张居正是一个性格复杂多面的人物，他城府极深，性格坚毅，不怒自威，既有豪气，又有傲气，还间杂流气。低贱的出身，官场的纷争，强手对峙中的角逐，种种不利因素，都能成为他积蓄力量，提高权力和威望的台阶，这是他性格中的主导面。然而他也有蛮横、短视、气馁的时候，这深藏在内心深处的负面因素，限制了改革事业的深化，也预设了他身后一败涂地的陷阱。
钢铁般的意志是张居正性格中的精粹，他就是以这样的铁腕手段行事、执法，镇压动乱和打击反对派。他崇尚军事家孙武用兵法治理国政，推行以杀止杀，以刑止刑，“盗者必获，获而必诛”的主张，给敌对势力以无情的镇压。并以打击的强度考核官员，遇有镇压不得力的，一概杀无赦。所谓“约束不明，申令不熟，是将领之过；约束已明，申令已熟，而士兵不尽力，是士兵之过，杀之无赦。”这一杀气腾腾的指令，以立法的形式驱使官吏肆无忌惮地镇压一切不服从朝廷的政见和动乱。
他还放手任用酷吏治理边远地区。殷正茂是个心狠手辣的枭雄，为人贪酷，名声不好，任用他遭到多人反对，可张居正认为只有他才能解决问题，力排众议，任命他为两广总督。殷一上任即大张旗鼓地镇压蓝一清、赖元爵起事，杀了上万人，平息了这一风波。张居正在给他的信中，不无得意地说：“平复南方乱事，立下大功，官员士大夫都佩服公之雄才，也相信我的知人之明。”
万历元年（1573），张居正刚上台，就面临广东潮州一带的反明势力的叛乱，他在给殷正茂的信中嘱告：南方盗贼犹如野草，铲除又复再生，自古以来南方将领做不到一举荡平。今当申严法令，调动兵力，斩草除根，“见贼即杀，勿复问其向背“，倘有违反者，一律按军法处置，斩首示众，让怀有异见之人胆战心惊，不敢不听命。要不惜一朝之费，确保永世的安全。
“见贼即杀，勿复问其向背”，这是非常残酷的镇压理论，用战争时期形成的孙子兵法来治理和平时期的内政，必然崇奉暴力。综观张居正的内外政策，除了对蒙古俺答实施优抚外，对境内的动乱和治安，不论是起义还是偷盗，是正义还是非正义，均力行诛杀，从不手软。
万历五年（1577）徽州织丝机工抗税，张居正认为：此事虽然由于殷正茂处理欠当，引起骚乱，但既然圣旨已出，就不准申诉。他明知这是由官府处理不当而引起的纠纷，本可以协调解决，却坚持不让申诉，只是因为旨令业已颁布，为了不使天下效尤并保住朝廷的脸面，照样施以镇压。闹事的机工因此冤沉海底。
他不是不明白事理之人，有的见解也符合民意，例如，他认为地方动乱之原因，往往是不良官吏的惹是生非。但他考察官吏以功实为准的实质，实际上重视的仍是镇压是否得力，公然鼓励施暴。毫无疑问，有些小股起义乃是弱势群体对压迫的反抗，在他看来，不论起因如何，只要冒犯朝廷，一概杀之无赦。以暴力彻底摧毁任何有可能发生的反抗，巩固明王朝的统治才是他最终的目的。
张居正镇压民变，主张禁于未发，制于未萌。他曾向君主进言：要保持权位的稳定，就要密切注意刚露头的星火，一举扑灭。
对于镇压，张居正可以做到不惜工本，务求一鼓荡平，斩草除根。广东岭西的山民从嘉靖时期就有反抗朝廷的活动，延续数十年不断，当地督府请求再次讨伐，朝臣多认为山高路远，地处荒僻，难以平定。张居正亲自调兵遣将，出动三十万兵力一举讨平，并宣告：“此后倘有根芽再萌，旋生旋除，决不手软。”
叛乱的平定，给张居正带来莫大的兴奋，万历元年（1573），四川巡抚镇压九丝山都掌蛮获得成功，他在贺信中连连称道：“喜甚！喜甚！”自述“闻九丝捷音，不觉屐齿之折”，一听到捷报传来，高兴得欢呼雀跃，不觉鞋齿都被折断，这样嗜好镇压和诛杀之功，是一种魔鬼般的心情。所以他不恤人言，对反对他的同僚痛下毒手，逐出京城，毫无怜悯之心。
