突骑施原名突骑施贺逻施啜，为西突厥别部。西突厥有十姓部落﹐分为五弩失毕部和五咄陆部﹐五弩失毕部置五大俟斤﹐五咄陆部置五大啜。五大啜和五大侯斤分别指咄陆和弩失毕部落下的五个大氏族。咄陆部的五个大氏族是处木昆律啜、胡禄屋网啜、摄舍提墩啜、突骑施贺逻施啜、鼠尼施鼠半啜，合此五大氏族而称为咄陆部落。突骑施贺逻施啜即为突骑施，为咄陆五大啜之一。
咄陆部的游牧区域在今伊犁河及楚河中、上游的天山以及巴尔鲁克山、扎衣尔山、塔尔巴哈台山、阿尔泰山，直至额尔齐斯河、鄂毕河中上游一带。在咄陆部五氏族中以突骑施人数最多。
唐王朝显庆三年（658年）﹐唐朝平定西突厥可汗阿史那贺鲁后﹐在突骑施索葛莫贺部置鹿都督府﹐突骑施阿利施部置絜山都督府﹐又置昆陵﹑蒙池两都护府以统之，都隶属于安西都护府。
武则天时期﹐唐王朝以原领五弩失毕部的阿史那斛瑟罗为西突厥竭忠事主可汗。但斛瑟罗残暴﹐不为突厥人拥护。西突厥国内爆发内乱，本为斛瑟罗可汗莫贺达干（突厥官名）的突骑施首领乌质勒﹐抓住时机迅速崛起﹐以楚河流域的碎叶城为大牙帐﹐以伊犁河流域的弓月城（今新疆霍城西北）为小牙帐，尽有西突厥故地，并在其地设置二十个都督﹐每个都督督兵七千。其辖境东邻后突厥﹐西接中亚昭武九姓诸国﹐并臣属于唐。
圣历二年（699年），乌质勒遣子入朝。
神龙二年（706年）﹐唐廷先封乌质勒为怀德郡王。此后唐中宗又派出使者赴突骑施封乌质勒为西河郡王﹐但使者未至而乌质勒死。乌质勒之子娑葛继位﹐拥兵三十万﹐唐中宗便顺势封娑葛为金河郡王。然而乌质勒旧将忠节不服，派军攻击娑葛，娑葛多次上表请求唐朝“除忠节”。但忠节却得到以唐兵部尚书宗楚客为首的唐朝执政派的支持。景龙二年（708年）双方刀兵相见，忠节在唐朝碎叶镇守使周以悌的援助下，击败娑葛并夺取其先前所夺己部及于阗部众数万人，取得了暂时的优势。后来娑葛联合后突厥可汗默啜将忠节彻底击败，并攻陷唐碎叶城，碎叶镇守使周以悌不得已改驻播仙镇。
娑葛击败阙啜忠节以后，有效地控制了西突厥全境，除原有十姓外又增加了咽面、葛逻禄、车鼻施、弓月四姓，建号贺腊毗伽十四姓可汗。
突骑施的内战和忠节的失败引起了唐朝朝臣、边将两派势力的公开表态。以兵部尚书宗楚客为后台的周以悌等北庭系将领认为应该联合吐蕃以对付同后突厥结盟的娑葛，其总原则是打压突骑施并且继续扶持被突骑施打败的西突厥阿史那氏贵族。而以太平公主及侍御史中丞解琬为后台的郭元振等安西系将领所持政见则与此相反，他们反对继续支持西突厥阿史那氏，认为唐之大患为吐蕃而非娑葛，主张承认突骑施娑葛政权。
