清军既解漳州之围，即于永历七年（清顺治十年，1653年）五月，移军来攻海澄。清朝提督金励安放大小炮位数百座，日夜对郑军堡塞轰击，郑军营垒多被破坏，而成功在台上督战，挥红旗指挥自若。时清军进攻之炮火甚猛，营垒木栅皆为摧毁，郑军乃掘壕避炮火，清兵临塞竖梯登城，有厮养卒郑仁持斧劈之坠，众皆起效之，于是各举斧操刀以待敌。清兵持梯板渡外壕，郑军引所埋火药爆炸，更出兵以刀斧拒战，清军渡壕者非被炸即遭砍杀，尸积壕涨，余皆举手请降。
此一役相战数日，清军精锐伤亡殆尽，连夜退回漳州。成功以忠孝伯印绶给甘辉，辉不敢受，跪拜退还，但请拜厮养卒郑仁为官。成功即拜仁为都督，军中大悦。
（三）战略评论
郑芝龙有创业精神，而无忠君志节。其子郑成功接受母教，效忠明朝，成为完人，盖亦得力于隆武帝之知遇，士为知己者死之义居多。方其父芝龙令其监视隆武帝，准备用隆武帝换取满清之高官厚禄时，成功处于君臣父子不得两全之中，能以“臣父臣叔皆怀不测，陛下宜自为计”之言，以奏告隆武帝，然后自己辞君南下招兵组军，以为勤王复国的永远大计，而不效翼卫随死的愚忠，成功可谓明朝的忠臣。
清军入闽，郑芝龙以不抵抗行为，欲藉以保留其私产，或希冀换得有闽八府之禄位。殊不知清军大肆淫掠，芝龙家破人亡，如非成功闻母死讯，号泣缟素以率其军实行反攻安平，则芝龙虽妻死不得收葬。盖满清对不忠不义、唯私利是图之辈，亦属不齿。
明隆武帝自闽赴赣，在闽赣交界处为清所虏，被害于福州，郑成功得自传闻，以为其消息来自敌方，多是诈言，不足凭信，故举义旗仍尊奉隆武帝正朔。后知隆武帝已殉国后，即愿从两粤人意愿，拥立永明王为永历帝。其“吾有君矣”一语，可知其心情之苦与矢志之忠。
郑成功以上陆作战来训练其陆军，进取同安，攻打泉州等役后，方知郑彩、郑联不足为缓急之恃，其叔鸿逵亦非可靠之将，于是始有统一军令之要求。加以郑彩、郑联等专横无道，纵其将士杀害贤良，欺侮民众，实足以动摇复明抗清的统一阵线，计夺其军，亦事非得已。郑成功南救广东，郑芝莞失守厦门，是芝莞初无守御决心，不待战而先自退走，致使施琅与郑鸿逵回军支援不及。鸿逵与施琅反攻厦门，一战而克复之，施琅以此战成功而骄纵，鸿逵因放走敌人而失职。郑成功自广东回军厦门，检讨厦门得失之功过，杀芝莞，贬鸿逵，为严肃军纪，尚无不当。惟对施琅追捕犯法之将，逼令赦免，未得免即下令追捕施琅，致逼施琅走降敌人，失去最初共同起义盟友与谋士，是乃成功抗清复明事业上最大之一失着，亦是其一生成败之最大关键。
郑成功军围漳浦，是为围点打援、设伏打援的战术运用。破清远近的援军，收复福建南部之地，将金、厦两岛的外围远向前推，从此金厦两岛的威胁解除。其所以必要攻取海澄者，亦同于此议。由于攻海澄，而得聆听周全斌之战略指导意见，成功此后行动，多赖有此以为方针。尤其是军政与经济方面，不有此远大眼光，绝难有所成就。
守御海澄之战，郑成功登台指挥，示众人以不怕死之决心，为共同死守而已。其将甘辉力谏之而强翼之躲避，此为将真正辅主之道，可谓有勇而知方。军中激战而敌人深入，由一厮养卒奋勇持斧为发起逆袭之倡，一战歼敌，应得上赏，成功即超擢为都督，故其众知所自勉，成功之功业得于人力者类此实多。主将不自居功，拜辞封爵而请改封部下诸将士，而旁及鲁王诸将士，使众人各知为国家戮力，赏罚出自国君，此等去私存公精神，如对施琅出走前即行之，则功业将无可限量。
