天完刚刚建立，于治平元年冬就东进淮西，十一月，下太湖、宿松、潜山。
次年春，克桐城，攻打安庆。进占池州、铜陵、无为。二年，克婺源、休宁、黟县、歙县，并由徽州向杭州挺进。江西的红巾军进入福建，得到当地起义军的响应，下建宁、泰宁，直入邵武。又进取顺昌、将乐、万安，围攻延平（福建南平）、建安（今建瓯）、建阳，进逼浦城、松溪，攻占福安、宁德。红巾军张榜召民入伍，“沿江贩负、深山樵采之徒蜂起”，各为千户、万户、总管，红巾军在福建的影响迅速扩大。他们有良好的纪律，不杀不淫，只召民入伍和“摧富益贫”。将领王善进攻福宁，俘其知州王伯颜，劝其归降说：“闻公有惠政，此州那可无尹，公为我尹，可乎？”伯颜不从，遂与监州阿撒都剌同被杀。十三年春，王善又连下罗源、连江，擒斩巡检刘浚。福州曾一度被攻占，后因元军援兵至，红巾军撤走。王善为刘健募杀害。
同年，天完部分军队进入衢州路和建德路，占领开化、淳安、建德，攻取常山、江山等县，以孤军无援，不久撤走。主力则往攻杭州。七月，大军抵达杭州，杭州守官相继逃跑。平章定定、教化逃往嘉兴，郎中脱脱走渡钱塘江，红巾军自北门入城，江浙行省参知政事樊执敬战死。杭州路总管宝哥自溺于西湖。红巾军进入杭州，“不杀不淫”，只将“府库金帛，悉辇以去”。
杭州的失陷使元廷大为震动，立即组织力量围剿红巾军。平章月鲁帖木儿与宣徽使八忒麻失里领兵自淳安入徽州路，切断红巾援军入援之路。浙西廉访使合剌忽纳由绍兴率盐卒过江，会同官军攻杭州。平章教化与济宁路总管董搏霄也从湖州统兵反击。红巾军力不能敌，败退。
自杭州撤出的红巾军在得到接应后，声势再振，入湖州、吴兴，克宜兴、溧阳、溧水、常州、江阴，攻京口（今江苏镇江），逼集庆（今江苏南京）。但元军占领了红巾军的根据地徽州，红巾军失去后援，所得之地不能守，至年底，为元军击败，所得之地尽失。
这年，天完军也曾进入湖南，攻克长沙、岳阳。一度占领常宁、道州、宝庆路（今湖南邵阳）。
治平二年闰三月，元朝调动兵将，全面部署镇压红巾军。下诏今四川行省平章政事咬住以兵东讨荆襄；江西行省左丞相亦怜真班以兵守江东、西关隘；命诸王亦怜真班、爱因班，参知政事也先帖木儿与陕西行省平章政事月鲁帖木儿讨南阳、襄阳；刑部尚书阿鲁讨海宁；江西行省右（左）丞火你赤与参知政事朵解讨江西；以浙东宣慰使恩宁普代江浙行省左丞左答纳失里守芜湖；命江浙行省右丞兀忽失、江浙行省左丞老老与星吉、不颜帖木儿、蛮子海牙同讨饶、信。
天完红巾军是在元朝政治腐败，纲纪松弛，文恬武嬉，因循怠惰，军队战斗力低下的情况下，经过长期组织准备后突然向元朝政府军进攻的，故在战争初期，所向克捷。但它的领导力量薄弱，徐寿辉“无他长”，只是以“相貌异众”被推举为帝。他们没有明确的政治纲领和最终的奋斗目标，队伍人员成分庞杂，思想涣散。
不懂得在攻下的地区建立政权，巩固战斗成果。因此，在元朝政府军组织反击和地主武装的联合打击下，所得州县，又迅速丧失，反抗活动也很快陷入低潮。
四年（至正十四年，1354），天完政权的核心潜伏于山泽，大规模的军事活动停止，只有个别地区的红巾军余部仍在相机袭击元兵。但天完军队所过之处，人民的反抗情绪高涨，各地不断爆发反元起义，为天完势力的复振准备了条件。
同时，刘福通、张士诚两支队伍有了新的发展，分散了元军的力量，也给天完的再兴提供了机会。
五年（至正十五年，1355），天完的首领们走出山泽，再次掀起反元高潮。