忠节战败后逃往安西请求庇护，唐安西都护府大都护郭元振将情况上奏，唐中宗让忠节入朝宿卫，并迁其部众于瓜、沙等州。但忠节听从周以悌暂不入朝、并以重金贿赂已由兵部尚书升为宰相的宗楚客的建议。宗楚客接受贿赂后决定打压郭元振支持忠节。反娑葛派由此占了上风，唐王朝不可避免的要与突骑施发生武装冲突。此后，在宗楚客的建议下，唐中宗派遣御史中丞冯嘉宾持节安抚忠节，并以侍御史吕守素处置四镇，以牛师奖为安西副都护，发安西兵和吐蕃兵讨伐娑葛。并计划以周以悌替代安西都护郭元振。景龙二年（708年）十月，娑葛派弟弟遮努领军二万，迎战唐军，在火烧城打败牛师奖，攻克安西都护府的驻地龟兹，娑葛最终袭擒忠节﹐杀掉唐使冯嘉宾﹐击败唐安西副都护牛师奖，又擒唐将吕守素于僻城，剐而杀之。安西都护郭元振连忙派自己的小儿子郭鸿抄小路赶往长安通过太平公主向唐中宗奏报战况，并讲述实情。于是唐廷将周以悌流放白州（广西博白县），罢免宗楚客，赦免了娑葛的罪，为其赐名守忠，并正式册立其为十四姓可汗。由此，突骑施可汗娑葛全面倒向唐朝怀抱。
景龙四年（710年），唐朝制定了一项规模空前的大举进攻后突厥（降唐******余部后来叛唐所建的突厥汗国）的作战计划，该计划以北庭都护兼碎叶镇守使吕休璟为主帅，出任金山道行军大总管，统瀚海、北庭、碎叶等汉兵五万。任命突骑施可汗守忠（即娑葛）为金山道前军大使，其弟右监门卫将军守节（即遮弩）为先锋，统率诸藩二十五万骑，且西发黠戛斯部，除了这些主攻部队外，还密令沿边唐军，悉待命助战。但军情外泄，后突厥可汗默啜决定先发制人，默啜命默矩率阙特勤、暾欲谷、阿波达干等统兵西征，履冰开路，先灭黠戛斯，继渡曳咥河，奇袭突骑施，斩杀突骑施可汗娑葛及其弟遮弩，全盘摧毁了唐朝的战略布署，突骑施也陷入内乱状态。
景云二年（711年），娑葛殉难以后，唐廷将北庭大都护府首任大都护阿史那献（西突厥阿史那氏汗裔）册立为西突厥第三任兴昔亡可汗，并任命其为招慰十姓使。这一任命意味着授权让他放手大干，于是阿史那献乘机招降葛逻禄、鼠尼施数千帐归唐。先天元年（712年）阿史那献兼领北庭大都护，伊、西节度，瀚海军使，开始独揽天山北麓军政大权。开元二年（714年）唐玄宗又擢其为碛西节度使、四镇经略大使，全权指挥天山南北军事，阿史那献统兵西征，破都担，使碎叶川西三万余帐内附。这时阿史那献不但完全收复了崑陵都护府的全部领土，而且一度深入碎叶川西，管辖范围到达原濛池都护府故地，即突骑施汗国的疆域。
在阿史那献西进之时，娑葛的部将车鼻施啜（车鼻施部落首领）苏禄收聚突骑施余众也慢慢强大起来﹐阿史那献渐渐不能掌控西域局势。公元716年苏禄以车鼻施部为核心重建突骑施汗国，并自立为可汗﹐拥众二十万﹐称雄西域。
然而此时，刚刚完成统一的阿拉伯帝国大食也迅速走上对外扩张的道路。651年，大食灭掉波斯萨珊王朝后，开始对中亚发动小规模的军事侵略。705年屈底波任呼罗珊总督后，开始发动对中亚的大规模入侵。面对阿拉伯帝国大食的步步紧逼，中亚诸国频频向唐求救，唐王朝在中亚诸国通过设立羁縻府州县实行羁縻统治的果实面临被大食剿灭的危险。然而由于此时唐王朝正在青海和吐蕃进行大规模的战争而无暇西顾，阿拉伯帝国的军事加上宗教的影响力渐渐展现出来，使得唐朝原本在中亚的栗特诸属国纷纷倒向大食，唐王朝在中亚的统治岌岌可危。
