早在四月末，各国使节就照会总理衙门要求派遣“使馆卫队”进京，因为数量较少，清廷便答应了。五月初，以英国海军中将西摩为首的各国联军已组成。他们通知清廷，即将由天津搭火车北上进京。这个消息使清廷上下，一片惊恐。五月十四日后，义和团在京津沿线毁坏电线、铁路，围攻联军，使西摩联军受阻，被迫退回。
可清廷因电线、铁路中断，并未得到这一情况的详细消息。所以对西摩为首的续来洋兵非常害怕。在南来义和团和东来洋兵的夹攻下，慈禧太后于二十日再次召集许多大臣入宫研究对策。会上两种意见相左，太常寺卿袁昶和总署大臣、吏部侍郎许景澄等少数人慷慨陈词，主张“剿乱民，以退洋”；而以载漪为首的诸王贝勒，“众口一辞”“皆以受外人欺凌至于极处，今既出此义团，皆以天之所使为词”。慈禧太后说：“人心可恃”“现在民心已变（指拳会“扶清灭洋），总以顺民心为最妥”。斥袁昶所奏不合。因此会后下谕决定对义和团“姑开一面之网”“即行召募成军”，作为“折冲御侮之资”，以对付洋兵。当天即派许景澄、那桐出京迎阻洋兵，又寄谕给直隶总督裕禄、直隶提督聂士成和新疆喀什噶尔提督（时守大沽口）罗荣光“此后各国如有续到之兵，仍欲来京，应即力为阻止……如各国不肯践言，则衅自彼开，该督等相机行事，朝廷不为遥制。万勿任令长驱直入，贻误大局，是为至要。”同日下旨明令刚毅、董福祥负责召募义和团成军工作。可见五月二十日慈禧太后已正式制订了“招团御侮”的政策，这时距对外宣战还有五天。
“扶清灭洋”口号的提出
光绪二十六年（1900年）二月至三月间，义和团已在北京活动，他们到处散发张贴反对外国侵略者的揭帖，动员群众奋起抗争，抵御外侮。六月初，城内义和团团民多达10余万人，全城坛口林立，约有千余个。义和团焚烧了宣武门、前门一带的外国教堂，惩办了总理衙门中的一些卖国官员。外国侵略者龟缩于东交民巷和西什库教堂，准备顽抗。义和团的斗争，已控制了北京局势，而清廷对此已无法驾驭。
天津是列强从事经济掠夺和宗教侵略的一个重要据点。光绪二十六年（1900年）一月，天津开始有义和团民公开练拳习武，义和团坛口已在城郊出现。四月，城乡坛口猛增，大街小巷遍布冶铁炉，昼夜打造武器。五月，天津城内已遍布了来自附近州县的义和团。着名的义和团首领曹福田、张德成等分别在静海、新城等地成立了义和团组织，并率队入津铺坛。船家女儿林黑儿自称黄莲圣母，在城北成立了红灯照坛口，此坛口全部由女团民组成。此后，天津城内外坛口发展到300余个，团民约4万多人。
义和团运动在津京迅速发展，有力地推动了全国的反帝爱国斗争。在短短的几个月中，北起黑龙江，南至广东，东自江浙，西至陕甘、云南，全国20余个省份都发生了焚烧、拆毁外国教堂、驱逐传教士的斗争。反帝爱国运动一浪高似一浪，终于在全国范围内形成了高潮。义和团虽然人数众多，影响巨大，但却没有一个统一的严密的组织体系。他们一般是以八卦名目自立团号，分别为乾、坎、艮、震、巽、离、坤、兑等，故有坤字团、坎字团等名称。其中乾字团、坎字团是义和团的主力。此外，各团坛信仰的神灵也各种各样，他们信的神灵大都是《封神榜》《三国演义》《西游记》《三侠五义》等小说或戏曲中的人物。如孙悟空、猪八戒、赵云、关羽、黄天霸、窦尔敦等都成为“附体”的神灵。他们声称凡是加入了义和团的人，都可以神灵附体，刀枪不入。义和团各坛标志也各不相同，如坎字团崇尚红色，以红布包头，扎红腰带；乾字团崇尚黄色，便以黄布包头，扎黄腰带。
