施琅原是追随郑成功起兵抗清的主要骨干，“号知兵，自楼橹旗帜伍阵相离之法，皆琅启之”（《赐姓始末》），战功甚多，是郑军中难得的将才。后因“颇恃才而倨”，与郑成功发生矛盾，被郑拘留。施设法逃至郑鸿逵处，郑成功竟将其父、弟杀死，施琅遂投诚清军。他对郑军内部情况知之甚悉，更有不少旧部暗中与他联系，所以他情况判断准确，决心也比较符合实际。早在第一次任福建水师提督、率兵进攻台湾时，他就已拟定了指导作战的方案，这次再度出任福建水师提督，受权专征台湾，仍然准备按前定方案执行。其主要内容为：
1.情况判断。郑军总兵力不过两万余人，半数以上担任军垦，缺乏训练；镇将又皆庸碌无能之辈，只有刘国轩一人是郑军中威望最高、能力最强的大将，郑军精锐，尽在他的手中。如能将刘国轩部歼灭于澎湖地区，则郑军将望风而溃，台湾可不战而得。
2.战役决心。第一步任务，集中全力寻敌主力决战，以正面进攻，消灭刘国轩部于澎湖海面，占领澎湖诸岛。第二步任务，以大型战舰进泊台湾港（即原台江）口外“扼其吭”，牵制郑军，而以轻快船只分两路迂回。南路以一部分力由打狗港（今台湾省高雄市）登陆，北路以主力由蚊港（今台湾省台南县西）登陆，“附其背”，由侧后方进迫郑军，以期全歼郑军于承天地区。
3.进攻时间。施琅仍决定在他原来选择的南风季节，于六月间发起进攻。他认为北风风势剧烈，起风后短期难以停息，如不能一战而胜，则舰队易为大风吹散。海上行动，全靠风信，船只一旦吹散，很难立即集中，将处于被动不利地位，无法迅速再战。南风季节风轻浪平，特别是夏至前后二十多天，风力微弱，夜间尤静，可在海面上集中停泊，寻找敌人弱点，随时部署进攻。没有丰富的海战经验，不了解海上气象规律，是不可能产生这样的认识的。
4.进攻路线。施琅一反由厦门出发的惯例，决定由铜山出发，径直往东，进至八罩（今台湾澎湖列岛八罩岛）后再折转北向，进攻澎湖。这样可利用南风，占据上风上流，置敌军于逆风逆流的不利地位。
康熙二十二年（1683年）六月二十四日，施琅率舰队由铜山开航，十五日到达八罩水道停泊，十六日组成纵队向澎湖进攻。郑军船队以横队迎战。清军先头战舰趁顺风冲入郑军船队，被郑舰包围。施琅迅速增援，内外夹击，经苦战方突围退至西屿头南海面停泊。施琅右眼受伤。十七日，清军占领八罩水道以南的虎井、桶盘等岛。十八日，施琅亲乘快船侦察敌情地形。接受第一次进攻的教训，改变部署：以一部兵力乘船五十艘由左翼驶入牛心湾牵制郑军；以一部兵力乘船五十艘由右翼进入鸡笼屿、四角山（均在今台湾省澎湖本岛上），与正面主力协同夹击郑军；自率主力乘大战船五十六艘由中央进攻澎湖海面的郑军舰队；另以一部兵力乘小船八十余只为预备队，随主力船队后跟进。经三天整顿，二十二日按计划开始进攻。激战竟日，郑军全军覆没，刘国轩仅率少数残部逃回台湾，清军完全占领了澎湖三十六岛。
澎湖之战，是清、郑双方带有战略决战性质的一次作战。经此一战，郑军主力丧失殆尽，众叛亲离的矛盾和人心向往大陆的情绪愈加深刻。郑军的失败已成定局。
清军能一战而胜，除政治、经济等各方面的因素和兵力、武器装备占优势外，施琅主观能动性的发挥，也是重要原因之一。他掌握情报，判断情况，战役准备，兵力运用，进攻时间和进攻路线的选择，以及对气象、地形等自然条件的运用等，都比较符合客观实际。“知彼知己，胜乃不殆；知天知地，胜乃不穷”（《孙子兵法·地形篇》），施琅的战役指导，符合这一原则。
（三）台湾归还祖国
刘国轩全军覆没后，郑氏集团一片慌乱。施琅为了进一步分化瓦解郑军，采用了强有力的政治心理战，对投诚、投降人员，以礼相待，士兵发给钱粮，伤员予以治疗，愿归家者派小船送回台湾。这一措施，影响极大，原已失去斗志的郑氏集团成员，此时更不愿战，“台湾民众莫不解体归心，惟恐王师之不早来”（《海上见闻录》第78页）。此时玄烨通过施琅向郑氏集团招抚，劝告他们停止抵抗，放弃分裂，必将待以宽厚，“善为安插，务俾得所”（《汉文起居注》康熙二十一年七月二十八日）。恐郑军成员疑惧，特意宣布“煌煌谕旨，炳如日月，朕不食言”。郑克壤认为“揆之天时、人事，悉已顺于清朝，若不见机，恐有不测，反为大丈夫之羞”（《台湾外记》第349页）。终于在关键时刻作出了合乎历史发展规律的正确决定，接受玄烨的劝告，归顺清中央政权。虽然为时稍晚，但仍不失为识时务的俊杰，对全国的统一作出了一定的贡献。
