在两淮，自从夏贵投敌后，两淮人民奋起抵抗。镇巢军人民不堪元朝镇戍军的荼毒，在镇巢守将、家童出身的洪福领导下，尽杀戍兵，起义反抗。终因元军和叛将夏贵的镇压而告失败。至元十四年（1277）四月，淮人张德兴等起兵反元，收复黄州、寿昌军，势力波及湖北，并打死了镇压起义的叛将郑鼎。赵义一直坚持封九月才失败。
四川军民从1234年蒙古入境，到至元十五年（1278）合州失守，进行了四十多年的艰苦斗争。1259年，蒙古合诸道兵攻要塞合州，被击退。中统四年至至元元年（1263年至1264年），合州守将张珏组织了多次反攻，痛击敌人。至元四年（1267），蒙古军数万人进攻合州，也为守军击退。以后又长期牵制了一部分蒙古军队，支援了襄阳的保卫战。到至元十二年之后，元军在击败了南宋主力之后开始大举进兵四川，并包围重庆，张珏等率兵支援，并重创敌军。到至元十四年后，四川许多州郡在顽强抵抗之后，相继失陷。至元十五年，元军攻陷重庆，张珏率军巷战，不支，以小舟走涪州，不幸被捕，在解送元京途中自缢殉职。
临安投降前夕，益王赵昰、广王赵昺逃到温州。至元十三年五月，赵昰在福州即位，是为端宗。这年夏，文天祥在被元军押送至真州途中脱逃，经商邮航海至温州，旋即赶赴福州，被赵昰任命为右丞相，与张世杰、陆秀夫等抗元将领会合在一起。当时，元军已占领广州，李庭芝等所固守的两淮地区已经沦陷，四川张珏等所固守的重庆地区也陷入重围，元军对南宋的包围圈越来越小，但文天祥仍抱着“但今身未死，随力保乾坤”的决心，竭尽全力以图收复失地。
这年冬，文天祥率军入赣，相继收复宁都（今江西宁都）、雩都（今江西于都），江西许多地方起兵响应，一时军心大振。但是浙江与福建方面的战事却十分不利。十一月，赵昰由海道走泉州，又走潮州。宋福建招捕使王积翁叛于福州，招抚使蒲寿庚叛于泉州。
至元十四年（1277），文天祥、张世杰等在江西、广东等地与元军激战。
广东、湖南、江西、福建等地人民纷纷起兵配合。特别是福建的农民起义领袖陈吊眼、许夫人等，率领汉、畲各族人民，也投入了反元斗争，使南宋的兵势稍有振作，给元军以不小的打击。许多抗元军民，继续写下了壮烈的诗篇。福建兴化（今福建莆田）的军民在守吏陈文龙率领下，拒绝向元军招降，斥责劝降的叛徒，发动兵民固守小城，城破被捕，不食而死。他的儿子陈瓒又召集义兵五百人响应张世杰，攻复兴化，坚持了七个月之久，在重创来犯的敌人之后，又进行了巷战，最后壮烈牺牲。是年底，赵昰逃至香山（今广东中山），又逃至谢女峡。
至元十五年（1278）初，赵昰逃至广州，又逃至硐州（今广东硐洲岛）。四月，赵昰死，赵昺即位，及至五月，改年号为祥兴元年。六月，移驻广东新会海中压山，元遣张弘范率水陆之师二万南下，沿海漳、湖、惠、潭、广、琼诸州相继被陷。十二月，文天祥被捕于五坡岭（今广东海丰），张弘范等人千方百计要挟文天祥投降，均遭文天祥严词拒绝，并在招降书上留下了不朽的诗篇——《过零丁洋》。
后来张弘范不得不把他押送至大都，至元二十年（1283）正月，文天祥被杀，死时年仅四十七岁。他在临刑前作赞词一首：“孔日成仁，孟日取义，唯其义尽，所以仁至。读圣贤书，所学何事，而今而后，庶几无愧！”