正月，天完将领倪文俊复沔阳，以火筏烧蒙古王子报恩奴的船只，报恩奴死，俘其妃妾。陈友谅起于黄篷。
三月，天完兵再下襄阳路。襄阳世袭万户杨克忠死。
五月，倪文俊自沔阳攻中兴，元帅朵儿只班死。
七月，倪文俊再下武昌、汉阳。
九月，倪文俊围攻岳州。
十一月，天完军占领饶州路、婺源。
十二月，攻祁门、黟县。
六年（至正十六年，1356）正月，倪文俊迎徐寿辉至汉阳，遂以汉阳为都城。天完军再下徽州路。
三月，倪文俊下常德。五月，下澧州。八月，下衡州。九月，攻占兴国。
十二月，攻下岳州，俘威顺王子歹帖木儿。
七年（至正十七年，1357）二月，倪文俊破峡州。
当天完军势力再起后，元朝也开始采用剿抚兼施的策略，个别起义军首领在高官的诱惑下产生动摇。丞相倪文俊以王子歹帖木儿为质，求为湖广行省平章。
倪文俊，河南江北行省沔阳人，号蛮子。世以渔业居黄州黄陂。天完政权建立，文俊参加起义。至正十五年天完势力再起后，文俊战功为多。他“善用多桨船，疾如风，昼夜兼行湖江，出人不意，故多克捷”。为实现其降元取高官显爵的愿望，不惜杀害天完政权的领袖，窃夺农民反抗斗争的成果。九月，倪文俊谋杀徐寿辉未成，自汉阳逃奔黄州，为陈友谅袭杀。友谅自称平章。十年（至正二十年，1360）五月，陈友谅杀徐寿辉，称帝，天完政权灭亡。
名家回眸
元朝时蒙古族建立的王朝，民族矛盾与阶级矛盾错综复杂。对于元末的农民起义和社会矛盾有关学者做出了这样的评价，王崇武在《历史研究》中说，元末农民战争是在民族矛盾与阶级矛盾共同作用下爆发的。在初期，农民军的主要任务是推倒元朝的统治者，对地主阶级的反抗并不明显。随着起义的发展，元朝政府的统治逐渐被削弱，农民军逐渐把斗争的重心转向反抗压迫他们的地主。然而有的学者认为元末农民战争的社会背景是两种矛盾交织，以阶级矛盾为主，民族矛盾只起到了加剧的作用。不管怎么说，农民起义促进了元朝的灭亡。北方红巾军虽然最后失败了，但是他们在元末农民起义中的功绩是不可磨灭的。正是他们最有力地打击了元朝的有生力量，正因为有了他们的英勇斗争，才为后来朱元璋最后灭亡元朝、统一中国奠定了基础。
朱元璋崛起与北伐
朱元璋幼时名为重八，又一名为兴宗，字国瑞，出身濠州钟离县一个贫农家里，自幼丧父母，因此入皇觉寺为僧。郭子兴领导的农民起义军打败了在濠州的元军，元军撤离濠州时，将皇觉寺焚掠一空。至正十二年（1352）闰三月，25岁的朱元璋走投无路，无以为生，在刚开始加入到红巾军的时候，朱元璋只是个普通的士兵，但是由于他在战场上的机智勇敢，很快被提拔为亲兵十夫长，留在郭子兴身边，第二年因功升为镇抚。贾鲁病死，濠州解围后，朱元璋领兵攻五河，取定远，攻怀远、安丰，后定远被元兵包围，朱元璋突围取含山、灵璧、虹县等地。
朱元璋很注意自己军队的建设。在战争过程中，逐渐组成了一支由素质较好、出身较苦、勇敢善战的淮西人组成的军队。至正十三年（1353）六月，朱元璋到家乡钟离发动农民入伍，募了七百多人，其中徐达、邵荣、周德兴等人都是朱元璋幼年时的好友，出身都很贫苦。这些人和后来陆续投奔朱元璋的邓愈、常遇春、胡大海等，朱元璋的亲属李文忠、朱文正、养子沐英等，以及巢湖水师俞廷玉、俞通海父子，廖永忠、廖永安弟兄，桑世杰，张德胜等人，都是朱元璋起义军的骨干，有了这样一批骨干，有了自己的一支队伍和郭子兴的旧部、巢湖水师，就构成了朱元璋队伍的基础。在此过程中虽然不断吸取地主武装，但领导权不在地主分子手里，地主武装经过改编后逐渐融合在红巾军的队伍里，因此，朱元璋的队伍在前期基本上保持了红巾军的本色。