义和团在山东西北部、直隶南部兴起时，就以“助清灭洋”“扶清灭洋”为口号。同一时期，四川、湖北、浙江等地的反教会斗争中，也出现了“顺清灭洋”“保清灭洋”等口号。无论是“助清”“扶清”还是“顺清”“保清”，这些口号的唯一目的都是“灭洋”。
“扶清灭洋”口号的提出只是一种自发的结果。它并没有经过义和团民对社会主要矛盾的科学分析，而是在外敌当前、国难当头的时刻采取的朴素的斗争手段和策略。这一手段和策略自发地顺应了中华民族和帝国主义矛盾已成为当时主要矛盾的客观事实，吸引和动员了广大群众和爱国清军参加反帝斗争，表现了中国人民抵御外国侵略者的坚定决心。在另一方面，“扶清灭洋”的口号也反映了义和团对清政府的本质并不能了解，只能形成一个模糊的认识。
名家回眸
对于义和团运动的评价众说纷纭。
历史学家唐德刚认为义和团运动的另一原因是清廷的权力斗争。
而哲学家唐君毅认为义和团运动是中国民间道教与西方基督教之间的宗教战争。
邹容在其着作《革命军》中说：“有野蛮之革命，有文明之革命。”“野蛮之革命有破坏，无建设，横暴恣睢，知足以造成恐怖之时代，如庚子之义和团，意大利加波拿里，为国民添祸乱。”
鲁迅在《因太炎先生而想起的二三事》中说：“清光绪中，曾有康有为者变过法，不成，作为反动，是义和团起事……”
蔡元培说：“满洲政府，自慈禧太后下，因仇视新法之故，而仇视外人，遂有义和团之役，可谓顽固矣。”
李大钊在他着名的宣言性论文《东西文明根本之异点》中说：“时至近日，吾人所当努力者，惟在如何吸取西洋文明之长，以济吾东洋文明之穷。断不许以义和团的思想，欲以吾陈死寂灭之气象腐化世界。”
德宗驾崩，慈禧去世
光绪三十四年（1908年）十月二十一日，光绪帝驾崩。
清廷档案里保存有光绪众多的“医案”（病历记录），详细记载了光绪的病历和诊治用药情况，其中有光绪本人自述的病历、病状，而光绪死前半年的医案保存非常完整。
从这些医案看，光绪体质很弱，这是人人皆知的。光绪自小离开亲生父母，在宫中生活并不那么愉快。慈禧醉心权力，对光绪照顾得非常少，对他的要求却很严厉，使小皇帝享受不到母爱，没有童年生活的乐趣，影响了身体的成长。所以，光绪从小便病魔缠身，常患感冒和脾胃病，用药频繁，并有长期遗精的病史。这些记载和当时人们的传说是相同的。
成年以后，光绪体质未见好转。但在光绪十五年至二十四年（1889-1898年）这段时间里，发病和用药都相对减少。这可能是因为正值青年时期，气血旺盛。而亲政以后，还没和慈禧发生大的冲突，精神颇为放松。特别是这时有珍妃进入他的生活，给他带来了很多温馨和乐趣。由于这些原因，所以光绪的身体相对好些。
戊戌政变后，光绪和他亲爱的珍妃分别被囚禁。生活的彩图烟消云散，国家维新没有希望，光绪整日生活在忧惧郁闷之中，时刻担心被太后废掉、谋害。于是光绪健康状况恶化，病情突然加重，多病并发。至光绪二十六年（1900年），光绪的病况到了“病已深入五脏，气血双亏”这种境地。用现代医学概念解释，也就是说，光绪已患有严重的神经官能症、关节炎或骨结核，还有血液系统疾病。中医称这种现象为“痨瘵之象”，病势已十分严重了。
此后，病情日甚一日，没有出现一点转机。到光绪三十四年（1908年）春季以后，他已是病入膏肓，必死无疑，不需要任何人加害，也只在旦夕了。
