1924年10月，率部倒戈、发动北京政变的直系将领冯玉祥，电邀孙中山赴京共商国是。孙中山11月离粤北上，占据粤东地区的军阀陈炯明乘机在帝国主义和北洋军阀的支持下率部进犯广州。孙中山夫人宋庆龄、儿子孙科在孙中山灵堂前1925年2月，广州革命政府以黄埔军校教导团和学生队为主力组成东征军，出师东征。在粤东农工群众支援下，东征军势如破竹，3月底陈军余部退入闽赣，4月惠州陈军投诚，第一次东征结束。6月初，盘踞广州市内的杨希闵、刘震寰部公开叛乱，东征军回师广州，经过激烈战斗，6月12日平息了叛乱。
乘东征军回师广州之机，被打败的陈炯明部重占粤东，准备再犯广州。10月初，以国民革命军第1、4军为主的东征军首战惠阳，14日攻克素称天险的惠州。11月底，革命军全歼陈炯明残部，第二次东征胜利结束。在第二次东征的同时，革命军还分兵进剿盘踞广东西南的军阀邓本殷部，1926年2月收复了海南岛。东征和南征的胜利，为北伐战争准备了比较巩固的后方基地。