到了十一月，戚继光率领队伍回到台州，一边御倭，一边加强训练。首先，戚继光把选入的士兵，立即编成队伍，加以统束。以12人为一队，设队长一人。四队为一哨，设哨长一人。四哨为一官，置哨官统领，每官配备鸟铳手一哨。四官为一总，以把总率领。戚继光自将中军，统率全营。戚家军的编制，以队为基本单位。在训练或实战时，每队则按鸳鸯阵的形式排列。鸳鸯阵是戚继光研究了倭寇的作战特点，发挥了他的严节制和齐力胜敌的军事思想而创造出的一种独特的战斗组合。每队12人，队长居前。次二人执盾牌，一圆一长，前者选年少便捷、手足灵活之人担当，后者选年壮力大且胆量过人者担当。牌手另携标枪二只，腰刀一把。再次二人是狼筅手，选年力健大雄伟老成者担任，持狼筅抵御敌人刀枪，保卫牌手。再次四人为长枪手，后二人持短兵器，他们是主要的杀手，均选精敏有杀气的30上下健壮好汉担当。最后一人为火夫，则以老实有力武艺稍次而甘为人下者充当。训练之时，强调相互配合，以整体力量杀敌。士兵入伍以后，即按鸳鸯阵中所定位置一一编好，不得随意错乱，违者严罚。每哨、每官、每总也都在军中占有特定的位置，整个军队军容整肃，联成一气，进退犹如一人。
其次，戚继光在训练之中极为重视军中号令。他采取的办法有两种：一是使全军上下必须身从号令。戚继光把军中各种金鼓、号炮、旗帜、锣钹、竹筒、灯笼所代表的号令，向军官和士兵们作了详尽明确的说明，命令他们必须准确掌握。同时，还把各种紧要号令编印成册，散发给士兵学习。识字者自己读，不识字者听别人讲读，人人必须熟记，绝对服从。二是做到心从。其办法是赏罚严明，恩威并施。同时，辅以说服教育，启发士兵自愿遵守。戚继光通过这些严明的号令，指挥约束部众，无论住营、行军、操练、出征，都能做到纪律严明，步调统一，使全军俨然—个整体。
最后是练习武艺。戚继光训练士兵学习武艺的特点，一是要求士兵学习防身杀敌的真实本领，决不要那些只在官府面前装饰门面的花架子；二是根据鸳鸯阵的不同需要，按照士兵的年龄、身材、体质、性格的不同情况，分别授予藤牌、狼筅、长枪、短刀等器械，加以精练，并特别强调实战中的相互配合，协调作战；三是不仅士兵要练武，各级军官，直至主将，都必须学习武艺。戚继光本人的武艺，尤其是箭法，极为娴熟，人称”万夫之雄“。戚继光深有体会地说：”军官只有自己武艺精强，平日方可督责士兵认真习武，战时才能身先士卒，以提高全军的战斗能力。“素质优良的戚家军步兵，经过戚继光言传身教，精心操练，不久便成为当时一支行动快捷、以一当百、军纪严明的劲旅。后来各地的客兵撤离浙江，戚继光所训练的军队便成为浙江前线抗倭的主力。嘉靖三十九年（1560）三月，戚继光被任命为分守台州、金华、严州三府的地方参将，驻守地从宁波移至松海。胡宗宪同时委派唐尧臣为台州、金华兵备佥事，兼督海防，协助戚继光。戚继光在松海一带，除继续训练步兵外，又练成了一支精强的水师。戚家军步兵、水师的练成，使浙江的海防力量大大增强。
3.将计就计，大显神威
嘉靖四十年（1561）夏，成千上万的倭寇自浙江宁波、台州、温州沿海登陆，大肆骚扰，远近为之震动，台州则是倭寇进攻的重点。四月十九日，倭船16艘经象山自奉化县西凤登岸，窜至宁海县的团前。这路倭寇的目的在于吸引松门、海门的明军主力，然后乘虚突袭台州。戚继光早就料到倭寇会有这么一着，但因侵犯宁海之倭越聚越多，宁海告急，便命把总楼楠等率领一支军队前往台州，百户胡守仁等率领—支军队屯在海门，协助唐尧臣防守，他自己则率领军队驰击宁海的倭寇。