至正十三年（1353）冬，朱元璋有了自己的一支队伍后，开始南略定远。至正十四年春得驴牌寨“义兵”三千，六月得横涧山“义兵”二万、得洪山寨“义兵”数千，于是在定远时兵至数万人。七月，克滁州。这时，赵均用、彭早住也东略泗州、眙，郭子兴从泗州到滁州，朱元璋把部队交郭子兴管辖，朱元璋由镇抚升为总管。
至正十四年（1354）十一月，脱脱领元军包围高邮，分兵围六合（今江苏六合），滁州危急，后高邮元兵溃散，滁州也安全了。朱元璋乘机攻克和州。
至正十五年（1355）三月，郭子兴病死。四月，宋政权任命郭子兴子郭天叙为都元帅，郭子兴妻弟张天佑为右副元帅，朱元璋为左副元帅。从此，这支起义军正式归宋政权统辖，直到龙凤十二年（1366）韩林儿死为止，朱元璋采用龙凤纪年，旗帜等色尚赤。
龙凤元年（1355）五月，朱元璋因和州缺粮，准备南渡长江夺太平（今安徽当涂），正好巢湖水师李普胜、赵普胜要与朱元璋合作。但李普胜企图杀朱元璋而合并其军队，没想到反被朱元璋灌醉后投入江中淹死了。于是赵普胜逃归徐寿辉，巢湖水师大部分为朱元璋所有。六月，朱元璋取采石、太平，改太平路为太平府，以李习为知府。置太平兴国翼元帅府，朱元璋为元帅，以李善长为帅府都事，汪广洋为帅府令史，陶安做令史。一批儒士开始受到朱元璋的重用。
渡江取太平后，朱元璋下一步的打算就是占领集庆（今江苏南京）。早在两年前，定远人冯国用就曾向朱元璋建议：“金陵是龙蟠虎踞之地，帝王之都，首先攻下它作为大本营，然后四面征伐，提倡仁义，收揽人心，不贪图子女玉帛，那么你就不难平定天下了。”占领太平后，陶安也说：“金陵是古代帝王的都城，攻取它后就等于占领了有利地形，从此可以所向无敌。”于是决定进攻集庆。七月，张天佑攻城失败，九月，郭天叙、张天佑再次攻城，由于投降过来的“义兵”元帅陈野先叛变，生擒郭、张二帅给元集庆守将、江南行台御史大夫福寿，郭、张二帅被杀。龙凤二年（1356）三月，朱元璋亲率水陆大军，三攻集庆，城破，杀福寿等元将，元水寨元帅康茂才投降，朱元璋改集庆路为应天府，置天兴建康翼统军大元帅府，接着，朱元璋分兵克镇江、金坛。七月，宋政权升朱元璋为枢密院同签。不久，宋政权又在应天设江南等处行中书省，以朱元璋为平章。
当时，朱元璋虽然有了应天这个牢固的基地，也有了以应天为中心的周围一些城镇和地区，但东有张士诚，西有徐寿辉，南有元军，处境还是比较困难的。针对这样的形势，朱元璋采取了巩固东、西战线，出击东南的战略，取得很大成效。
张士诚，小名九四，泰州自驹场（今江苏东台）人，以操舟运盐为业。因平时受富户欺凌及弓兵丘义的多次窘辱，怀恨在心，至正十三年（1353）正月，红巾军起义爆发后，张士诚与其弟士义、士德、士信及李伯升等十八人，杀丘义及诸富户，招集苦于官役的盐丁，起兵反元，乘胜攻下泰州，军队发展到一万多人，连克兴化、高邮。张士诚起兵反元，并没有推翻元朝黑暗统治的决心，因而在元朝统治者剿、抚两手面前，渐渐败下阵来。占领泰州后，元曾多次招降，当时还未投降。占领兴化后，元朝又遣高邮知府李齐招降，行省授以民职，不久又反。至正十四年（1354）正月，自称诚王，国号大周，改元天佑。
