完全去选举人才，甚至抑制了那些他认为可能对自己造成威胁的人才，算不上任人唯贤。但是在进行这样指责的时候，我们必须注意的另一个事实就是，张居正是要做大事的。他要对大明王朝进行改革，这样的改革，是一个充满艰巨，充满阻力的过程。在这个过程中，他必须披荆斩棘、浴血奋战，而且还要带动着满朝文武，一起向前隆隆推进。在这样一个过程中，如果来自阵营内部，还有种种尖锐的不和谐声音，那么将对整个帝国战车前进的路线，带来异常严重的后果。
为了这个理想，在最高权力上，不能允许丝毫不和谐因素的存在。这就是张居正最高的原则，也是他最高的道德。如何用人，只不过是为这个目标服务的手段而已。从这个角度看，或许我们便能理解张居正了。
即使带上这样的主观目的，张居正的用人，大多数还是无可挑剔。道理很简单，因为张居正自己的手段太厉害了。这就意味着，当时整个大明朝的官员，可能只有少数是他无法控制的（至少在万历初年是如此）。所以，张居正在搭建人事班子的时候，也就游刃有余了。
但这种用人方略也存在问题，张居正用人最大的缺憾是没有为自己培养一个理想的接班人。他用的大都是某一方面的干才，而不是能主持大局的帅才。