四月二十三日，有数千倭寇自周洋港、健跳所等处登岸，移向桃渚。当天夜里，其中的700多名倭寇突然袭击戚继光家属所住的新河所，唐尧臣率军与楼楠、胡守仁一起击败了倭寇的进攻，残余倭寇逃往温州。戚继光率军北驰，抵达离宁海30里的梁王铺时，宁海之倭闻讯逃跑。这时，唐尧臣遣使送信而来，告知新河倭寇已被击退，但侵犯桃渚的数千倭寇则焚舟南窜，意欲乘虚袭击台州，已经到达精进寺，形势甚为危急。戚继光得知这一情况之后，乃分兵三路，擂鼓疾行，回师台州。戚家军行至距离台州城二里路的花街之时，便与急急而来的倭寇相遇。
倭寇排成一字大阵迎战，戚继光督前锋炮手，一阵鸟铳射过去，火弹横飞，倭寇纷纷退避，戚家军整队前进。这时，一名倭寇首领左手挟矛，右手挥刀，耀武扬威，跳上前来向明军挑战。戚继光当即脱下身上所穿的银铠甲，说道：”谁能杀此贼，即以此铠甲相送，作为首功之赏。“壮士朱钰应声而出，挥臂直冲。一铳摧敌长矛，再击折敌白刃，奋步手起刀落，砍下了那个倭寇的首级。接着，又一连劈倒七个倭寇。倭寇急忙以右哨兵冲上来，把总丁邦彦、哨官陈高远率戚家军左哨截住厮杀。倭寇左哨也冲了上来，把总陈大成、哨长王如龙率戚家军右哨接战，戚继光坐镇指挥。只见旗幡招展，鼓角声声，戚家军正兵对敌，奇兵、伏兵一齐冲杀过来。倭寇抵挡不住，只得使出老伎俩，把抢到的金银抛到地上，以引诱戚家军。哨长楼集全然不顾，举刀砍杀，倭寇吓得魂飞魄散，纷纷败退逃命。
戚继光将队伍整顿好，只见敌人一个劲地向南溃退。他立即明白了敌人的用意，倭寇意在吸引明军也随之开出，以便他们再次乘虚袭击台州，于是，戚继光佯转宁海，然后出敌不意，再杀个回马枪。当天夜里，戚家军奔至桐岩岭，倭寇果然又来袭台州，当时台州久雨，城墙多处倾塌，兼之兵将尽出，防守空虚。倭寇偃旗息鼓急奔而来，城中居民都在做逃难的打算。四月二十七日清晨，戚继光率领戚家军突返台州，正欲埋锅造饭，闻知倭寇又至花街。戚继光立即号召杀敌报国，将士们虽然饿着肚子，仍旧奋勇争先，五战五胜，生擒倭酋二人，斩敌首308级，余寇都淹死在水中，并且救出被俘百姓5000多人。
四月下旬，2000多名倭寇自健跳所的圻头登陆，五月初一，抵达台州东北的大田，欲犯府城。这时，戚继光因多处设防，身边只有丁邦彦、陈大成两部及亲兵共1500人。临战之时，戚继光召开誓师大会，约法三章说：”以往作战，我们是以众击寡，此番是以寡敌众。希望你们做到三件事：第一，不要争割敌人首级；第二，不要抢掠敌人辎重；第三，不要轻易杀害胁从。“戚继光还命军中准备一面白旗，战斗一开始便竖立起来，号召倭寇中的胁从者空手投降旗下，可免死送还，以分化敌军。动员一完，戚继光便率部开赴大田。因大雨倾盆，无法作战，双方伏兵待机相杀。倭寇得知明军已有准备，不敢再犯府城，相持了一天多，便欲趁雨袭劫处州。戚继光料敌必过上峰岭，便命哨官赵记率所部尾随敌人，观敌动向。自率主力抄近路疾驰上峰岭设伏。五月初五，倭寇来到上峰岭下，只见丛林密布，不见有兵，遂放心过岭。待倭寇过峰将半，戚家军火铳突发，冲往山下击敌。倭寇被杀得狼奔豕突，坠岩而死者无数。余寇攀岩而下，逃到白水洋，被明军围了数重，最后全被歼灭。上峰岭之战，戚家军斩倭首344级，生擒头领5人，救出被俘百姓1000多人。第二天，戚家军凯旋，台州居民出城20里相迎，一时间欢声雷动。
同年九月，戚继光升任都指挥使，又在义乌募兵3000，使戚家军人数达到6000。在戚家军的沉重打击之下，倭寇再也不敢来浙江沿海抢掠，人民的生命财产得到了保证，戚家军的威名天下传扬。
4.激将励兵，扬威福建