朱元璋与张士诚的接触是从龙凤二年（1356）六月开始的。此时张士诚的势力已达到镇江，而镇江已在这年六月为朱元璋所占领，为了稳住自己的脚跟，朱元璋派杨宪去平江与张士诚通好，并致书张士诚说：“吾与足下东西境也，睦邻守国，保境息民，古人所贵，吾甚慕焉，自今以后，通使往来，毋惑于交构之言，以生边衅。”但张士诚自恃高邮战役的大胜，且兵多将广，实力雄厚，拘留杨宪，出兵镇江，结果在龙潭大败，退守常州，朱元璋乘胜包围常州，俘获张士诚的二员大将，形势对张士诚极其不利。十月，张士诚请和，愿意每年输贡粮二十万石，黄金五百两，白金三百斤，以此作为犒军之资。朱元璋得书后寸步不让，致书张士诚，责怪道：“挑起战端，责任完全在你。”“我非常讨厌你的浮言夸辞。”于是增兵进攻常州。龙凤三年（1357）又克长兴（今浙江长兴）、泰兴（今江苏泰兴）、江阴、常熟，在常州俘获张士诚弟张士德。直到龙凤十二年（1366）朱元璋大举进攻张士诚前，双方战争规模不大，并各有胜负。
与徐寿辉部的接触，是从巢湖水师分裂后开始的。龙凤四年（1358）初，陈友谅、赵普胜进据池州，与朱元璋军在青阳、石埭、潜山一带有所交锋，赵普胜被杀后，陈友谅把进攻的重点放在朱元璋上。龙凤六年（1360）五月，陈友谅沿江而下，攻池州，不胜，转攻太平，朱元璋守将花云、朱文逊等战死。陈友谅在采石杀徐寿辉，做了皇帝后，就顺流而下东取应天，在龙湾遭到大败，逃到江州，朱元璋乘胜取太平、安庆。其部将于光、欧普祥降于袁州，吴宏降于饶州，王溥降于建昌，胡廷瑞降于龙兴，陈友谅越来越孤立了。
朱元璋对东南地区元朝控制的范围也发动了进攻。龙凤三年（1357），朱元璋命邓愈、胡大海克徽州、休宁，进攻婺州（今浙江金华），击败杨完者率领的苗军。九月，朱元璋命费子贤取武康（今浙江德清西）。十月，命缪大亨取扬州，“青军”张明鉴投降。龙凤四年（1358）六月，邓愈、胡大海取浦江（今浙江浦江）。十一月，朱元璋亲征婺州，十二月克之。龙凤五年（1359）二月，朱元璋命邵荣攻湖州（今浙江湖州）。五月，宋攻权升朱元璋为江南行省左丞相。
八月，命常遇春攻衢州，九月克之。十月，胡大海克处州。龙凤六年（1360）五月，胡大海攻信州。至此，朱元璋的部队在皖南、浙江地区占领了许多城市，稳住了南方阵地，从而对西线陈友谅采取了一系列进攻。
随着军事上的节节胜利，朱元璋的地位也不断提高。一方面，在形式上他还臣属于宋政权；另一方面，他的独立倾向更加明显。龙凤七年（1361），小明王封朱元璋为吴国公，但是朱元璋的作战部署和政策措施已不受宋政权制约了。早在龙凤六年（1360）陈友谅进攻应天时，朱元璋就采纳了刘基的下述主张：“士诚自守虏，不足虑。友谅劫主协下，名号不正，地据上游，其心无日忘我，宜先图之。陈氏灭，张氏势孤，一举可定，然后北向中原，王业可成也。”所以从龙凤六年以后，朱元璋把主要力量放在西线，只是在龙凤九年（1363）五月鄱阳湖大战前夕由于张士诚派吕珍进攻安丰，朱元璋为了救小明王，不得不亲率大军北上救援。这时，日益堕落的陈友谅为了挽救败局，孤注一掷，发动了着名的鄱阳湖大战。朱元璋以少胜多，打败陈友谅，最后在龙凤十年（1364）消灭了大汉割据政权。
张士诚则抓住鄱阳湖大战这一空隙，乘机要挟元朝政府，至正二十三年（1363）九月，张士诚自称吴王，请求元朝批准，元廷没有同意；元朝问其要粮，张士诚不与。此后，他与元朝断绝了关系，同时企图突破朱元璋在江南地区的包围圈，曾派谢再兴攻东阳、李伯升率六十万军队第四次夺诸暨、张士信攻长兴，都未获胜，至正二十五年（1365）二月，又派李伯升、谢再兴等五次攻诸暨，又遭失败。