雍正三年（1725年）六月，在处理年羹尧之子年富时，雍正又免去了隆科多的二儿子玉柱的乾清门头等侍卫、总理侍卫事、銮仪卫使等职务。雍正下令吏部议处年羹尧妄参金南瑛之罪，隆科多主持的吏部前后提出两个不同处理意见，雍正认为前者过轻，后者过重，这是隆科多有意这样做，命令都察院严肃处理，结果隆科多被免去太保一职，到阿兰善山修城垦地。年羹尧被处死后，雍正四年（1726年）一月隆科多被削去职务，但雍正还是命令隆科多先去阿尔泰山主持准噶尔和喀尔喀蒙古游牧地的划分疆界事宜，后来又派隆科多代表中国政府与俄国使臣举行会议划定中俄中段国界。雍正说：“这件事只有隆科多才能胜任，他要尽心竭力的话，朕会宽恕他；如果他心存叵测，不能办好定边大事，朕一定要治他的罪。”隆科多认真贯彻雍正的旨意，在执行自己的使命时尽心尽力，作出了贡献。特别要说的是，在中俄边界会谈时，隆科多坚持维护中国领土完整和国家主权的严正立场，强烈要求俄国归还它所侵占的中国蒙古族地区。尽管隆科多尽心竭力，雍正却违背自己诺言，不肯宽恕隆科多，他清除隆科多的决心已经确定。正当隆科多为维护国家主权与俄国使臣紧张谈判时，雍正以追查隆科多私藏玉牒底本为借口，突然召回隆科多，命策凌等人接替隆科多，策凌等在谈判中没有坚持维护国家主权，却接连向俄方让步，在当年七月签订了中俄《布连斯奇条约》。隆科多回京后，诸王大臣历数隆科多罪行四十一款。其中有大不敬之罪五，如私抄玉牒收藏在家，将康熙钦赐御书贴在厢房里视为玩具，“妄拟诸葛亮，奏称白帝城受命之日，即是死期已至之时”等；欺罔之罪四，如“圣祖仁皇帝升遐之日，隆科多并未在御前，亦未派出近御之人，乃诡称伊身带匕首，以防不测”等；紊乱朝政之罪三，如“皇上谒陵之日，妄奏诸王心变”，“妄奏调取年羹尧来京必生事端”等；奸党之罪六，如“交结阿灵阿，邀结人心”等；不法之罪七，如“任吏部尚书时所办铨选，官员皆自称为佟选”、“纵容家人勒索财物，包揽招摇，肆行无忌”等；贪婪之罪十六，如索诈安图银38万两，收赵世显银1.2万两等。隆科多的四十一款罪行，有的和年羹尧的罪行类似，但隆科多的罪过是不能与年羹尧相比的，要轻得多，雍正处治他虽不为过，但隆科多还不像年羹尧那样肆无忌惮，还是有所收敛的。而且，在犯罪后异常艰难的情况下，还受命与俄国使臣谈判边界问题，维护国家的领土完整和国家主权，作出了应有的贡献，难能可贵。年、隆结党又结亲，本来是雍正自己促成的，想要他们两人成为巩固自己统治的主要力量。年羹尧死后，隆科多已势单力孤，其实对雍正皇权已形不成什么威胁。如果雍正全面考虑一下，对隆科多降级免官就能达到他的目的。但是，雍正五年（1727年），隆科多还是被囚禁在畅春园附近。雍正六年（1728年）六月，隆科多最后死在被囚禁地。
名家回眸
“我二人做个千古君臣知遇榜样，令天下后世钦慕流涎就是矣。
朕实实心畅神怡，感天地神明赐佑之至”，这是雍正曾经对年羹尧说过的话，就是这样一位备受皇上恩宠的勋臣，最后却成为罪人被处死。着名学者金性尧在《宫廷政变》一书中对这个原因作出了阐释，对于年羹尧的死，史学界有两种说法：一种是年羹尧、隆科多都曾经为世宗夺位出过力，世宗既登大宝，他们已成为功狗，为了怕泄露当初的隐蔽，自非洗清不可。另一种认为年羹尧被诛，全由于自己骄枉专擅，使世宗不能容忍。这是立足于世宗承统，原出圣祖生前原定意图的基点上，所以年羹尧之被杀，与世宗承统无关。
抛开雍正决心除掉年羹尧的真正原因不说，从年羹尧自身而言，他的死确实有点咎由自取。他自恃功高，妄自尊大，擅作威福，丝毫不知谦逊自保，不守为臣之道，做出超越臣子本分的事情，已为舆论所不能容；而且他结党营私，贪赃受贿，也为国家所不能容。而被雍正公开称为“舅舅”的隆科多，身居要职，在雍正皇帝即位的过程中起到了举足轻重的作用。当他重权在握的时候，拉党结派，贪赃枉法，完全是一个传统的权臣形象；但是在与俄国谈判的过程中，他能够坚持立场，维护国家的利益，也为他的一生画上了光彩的一笔。