倭寇在浙江受到戚家军的沉重打击之后，便日益向南掳掠，使得福建、广东一带的倭寇更加猖獗。特别是福建，北自福宁、南及漳泉，沿海千里，尽为贼窟。福建巡抚游震得上疏朝廷，请求速派浙江能将劲旅增援。嘉靖四十一年（1562）七月，胡宗宪乃派戚继光为上将，率本部6000人，另以督府中军都司戴冲霄率部1600人协助，往援福建。
在福建境内的倭寇巢穴极多，其中最为集中的有两处：一是宁德境内的横屿，这里是倭寇经营多年的老巢；另一是福清境内的峰头，新来的倭寇多屯集于此，连营数处，互为声援。戚继光率部南下，横屿正当其冲。他听说福清的官军与倭寇对垒，相持不下，而宁德日日告急，遂决定先克横屿，继往福清。由于横屿是一座小岛，隔十里浅滩和大陆相望。这片浅滩潮来成海，潮退则为泥洼。用步兵攻打则难于涉渡，用水师进攻则船易搁浅。倭寇在岛上已经营三年，筑城建垒，加固设防，经常驾小舟出外，饱掠而归。离海岸10余里有个名叫章湾的村子，是倭寇在陆上的一大据点。村民数千都被倭寇裹胁，被迫做倭寇的向导和哨探，明军稍有动静，顷刻便知。这帮倭寇自恃天险，气焰十分嚣张。
这一年的八月，戚继光率领戚家军开抵宁德。戚继光研究了敌情和地形，预先进行部署，首先下了招抚令，免胁从之罪，使得章湾等地的大批胁从分子接受了招抚，分化瓦解了敌人，孤立了横屿的倭寇。倭寇派遣李十板、张十一，两人前来伪降，暗做奸细。但李、张二人见戚继光一意杀倭，对被迫胁从的百姓以诚相待，深受感动，便亮明了他们的身份，甘愿为明军效劳。
八月七日，戚继光先遣两支人马分屯金垂渡和石壁岭，防敌逃逸，自率大部人马进军章湾。戚家军进村，不杀一人，不烧一房。曾经从敌的居民前来跪伏请罪，戚继光说：”你们既然离开倭贼，就是中国的百姓。我既诚心让你们来归，定给你们一条自新之路，决不会因为从前之过而断绝你们的从善之心。“这些人听后深受感动，表示愿为官军效力。经他们入山相劝，又有1000多胁从分子离倭来归。这样一来，横屿之倭便形成孤立。
等到了第二天五鼓，戚家军开赴前线，戚继光留王如龙率兵两支屯港尾一带海岸边，截杀漏网之贼。然后用激将法进行战前动员，戚继光召集部下军官说：“从这里往横屿，现在是落潮，到了对岸就会涨潮。因此，必须全歼敌寇，才能在对岸等候落潮而回，否则就退无所归了。如果无此胆力，就不要到对岸去作战，我实在不忍心离弃你们。“众将的情绪激动起来，争着说道：“我等不远千里而来，所为何事？难道能面对倭贼而心示胆怯吗？”戚继光进一步激诸将说：“只怕力不从心。”
诸位将领的情绪更加激动，个个摩拳擦掌，跃跃欲试。戚继光看士气已经鼓得够足的了，于是大声说：”果真如此，我当为诸位擂鼓助威！“戚继光一声令下，戚家军列成鸳鸯阵式，冲向浅滩，每人背草一捆，铺在泥滩地上。壮士们****上身在阵阵军鼓声中，艰难地匍匐前进。每走百步，休息片刻，待队伍齐整再继续前进，终于排除天险，越过浅滩到达对岸。此时，岛上的倭寇早在沿山南麓一带列阵待战，还有大批倭寇据木城死守。戚继光命吴惟忠率部攻木城，陈子銮、童子明率部冲向敌阵，陈大成率部沿山脚潜往敌人背后，准备前后夹击。戚家军背水大战，倭寇也知不战即死，故拼命相抗。双方恶战，杀得天昏地暗，难解难分。虎将王如龙在对岸遥看形势紧急，大吼一声，挥师杀过滩去。王如龙所部一到，并力夹击，倭寇支撑不住，大败溃逃。明军追歼败敌，刚过午后，岛上倭寇已被消灭得干干净净，共斩首2600余级。被倭寇盘踞多年的横屿岛，终于被威家军一举收复。
