1993年，孔繁森进藏工作期满，但他继续留在西藏，担任了阿里地委书记。为了摸清实际情况，他深入调查研究，求计问策，寻找带领群众脱贫致富的路子。不到两年的时间，他跑遍了全地区106个乡中的98个。阿里是西藏最偏僻和平均海拔最高的地区，外出时常常一天也看不到一个人影。他们饿了就吃口风干的牛羊肉，渴了就喝口山上流下来的雪水。旅途中虽然艰苦，孔繁森却充满乐观，并风趣地对随行人员说：“快尝尝，这是上等的矿泉水，高原没有污染，等我们开发出来了，让外国人花美元来买！”
在孔繁森的勤奋工作下，阿里经济有了较快的发展。1994年，全地区国民生产总值超过1.8亿元，比上年增长37.5%；国民收入超过1.1亿元，比上年增长6.7%。他为了制定把阿里地区的经济带上新台阶的规划，准备在最有潜力的边贸、旅游等方面下工夫。为此，他带领有关部门，亲自到新疆塔城进行边贸考察。1994年11月29日，完成任务返回阿里途中，不幸发生车祸以身殉职，时年50岁。
孔繁森同志全心全意为人民服务的高贵品质，需要我们继续发扬光大。