但是，蒋介石在北伐军攻克南昌后，将司令部设在南昌，企图迁都南昌，扩充军队，加强自己的嫡系部队对地盘的控制。1927年1月，蒋介石截留了到达南昌准备前往武汉的部分国民党中央执行委员和国民政府委员，宣布国民党中央和国民政府暂驻南昌。蒋介石的做法激起了国民党左派以及共产党人的愤怒。李大钊代表国民党北京政治分会致信柏文蔚、王法勤、徐谦、顾孟余的信中，坚决反对蒋介石迁都南昌。他在信中写道：“夫国民政府定都何所，中外观瞻所系，岂能朝令夕改，视若儿戏？以今日论，广州为革命根据地，武汉为全国中心，不留于广州，必迁于武汉，百思而不得可以迁移南昌之理由。”在李大钊看来，迁都南昌是不可理解的，是不符常理的，“如为集中起见，如果不为一时军事上的必需，即介石同志及总司令部亦宜坐镇武汉，今忽轻易的提起移都南昌，致令外交团对我内部频生怀疑，以为我之内部中有危机，不然何以遽弃武汉耶？”李大钊还表示移都南昌的消息传到北京后，“吾党同志骇然莫释。尚望公等力持大计，毅然决计设都武汉，以定人心，以安国本，则党国之幸也！”在国共两党人士包括李大钊等人的极力反对下，蒋介石迁都南昌的阴谋最终没有得逞。但是，1927年4月初，由德国回到上海的汪精卫和蒋介石举行秘密会议。4月2日，国民党中央监察委员会在上海召开的紧急会议上，吴稚晖提出了《弹劾共产党呈文》，在上海、南京发起“清党”运动。就在4月上旬中共中央迁往武汉后，4月12日，蒋介石在上海发动了反革命政变。18日，蒋介石在南京另立国民政府，与武汉的国民政府公开对立。
在白色恐怖中，李大钊一直领导中共北方区委开展秘密斗争工作，并不断壮大了党的组织，革命统一战线也在不断扩大。自“三一八惨案”至1927年2月，仅北京一地，中共党员即由三百多人发展到一千多人，共青团员有了更大发展，除了大学以外，许多中学也建立了共青团组织。同时，国民党员也从两千多人增至四千多人。在国民革命的实践中，李大钊坚定主张，不发动广大农民参加到国民革命中来，中国革命是无法取得胜利的。基于此，1925年底，李大钊在《土地与农民》一文中强调农民在国民革命中的重要作用。
“三一八惨案”后，李大钊在进一步思考国民革命如何取得胜利时，着眼于如何武装和发动农民，积极探索新形势下的中国革命道路。
5.农民是中国革命动力的重要组成部分
1925年10月，中共第二次中央扩大执行委员会会议在北京召开。会议听取了中央局和京区、粤区、湘区及山东、湖北党组织的报告，并发表了《告农民书》，在中共历史上首次提出了解决农民土地问题，号召农民组织起来，成立农民协会。
实际上，自国共合作建立之后，李大钊一直开创性地领导和支持北方各地的农民斗争，亲自参与培训农民运动骨干，并尤为注意从理论上总结实践经验，以指导日益高涨的农民运动。为此，他在领导中共北方区委的工作中，撰写了一系列有关农民问题的文章。在中共第二次中央扩大执行委员会会议之后，李大钊撰写了中共党史上关于农民问题的早期重要文献《土地与农民》一文（后被毛泽东收入他主持编写的《农民问题丛刊》，该刊曾作为广州第六期农民运动讲习所学员的学习材料）。
李大钊在文中指出中国今日的土地问题……有待于中国现代广大的工农阶级依革命的力量以为之完成。在经济落后沦为半殖民的中国，农民约占总人口百分之七十以上，在全人口中占主要的位置，农业尚为其国民经济之基础。故当估量革命动力时，不能不注意到农民是其李大钊通过对中国历史和近代社会经济转型的现实的分析，指出中国农民破产的趋势，并对中国农村的阶级状况进行了具体分析：
“中国的农业经营是小农的经济，故以自耕农、佃户及自耕兼佃为最多……”而且这些“小农在外货入侵、军阀横行”的情况下，生活在苦痛之中，壮丁不得不沦为兵匪，农户越来越少，耕地荒芜的越来越多。
农村的地主豪强对农民的压迫也越来越严重，不断兼并土地，巧取豪夺。农村中的最多数、最困苦的阶级就是自耕农与佃农，他们深受多重剥削，随时面临破产境地，或者失去土地，或者流于都市做苦力，成为城市的无产者，或流为兵匪。
李大钊提出了“耕地农有”是广大贫农所急切要求的口号，并强调国民革命政府成立后，如果真能实行耕地农有的方针，建立起新的土地政策，使耕地都划归农民个人，那么，农民问题将会迎刃而解。但事实并非如想象得那么简单，农村的地主豪绅，怎会轻易放弃对土地的所有权？农民要获得土地必须要进行革命，团结起来，“自己组织农民协会”。
6.组织农民协会是开展农民运动的关键