第二天，戚家军凯旋回到宁德，暂作休整。当时，福建地方后勤供应不上，戚家军物质生活十分艰苦。士兵屯居野外，八天不知盐味。八月十五是中秋节，为鼓舞士气，克服物质贫乏的困难，戚继光召集数百吏士，口授所作凯歌。一唱千和，还配以合拍的鼓声，歌词是说：
万人一心兮，泰山可撼。
惟忠与义兮，气冲斗牛。
主将亲我兮，胜如父母。
干犯军法兮，身不自由。
号令明兮，赏罚信。
赴水火兮，敢迟留？
上报天子兮，下救黔首。
杀尽倭奴兮，觅个封侯。
这一天夜里虽然没有酒，戚继光却和三军将士以歌代酒，共赏明月，过得非常愉快。一来为中秋而歌，二来为胜利而歌。
到了八月二十九日，戚家军开抵福清，戚继光初步了解了敌情之后，单骑直上大乌岭，侦察敌情，制订作战方案。接着又召集福建、浙江主客兵各路将领，歃血盟誓，解决戚家军和友军内部的团结问题，然后布置杀敌。九月初一，戚继光兵分三路：一路由戴冲霄统率，领兵六支，由锦屏山进攻；另一路为伏兵，命施明赐、童子明二支，埋伏林木岭，以防倭寇偷袭。同时，又命令福建将领率兵屯伏田原岭、渔溪、上径等地，以断敌退路。戚继光自率一路，由锦屏山进攻。
戚继光率军出城时，受到当地百姓夹道欢迎，哭请戚家军立即剿敌。戚继光虽然理解百姓的急切心情，但考虑到众人中难免混有敌人的奸细，便故意说：”我率军远道而来，须养精蓄锐待时而动，非朝暮可计也。“倭寇听此消息，果然麻痹，放松戒备。当夜二更天，戚继光率军驰向倭寇的一个据点——杞店，等他们将倭寇巢营暗暗围住之时，敌人还在蒙头大睡。壮士朱钰奋勇先登敌营，将敌营大门打开，倭寇方才惊醒。戚家军在呐喊声中冲进敌营，倭寇懵懵懂懂，晕头转向，来不及反抗，就被全部结果了性命。
杞店之战干净利落。戚继光又率军回锦屏山驻扎。到了五更时分，大约有700名倭寇，骑兵在前，步兵随后，欲偷袭明军营寨。戚继光已事先得到消息，便伏精兵于山口待敌。倭寇进入戚家军的埋伏圈后，战鼓一响，明军伏兵火铳齐发，大批敌人纷纷倒下。倭寇欲逃，又被事先放置好的蒺藜等物刺破脚掌。行动变得迟缓。戚继光听到鼓铳声后，挥大军围敌。倭寇拼死突围，并抛出大把碎金，欲引诱明军拾金，好乘机溜走。戚家军全然不顾，奋勇杀敌，倭寇纷纷败退，戚家军且战且追，乘胜直捣牛田倭寇大寨，牛田倭寇匆忙列阵迎战。正如龙率明军一马当先，吴惟忠、胡大受、张谏等率部分兵两翼，包抄过去。戚家军攻势如潮，猛扑过来，倭寇抵挡不住，大败而逃。戚继光率军一鼓作气，连破牛田、上薛、闻读等倭巢。这时，戴冲霄率领的一路人马也赶了上来，两路人马成犄角之势，夹攻逃敌。一路呐喊着杀去，直追至新塘，倭寇披靡四散。明军分头追敌，又在阵中竖立白旗为信号，以收纳胁从分子，有数千胁从分子纷纷扔掉刀枪前来投降。威家军接连获胜，除瓦解敌寇数千名外，还生擒倭寇10名，斩首688级，其余被烧死者无数。
屯据西林、木岭的倭寇，见牛田大营倭寇溃败，望风丧胆，不敢迎战，会同残寇往上径桥逃去。阻守上径桥的一名福建参将，不相信戚继光会如此神速取得了胜利，毫无准备，竟被疯狂败退下来的数千倭贼一下子冲散了队伍，幸亏戚家军及时赶到，他们才得以获救，但残余倭寇却漏网逃跑了。这股败退下来的倭寇，逃至泉州惠安县的南辋。由于当地异常荒凉，抢不到食物，地势平坦更无险可凭。倭寇估计浙江兵不会久留福建，于是又折回莆城县南20里的林墩，结巢据守。林墩四面阻河，直通海港，既易守又便逃。倭寇知道胁从分子不可靠，便不让他们住进林墩，只令出外充当哨探。固守在林墩的4000多名倭寇，都是狡诈凶狠的死党。
