高昌是西域唯一以汉民族为主体的国家，其民多是因战乱由河西涌入的汉族居民，此后又有昭武九姓杂胡和其他民族的居民涌入，相互之间通婚定居，形成高昌之民。
高昌原本亲唐，贞观三年，唐朝法师玄奘取经路过高昌，高昌王鞠文泰亲率数万臣民相迎，并与玄奘结为兄弟，给玄奘提供丰厚的行装、钱财和佣人，又给高昌以西的24国国王写信，希望让玄奘顺利通过。贞观四年，高昌王鞠文泰又亲自前往长安朝拜唐太宗。
高昌地处丝绸之路的咽喉要道，西域朝贡者和商人前往长安，必须经由高昌，随着唐王朝与西域各国经济文化政治交往的深入，唐王朝在此需要利益的代言人和前伸的耳目。鞠文泰也很好的担当了这一角色。
转折发生在贞观六年，这一年，原本附西突厥的伊吾归顺唐朝，高昌联合西突厥攻打伊吾，不克。第二年，唐王朝将伊吾设置为唐的西伊州，完全纳入唐的版图，并派军驻守。这让紧邻的高昌感到深深的敌意，对唐渐有貌合神离之意。其后，唐太宗下诏让高昌将因唐初与突厥战争流落高昌的汉民护送回国，鞠文泰却又百般阻挠。高昌与唐的交恶严重阻碍了丝绸之路的畅通。
不久，焉耆王龙突骑支向唐朝请求开通早已废弃的大碛道以代替经由高昌的道路，唐太宗表示同意。唐帝国先取伊吾再用焉耆，对高昌形成南北夹击之势。如此一来，高昌国在丝绸之路贸易中的垄断地位将受到极大威胁。心怀怨恨的高昌全面倒向西突厥的乙毗咄陆可汗，并联合西突厥攻破焉耆三城，焉耆王向唐朝申诉，唐太宗派礼部郎中李道裕前往高昌质询。鞠文泰却说：鹰飞于天，雉窜于蒿，猫游于堂，鼠安于穴，各得其所，岂不快哉？
贞观十二年，唐朝一向所支持的西突厥泥孰派首领沙钵罗叶护可汗被对立的乙毗咄陆可汗杀死，并派兵占领了焉耆，直接威胁到了唐帝国的西部边界。唐太宗以夷制夷的战略彻底告吹。
此后，高昌也变本加厉，不仅阻止各国使者前往长安朝贡，还离间薛延陀与唐朝的关系。这对意图扩展西部战略防御纵深，全面繁荣丝绸之路的唐帝国来说，绝不会容忍其国防线纵深内存在一个如鲠在喉、身怀异心的高昌。
一个不听话的高昌，俨然成为唐帝国西进战略的绊脚石，因此它也成为唐帝国必须拔出的目标。
同时，唐太宗也意识到必须放弃寻找代理人的想法，直接出兵进军西域，恢复自汉以来中原王朝在西域的统治权，以确保大唐帝国在西域的战略利益和中原地区长期的和平与安全。
贞观十三年（公元639年）十二月初四，唐太宗发布讨高昌诏，诏令侯君集为交河道行军大总管，左屯卫大将军薛万均、萨孤吴仁为副总管，契苾何力为葱山道行军副总管，武卫将军牛进达为行军总管，率步骑数万征讨高昌。
高昌国和中原一样施行郡县制，有都城一：高昌城，郡城三：交河城、田地城、南平城（今新疆吐鲁番县城南的让布工商古城），县城十四：横截、永昌、无半、始昌、安乐、安昌、永安、跨林、高宁、宁戎、威神、临川、酒泉、龙泉，镇戍四：东镇城、笃进城、盐城和柳婆城，共计二十二城。其中，王城高昌和第二大城市交河地势险要，易守难攻。高昌城分为内城、外城、宫城三重，城墙厚15~20米，共有12重大铁门，不管是从建筑防御水平还是从规模上，都称得上是一座当之无愧的坚固都城。
身处饱战之地的高昌民众秉承自古以来的尚武精神和世代形成的将帅之风，造就了一支称雄西域拥有强悍战力的军队。高昌的军事管理体制也相当健全，在中央设有兵部，郡县设有司马、参军、主簿，还有归高昌王直接领导的中兵。军种方面，除了步兵和骑兵之外，还有细射（射手）、长矛兵、水兵、逻人等。作战能力不可谓不强悍。
在西域诸国中，高昌不仅军事力量首屈一指，国家财力也是个中翘楚。丝绸之路交通便利所带来的繁荣国际贸易给高昌带来了源源不断的贸易税收，使其财力雄厚。此外，由于高昌国拥有吐鲁番盆地和火焰山前的河流冲积平原，其土壤的灌溉条件和肥沃度都极佳，富饶程度可媲美四川盆地，高昌还拥有丰富的盐矿资源，产赤盐和白盐两种，其贩售的君王盐、玉华盐行销中原和塞外。
高昌王鞠文泰还和西突厥的乙毗咄陆可汗保持着极为密切的关系，两者曾在贞观十二年（638年）联兵攻陷焉耆，“掠男女两千人，焚其庐舍而去”，同时驱逐了唐朝在焉耆扶植的泥孰系突厥势力。鉴于战斗友谊和共同对抗唐朝的需要，鞠文泰和乙毗咄陆可汗建立了攻守同盟，约定“有兵至，其为表里，互为援军”。当听闻唐朝准备发兵高昌时，乙毗咄陆可汗立即在可汗浮图城（今新疆吉木萨尔破城子）囤以重兵，与高昌互为犄角之势，摆出了随时准备联合作战迎战唐军的军事态势。