然而，人的性格是复杂的，张居正有冷血的一面，也有温情的一面。他是个知恩图报的性情中人。湖广巡抚顾璘是最早赏识他的伯乐，对于恩人的苦心栽培，张居正铭记在心，尽力图报。隆庆初年张居正进入内阁后，立即给去世的顾璘追加恤典，并托付南京提督学政关照顾的家属。顾璘生前最疼爱的儿子是顾峻，由于是庶出，担心日后为家族不容，拜托张居正照顾。张居正对此念念不忘，万历二年（1574）张居正亲自帮助顾峻排解家族纠纷，使其顺利得到荫庇。万历四年（1576）顾峻应选，张居正又派官船供其遣使。他一再表白自己能有今日，都是顾公所赐，于是尽最大的努力，兑现了顾璘的生前嘱托。
对于徐阶，张居正几乎以一生的努力给予回报。徐阶罢官后畏惧高拱不放过自己，面嘱张居正“家国之事，一以奉托。”张居正心知肚明，不仅在徐阶儿子犯法时，保全了他的幼子和谋生的财产，又尽力加以抚慰，不惜得罪权势正盛的高拱，曲意呵护。如今见到的《荆州府志》是这样记述的：张居正得罪高拱，是为了救徐阶。徐阶是他的老师，托他照顾家事，就是担心遭受高拱的报复。高拱出任首辅后，徐阶果然蒙祸，三个儿子被放逐，家产被抄，是张居正暗中保护，才使其免除牢狱之灾。隆庆皇帝死后，张居正趁机除掉了高拱，为徐阶消除了心头之患，这可谓国士之报！张居正岂不与高拱交好？怎奈这两人一是老师，一是朋友，权衡之下也就不能兼顾了。
说张居正与高拱的矛盾是出于维护徐阶，未免把复杂的事态简单化，但可说明张居正并未因为徐阶的失势而倒向高拱。万历十年（1582），张居正已经病危在床，适逢徐阶八十寿辰，为作贺寿文，他拒绝家人请人代拟的建议，执意亲自执笔起草。临终前又上疏请求给予徐阶优礼耆老的待遇，他历数徐阶的功绩说：“当嘉靖末年，奸臣当道，时局败坏之际，是徐阶在乱政之后，矫枉以正，矫浊而清。惩治贪官以安民生，制定规章，核算经费，扶植公论，奖励人才。一时朝政修明，官府振肃，海内得以太平无事，这都是徐阶之力。”把改革的头功归于徐阶，表现出他对恩师的情深义重。
张居正对高拱并非没有同情之心，在高拱遭难时，赠以重礼，处理善后也留有余地。高拱回乡后，郁郁寡欢，有一次派仆人到京师旧居中取些日用器具，张居正得知后，找到来人，详细询问高拱的近况，因得知高拱晚年凄凉而动情落泪，并赠以价值千金的玉带、银两和日用品。
万历六年（1578），张居正回乡葬父，路过河南，探望病重的高拱，两人相视而泣，这年高拱去世，高夫人上疏请求给予恤典，并给张居正呈送千金重礼。恤典，这是朝廷给去世官员以追封、树碑、立坊、建祠的示哀典礼，非是有功之臣，很难得到这种待遇。对于高夫人的礼物，张居正坚持不收，送礼人哭着哀求说：“夫人要我转告先生，相公平生清廉，所爱的就是这些收藏，又无子孙可继承，送给先生，是希望先生见到此物，如见相公。”张居正听后大为感动，收下礼物，很快下了恤典。
张居正与高拱既有权力的斗争，也有感情交好的因素。当一个人还没成功时，他可能是不宽容的，但他当处于事业的巅峰，自我价值得到实现，他可能会表现出人性高尚的一面。这是很好理解的。张居正位居人臣的时候，高拱不再是他的障碍，随着衰年的到来，往年的恩怨都成了宝贵的回忆，人生的滋味分外丰富起来。这个时候，慰问老迈的伙伴，恤典告慰亡灵，不能说没有真情。
不管怎么说，张居正是一个很讲义气的人，是一个有恩报恩、有怨报怨的人。