九月十二日，戚继光率师出发，在烽头、江口安营扎寨。为防止倭寇闻讯逃遁，戚继光命把总张谏、叶大正、金科、曹南金率兵1600人，于十四日五更前必须赶往宁海桥设障堵敌。到时如果敌人尚未逃跑，一听到战鼓声响，即配合大军夹攻。戚家军为麻痹敌人，开进莆田县城。戚继光表面上从容宴请宾客，装作要休息数日的样子，暗地里却迅速准备战斗所需物品。当天半夜，乘居民熟睡，戚家军快速整队，往林墩进发，行军十五里来到西洪，明月仍高悬天际。戚继光命士兵坐等月落，以便趁着黎明前的黑暗，再奔五里，直捣敌巢。
但是，戚继光未料到上了向导的当，那个向导原来是通倭的奸细。向导故意将戚家军带上西洪小路，却把黄石大道留着让倭寇逃跑。西洪小道一路泥泞，当戚家军走完最后的五里路时，东方已经发白，敌人发觉了戚家军的进攻意图，便砍断了小桥。戚家军几次冲杀，都被倭寇凭险打退。就在这对，预先埋伏在宁海桥的张谏、叶大正、金科、曹南金等部1600人，听到战鼓声赶来会战，从背后击敌，倭寇方才退回巢中，戚家军终于冲过河去。
敌巢近水，巷狭路曲，长兵器施展不开，双方短兵相接，白刃往还，倭寇大败，相互践踏，有1000多人落水淹死，余寇匆忙往黄石方向败逃。戚家军奋勇追击，一直追到窑兜，胁从分子漫山逃散，戚继光放过他们，独自率军紧追一股真倭寇不放。真倭寇被迫得发急，逃进一家窑灶厂死守，明军登上屋顶，用草木夹杂火药火烧敌人，倭寇大乱。戚家军乘机杀入，全歼顽敌。这一仗，生擒倭寇26人，斩首960级，还有数千倭寇被烧死、淹死，救出被俘百姓2120人，戚家军也阵亡了哨官周能等69名壮士。戚家军获胜回城，官绅百姓，出城10里相迎。
十月三日，戚继光率军抵达福清，由于连日积劳，又加之涉水着凉，戚继光生了病，与数百名伤病员在县城中调理。到了十月五日，东营地方来报，新倭300人登陆后窜至葛塘屯据，县丞陈永恳请戚继光派兵剿杀，戚继光立即应允。次日黎明，戚继光命陈大成等率二支人马埋伏在上径桥，防止逃敌。然后分兵四路，由戚继光亲自督率击敌。陈永劝戚继光先行养病，不必亲自前往，但戚继光仍坚持带病出征。大约离城刚刚10里，哨探来报，又来了300余名倭寇，已至牛田，离戚家军很近。于是，戚继光决定先消灭这一支倭寇。戚家军冲至牛田，倭寇正据守巢穴之中，吴惟忠率兵往里冲杀，倭寇奋力抗拒，凶恶异常，官军败退下来。戚继光抱病大喊一声：”大敌都被我们全歼，难道还惧此小小逆贼不成！“说着跃马冲上前去。退阵的兵士在戚继光的激励之下，重新又冲了上去。这时，其余三路人马也已赶到，四面合击，终于将倭寇杀得大败。倭寇退据巢穴，登屋抛瓦死战。吴惟忠带伤奋勇冲锋，大队明军一齐拥入，顽抗之敌，立即被歼，巷中积尸数层。其余倭寇躲在巢中，被放火烧焦。经过审讯俘虏，证以敌人书信，得知这支倭寇头目就是著名倭寇首领双剑潭。双剑潭勇悍善战，多年来横行海上，在倭寇之中素负盛名。这次他们是应原来屯据福清之倭的邀请，前来攻打福州的。倭寇准备来1万人，由双剑潭和杨松泉各率300精锐打头阵。双剑潭，这个罪恶累累的寇匪，终于难逃戚家军的正义之剑。
杨松泉部倭寇在葛塘听到炮响，往上径桥奔来，陈大成等率伏兵冲杀，追杀到桥上。由于桥面太窄，双方兵力施展不开，不少倭寇被挤跌到桥下丧生，明军也有一些伤亡。陈大成抽兵下桥，倭寇立即砍断桥梁。这股倭寇虽未被全歼，但也被吓得连夜逃往海上。不几天，登岸的倭寇越聚越多，他们一打听，得知原来福清之倭已被戚家军全歼，又听说双剑潭等也被剿杀无遗，大惊失色，胆怯地说：”戚虎已至此耶！我等已不敢犯浙矣，何又来万里外杀我也！“从此，戚继光就在倭寇中得了个”戚老虎“的绰号，倭寇每每谈”虎“色变，闻风丧胆。先后登陆的倭寇已达1万多人，听说戚继光在此，不敢过分作恶，悄悄遁往南方。戚家军这次援闽作战，转战千里，四战皆捷，但自己也有不少伤亡。再加上水土不服，生病者达一半，能战之兵只有3000。时值天气寒冷，冬衣未备，戚继光乃请福建官员坚壁清野，固守数月，自己先回浙江养息士卒，然后再来福建同倭寇大战。十一月初，戚家军班师回浙。