世宗暴卒之谜
雍正十三年八月二十三日（1735年10月8日）子时，统治中国十三年并做了很多贡献的雍正帝，在圆明园寝宫中永远离开了他不愿离开的人世，终年五十八岁。
对于雍正的死，如同他的继位一样，目前仍然还是个令历史学家伤透脑筋的谜案。生老病死是人的自然规律，即使是高居深宫享尽人世间荣华富贵、权高一切的皇帝，最终也难逃一死。所以，雍正的死本身并不足怪，更何况就雍正的年龄而言，在当时也还算是高寿。但是，雍正的死确系暴死，仅此一点，便是后人对这位残暴之主是否是寿终正寝产生了好奇心。而对于他的死更是有种种说法。
第一种说法，是清朝官方文书中记载的“正常死亡说”。如最早记载雍正之死的《起居手册》记述说：雍正十三年（1735年）“八月二十一日，上不豫……至二十三日子时，龙驭上宾。大学士宣读朱笔谕旨，着宝亲王即位。”宝亲王就是后来的乾隆皇帝。这是最早的记载。后来的《雍正朝实录》与《乾隆朝实录》以及《清史稿》都源此说，所记相同，即雍正帝是正常病死的。这种说法也有道理。雍正即位以后，面临着允禩等人的分裂活动和众多的改革事宜，他不得不把精力投入到政务中去，日久天长，健康必受影响。雍正四年，他自己便承认精力不足，疲劳衰弱，一下病倒，拖了一年，失于调治。雍正八年三月，他又间日时发寒热，饮食大减，夜不能寐，历时两年有余。五月间一度好转，九月再度加重，直到十月才渡过险关。这场将近一年的寒热病，几乎送了胤禛的命。一个五十三岁的人，患了这样一场大病（似为疟疾），使健康状况每况愈下，于雍正十三年八月二十三日子夜死在圆明园内，也在常理之中。毕竟，对于一个古人，特别是古代君主来说，五十七岁的阳寿虽不很高，却也不低。但后来许多人对此提出疑问：正当中年的雍正帝，怎么从得病到死亡，仅历时三天？怎么死得这么快速而又突然，莫非其中别有隐情？
第二种说法，是民间流传极广的“吕四娘刺杀说”。因为雍正是中国封建社会历史上着名的阴险毒辣皇帝，喜欢搞文字狱，迫害知识分子，杀戮株连多人。
如雍正六年制造的吕留良案，与雍正七年制造的张云如之狱，不仅株连到吕、张两个家族，而且波及成百上千人，杀的杀，关的关，充军的充军，已死的还要开棺戮尸，这些暴行激起了人民的极大义愤。民间流传“江南八侠”为此千方百计报仇雪恨。“八侠”中有个吕四娘，因其与吕留良同姓，便被民间误传为是吕留良的孙女，说是吕留良之子进士吕葆中的女儿；在吕留良案中，她携母及一仆逃出，幸免于难，后为替父祖报仇，习学武艺。还有一种说法是，她的师父是一僧人，原为雍正剑客，后不乐为其所用，离开雍正后培养了这位女徒。她在武艺练成以后，深夜潜入宫禁，刺杀雍正，还取走了雍正的首级。这就使得清廷只得打造了个黄金头颅，装到雍正的尸体上收殓，并严加保密，免得丑事张扬。这就是雍正遇刺而死的传说。
但细考史实，平心而论，此说是难以成立的。吕留良孙辈中并无吕四娘。在吕留良父子获罪时，其全家都被严密看押，后被发遣极边为奴；吕留良的孙女绝少漏网可能，更难回到北京作案。何况雍正临终前，一直住在圆明园离宫，此处戒备森严，驻兵日夜巡逻，一个女子决难潜入寝宫刺杀皇帝。吕四娘主仆三人的逃出，也是不可能的。当时办理此事的浙江总督李卫，以擅长缉捕盗贼而着称。
他奉命兼管江苏盗案，若吕留良后人果有逃出的，他自然有能力搜捕到案。再说他曾为吕家题过匾，吕案发生后雍正并没有责备他，他心怀畏惧，下死劲处理有关人员，更加不可能会让主犯的子孙逃脱。
1981年，考古工作者曾发掘清皇陵雍正地宫，未打开即作罢。可是，社会上再次传说棺材已经被打开，雍正果真有尸身而无头。