西征唐军陆续汇集在沙州（敦煌），准备西度玉门直扑高昌。但行军道路却异常艰险，即便是从唐军最靠西的前进基地伊吾出发，到高昌边境至少也有四百里，而且这四百里路全是寸草不生的沙漠，“地无水草，冬风冻寒，夏风如焚，风之所吹，行人多死”。并且这还未算大军从沙州至伊吾穿行在戈壁、荒漠中的三百多里路。即使历经万险到达高昌，大军的后勤补给任务也十分艰巨。如若鞠文泰固守不出，唐军耗在那里，时间一长，粮食补给跟不上。后果不堪设想。
侯君集不顾所有困难，迅速挥师西进，不久即渡过碛口直抵田地城下。鞠文泰知道后，十分惊恐，不久发病死去。恰逢其时，高昌民间又传出：“高昌如霜雪，唐朝如日月，日月照霜雪，不久自消灭”的民谣，导致高昌民无必守之心，将无死战之意。
唐军死攻田地城，一日即克，俘虏七千余人。尔后兵分两路，一路迅速拔除据点将战线推向高昌城，一路攻击可汗浮图城，以阻截西突厥援军。
鞠文泰死后，其子鞠智盛继承父位。抱着哀兵必胜的心态，鞠智盛集结国内所有兵力与唐军决战，但唐军实在太强，高昌军损失惨重。另一方面，乙毗咄陆可汗看到唐军势如破竹，竟率西突厥主力望风而逃，留给唐军一座空的可汗浮图城。盼援无望、独守孤城的鞠文泰决定向唐朝投降。
贞观十四年八月初八，高昌末代国王鞠智盛开门出城投降，高昌国寿终正寝。侯君集一方面安抚其众，另一方面则继续分兵略地，将高昌国二十二城尽括囊中，迅速控制了高昌全境。大唐帝国的疆土由此增加了东西八百里、南北五百里的辽阔地域。
平定高昌的胜利为唐帝国彻底打开了西进之门，但是在长安的朝堂上却为如何管理高昌故地出现了纷争。唐太宗坚持要在高昌设置西州，按照中原内地州县体制一样管理。黄门侍郎褚遂良、谏议大夫魏征等大臣却认为不可，理由有四：其一，河西地区因为征战突厥、讨伐高昌已经十分凋敝，再在高昌设置州县，必将需要河西大量的物资支持，这必将拖垮河西地区，导致民不聊生。其二，需要每年调兵戍守高昌，戍兵自带装备，远离家乡，使其家庭濒临破产，影响社会安定。其三，谪迁到高昌戍守的罪犯有些是是亡命之徒，寻衅滋事，骚扰边城，又多逃亡，地方官府忙于追捕，导致边疆防务吃紧。其四，一旦沙州、凉州遭到北方突厥或者南部吐蕃、吐谷浑的袭击，朝廷不能从高昌征一夫之兵、一斗之粮，最终还得从内地调拨军事物资，徒为其累。其五，唐朝之前得突厥、吐谷浑之地，都未置州县，而是设虚化的羁縻州，立其首领来安抚、统领，高昌例外的设置州县，对外似乎有些说不过去。
这些理由虽然不是毫无道理，但在唐太宗看来却是舍本逐末，他们并没有明了大唐帝国西进恢复中原王朝对西域控制权的深远意义。贞观十四年，北疆之外的突厥，有死灰复燃的迹象，西北疆域的西突厥元气丝毫未损，西南地区的吐蕃也日益强大起来。大唐帝国要想长治久安，必须要在西北地区筑下一道坚固的藩篱，而高昌恰恰是一枚不可或缺的棋子。
最终，唐王朝在如何管理高昌之地的问题上采取了三项措施。第一，不在高昌设羁縻州，而是直接设置西州，在可汗浮图城设置庭州，将高昌故地彻底等同中原，纳入帝国行政管理体系，将大唐帝国的版图切实的向西推进。第二，在交河城（今新疆吐鲁番西北雅尔湖村）设置安西都护府，并派兵镇守，强化在西域的军事存在，统筹处置西域新征服地区的军事事宜。第三，在西州全面推行大唐政令，尽快完成该地区的政治经济同化改革，使其尽快成为大唐西陲的基石。
大唐王朝的行政效率令人叹为观止，从贞观十四年到贞观十六年短短的两三年间，均田制、租庸调制及其他赋役和兵制等一整套唐制已经在高昌故地全面实行，高昌国彻底变成了大唐的西州。
此后，从贞观十四年到贞观二十二年的八年间，安西唐军陆续平定西域各国，建立了以龟兹（今新疆库车）、疏勒（今新疆喀什）、于阗（今新疆和田西南）、焉耆（今新疆焉耆西南）四镇为核心的西域统治体系，安西都护府则坐落在龟兹镇，它们成为继西州之后唐帝国最西部的藩篱。
至此，唐太宗设想的帝国西北战略目标完全实现：由安西四镇掌控的诸羁縻州和臣服小国构成唐王朝的第一道国防线，以西州为核心的西、庭、伊三州则构成唐王朝在西域开疆拓土的前沿根据地和第二道国防线，以凉州为中心的瓜、沙、肃、甘等河西诸州则构成大唐王朝西域后方总根据地及第三道国防线。大唐帝国的军事政治力量终于牢牢镶进了西域地区。