雍正对年羹尧态度的变化，从雍正二年（1724年）冬，即年羹尧第二次进京时开始。当年十一月十三日，雍正在李维钧的奏折上批示说：“近来年羹尧上奏言事，朕怀疑他居心叵测，很是有擅政专权的意思。”十二月十一日，雍正在年羹尧折上进行批示，说身为臣子的，有为国立功之心，容易立功，但要持守功劳是不易的，而君王也很难持守对臣子的恩宠。如果臣子有恃功妄为的，必会失去君主恩宠而受到惩罚。在这里就显示出雍正要对年羹尧下手了。从雍正三年（1725年）春开始，雍正对年羹尧的错误和罪行，不断进行指责，对年属下的川陕两省官员进行大批调整，鼓励臣下揭发检举年羹尧，对年羹尧连连罢官。当年一月，曾由年羹尧提拔、深得其赏识的甘肃巡抚胡期恒向雍正上奏弹劾陕西驿道金南瑛，雍正反而指责年、胡搞朋党，没有批准。年羹尧曾上奏弹劾蔡珽将属下官员逼死，刑部奏请斩首蔡珽，雍正反而接见蔡珽，蔡上奏弹劾年羹尧贪暴，雍正不但不问蔡珽之罪，还任命他为左都御史。二月，因为出现的天象怪异，雍正和很多非常迷信的人认为这是祥兆，大臣们纷纷上表祝贺，而年羹尧在三月所写的贺表上将“朝乾夕惕”这个称赞雍正的字眼写得颠倒了，而且字迹不清楚。雍正认为这是大不敬，下诏指责年羹尧并不是因为粗心，而是擅权之心显露无遗。不久，雍正又对年羹尧虐待青海残部、重罪逃入准噶尔之人表示斥责。据传说在雍正改变态度开始斥责年羹尧时，曾有人劝年羹尧谋反，赶走雍正自己称帝。当时年羹尧有个叫孙剑才的门客，投靠年羹尧很长时间了。年羹尧扩建住宅，术士们都说百年之内都可兴旺，而孙剑才却说一会儿就要完了。年羹尧勃然大怒，要杀了他。孙剑才对年羹尧说：“大将军就要大祸临头了，我也不怕死。”年羹尧马上细问为什么。孙剑才说：“您劳苦功高，声名远扬，圣上怀疑您，而其他人陷害您，这并不是好事，而且张广泗、岳钟琪领兵西征，是在牵制您。如果派人刺杀张、岳二人，您自己亲率大军谋取中原，进攻京师，何愁大事不成呢！”年羹尧说：“成败未卜，再说我手中也有重兵。”孙剑才被放，后来改名换姓逃走了。后年羹尧果然大祸临头。可以说，即使年羹尧当初真的听信孙剑才的话谋反，他也不会成功。
在雍正的不断恩宠之下，年羹尧得意忘形，擅权存私，任意对地方文武官员进行举荐，形成前面所说的“年选”局面。这样，在年羹尧周围聚集起来一批人，形成了新的宗派。此外，他还仿效胤禵，经常向将军、督抚擅自发布命令；对于皇帝派往军中的御前侍卫像奴隶一样使唤；甚至在进京时还让额驸扎萨克郡王阿宝在他面前下跪，令人难以容忍。还要提一下的是，年羹尧贪赃枉法的情况也十分严重。
年羹尧的行为自然会使雍正无法再容忍下去，不过他还是有充分把握，随时可以将年羹尧绳之以法。所以在年羹尧第二次陛见后，有人提出不要让他回到陕西时，雍正很是不在乎，以为这是非常可笑的。正如他所说的那样：“年羹尧之所以不叛乱，不是不愿意，而是他没有足够的能力；朕不提防他，是没有这个必要。”