福建倭寇听到戚继光已回浙江，高兴地说：”戚老虎已去，我们还怕什么！“又大肆猖狂起来，从北至南，倭寇到处骚扰。嘉靖四十一年（1562）十一月，一支倭寇攻陷寿宁、政和二县。另有6000精锐倭寇，竟攻陷兴化府，这是倭寇第一次攻陷府治大城，福建为之震动。明朝廷对兴化失守深为不安，不久罢去巡抚游震得，起用谭纶为巡抚，又命抗倭名将俞大猷任福建总兵官，同时急调戚继光再次率军援闽。戚继光回到浙江后，因援闽有功，于嘉靖四十一年（1562）十二月，升任分守台州、温州、福州、兴化、福宁等处副总兵，兼统水寨，参将、游击以下武官，俱听节制。戚继光上《议处兵马钱粮疏》，请募新兵，加旧部共需2万，并请备足粮饷器械，得朝廷允准。嘉靖四十二年（1563）一月，戚继光接到援闽诏书。二月，又往义乌募得新兵1万多人，沿途一边训练，一边往福建开去。
攻陷兴化的倭寇，在城中作恶两月，听说戚继光又要来福建，吓得于嘉靖四十二年（1563）一月底，匆匆放弃兴化，往东南奔去，屯居崎头。平海卫都指挥欧阳深率兵拒阻，不幸中伏牺牲。倭寇乘胜攻占平海卫。俞大猷受命担任福建总兵官，在漳州招收农民武装6000人，赶来平海卫与广东总兵刘显军会师，屯兵五侯山，与倭营对垒，等候戚家军共同破敌。四月十三日，戚家军抵达福清，平海卫倭寇探得戚继光已到，其中一半吓得从海上逃跑，剩下3000多凶狡精锐之倭移往渚林南边的许家村，结寨据守。十九日，戚家军抵达东营扎寨，戚继光立即改装到前沿阵地，了解敌情，接着往访俞大猷、刘显，取得了联系。第二天，巡抚谭纶到达渚林，会集三大营，商讨作战部署。议决由戚家军担任中哨冲锋，俞大猷部为右哨，刘显部为左哨，三路军马分进合击。
四月二十一日，深夜四鼓，明朝官军各路人马悄悄向敌营迸发。中路戚家军以哨总胡守仁部为前锋，戚继光督后队，疾驰至五党山侧岭。戚继光命军士坐等月落，乘晨昏扑进敌营。这时，有2000多名倭寇以100多骑兵为先锋，向明军阵地袭来。戚家军猛然漫山点起火把，火炬飞舞，一排排飞铳射去，倭马受惊，没命地四散狂奔。倭寇步兵又冲了上来，戚家军与敌人展开短兵相接的鏖战。戚家军摆开阵式，越杀越勇，倭寇经过交手，看着眼前这锐不可当的鸳鸯阵，明白真的遇上了戚家军了，心惊胆战，大败溃散。戚继光挥师猛追，直达许家敌营。这时，俞大猷、刘显二部与戚家军会合，围剿倭寇，展开了血战，明军乘风放火，顷刻间敌巢一片焦臭，焚尸无数。到了四月二十二日上午九点，战斗全部结束。共计斩敌2451级，缴获器械396l件，释放被俘百姓3000多人，一举收复平海卫。第二天，明军凯旋回到兴化城。
当戚家军自兴化班师，路经福清的时候，林墩一带的废墟上，老百姓已经重新盖起了房屋，种上了庄稼、蔬菜。当地群众见戚家军又来了，都扶老携幼，向戚家军捧献茶果，一边拜舞，一边歌唱。