四、战略评论
玄烨是我国历史上一位文武兼备、雄才大略的政治家、军事家。他终生奉行的政治目标就是统一中国和巩固大清王朝。他曾亲自谋划和指挥过多次战争，制定了具有卓识远见、符合客观实际的战略和策略。对台湾郑氏的战略，总的来说是较为成功的。以军事进攻为主，辅以政治招抚和经济封锁，终于统一了台湾，结束了台湾和大陆对峙的局面。对台战略的制订与执行和战略企图的顺利实现，除了战争性质的转化以及军事实力、战争潜力远远超过郑军等各种客观因素外，玄烨的英明决断，也是重要原因之一，其主要表现为：
（一）坚持国家统一的政治立场，并在此基础上决定战略和策略
当实施政治招抚时，郑经、刘国轩等都曾多次要求“请按琉球诸国例称臣进贡”，玄烨都坚决拒绝了，并严正指出，台湾是中国的土地，生活在这块土地上的人民是中国人民，怎么能和琉球相比。当实施军事进攻时，有人满足于占领近海诸岛，对进取台湾持消极或反对态度，玄烨提出“宜乘机规取澎湖、台湾”的正确主张，仍有大臣反对，竟说“天下太平，凡事不宜开端”，“征台湾宜缓”等。郑氏集团在强大军事压力下接受招抚、归顺清朝后，有些大臣错误地主张弃守台湾，玄烨从统一全国的政治立场出发，坚决采纳施琅等人的正确主张，设官驻军，加强了台湾的防守和对台湾的统治。
（二）坚决任用能贯彻执行统一全国、平定台湾战略的人才为将领
“三藩之乱”后期，玄烨在以主力对付吴三桂的同时，就进行了平定台湾的准备工作，任命擅长以政治攻势瓦解敌军的姚启圣为福建总督，任命擅长水上作战的万正色为福建水军提督。不久即收复了金厦诸岛，将郑经赶回台湾。当发现万正色对进攻台湾转趋消极时，立即将万正色改任陆路提督，而起用一贯主张“因剿寓抚”的内大臣施琅为福建水师提督。以后又将进攻台湾的指挥大权全部授予施琅，使“可得行其志”。当时在任用施琅上，阻力甚大，“举朝大臣以为不可遣，去必叛”（《清圣祖仁皇帝圣训》），而玄烨不为所动，特加擢用。康熙二十七年七月十五日，施琅果不负信任，一举攻克澎湖，实现了玄烨统一台湾的战略企图。
清朝对台战略，前已说过，总的是比较成功的；但由于清决策人物及玄烨对台湾具体情况缺乏深刻了解，对海上作战缺乏必胜信心，所以在战略上，对军事进攻这个关键问题，长期徘徊犹豫，举棋不定，以致延长了统一台湾的时间。康熙三年（1664年）清军攻占金厦，郑经撤回台湾时，郑军士气已经瓦解，大批将领投诚。当时派施琅乘胜进攻台湾是完全正确的。施琅在清水洋遇风折回后，清廷竞怀疑施琅有暗通郑军的可能，下令停止一切进攻台湾的军事行动，将施琅等投诚将领调至北京或内地，完全放弃了军事进攻的方针。从康熙四年到“三藩之乱”的十年里，没有采取任何有效的军事行动，单纯派人招抚，希望郑经能自动放弃王位归顺清朝。历史证明，对一个对抗性矛盾已发展到尖锐化程度的敌对政权，如没有强大的军事压力或足以将其歼灭的军事实力和战争手段作后盾，对方是不能轻易地自动归顺的。
迁界政策对收复台湾是有损无益的，它只能增加台湾的离心力而不会加大向心力。“三藩之乱”时，已经衰落得“船不满百，兵不满万”的郑军，竟又能乘机卷土重来，占领了沿海七府，给平定“三藩”的战争增加了一定的困难。吴三桂、耿精忠都以为郑经经过十年的休养生息，必然在台湾练有强大的水军，所以才与他联合，请他由海上北进。郑军到达厦门后，耿精忠才发觉郑军兵寡船少，大失所望。
郑经虽然打着已经基本上失去号召力的反清复明的旗子参加了“三藩之乱”，但实际上他既无力与清军主力抗衡，也根本未打算恢复明王朝。他的战略方针就是乘机抢占地盘，扩大实力，最终达到割据台湾及东南沿海部分地区，垄断海上贸易的政治目的。属于清军统治的地方也好，属于耿军统治的地方也好，只要能抢到手就去抢占。结果促使耿精忠再次降清，掉过头来进攻郑军。这种同床异梦的联合，当然是要失败的。