康熙初年清朝统一全国后不久，吴三桂等人控制将近半个天下，以这样的力量发动三藩之乱，都还被康熙平定。现在清朝统一全国已80年，国家的富足稳定、皇权的巩固远胜康熙初年，如果年羹尧真的凭借川、陕两省来谋反，只能破坏国家统一和社会生产，给人民的生命财产造成极大损失，历史决不会宽恕他。年羹尧不会谋反，因为他深知这不可能取得成功，而他又自恃有军功，而且手握重兵，雍正也会讲些情面，不会将他怎样。当时京城的确有人担心年羹尧会发动叛乱，建议雍正不要过分责备和处罚年羹尧。雍正很是坦然，说：“考察一下目前的形势，对年羹尧的实力很是了解，他不会有所作为。”雍正独揽天下大权，政权稳固，实力雄厚，不怕年羹尧谋反，故而敢于彻查年羹尧的罪行。这是雍正的高明之处。当年四月，雍正下令削夺年羹尧的军权，其权力交由岳钟琪暂时代理，命他去浙江就任杭州将军。年羹尧接旨后3天才交出大将军印，不得不离开了他管辖了十几年、指挥过十万大军、建立过重大功勋的川陕，带着少数随从赶往浙江，任由雍正控制。为了防止年羹尧在途中有什么不轨行为，雍正命令所经地方官员，密切注意他的动向。在去浙江途中，年羹尧还在幻想雍正能原谅他，竟上疏说自己不想去杭州赴任，这等于抗旨不遵，使雍正更为不满，命他即刻上任。朝廷大臣们看到雍正决心已下，纷纷上奏揭发检举年羹尧。直隶总督李维钧三次上疏，说年羹尧利用权势作威作福，贪赃枉法，排除异己，侵吞国库，滥杀无辜，残害百姓。雍正将这些奏折一一给年羹尧观看，要他回奏。随后，雍正严惩年的心腹和党羽，一一处理。同年七月，雍正免去年羹尧杭州将军职务，授以闲散章京将其安置在杭州，又令地方官员对如何处理年羹尧发表自己的意见，为处死年羹尧作舆论准备。于是广西巡抚李绂、河南巡抚田文镜等纷纷递上奏章，要求将年羹尧处死。雍正表示接受，于九月将年羹尧的官职头衔尽数革除，下令立即逮捕他。十一月，年羹尧被装进囚车送往京城。十二月，议政大臣奉雍正旨意历数了年羹尧九十二款罪行，请求处死年羹尧。这时年羹尧在狱中还希望雍正念自己有功能免一死，上书哀求雍正说：“我已经知罪了。希望主子能开天恩，可怜我，饶了我吧。我现在还不算老，还能给主子效犬马之劳。”但雍正不为所动，决心已下，认为在年羹尧的九十二款罪行中该判极刑和斩立决的就有30多条，但表示开恩，允许年羹尧自杀。在给年羹尧最后的谕旨中，雍正说：“你也是读书人，纵观历史，像你这样不法悖逆之人还有比得上的吗？自古悖逆之臣也大有人在，可在败露前还进行掩饰，而你却毫无顾忌，任意妄为，从古以来有这样的吗？”接到自杀的命令，年羹尧不愿动手，雍正就让他的死对头蔡珽担任监刑官，年羹尧只好上吊自杀了。年羹尧的父亲年遐龄、兄长年希尧因为没有参与年羹尧的罪行，被免去官职而没有被刑罚，年羹尧的儿子年富被斩首，其他15岁以上的儿子被发配到广西、云南、贵州等边远烟瘴之地充军，嫡亲子孙将来长到15岁时，一个个地发配，永不赦免。但雍正五年（1727年）正月，雍正还是将年羹尧戍边的儿子赦免了。
隆科多之狱
处死年羹尧后，雍正着手消灭隆科多势力。隆科多担任总理事务大臣并主管吏部后，经他操办的铨选，人们称之为“佟选”，这样，他独揽了用人大权。
隆科多虽然是雍正的亲信，在雍正登基时起了重大的作用，但他深知雍正不能容人，担心自己的地位不能长久保持，很早就把私产分藏到各位亲友家和西山寺庙中。雍正得知后认为他不守臣子之道。隆科多又主动辞去步军统领的职务，雍正马上想让巩泰来代替他，不让隆科多再对这一重要职务有什么影响。隆科多还经常与胤禩一党的人秘密往来；年羹尧案发后，隆科多又包庇纵容年羹尧的罪行。
雍正愤怒无比，认为隆科多与年羹尧结为朋党，还想让胤禩党人加入自己的集团。这样，雍正在谴责年羹尧的谕旨中，就把隆科多跟年羹尧相提并论了。