第三种说法，是近代学者杨启樵在参阅清宫留存史料后，分析研究，认为雍正是因服食丹药中毒死亡的。当代学者杨乃济先生通过中国第一历史档案馆所藏清内务府造办处《各作成活计清档》等第一手资料，也撰写了《雍正帝死于丹药中毒旁证》一文，赞同此说。
雍正年轻时即好佛、崇道。做了皇帝后，他求仙访道、企求长生，更是为此忙得不亦乐乎。他不仅把道士请进宫内，待以上宾，为他炼丹服用，还希望自己住的皇宫能像有名望的佛寺、得道仙观。包括在其周边环境制成模型，以利仿建。可见，他对道家的长生成仙说，已经到了几乎痴迷的地步。因常年临幸众妃而体质日衰，到雍正十三年（1735年）八月二十一日终于发病时，养在宫中的两个炼丹道士张太虚与王定乾邀功心切，向雍正进呈他们炼的丹药。没想到雍正一吃完，很快就“龙驭上宾”了。前文说过，张廷玉的私人记录也已表明，雍正宾天时正是“七孔流血”。七孔流血是严重中毒的反映。雍正长期服用道士所炼之丹，及所谓的“长生不老之药”，这些丹药中汞、铅、朱砂等矿石含量较高，又都是高温煅烧而成，热性很大。十三阿哥允祥去世后，为渴求长生不老，雍正加大剂量服用丹药，终致中毒，是情理中事。
正因为此，乾隆在雍正死后的三天内，雷厉风行地处理了三十八件要事，三分之二都与葬礼直接相关。其中一件，就是传谕给宫中的道士的。言：“皇考万几余暇，闻外间炉火修炼之说，圣心深知其非，且深知其为市井无赖之徒，最好造言生事……今朕将伊等驱出，各回本籍……”将宫中的道士统统驱逐出宫，“各回本籍”，并要他们严守宫中机密与雍正死况，否则格杀勿论。从这些异常举措中，不是可以窥视到雍正死亡原因的一些蛛丝马迹吗？
实际上，雍正生前曾谕几路总督、巡抚为其寻找道士，甚至不顾夏日炎炎，在宫内、宫外僻静之处，用万斤灰炭炼丹。年老体弱的胤禛，豢养道人为治病强身，这个目的显而易见。道士推拿炼丹，在某种意义上也是一种治疗方法，但盲目迷信却走向反面。将胤禛对道士的重视态度，与乾隆果断的驱道行动联系起来分析，就可以认为胤禛之死与长期服用丹药引起重金属中毒必定有关。
第四种说法，是频繁进行男女性事，乃至乱服春药。金恒源先生认为，雍正称帝执政十三年，基本上是处在众叛亲离、孤家寡人之态势中。他在生命垂危时，请同胞兄弟出山辅助，又遭坚辞，其情其状其心态之苦，也就可想而知了。此外，雍正的身体状况，在雍正七年后，由于政敌被杀的杀、关的关，基本上也都摆平了；相对以前而言，雍正多少有了一点“闲”。而帝王一旦有了些“闲”，也就开始热衷房事，病也就随之暴露了出来。朝鲜史料有一条说法：
“雍正晚年贪图女色，病入膏肓，自腰以下不能运用者久矣。”朝鲜使者在给本国国王的报告中，似乎没有必要去故意捏造、肆意攻击雍正。这条史料，当可作为雍正晚年身体亏损的一条辅证。
名家回眸
历史上对于世宗的死一直是一个争论不休的话题，世宗之死之所以引起后人的猜疑，和他生前的残忍阴鸷、树敌过多也不无关系，对他不满的人借此发泄内心的宿怨，等于是一种诅咒。
着名学者金性尧在《宫廷政变》一书中指出，世宗的时代早已过去，对于我们，只有理性上的功过之分，而无感情上的恩怨牵绕，所以，我们对于封建帝王的评断，重心还在他们对历史起过什么作用。
清史学者孟森对于雍正的评价是这样的：“自古勤政之君，未有及世宗者。”又说“其英明勤奋，实为人所难及”。可见孟森对于雍正的赞誉很高。
英国历史学者史景迂认为：康熙为政宽松，执政末期受储立之争所扰且出现典型长寿帝王的统治能力退化现象，雍正即位之初的清皇朝实已浮现官僚组织膨大腐败、农民生活水准恶化的危机；由于雍正即位时正处于政治历练、精神与人格上的成熟阶段，因此得以精准地分析问题并有魄力地作出应对。他的改革同时包含了力行整顿与和现实的妥协。虽然史学家黄仁宇认为雍正未能了解与解决明清第三帝国作为内敛式王朝的根本问题，但清朝得以建立起一套继续运行百年以上仍大致有效的统治体制，而未沦为“立国百年而亡”的王朝，此当归功于雍正一朝的改革。