至元十六年（1279）正月，张弘范率元军抵压山，张世杰联结战船千余作水砦，为死守计。元军封锁海口，宋军被困，士兵舀海水解渴，纷纷呕吐。元军用火攻，被宋军击退。二月六日，元军发起总攻，突破宋军阵脚，宋军大败。陆秀夫见不可逃脱，抱卫王赵昺投海死。宋将士家属纷纷投海殉难。张世杰拥杨妃冲出重围，准备召集旧部，寻找赵氏后裔，再图恢复。不幸遇台风，战船覆灭，溺死在平章山下，南宋的残余部队最后被元军消灭。都与察合台后王在河中等地争斗之机，命那木罕率领岭北诸王之军进驻阿力麻里，不断增给军马、器甲，后又遣右丞相安童以行中书省、枢密院事前往辅佐那木罕，监督诸军，加强对海都的进攻。至元十三年（1276）冬，从军诸王昔里吉、脱脱木儿（拖雷庶子岁哥都之子）、明里帖木儿（阿里不哥之子）等叛。昔里吉等人本来都是阿里不哥的拥戴者，对忽必烈夺取汗位一直怨恨在心；忽必烈又使他们听命于那木罕，还要受安童的钳制，于是更加愤愤不平。这时在脱黑帖木儿策划下起兵反叛。叛军拥戴昔里吉为主，乘夜袭击那木罕营，抓住那木罕、阔阔出和安童，将那木罕兄弟送到术赤兀鲁思忙哥帖木儿汗处囚禁，将安童送到海都处，并回师岭北，攻掠和林地区，取祖宗大帐，岭北诸王包括东道斡赤斤后裔多卷入这场叛乱，或暗中支持。忽必烈急遣伯颜丞相统领蒙古、汉军北征，打退昔里吉等叛王的进攻，随即以侍卫诸军戍守和林、称海等地，屯田实边。至元十八年（1281），皇太子真金和伯颜再次奉命巡抚诸军。
至元二十一年（1284），那木罕获释回朝，忽必烈改封他为北安王，仍命出镇岭北；至元二十四年（1287），设置王傅，掌管军需及本位诸事。在此前后，又派真金长子甘麻剌到北边防镇。这时海都、笃哇势力极盛，不断进犯畏兀儿地区和按台山一带；东道诸王乃颜等人叛迹渐露，而且有暗中勾结岭北和西道诸王的迹象。这便是忽必烈以两亲王同镇岭北的原因所在。至元二十五年（1288），海都乘元朝集中兵力（包括岭北守军）平定乃颜之乱的时机，越按台山而东，次年，败甘麻剌于杭海岭，进据和林。忽必烈立即统兵亲征，收复和林，留知枢密院事伯颜镇守和林，辅佐那木罕，甘麻剌则召还。
至元二十九年（1292），北安王那木罕死，忽必烈改封甘麻剌为晋王，复命出镇岭北，统领成吉思汗四大斡耳朵及北方诸军和蒙古本土。《史集》所载授予甘麻剌统领之地包括哈剌和林地区，赤那思、昔宝赤、斡难河和怯绿连河地区，薛良格河和海押立，成吉思汗大禁地（即不儿罕山），以及吉利吉思等地。甘麻剌所统之地几乎囊括全部蒙古本土及其以北地域。这些地区内的诸王、贵戚、勋臣所部军民，均受晋王节制。元贞二年（1296），成宗曾命合赤温后王也只里、哈撒儿后王八不沙、别里古台后王瓮吉剌带、斡赤斤后王也里悭等一道驻夏于晋王怯鲁剌之地，这次驻夏即是一次以晋王为首的大聚会。
晋王驻守怯绿连河上游成吉思汗大斡耳朵之地，置内史府，秩从二品，设内史、中尉、司马、断事官等官属，并在大都置分司；原北安王王府官并转属晋王。按元朝制度，蒙古人的刑名、词讼、婚姻、驱良等事，归大宗正府管理，因此晋王所部蒙古人案件，即由大宗正府派札鲁忽赤前往，会同晋王内史审理，重刑需禀报晋王决断。
大德六年（1302）甘麻剌死，子也孙铁木儿嗣为晋王。至治三年（1323）也孙铁木儿即皇帝位，泰定元年（1324），以次子八的麻亦儿间卜嗣晋王位。次年，又命第四子允丹藏卜出镇岭北。致和元年（1328），拥戴文宗的军队打败拥戴泰定帝太子阿剌吉八的上都集团，八的麻亦儿间卜适在上都，城陷后死。从此晋王甘麻剌这一家失去了统领岭北蒙古军民的地位。
就在甘麻剌出镇的次年（至元三十年），忽必烈遣其孙铁穆耳（真金第三子）抚军北边，以真金的皇太子宝授之，使具有统率诸王、诸军的权力。这时，海都势力虽已被逐出岭北，但力量还很强大，元朝以大量军队防守按台山，称海沿边之地，除岭北诸王之军外，还有安西王阿难答所部军、诸卫亲军和汪古等部军，与诸王阿只吉、出伯所部防守西边的军队连为一线。因此特命铁穆耳以皇太子身份为诸军最高统帅，以便统一指挥，其地位在晋王之上。至元三十一年忽必烈死，铁穆耳回朝继位，是为成宗，以其叔宁远王阔阔出代总边军。