郑成功的战略方针基本上适合客观条件，达到了他第一阶段要创建军队和立足海疆的目的。郑成功起兵较晚，这时清王朝已占有中原地区和长江流域，由于农民军和南明军还在合力抗击清军，清军主力不得不使用在西南方向，才使郑成功得以实现他第一阶段的战略目标。
但立足海疆，两栖作战，具有很大的局限性，把自己局限在漳、泉、厦一隅之地，只能在沿海地区获得局部性战役、战斗的胜利，而难以对全面战略形势产生较大的影响。所以尽管多次消灭当面清军，但都局限于漳、泉附近地区，且所占之地，旋得旋失，不能有更大的作为。更何况经过多年的拉锯战争之后，漳、泉地区人民死伤惨重，财物损失巨大，生产严重破坏，战略物资日益缺乏，正如郑成功的参军潘庚钟所说：“漳泉沿边，数载争战，民亦苦极”，“边地虽得，亦不足以号召天下豪杰”。
郑成功在战略运用上缺乏全局观点。固本蓄锐，以谋发展，这当然是正确的，但郑成功过分着眼于局部性的固本，只顾自身的巩固和发展，而忽略了关系抗清战争全局的战略运用，缺乏与西南战场李定国军团结合作的积极性。立足海疆仅仅是郑成功事业的起点，立足海疆本身并不能达到抗清复明的战略目标，必须与其他抗清力量团结一致，密切配合，才有达到战略目标的可能性。郑成功顾恋漳厦，不敢远出作战，配合李定国的攻势，是郑成功在战略上的重大失误。他的战略方针并没有错，错就错在执行上，时机来了，不够果决。在与清作战中，李定国就与郑成功取得联系，多次主动要求协同作战，但郑成功对于这个要求不太积极，使当时的战略局势颇受影响。
四、两次北伐，进攻南京
清军占领楚、湘、赣、粤等地后，抗清阵营内的主力，基本上只剩下西南李定国和东南郑成功两大军事集团。西南战场紧张之际，清军无力以主力对付东南，因而采取政治招抚的政策，以和谈手段对付郑成功。郑成功错误地判断了当时的情况，以为李定国大军二十余万，曾“两蹶名王，天下大震”，又以破竹之势东进广东，使尚可喜、耿继茂坐困广州，一筹莫展，短期内整个战争局势不会有大的变化。所以对南进与李定国会师不够积极，专心致力于利用和谈发展自己。当得知李定国新会惨败、退回南宁的情况后，才意识到问题的严重，预感有孤军作战的危险，遂一反过去的消极态度，决心扭转内线作战的不利地位，积极准备发动战略反击，进攻南京，以配合李定国军在西南战场的作战。
（一）积极准备北进，三次受挫延期
顺治十二年（1655年），郑成功定下进取南京的决心后，即着手进行准备：挑选精锐，扩建亲军，健全组织领导，加强军事训练，撤回漳、泉地区的军队，约李定国“迅师人粤”，“共抵金陵，聚首策勋”。他原计划第一步以十二镇兵力南下潮州，以十二镇兵力北上温、台并占领舟山。指导思想是从当前和尔后的需要考虑的。从当前战役说，可避免与济度的八旗主力部队在不利于我的陆上战场作战，并从南北两翼牵制清军。从尔后战役说，可配合李定国军入粤和确保厦门至南京间的海上交通线。当泉州港战役击败济度后，得知李定国与孙可望发生内讧，李定国军入滇，清军正准备全力进攻李定国军，为挽救西南战局的颓势，郑成功决心立即北进攻取南京。遂调回南下部队，积极准备出发。正当此时，郑的部将黄梧献海澄投清。失去了海澄，也就失去了北进的军需补给。八月间清军又攻下舟山，切断了北上通路，于是第一次北进计划遂告失败。