攻陷建宁府寿宁、政和二县的倭寇，饱掠之后，欲经宁德出海，与盘踞平海卫的倭寇会合。当他们得知平海卫之倭已被荡平，便退屯连江县的马鼻，窥测动向。五月三日，戚继光率军来袭，通往敌营的道路有两条，他便命胡守仁等率奇兵三支，由左路进；陈禄等率兵三支，自右路前进。倭寇见明军右路兵至，暗遣精兵一支，趁黑夜从左路杀出，以抄截陈禄部的后路，正碰上戚家军左路奇兵。胡守仁率众拥上去格斗拼杀，倭寇败退回巢。戚家军两路人马夹击，倭寇退据高山，箭石齐下，凭险死守。戚家军摆开鸳鸯阵，以盾牌前挡，猛往上冲，个个奋勇登山，不一会儿就将倭寇砍倒一小半。余寇四散，一部分准备开船往海上逃命。船只早已被明军舟师烧毁，倭寇计穷，遁入海边泥淖中，寻物隐蔽，戚家军将其团团围住。夜半涨潮之时，倭寇都被汹涌的海浪卷走，戚继光率军紧追漏网残倭，直到离尤溪不远的肖石岭，终将残倭全歼。这一年的六月，戚继光以功升任都督佥事，不久又升任都督同知。
戚继光等人率军消灭了嘉靖四十一年冬天来犯福建的倭寇，收复了兴化、寿宁、政和后，戚家军进驻福宁州。从此，戚继光开始常驻福建，担负保卫福建沿海的抗倭责任。嘉靖四十二年（1563）四月，从平海卫逃回日本的数千名倭寇，都携带大量抢夺来的金银财宝，使其余倭贼十分眼红，他们纠合27000多人，计划当年冬天先出发15000人，余寇次年春天再至，打算在福建沿海全面进攻，重点则在仙游，最终攻占福州。十月，倭寇新的攻势开始了，他们北从福宁州的烽火门，南到泉州府的福全千户所，纷纷登陆。倭寇原指望可以饱掠一阵，再向福州进发，但由于戚家军守卫在沿海一带，使倭寇的梦想难以实现。从十月三日至十日的八天时间，戚继光积极指挥水陆各路人马，同倭寇展开战斗，共计10余战，连连取胜。其中规模最大的上径桥之捷，是在戚继光的直接指挥下取得的。当时，戚继光根据敌情分析，断定敌人意在深入内地，南去兴化、泉州，与已登陆之倭会合，上径桥是他们的必经之路。于是，戚继光命胡守仁率军在八日深夜赶至上径桥附近的渔溪埋伏。倭寇果然往上径桥奔来，一拥而上。可惜胡守仁点炮太早，戚家军伏兵杀出时，虽当场有数百倭寇挤落桥下淹死，但余寇还是匆忙退下桥去。戚家军一阵砍杀，斩敌92级，歼寇从小路奔至惠安的东沙，抢了渔船往海上逃命。戚家军水陆连获12捷，共计击毁倭寇大小战船28艘，歼敌3000多名，给倭寇以沉重的打击。
十一月上旬，倭寇集中2万多兵力围攻仙游县，城中军民在知县陈大有、典史陈贤等率领下，坚守待援。嘉靖四十二年（1563）十一月，朝廷任命戚继光为总兵，镇守福建七府一州，并兼及浙江金华、温州二府，都督水陆军马战船，这一任命使得戚继光更有效地担负起闽、浙一带的抗倭责任。戚继光一面遣使催促浙兵速至闽作战，同时与谭纶一起进行决战前的周密部署：一是加强仙游方面的防御力量，预先派亲兵200名入城协助守城，并不断增援城中炮火矢石；二是张疑兵以分敌兵势。戚继光先调署守备胡守仁、把总蒋伯清等率兵在离仙游城不远的铁山据险屯扎，与敌垒相对。又以各营中挑选敢死勇士500人，不时袭扰倭寇。随后与谭纶率大队人马驻扎在俞谭铺和沙园一带，故意鸣炮击鼓，使军队往来不停，引敌生疑，分散其攻城之力；三是命署守备耿宗元等率兵一支随监军汪道昆往福州，保卫省会，防备福宁登陆的倭寇突然袭击；四是派兵堵塞仙游之倭通往泉州、漳州的道路，切断仙游倭寇与外面的联系；五是对于继续赶来会合的小股倭寇，分而歼之，以孤立攻击仙游的倭寇。戚继光之所以这样部署，是因为他所率领的军队全是浙兵，驻守福建采用轮班守卫的办法，他手中现班人数不足，下班兵马又未到达，与倭寇无法决战。