御医曹元恒在三月初九日所写的医案表明，此时光绪已是肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损，寒凉温燥药物全部不能用，医生们已经毫无办法了。五月御医陈秉均的记录证明，治疗确实毫无效果：“调理多时，全无点效。”延至九月，光绪病情开始复杂多变，脏腑功能都失调，而且这种情况已出现很长时间了。医生们用的药也都是维持时日，无力起死回生了。
御医肯定都是些有声望的人，而此时都已声称无能为力，为了挽救皇上，朝廷又征召各省名医来做最后的努力。光绪三十四年（1908年）七月，江苏名医杜钟骏奉召来京。他首次入诊后，即对吏部尚书陆润庠说：“我辈此来，满拟治好皇帝之病以博微名。及今看来，徒劳无益。不求有功，但求无过。”名医和御医的诊断是相同的。
自这年春天起，光绪亦觉得病势严重了。他自己说“病势迁延，服何药总皆无效，且一症未平，一症又起”。正值壮年的光绪，肯定十分愿意活下去。他对御医们长治无效非常生气，指责他们无能，“屡易药方，仍属加重”“总系药不对症”，说他们“草率立方”。他认为御医看脉时不是十分认真，“每次看脉，忽忽顷刻之间，岂能将病详细推敲？只是敷衍了事而已”。给皇上看病，谁敢马虎，只是病情严重，无人能想出好办法而已，光绪埋怨也没用。
大约到十月十七日前后，光绪危在旦夕。十月十六日出现肺部炎症和心肺衰竭的症候。第二天，杜钟骏等三名御医入诊，他们全都认为，光绪上盛下虚，元气损亏过度，病势危笃至极。后来杜钟骏记述：“皇上气促口臭，带哭声而言曰：‘你有何法救我？’予曰：‘皇上大便如何？’皇上曰：‘九日不解，痰多气急心空。’……复退至军机处拟方，予案中有‘实实虚虚，恐有猝脱’语。继大臣曰：‘你此案如何这样写法，不怕皇上害怕么？’予曰：‘此病不出四日，必有危险。此后变出非常，予不负责，不能不预言。”’
十九日，光绪已是“中气虚损，不能承领上下，以致上而逆满喘咳，下而大便不行。清气不升，浊气不降，而通体为之困乏矣”，御医们皆以为颇为棘手。
二十日，光绪帝“目睑微而白珠露，嘴有涎而唇角动”，中枢神经症状已经出现了。
二十一日子刻，光绪生命垂危，“脉息如丝欲绝，肢冷，气陷。二目上翻，神志已迷。牙齿紧闭，势已将脱”。到中午，脉息出现“若有若无，目直视，唇反鼻掮，阳散阴涸之象”。至酉刻，“龙驭上宾”。
从以上病史记载看，由于光绪一生忧郁寡欢，身体十分虚弱，以致五脏俱病，六腑皆损，阴阳两虚，气血双亏，终以阳散阴涸、阴阳离决死去。用现代医学的概念来解释，就是患有肺结核，兼有肝脏、心脏和风湿等症，始终慢性消耗，最后出现多种合并症。而直接致死原因大概是心肺功能慢性衰竭，合并急性感染。
慈禧去世
到了光绪三十四年（1908年），74岁高龄的慈禧进入皇宫已有58年，对大清的统治已48年，十月，慈禧因年纪大了，体力不支，她的精力明显不够用了，此时她也不免有些担心，于是千方百计保养，但尽管如此，她还是病倒了。
她在病倒之后，尽管想不到自己的寿命不久了，但自知年纪大了，既然病倒就十分不利。所以，她一方面依然将朝廷权力握在手中不放，甚至到死前的最后一刻；另一方面必须得考虑自己的身后之事，作一些安排。
慈禧在病重期间，作出了一个重要的决定，就是将醇亲王载沣将近3岁的儿子溥仪迎入宫中。光绪去世之后，慈禧就在朝廷内外宣示溥仪为入关后第十代皇帝，这是慈禧所立的第三个傀儡皇帝。
