（1）新增操作员要注意自行输入密码。正式启用系统时应将该用户名更改为系统管理员，并加上密码。如需要上机操作的会计不止一个，则应增加操作员，并为每个用户确定相应的权限，新增加的操作员的密码须由新增操作员自行输入，以便分清责任。
（2）要注意充分利用自动转账凭证功能。自动转账凭证设置虽不是一个必选项，但利用自动转账功能无疑能提供极大的便利。在单位的会计业务中，常有固定对应关系的记账凭证，且其数据来源于已输入系统的记账凭证。如每月均须结转的损益类科目，在月末所有收入、成本费用凭证输入、登记入账后，须汇总结转至类似本年利润一类的科目，自动转账凭证能自动汇总指定科目的发生额或余额并自动生成一张转账凭证。在使用该功能前须进行必要的参数设置，包括转出科目和转入科目以及汇总数据的性质（余额、发生额），注意转出科目可设置多个，但转入科目只能设一个。
（3）设置报表时应注意根据用户手册中公式的格式正确设置取数公式。会计报表是会计工作流程中的最后一个环节，在会计软件中通常都预置了通用会计报表，但除通用会计报表外，单位一定还需要其他报表，这些报表是无法预置的，需要用户自己完成设置。报表通常由表标题、表头、表体、表尾四部分组成，其中表体的设置是关键所在。表体中有两类数据，一类是固定的表项目；另一类是变动的数值性数据。数值性数据须设置取数公式从账簿、其他报表中取来，随账簿中的数据变化而变化。取数公式的格式在不同公司的会计软件产品各不相同，必须参考会计软件所属的用户操作手册。
总之，账务软件系统初始化是一项很重要的工作，对计算机操作不够熟练的会计人员在系统初始化时尤其应当注意以上问题，把握初始化的关键，高质量地做好初始化工作，这样才能最大限度地发挥财务处理软件的作用。