海澄失掉后，郑成功乘福建清军主力赴漳州之机，亲率主力袭击福州附近地区，主要是强征粮食和军需品，以补偿海澄之失。并征调大批民工在闽安“增筑土堡城寨，以为长久之计”。准备以闽安（今福建福州市东）代替海澄为新的后勤补给基地。经准备后，于七月开始北进，九月进至台州、海门一带。清福建总督李率泰侦知郑军主力北上，乃“攻其必救”，由漳州回军，水陆两路夹攻闽安。郑成功回救不及，经四昼夜血战，闽安失守。郑成功怕根据地有失，被迫停止北进，率军返厦。第二次北进计划也告失败。
两次失败后，郑成功并未气馁，又着手进行准备。一面整顿军队，组建重甲步兵，一面修整船只、军械，积蓄粮食、军需，改以海岛为后勤补给基地。五月间自厦门出发，七月进占舟山，八月进至羊山（今浙江杭州湾口外），忽遇飓风，“碎巨舰数十”，“溺死数千人”，武器、粮食损失无数。郑成功认为“今船只兵器损失，长江难进矣，须溜回舟山收拾，再作区处”。这次北进，又被迫中止。
（二）第一次北伐受挫
1.羊山遇飓风受挫。
永历十二年（清顺治十五年，1658年）八月九日鸡鸣时分，郑成功北伐大军自舟山扬帆北上，天气晴和，风平浪静，至午刻，东抵羊山，突见有黑云自北方起，不移时，风起浪涌，迅雷闪电大作，雨大如注，天色昏暗使人对面互不相见。成功在中军船上，但闻邻船有呼死呼救，折裂冲击悲惨之声，因船摇荡如秋千，欲出观亦昏黑不能见。风灾后查点各镇，计损失将士八千余员，碎巨舰四十余艘，其余大小船只皆有轻重破损。八月十五日，集提诸督镇统领议曰：“官军船只破损，粮食材料亦均不足，必须分别进袭象山、三门、台州、温州各港湾，夺取清军船只粮食材料，以整备船只，再图进取。”诸将乃各依计而行。（杨英《从征实录》）
九月初七日郑成功亦亲率军南行征取粮材，初十日经象山（浙江省今县），清象山知县徐福率县中父老携猪酒以迎降。诸将分赴各港征粮夺材械船只者，因清军毫无防备，均所获极丰，故修理船只工作，颇称顺利。惟在羊山风灾之后，大难虽过人人余悸犹存，恐怖之余，多思逃归。
2.再造北伐军。
郑成功在海门，以士气低落，军纪废弛，必须谋求善后之策，以再造北伐之军，实行继续北伐。命令各军各就地筹饷养兵、招兵、修船、制械，以备后图。于是诸军安定，士气大振。永历十三年（清顺治十六年，1659年），清政府闻永历帝在云南行在下达北伐之命，认为其既有发号施令之能，早晚必将成为心腹之大患。因决定先以全力进击云南、贵州，在洪承畴统一策划下，由广西向西而进。主要目标为包围攻击永历帝。郑成功在浙江南部，探知满清正集其全力向西南云南、贵州进攻，为牵制清军之后方，乘敌人之空虚，因决定即时起兵北伐，向南京实行奇袭。
（三）第二次北伐
1.郑军攻取瓜洲之战。
永历十三年五月十三日，郑成功军由崇明南人江，沿长江北岸溯航，沿途击破少数之敌，直向瓜洲前进。当马信军为清图山、潭家洲炮兵所阻时，前锋镇统领余新，则立以快艇急进，袭夺两处炮台。并选善洇水者数十人，夜持巨斧斩断清军铁索，进泊于焦山下。成功登焦山，致祭天地，并赋诗曰：“黄叶古祠里，秋风寒殿开，沉沉松柏老，溟溟鸟飞回，碑碣空埋地，庭阶画亲苔，此间到人少，尘世转堪哀。”然后令周全斌率部二千人向北岸登陆以进攻瓜洲，郑成功亲引诸军以继之。
时清江北各地援军已抵瓜洲，周全斌登陆即行大战，身被五处箭伤，尤奋勇进攻。会大雨如注，清援军多骑兵，陷泥泞中不得继进。成功率中提督甘辉、左提督翁天{；占诸军至岸，皆跣足蹈泥，乘势冲击，清军大败，斩清将左云龙，擒朱衣佐，尽俘清各援军到达战场者，遂占领瓜洲。成功已克瓜洲，即以援剿左镇统领献守之，以监军何平督理江防，然后自率其余诸镇还于焦山，准备攻取镇江。
