总的说，司马迁的政治倾向，偏重于“人治”。以今天的观点看，可以鄙夷之；以当时的观点看，却不失为一种进步主张。
司马迁的“人治”思想表现在酷吏一篇的开首段落：
（以下变字体）孔子曰：“导之以政，齐之以刑，民免而无耻。导之以德，齐之以礼，有耻且格。”老氏称：“上德不德，是以有德；下德不失德，是以无德。”“法令滋章，盗贼多有。”太史公曰：信哉是言也！法令者治之具，而非制治清浊之源也。昔天下之网尝密矣，然奸伪萌起，其极也，上下相遁，至于不振。当是之时，吏治若救火扬沸，非武健严酷，恶能胜其任而愉快乎！言道德者，溺其职矣。故曰“听讼，吾犹人也，必也使无讼乎。”“下士闻道大笑之”。非虚言也。汉兴，破觚而为圜，斫雕而为朴，网漏于吞舟之鱼，而吏治蒸蒸，不至于奸，黎民艾安。由是观之，在彼不在此。
（《史记·酷吏列传第六十二》）（变字体完了）
法制强调法律法令，人治强调道德伦理。治理社会无非就这两件武器，非此即彼。
孔子是“人治”思想的集大成者，所以司马迁对其推崇备至。加之孔子学富识远，为司马迁所钦佩故，司马迁在《史记》中引用最多的文献就是孔子的《论语》。
司马迁认为国家兴亡强弱，主要在于帝王的宽厚，而不在于刑法的严酷，与孔子的“君子笃于亲，则民兴于仁；故旧不遗，则民不偷”（《论语·泰伯》）的论调恰成师承。
中国历史上，道德与法律是个永恒的辩题，并分出儒家（主张倚重道德）与法家（主张倚重法律）两大派。一般认为标准的帝王是儒法兼并，互为内外表里。就是今日，这个辩题仍具有一定生命力，不时成为学者笔战的缘由。
把道德与法律作为工整的对偶范畴，争来论去，实在是一个大谬误，大悲哀，大不幸。
道德与法律是并列的，各有所长，这没有问题。但现代社会并不是“法制社会”，而是“法治社会”。
法治社会最突出的一点是，以法的形式确立国家主体在民，而不在君或政府首脑，更不在执法者。主体在民，为宪法等大法所规制，神圣不可侵犯。国家治理者与主体民的关系为契约委托关系。一般情况下，主体在民表明的是：人民并不是与一个强力独裁者签订契约，而是将权力分解为互不牵扯的若干部分（最常见的是分为三部分，三权分立），分别签订契约。如此，就把国家的治理权牢牢地置于自己的监视之下了。
在契约委托的政治体制下，道德扮演什么角色呢？
道德是政治的润滑剂。将其涂抹在各个关节处，政治就能顺畅地运行。
但这里所说的道德，并不仅仅指帝王的“宽厚”，当然更不是指民的“顺从”。现代政治中道德的概念指的是遵从契约与遵从共识。道德，不以一部分人的意志为转移，代表公意。