在立溥仪登极即位之前，慈禧就下了一道懿旨，曰：“现值时事多艰，嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学，着摄政王载沣为监国，所有军国政事，悉秉承予之训示施行，俟嗣皇帝年岁渐长，学业有成，再由嗣皇帝秉裁政事。”这充分表明，慈禧虽然立了皇帝，但她绝不放弃手中大权，哪怕一点点。
这年十月二十二日，慈禧太后正在中南海仪鸾殿的御榻上，静卧养病。几天来，慈禧的病情加重了，而且是明显加重，御医们绞尽脑汁，用尽医术为她治疗，但也无济于事，应诏赴京的全国各地名医也轮着为慈禧诊断、治疗，开出许多方子，但慈禧的病情却日益严重。
慈禧出生在大清帝国中衰之际。西方资本主义列强对东方的富庶很感兴趣，更想吞掉中国这块土地。他们极力用各种方式来撬开中国的大门。在她6岁那年，英国发动了鸦片战争，中国的大门被隆隆的炮声打开了。列强拥了进来，眼看大清政府面临着危亡。她在宫中正受咸丰宠幸的时候，洪秀全在南方闹起了太平天国革命。没有多久，英法发动了第二次鸦片战争，咸丰内外交困，逃入热河避难。在一个集权专制的政体下，最高统治者皇帝重色轻政，为所欲为，手中的大权自然就会失去。在咸丰纵情声色、不问政事的情况下，肃顺等人乘机想篡权，后妃不甘受人指使，与奕联合，最后使肃顺大败，慈禧垂帘听政，步入了政治舞台。她与慈安、奕制定了对洋人妥协、集中全力镇压太平天国革命的政策，终于外揖洋人，内平太平天国。由此形成了所谓“同治中兴”。但时间不长，中法战争中，中国军民齐心协力，镇南关一战大败法军，法国茹费理内阁倒台。慈禧害怕再发大乱，导致别的国家也来干涉内政，因此同李鸿章等人积极鼓吹乘胜即收，与法国签订《中法新约》，造成了不败而败的局面。10年后，中日甲午战争爆发，中国惨败，被迫签订《马关条约》，丧失主权，也大大加深了半殖民化。民众对洋人的侵略十分愤恨，山东闹起了义和团。慈禧采取利用义和团反洋人的策略，招来了八国联军，结果北京被攻陷，慈禧西逃。自《辛丑条约》签订后，中国进入了半殖民地半封建社会，洋人几乎掌握了大清帝国的命运。
慈禧每每回忆到这些，她都怨恨至极点，但她痛恨的不是自己，而是道光与咸丰，更怨恨肃顺、载垣、端华等人。她怨恨上台时就接的是他们的破烂摊子。
她更怨恨奕、慈安、光绪、康有为、梁启超、载漪、载勋等人不尽心尽力，导致国家败落。对自己，慈禧本人不但没有怨恨，反而自豪。她曾经说过：“我不逊于任何一个男性统治者！”慈禧认为，她接过这样一个破烂摊子，能将大清帝国维持到这种地步已经够可以的了。历史上有几位能像自己这样，统治的时间长达48年，况且又是在内忧外患的情况下，毫无分裂割据局面，她的确为之自豪。
也确实是这样，她统治下的大清帝国，终究还算一个统一的国家。
慈禧不但破坏大清祖制垂帘听政，而且将列祖列宗不得重用太监，更不允许他们参政干政的祖训抛到九霄云外，重用起安德海、李莲英等太监，导致他们在朝中胡作非为、权重一时。但是，也许是慈禧在自豪过后又痛心疾首的缘故，慈禧在临终前留下遗言，即是：“以后勿再使妇人预闻国政，此与本朝家法有违；尤须严防不得令太监擅权，明末之事可为殷鉴。”
慈禧的殡葬前后，所烧的纸人、纸马、楼库、器皿、松亭、松轿、衣、帽、鞋、履、衾、波、枕、褥等数不胜数。在出殡前两个月，仅仅一次就在东华门外烧掉一只“大法船”。这只船价值十几万两银子，是用绫罗绸缎扎成的。