2.攻取镇江之战。
清江宁提督管效忠方自福山镇赶至镇江，即闻瓜洲失守，旋又遭受郑军之攻击，激战一昼夜，方幸南京铁骑一千来援，而无奈郑军愈战愈勇，激战两日夜，清军全线大败，管效忠退保银山（在今镇江城南），镇江守将高谦、知府戴可进遂献城降。郑成功以陈魁率铁甲军再攻银山，清军见此铁人，不怕箭射，列阵直前，专事杀砍，步骑不能拒止，于是银山清兵一哄溃逃。管效忠为挽回颓势，集各路援军编成五路军布成叠阵，向镇江反攻，成功令发火炮止之，清军五路俱溃乱，管效忠见势已不可为，乃率百余人逃回南京。
郑成功与诸将计议进兵南京道路，诸将均言进取不易宜守镇江，以观其变。适有荆州运粮船十四艘自长江来降。江北来人言：扬州城清之文武官员已逃避一空，城中父老正绣彩旗聚羊酒，将来镇江劳军。成功以大势以趋，乃决定立功进攻南京，以符民望。
3.围攻南京之战。
张煌言别将所部先行，为先遣部队，船沿长江北岸溯行中，距仪征（江苏今县）五十里，仪征吏民已来迎降。煌言率众至南京观音行（在今南京下关幕府山东北）时，方闻成功已攻克镇江，而芜湖请降之书亦到，清太平府守将刘世贤更遣人来约献城。安徽列城望风纳款者，凡四府三州二十四县，东南大震。
七月初二日，郑成功率诸镇统领自长江直薄南京，大军自仪凤（即今下关）、江东门（即今水西门）登陆，屯兵狮子山，即依预定计划围攻南京城。
清两江总督郎廷佐，率各府之兵万余人，在南京城内把守，与巡抚蒋国柱登城四望，见郑军旌旗遍野，戈甲闪烁，金鼓齐鸣，乃紧闭城门，不敢出战。时朱衣佐正逃在郎廷佐左右，向廷佐献守御南京之策曰：“郑成功连战连胜，窃以为南京已志在必得，宜速遣人卑词请宽，以骄其志而待援军，徐筹破之之策。”廷佐用其计，使人出城求见成功，而哀求缓攻曰：“我朝有例，守城过三十日者，罪不及妻孥，今各官眷口悉在北京，迄宽三十日之限，及期当率众出降。”
郑成功得郎廷佐缓兵之请，以为南京已成瓮中之鳖，欲允之。参军潘赓钟谏之曰：“孙子有云：‘卑词者诈也，无约而请和者谋也。’降则降，岂恋内顾，此缓兵之计也。宜即速进兵攻之，促其速降，斯为上策。”成功曰：“我自舟山兴师至此，战必胜，攻必克，彼焉敢缓吾之兵耶？攻城为下，攻心为上，今既乞降，骤攻之，何足以服其心哉？”甘辉亦谏之曰：“兵贵先声，及其谋且未定，其势易拔，今以南京城言，为我众彼寡，但就全般言之，则彼众我寡，寡众之势不可轻弃，否则俟彼谋成守固，则难以为图矣。”成功为使天下知其仁义之师，不听诸人之言，而批准郎廷佐缓期之乞降书，令其使者回城。
清皇帝顺治初闻郑成功大军入长江，以为连江铁锁足以阻之。继闻已破铁锁取瓜洲及镇江，进兵围攻南京，因知南京空虚，江南半壁大势已去。又虑江南失则山东、河南必乱，而北京之军皆远征西南，北京亦虚，故有准备退守关外“老家”之计。其母孝庄皇太后责之，更闻南京城尚未陷，乃幸南苑集六师欲亲征，以挽救江南大局。
时管效忠已集合及收容其所属府州得三万人，与崇明总兵梁化凤密商，欲夜袭郑军。化凤日夜登城观望郑军营垒，见郑军之官兵，解去征衣，等待城内清军至期开城迎降，忘却将有战斗之诸事，认为夜袭定可成功。于七月二十一日夜半月出时，亲率五百骑衔枚出城，突向白土山下郑营袭击，至碎其营，郑军统领余新人不及甲，仓皇拒战，副将董延中、萧拱柱皆战死，化凤遂俘余新等数十人回城。以是清军士气复振，各欲建功。