大德二年（1298）冬，阔阔出与诸王、大将们纵酒欢宴，备御怠忽，遭到笃哇突然袭击，大败。次年，成宗遣皇侄怀宁王海山赴北边统军，也授以真金之皇太子宝，诸亲王、诸军都听从他的指挥。海山与其王府官属驻守称海地区。大德五年（1301），海都、笃哇倾全力来攻，越按台山而东，海山与甘麻剌统率诸军，与之决战于帖坚古山，胜负相当，海都、笃哇受伤退兵。后海都病死，其子察八儿继立，笃哇与察八儿向元成宗请和。不久，海山乘窝阔台汗国衰弱之机，进兵按台山西，封地在也儿的石河的窝阔台后王秃满归降，察八儿逃往察合台汗国。大德十一年（1307）成宗死，海山回朝即位，是为武宗。
武宗上台后立即采取了一项加强中央集权的重大措施：罢和林宣慰司，置和林等处行中书省，治和林，总领岭北地区的军政事务，而不再加派亲王到北方领兵。同时置和林路总管府，管理和林城及其周围地区；置称海等处宣慰司都元帅府，分治岭北地区西部。原来在岭北统兵、并积极参与定策拥立武宗的太师月赤察儿，被任命为和林行省右丞相，封淇阳王，有诏命宗藩、将领皆听其指挥；又以中书右丞相哈剌哈孙出任行省左丞相。在岭北地区设立行省总军领民，授予行省丞相以节制诸王的大权，这是元朝中央集权制度的重大发展。仁宗皇庆元年（1312），改和林行省为岭北行省，和林路改名和宁路。行省的设置可以对大德末年漠北地区大幅度增加的人口进行很好的管理，同时限制诸王势力，加强中央集权。
岭北行省“统有北边等处”，其辖境大体和晋王所统之地相同，即蒙古本土及其以北地域。按照分封制度，岭北是晋王分藩之地，如同安西王分藩于秦蜀、西平王分藩于吐蕃的情况一样。按照行省建制，岭北行省作为元朝中央政府分治北边的地方最高行政机构，统辖这一方面的所有地区，“控制一方，广轮万里”，凡钱粮兵甲、屯种、漕运、军站等事，都由行省管领。岭北是元朝皇室的故土，蒙古诸王最集中的地区，因此行省丞相常以勋旧重臣担任。自设立行省后，晋王的权力相对削弱了，王府直接管辖的范围实际上只限于本位下。行省官对诸王的无理索要和干预可予以拒绝；行省不能决定的事务，则报告中书省议决。
岭北行省管内的地方行政区，《元史·地理志》仅载有和宁路与称海宣慰司两处，其下不置州县。这是因为当时岭北蒙古人民仍是按千户、百户的组织作为地方行政单位。和宁路总管府和称海宣慰司都元帅府的管区范围，大抵北至塔米尔河流域，南至翁金河流域，西至杭爱山和拜达里达河一带，东包今中戈壁省部分地，当然不排除有诸王属下牧地犬牙交错的情况。这两个地方政府机构直接管辖的只是直属朝廷的城市居民、工局、屯田、仓廪和屯戍军队等。太宗窝阔台时，和林及其周围地区划为大汗驻地，除设四季行宫外，还有不少从中原和西域迁来的工匠所建立的居民点。元朝政府又先后在这个地区设立多处屯田；建立了和林、孔古烈、扎浑、昔宝赤城等大仓库。这些都是直属于政府，由朝廷派官管理，隶于和宁路总管府的。还设置了和林兵马司，掌管地方治安工作。
名家回眸
蒙古灭金后，经过长达40年的灭宋战争，最终完成了全国的统一大业。实现全国的统一，这是各民族的愿望。实现全国统一，这是历史的进步现象，元朝实现大统一之后的几百年历史证明，元朝灭宋是历史发展的进步，而不是历史的倒退。元代在中国统一的、多民族国家历史发展的过程中，占有很重要的地位。对于元朝的统一在历史上具有的重大意义，史学家邱树森在《元朝史话》中做出了这样的结论：一、元朝的大统一使我国历史上较长时间的分裂割据局面结束了。二、元朝的大统一促进了国内各民族之间联系的加强，有利于边疆民族地区的开发。三、元朝的大统一为祖国的科学技术的发展提供了良好的条件。四、元朝的大统一大大加强了中外交通和中外关系。