为了对抗大食在西域的扩张，唐玄宗决定采取“以夷治夷”的策略，承认并扶持苏禄政权，力图通过突骑施来遏制大食，保证中亚诸藩不受外来势力的侵犯，并且维持中亚各种力量的均衡。以达到“夷狄相攻，大伤小灭，皆利在国家”的目标。
开元三年（715年），唐玄宗任命突骑施首领苏禄为左羽林军大将军﹑金方道经略大使。并给苏禄下诏：西头事委你，即须发兵除却大食。
开元六年（718年）五月，唐玄宗册封苏禄为顺国公。
开元七年（719年），唐玄宗又派遣解忠持节册封苏禄为毗伽忠顺可汗，承认了他的可汗地位。
开元十年（722年），唐玄宗又以西突厥首领阿史那怀道之女为交河公主，将其嫁给突骑施可汗苏禄为妻。
突骑施在与唐朝和解后，其东部边境基本稳定下来。于是集中力量对抗大食，向西进行领土扩张，与大食争夺中亚的统治权。
开元十一年（723年），大食进犯拔汗那（今乌兹别克斯坦东部的费尔干纳盆地），苏禄率兵驰援，败其军。
开元十二年（724年），大食再次进犯拔汗那，苏禄再次率兵救援，爆发“渴水日之战”，大食军队被突骑施全歼，其主将穆斯稜·本·赛义德·艾尔一吉拉比仅以身免。
开元十五年（727年），苏禄领兵西攻大食深入康国国境，大获全胜，收复了捕喝城（今乌兹别克斯坦布哈拉），并挥师西进，前锋攻至大食呼罗珊地区（原波斯国东境）。阿拉伯帝国在中亚的据点仅剩撒马尔罕一座孤城。
开元十八年（730年），连遭挫败的阿拉伯人以朱奈德出任呼罗珊总督，率军攻突骑施以解撒马尔罕之围，苏禄断其水源，兼施火攻，使其一万二千穆斯林士兵仅余千人。
突骑施的出击给大食人以沉重打击﹐大食人因而称突骑施可汗苏禄为“抵顶者”（意为牛或象等冲撞抵顶的庞大动物）。有突骑施作为屏障，唐王朝也避免了与大食的直接对抗。然而突骑施在击败朱奈德夺取中亚控制权之后，苏禄可汗对唐朝似乎已经无任何畏惧，于是又调头向东与唐朝争夺四镇。
苏禄为了捞取政治资本，不仅娶唐金河公主为妻﹐同时也娶了后突厥和吐蕃的公主﹐三国公主并为可敦（可汗的正妻），从而与唐、后突厥、吐蕃三方都保持密切关系，进攻一方时能联合另外两方。
不久突骑施在四镇边境挑起敌对事端，派出骑兵劫掠中亚各国商贾，致使丝绸之路贸易中断，整个地区怨声载道。随后，突骑施又向位于帕米尔西南重要通道上的护密国和识匿国进军，主要意图在于进攻疏勒。在此期间，突骑施还企图联合吐蕃进攻唐朝，唐玄宗知道后，立即要求驻守吐蕃边境的王斛斯和驻守突骑施边境的盖嘉运加强合作，又在天山以南到帕米尔地区构筑了一道防线，以防备两大强国人侵。
开元二十二年（734年），北庭节度使刘焕发现了突骑施使节阙侯斤策划的企图攻陷庭州的阴谋，便私自将之斩杀。苏禄终于找到了进攻唐朝的正当理由，便立即发兵进攻安西四镇。唐玄宗抱着为安抚突骑施不扩大事态的原则，下诏追究刘焕擅自处决阙侯斤之过，刘焕气不过遂率兵反叛，四月，唐军攻克庭州，刘焕及其家人被斩，刘焕首级被送交苏禄可汗。但处决刘焕，并不能改变苏禄侵犯唐境的决心。