民国以来，苛捐杂税日重，许多农民流离失所，或流为兵匪，或流于都市去做苦力，而农村当时的团体，李大钊认为多为乡村资产阶级贵族政治团体，由有钱有势的乡绅控制，“不惟于贫农的疾苦漠不关心，甚且专以剥削贫农为事”，是为乡村贵族政治服务的工具。在这样的组织下，贫苦农民几乎没有生存的空间。为让贫苦农民获得生存空间，提高社会地位，必须建立起自己的组织——“只有农民自己组织的农民协会才能保障其阶级的利益”。在中国共产党的领导层中，李大钊这时正确提出“在乡村中作农民运动的人们，第一要紧的工作，是唤起贫农阶级组织农民协会”的重要任务。
从中国当时的农村来看，一般农民已经感觉到有组织农民自卫军的必要。“例如直隶、热河等处的保卫团及民团运动，均甚普遍”，“此外如哥老会、红枪会等皆为旧时农民的自卫的组织”。既然历史上农民已经有了这样的自卫军，这为在农村发动革命提供了前提。尽管如此，农民的反抗还只是自发的行动，还需要革命理论的指引，农民的革命素质还需要提高，李大钊认为在中国共产党的领导下，中国的农民运动如“本来广东的农民运动，已著有成绩。最近河南的农民运动亦著有成效”，“革命的青年同志们，应该结合起来，到乡村去帮助这一般农民改善他们的组织，反抗他们所受的压迫！”
从中国革命的整体出发，李大钊还强调，在农村的组织工作中，要特别注意“乡间的文化提高问题”，事实上就是要加强对农民的国民革命教育。为此，李大钊号召“到乡间去的同志们，应知利用农闲时间，尤其是旧历新年的一个月的时间，作种种普通常识及国民革命之教育的宣传”。关于如何在农民中开展国民革命的宣传教育，既保证形式的多样性，还要有趣味性，以吸引广大农民。李大钊提出：可以采取图画、通俗易懂的读物；联合乡村中的蒙学教师，利用乡间学校，开办农民补习班等。通过多种形式来更快地提高广大农民加入革命的自觉性。从实践来看，广东、河南农民运动已经取得了显著成效，河北、山东一带的农民自己运动也在萌发中。由此让李大钊对当时中国农民运动的发展充满了信心：“中国浩大的农民群众，如果能够组织起来，参加国民革命，中国国民革命的成功就不远了。”
此后不久，中共中央北京特别会议于1926年2月21-24日在北京召开。会议指出，党在北伐战争中的政纲应以解决农民问题为主干，并决定党在北伐战争必须经过的地方湖南、湖北、河南、河北等地加紧进行群众工作，特别是注意发动和组织农民群众。
7.反对狭隘的村落主义、乡土主义的农民运动
1920年代的中期成立的一些农民协会是由红枪会转化而成的，且组织结构复杂，纪律性差，武装落后。故在早期中共领导层中对此有不同看法，如陈独秀即持否定态度。而李大钊的态度是支持的，并指示北方党组织对红枪会等组织作了全面工作，指导他们联合起来，共同反对军阀压迫，开展抗捐抗税和反对土豪劣绅的斗争。为此，李大钊在《政治生活》第80/81期合刊上发表了《鲁豫陕等省的红枪会》一文，全面分析了红枪会的本质，认为“红枪会反对洋人，便是农民反对外国帝国主义的表现”。在农民眼中，有着纯朴的观点，他们认为洋人的侵略给中国带来了不安定，给农民带来了困苦。但他们还不能上升到理论的高度，认识到帝国主义的入侵带来的更为严重的历史后果，这就需要无产阶级政党给予正确的解释，“使他们知道帝国主义的本质，把他们的仇恨转移到帝国主义者压迫中国剥削中国农民的行动和工具上去，以渐渐地消灭他们狭隘的人种的见解，知道全世界革命的工农民众，都是他们的朋友”。
同时，李大钊十分清醒地看到了红枪会的狭隘的一面，在落后的农业经济下形成的是一种狭隘的村落主义、乡土主义，这种思想足可以分裂农民运动，也“易受军阀利用，导致农民阶级的自相残害”。李大钊还列举了众多鲜明的事例来说明中国共产党领导和组织农民运动，必须要反对狭隘的村落主义、乡土主义。比如，“山东的白戟会与红枪会的冲突，河南洛阳红枪会城内派与城外派的冲突，陕州一带白枪会与红枪会的冲突……”这些事例说明了狭隘的农民运动容易被利用，容易产生自相残杀，这恰恰是当前武装农民运动中的一个极大的危机。
8.无产阶级政党应加强对农民运动的领导