戚继光所设疑兵之计，曾一度使倭寇举棋不定，但贼寇见援兵久不到来，攻城之势更加激烈。十二月六日，倭寇聚集精锐，对仙游城发动猛攻，曾一度险些攻破仙游城。十二月二十三日，王如龙等率浙江兵赶到，明军势力大增，士气大振。巡抚谭纶亲自到大营之中填写令票，委托戚继光全权指挥。第二天，戚继光召集诸位将领，布置作战方略。当时，围攻仙游的倭寇兵力2万多人，分屯东、西、南、北四门，明军人数仅1万余人，若四门同时攻打，以寡击众，取胜极难。于是，戚继光决定集中优势兵力打击敌人，命守备王如龙等率中左路人马，署守备胡守仁等率中右路人马，两路人马合力攻击南面倭寇。又命把总陈濠等率右奇兵攻击东面倭寇，游击李超等率左奇兵攻击西南倭寇，牵制住敌人以防止他们增援南面之敌，保证王如龙、胡守仁的胜利。等到王如龙、胡守仁得胜之后，再配合进攻。同时又命令指挥吕从周等率标兵一支同都司郭成所率的400苗兵屯扎铁山，设疑兵以牵制北面之敌。把总金科等率中军大营之兵，以备策应。
十二月二十五日，各路军马分道出发，进入指定地点，恰逢大雨倭寇竟然没有察觉。次日清晨，又是漫天大雾，伸手不见五指，各路军马趁势驰向敌营。此时此刻，倭寇正集中兵力攻城，他们制造出八座比城墙还高一丈余的吕公车，车身三面围以数层竹木绵毡，以防枪弹。每车可容100多人，车上架飞桥，可翻越城墙，眼看城池难守。在此千钧一发之际，王如龙所部赶到，直冲倭寇南面巢穴。敌人只顾攻城，加之又有大雾，直到明军到达离城不远之时，倭寇才发觉情况有变，急忙停止攻城，迎战明军。王如龙率军硬攻上去，胡守仁所部也及时赶到，两路人马并力冲杀，倭寇大败，退入营中死守。戚家军拔掉营外木栅，斩墙而入，纵火焚烧敌营。倭寇鬼哭狼嚎，狼奔豕突，被砍杀了四五百人，余寇匆忙往东面敌营奔去。
南面倭寇被歼之后，王如龙、胡守仁各自依计而行，分头冲杀。胡守仁所部乘胜往东面敌营追杀过去，陈濠急率右奇兵协同夹攻。由于仙游城的东门集中了倭寇的精锐，而且那里多设埋伏，战斗打得十分艰苦。右奇兵中的童子明所部不幸中敌埋伏，全部壮烈牺牲。但其余各部殊死拼杀，终于攻破了倭寇的东面巢穴。王如龙所部在南面得手之后，乘胜往西面杀去，会同李超率领的左奇兵进攻西面倭寇巢穴。西面的倭寇听说南面巢穴已被攻破，吓得心惊胆破，不敢迎战，据寨自保。王如龙率军如猛虎般扑了过来，顷刻间攻破西面巢穴。
倭寇东西两巢数千漏网之寇，拼命突围北逃，企图与北面巢穴的倭寇会合。戚继光亲督金科等率领中军大营兵马，奋力攻杀，大败敌寇，捣毁倭寇的北面巢穴。倭寇全线崩溃，丢下无数尸体，狼狈逃窜，危急中的仙游城终于获救。仙游惨败的倭寇尚余1万余人向南逃窜，明军随后紧追。嘉靖四十三年（1564）二月四日中午，在福建同安县的王仓坪与敌相遇。戚继光折箭为誓，激励士气，督诸将率军冲入敌阵，一阵拼杀，倭寇不敌，匆忙往山上逃去。这时，有2000倭寇偷袭明军中军，直奔戚继光杀来，戚家军左右夹击，倭寇又逃往山上。戚继光挥众登山，追击逃敌，直杀到太阳落山，倭寇支撑不住，没命地四散狂奔，纷纷跌落崖下摔死。所剩7000余倭寇，继续向南溃逃，二月十二日逃至漳浦，当地的汉奸15人与倭寇勾结，约定十六日夜间内外夹攻，夺取漳浦。倭寇于是屯兵蔡坡岭，准备袭击漳浦城。十五日，戚家军追至，得知上述情况之后，便于第二天猛攻蔡坡岭倭寇，倭寇大败，拼命突围不成，只好向丛林中躲逃。明军纵火焚烧，倭寇1000余人被烧死，其余大都带伤，突往诏安，由双港向广东逃去。后来，被广东总兵俞大猷率军追截剿杀，弄得草木皆兵，再也不敢在中国土地上为非作歹，只得从广东沿海寻船急急逃回日本。经过戚继光等人率领沿海军民的有力打击，许多倭寇终于明白，从今往后，如果再侵犯中华土地，除了送死之外，别无好处可捞。戚继光和他率领的戚家军在抗击倭寇的战斗中，为中华民族抗击外来恶势力的侵略，大写了一笔。