随后，突骑施围攻疏勒、北庭和拔换，与唐朝展开大规模军事冲突，但遭到安西及北庭守军的顽强抵抗，双方互有伤亡，最后突骑施撤军。该年年底，瀚海军使盖嘉运在与其他将领协调一致后，派出大军攻占突骑施的店密墟，给突骑施以重击。在不能重占四镇的情况下，苏禄派出哥德都耽与数半泥向唐求和。唐玄宗怀疑其诚意，令盖嘉运与王斛斯密切注意突骑施的动向，做好随时进攻突骑施的准备，此外还命河西节度使牛仙客在河西诸州中挑选骁战之士五千人赶赴安西授王斛斯调遣，以加强安西防务。
突骑施可汗苏禄虽然向唐求和，但并未撤军，依然在唐边境地区驻扎大量军队。
在攻击安西四镇的同时，苏禄也在中亚的河中地区与大食开战，并多次击败大食。形势迫使大食寻求与唐朝联盟。虽然唐朝与大食争夺中亚的斗争也很激烈，彼此都有拉拢利用突骑施对付对方的目的和举动，但是当突骑施强大并对两国在中亚的势力构成威胁时，两国也都有结盟的意愿。在724—733年十年间，受突骑施威胁的大食六次遣使来华，开元二十二年（734年）十二月以摩思览达干为首的大食七人使团更是冒着生命危险穿过与突骑施的交战区域来到长安，向唐玄宗朝贺并请求结盟共同对抗突骑施。唐玄宗表示同意。开元二十三年（735年），大食呼罗珊总督阿萨德·本·阿布达拉与唐王朝约定四月共同出兵攻击突骑施。唐玄宗为了从外交上、军事上彻底孤立突骑施，还传谕中亚诸国王、叶沪，令其反抗突骑施可汗苏禄。该年四月，大食应约出兵，安西唐军也对突骑施展开军事打击。苏禄为避免腹背受敌，遣其大首领胡禄达干赴长安求和，唐玄宗知道苏禄的求和仅仅是对付大食的权宜之计，但以坐山观虎斗的策略并未拒绝其求和。
开元二十四年（736年）年底，突骑施可汗苏禄重返西线中亚战场，并与正在向骨咄进军的大食呼罗珊总督阿萨德·本·阿布达拉进行决战。在得知突骑施大军已经到来后，大食呼罗珊总督阿萨德·本·阿布达令部下收拾行李，渡过阿木勒河向马勒赫山撤退。苏禄知道后，立即向尚未渡河的穆斯林军队发动袭击，大食军隔河与突骑施、哈里斯叛军（呼罗珊地区反大食统治的军队）、吐火罗地区诸国所组成的联军对峙，对峙持续三个月之后，联军与大食爆发“行李日之战”，阿萨德兵败逃回巴里黑。
开元二十五年（737年），大食军队卷土重来，并在朱尔占战役中全歼突骑施联军。苏禄可汗死里逃生，逃回突骑施故地。
苏禄自西败于阿拉伯，东败于唐之后，国力日益衰弱，国内的矛盾和斗争也在不断加剧，汗国内部开始分裂，并逐渐形成以娑葛父子出身的突骑施部和莫贺达千出身的处木昆部为黄姓、以苏禄出身的车鼻施部为黑姓的两姓部落派系，并且黄姓的莫贺达干和黑姓的都摩度开始崛起。
开元二十六年（738年）六月，莫贺达干和都摩度率两部兵马夜袭苏禄，苏禄兵败被杀。但时隔不久，两部酋长又因汗位继承问题发生离异。莫贺达干立苏禄之子尔微特勒为黑姓可汗，都摩度立苏禄另一子骨啜为吐火仙可汗，双方互相攻战。莫贺达干抵挡不住都摩度的进攻，便遣使向碛西节度使、北庭都护盖嘉运求援。盖嘉运闻讯后，立即上奏唐廷。唐玄宗诏令盖嘉运率诸国联军讨伐。在唐军和诸国的强大攻势下，形势发生了变化。都摩度、吐火仙在碎叶城，黑姓可汗尔微特勒在怛罗斯城，相互联兵以拒唐。