李大钊从组织和领导农民运动的实践中，提出了农民阶级自己还不能意识到通过革命可以自救，可以结束中国的混乱局面。所以无产阶级政党应该在农村做大量的宣传工作，告诉农民，“只有工农民众自己团结起来，才是他们得到生活安定的唯一出路”。而且对于无产阶级政党来说，必须建立起农民运动的集中的组织，保证及时的联络，避免农民组织被官府或军阀所利用。同时，土地是农民赖以生存的依靠。为了保证红枪会等农民组织不被军阀改编，无产阶级革命者应该深入农村，加强宣传，让广大农民“很明了的知道农民阶级在国民革命运动中的地位和责任，很明了的认识出来谁是他们的仇敌和朋友，很明了的了解红枪会的性质及其应走的道路，然后这一种澎澎渤渤的农民大运动，才不至于走到错路上去，才不至于蹈袭以前失败的覆辙”，故无产阶级政党需要引导农民抓住时机，开辟中国农民运动的光明新道路。
1926年7月在上海召开的中共四届中执委第三次全体（扩大）会议，通过了《对于红枪会运动的决议案》，基本上肯定了李大钊的意见。但是，这次会议尽管提出了取得中共对农民运动的指导地位，却又指责农民运动在各地均发生了一些左倾现象，并规定了一系列限制农民革命斗争的措施，如农民武装不可超出自己范围、不可有常备的组织等。
以此而论，李大钊关于农民问题的理论成果及重要思想、方略，是中国共产党早期革命实践的科学总结，而且为此后毛泽东开创中国共产党农村包围城市，武装夺取政权的革命道路的探索提供了理论基础，亦为新民主主义理论的形成奠定了基础。新民主主义理论强调农民是中国革命的主力军、工人的同盟军；农民问题是中国革命的基本问题，无产阶级对于农民的领导，是无产阶级领导权的核心问题。1926年9月，毛泽东在广州主持农民运动讲习所时，把李大钊的这些理论成果收入《农民问题丛刊》，成为广州第六期农民运动讲习所学员的学习材料，为指导中国新民主主义革命农民运动，提供了有益借鉴。1926年3月底，李大钊带领国共两党北方领导机关迁入东交民巷苏联大使馆旁边的旧俄兵营内，继续领导北方的革命斗争，以及迁入东交民巷到被捕的一年多时间里，在白色恐怖的环境中，坚守党的工作岗位，面对敌人的搜捕，临危不惧；被捕后面对敌人的审问和酷刑，坚贞不屈；面对敌人的绞刑架，视死如归；为了中国革命，不惜牺牲个人生命，表现出了一个共产党员的崇高气节。
9.面对敌人的搜捕——临危不惧
李大钊等国共两党领导机关住进苏联大使馆旁旧俄兵营后，奉系军阀一直派遣特务对李大钊等人进行监视。有的特务伪装成人力车夫跟踪兵营出入人员，许多革命同志就是在这样的白色恐怖环境下遭遇敌手的。由于当局不能详细了解旧俄兵营内部情况，就派遣暗探化装进入旧俄兵营。据当时北京《晨报》报道，暗探“经过三月，所有党中一举一动，俱已调查明晰，并经绘图报告”。
面对日益险恶的形势，北方的国民党的许多干部已经南下。1926年夏秋之间，中共中央为了保存革命力量，通知李大钊等去武汉成立中央分局。中共中央决定让罗章龙和李大钊一起去武汉，罗章龙到北京后向李大钊传达了这个决定。李大钊说：“你先走，我还要安排一下，安排好了我就来”。当罗章龙提出：“这不行，你是北方人，路上又要绕一个大弯子才能到武汉，我陪你走方便，通过封锁线，你一口河北话是过不去的。”李大钊坚定地回答说：“这是一个问题……不过我现在工作摆不开，所以，只好你先走”。最后，中央只好同意罗章龙先期离京。李大钊的许多朋友也曾经劝他尽快撤离，都被他婉言谢绝了。如刘清扬奉调离京赴上海时，劝说李大钊一同前往，李大钊回绝说：“你是党调走的，我担负北方区的工作任务，我不能离开自己的岗位。”李大钊的妻子赵纫兰万分担心丈夫的安危，希望他能尽快撤离。
但李大钊坚决地说：“不是常对你说吗？我是不能轻易离开北平的，假如我走了，北平的工作留给谁领导？”“你要知道，现在是什么时代，这里的工作是怎样的重要？”就这样，李大钊一直没有离开北京，在极度困难的情况下一直坚守在党的工作岗位上。
如果李大钊选择离开，或许可以避开搜捕，但是他决然选择了留下，是坚信革命者在白色恐怖中更要为了党和中国革命勇于承担重任。在中国革命面临极度困难时刻，李大钊毫无犹豫地作出了一切服从党组织工作需要的决定。因此，无论是谁的劝说都没有动摇他坚守的决心。并在坚守期间，为党做了许多工作，让中共北方党组织能够正常运转。
根据《辛丑条约》的规定，中国军警不得随意进入东交民巷使馆区，更不准携带武器入内。奉系军队在得到了签订《辛丑条约》的八国公使的同意后，被默许进入外国驻华使馆区进行搜捕。1927年4月6日上午11时，奉系军阀及京师警察厅的三百多名军队、警察进入东交民巷，派兵把住各个路口，进入苏联大使馆及旧俄兵营内搜捕李大钊等人。敌人来搜捕时，李大钊正在伏案工作，尖厉的枪声打破了使馆区的沉默，他镇定自若，安慰女儿不要害怕，他不慌不忙地从抽屉里取出一支闪亮的小手枪，领着大女儿李星华进入了一间僻静的小屋。