开元二十七年（739年）八月十五日，盖嘉运攻克碎叶城，在贺逻岭擒获吐火仙。接着，盖嘉运又遣疏勒镇守使夫蒙灵詧与拔汗那王阿悉烂达干潜兵偷袭怛罗斯城，擒杀黑姓可汗尔微特勒，并乘胜占领曳建城，取金河公主，将所俘获的突骑施数万之众全部交给了拔汗那王阿悉烂达干。
开元二十八年（740年）三月二十八日，盖嘉运带吐火仙到长安献捷，唐玄宗赦免了吐火仙，封他为左金吾卫员外大将军、修义王。唐玄宗又同意了盖嘉运册立阿史那怀道之子阿史那昕为西突厥十姓可汗的提议，并将金河公主嫁于阿史那昕为妻。但唐王朝扶持西突厥阿史那氏的政策惹怒了突骑施酋长莫贺达干，上书说：“首诛苏禄，我之谋也。今立史昕，何以赏我？”于是率部叛唐。唐玄宗为安抚莫贺达干，便立其为突骑施可汗，并命盖嘉运招谕之。十二月三日，莫贺达干降唐。天宝元年（742年）四月，唐朝发兵护送阿史那昕赴碎叶川西，在俱兰城（今苏联吉尔吉斯山北）受到莫贺达干的攻击，阿史那昕被杀，西突厥阿史那王朝至此完全灭亡，唐朝长期坚持的这一政策终于彻底破产。
阿史那昕被杀被杀之后，唐朝由支持黄姓的莫贺达干急剧转变为支持黑姓的吐火仙，封吐火仙为左金吾大将军、循义王，并放其返回突骑施。
天宝三年（744年）五月，唐安西节度使夫蒙灵詧击杀莫贺达干，唐玄宗于是册立吐火仙为十姓可汗，号“伊里底密施骨咄录毗伽可汗”，唐王朝希望通过册立这一黑姓可汗稳定西域局势。但是，局势的发展并不象唐朝所预想的那样，黄黑二姓之争继续存在。唐朝支持黑姓，黄姓汗裔不得不转谋结于大食，于是在西域酝酿着一场巨大的危机。
石国国王莫贺咄吐屯是突骑施黄姓莫贺达干一方的坚定拥护者。唐朝支持突骑施黄姓莫贺达干时期，石国国王曾协助盖嘉运攻破碎叶，擒吐火仙。此战后石国国王被唐太宗封为顺义王，并颁发诏书嘉勉，赞其助灭“苏禄残妖”，与唐“相为表里”，深受器重。然而随着唐朝对突骑施政策急剧转变为反对黄姓支持黑姓，昔日的阶下囚吐火仙返国为汗，反转过来向石国国王莫贺咄吐屯发号施令，令其政治上陷入极端尴尬的境地。吐火仙为报前仇遂向唐廷奏劾莫贺咄吐屯无藩臣礼。安西节度使高仙芝为了邀功也请求讨伐石国。莫贺咄吐屯请降后，唐玄宗却不讲信用的杀掉了他。由此导致西域诸国离心，不再附唐，转投大食。此后，唐帝国与阿拉伯帝国的唯一一次正面交战在怛逻斯城打响，在葛逻禄的叛变下，唐军惨败，高仙芝狼狈逃回安西。大食乘胜东进，突骑施汗国遂疆土日蹙，唐王朝在中亚的传统版图也随之丧失。
此后﹐葛逻禄部强盛起来﹐占有了原属突骑施的楚河流域﹐再加上突骑施部内黄、黑两姓的互相攻击，力量逐步衰弱，遂役属于葛逻禄。突骑施这一汗国名和部落名渐渐隐没，但突骑施部众仍然存在，不过改用强部族名以自存。其迁居中亚者，多改称葛逻禄，其留居故地者则改称回鹘。