康熙六年（1667年），清朝派总兵孔元章至台湾招抚，康熙八年（1669年）玄烨又亲下诏书派兴化知府慕容颜送至台湾，郑经也派柯平等来泉州，双方进行谈判。郑经要求清朝以外国之礼见待，互市通好，息兵安民。玄烨坚决不允。郑经此时虽然表面上仍奉早已不存在的南明年号，但实际上已经放弃了郑成功的复明立场，妄图长期自立国家。玄烨坚持全国统一的原则，但缺乏海上作战的经验，还没有定下以武力平定台湾的决心，只好仍然采用消极而又成效不大的以经济封锁为主要内容的守势战略，与郑军隔海对峙。至“三藩之乱”时止，双方没有作战。郑经利用这段和平时间，招集移民，发展生产，对台湾的经济发展，也作出了一定的贡献。
二、“三藩之乱”时清、郑两军的战略
（一）郑军重占金、厦及东南沿海地区
康熙十二年（1673年）末，吴三桂在云、贵首倡叛乱，进军湖广，迅速占领了沅州、衡州、长沙、岳州等地。次年，福建耿精忠、广东尚之信、广西孙延龄、四川郑蛟麟、陕西王辅臣等，先后均响应吴三桂起兵反清。吴三桂与耿精忠认为郑军兼有舟师及陆上作战部队，在台湾已经十年休整，必然兵精船多，企图利用他由海上北进长江，切断清军南北联系。吴三桂给郑经写信说：“殿下速整貔貅，大引舟师，径取金陵，或抵天津，断其粮道，绝其咽喉。”（《台湾外记》第217页）
耿精忠也约郑经：“以舟师由海上出江南，而已统陆师出江浙。”
郑经遂进军厦门。郑经此时已经背弃了郑成功抗清复明的政治目的，根本不考虑反清战争的全局，更无意为吴三桂等火中取栗，深入北方作战；他以扩大个人实力为目的，以“得尺即尺，时不可失”的方针，向耿精忠控制的地区扩张，先后占领了泉州、漳州、潮州等地。
入关三十年的清军，已失去原来的锐气，统军的贝勒、将军，也缺乏老一辈将领的军事素养和战斗经验，面对叛军的攻势，节节败退，长江以南和陕、甘、川省，很快为叛军控制。“东南、西北，在鼎沸。”
年仅二十的玄烨，临危不惧，态度坚决，为了维护国家统一，决定以武力平定叛乱，定下剿抚并用，以剿为主，重点指向吴三桂的战略方针，亲自调兵遣将，指挥作战。从当时各路叛军的行动判断，吴三桂的战略企图是利用王辅臣、郑蛟麟部进攻川陕，从北路直接威胁北京；利用郑经、耿精忠部进攻江浙，切断清军南北联系；自率主力进至湖广、江西，与耿、尚、孙连结，割据江南。玄烨根据当时形势，决心先翦除两翼，再全力对付吴三桂，作了如下部署：命尚善、勒尔绵由湖北进攻湖南吴三桂军；命洞鄂、莫洛由陕西进攻四川，威胁吴军侧背；命岳乐进攻江西，阻止吴军与耿、尚两军会师；命杰书、付喇塔进攻浙江，命喇布镇守江南，防止郑经军北进长江。
参加叛乱的三藩、郑经和其他各部，都是一些以个人利害为转移的骄兵悍将，他们不相统属，没有统一的军事纪律相互约束，没有统一的指挥和战略，特别没有任何长远的政治目标，心志不齐，各行其是。甚至自相攻打，争夺地盘。所以虽然起兵叛乱之初，声势浩大，但经过两年的战争，至康熙十五年（1676年），全国战略形势已发生变化。王辅臣在清军招抚的政治攻势下首先降清，西线叛军瓦解，“全秦悉定”。郑经在耿精忠三路出师浙江时，不仅不北进长江，反而在耿军后方吞并耿的军队，抢占耿的汀州等城。耿精忠在杰书军事进攻与政治招抚的双重压力下，也投降了清朝，回军福建进攻郑经。尚之信继耿降清，东线叛军瓦解。仅余郑经一部，屡战屡败，占领的泉、漳、兴、潮、惠、汀、邵七府全失，郑军被迫退守金、厦二岛。
（二）清军收复金厦，郑经撤逃台湾
叛军东西两线瓦解后，吴三桂军仍坚守岳州、长沙。玄烨集中力量于湖南战场，杰书率清军一部入粤，留闽兵力不多，又缺乏水军、船只，因而对郑经转取招抚政策。康熙十六年（1677年）两次派人与郑经谈判，郑经根据当时形势，判断清军无力渡海作战，均予以拒绝。康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在衡州称帝，郑经也乘机攻占海澄，向廉州、潮州进攻，并包围了泉州。但很快为清军击退，又撤回金、厦、海澄。从当时全国总的战略形势看，反清部队已只剩吴、郑两军，在相互远隔中均处守势，清军基本上已控制住战局，玄烨乃在两个战场积极进行全面进攻准备。
清军认为，“今练兵、抚贼、绝粮，贼势渐衰，正宜乘机剿灭”（清议政王等《题复姚启圣条陈平海机宜事本》）。康熙十九年（1680年）二月，清军以一部兵力集中同安，佯攻厦门，牵制郑军，而以水师提督万正色率主力进攻海坛（今福建平坛）。郑军水师副总督朱天贵战败南逃，清军乘胜追击，连下湄州、南日、平海、崇武诸岛。郑军“时久已无粮，尽皆溃退，国轩禁不能止”（《海上见闻录》第73页）。厦门守将吴桂，海澄守将陈昌，涡州守将康腾龙等相继献岛投诚；郑军水师统帅朱天贵也率文武官员及“二万余兵并船三百只”献铜山投诚。郑经仅率残部千余人逃回台湾。
三、康熙统一台湾的战略
（一）康熙的战略决策
吴三桂于称帝当年秋死去，其孙吴世蟠在云南继立。清军乘机发动进攻，在湖南、广西、四川连连胜利。至康熙十九年，吴军被逼至云南一隅，失败已成定局；郑经逃回台湾后，清军进驻沿海各岛，重新开界，安插投诚官兵开垦，同时开始作进攻台湾的准备。次年正月，郑经病死，内部又产生夺权之事。郑经长子克臧被缢死，由冯锡范等拥立次子克壤继位。郑军宾客司傅为霖暗通清军，送情报与姚启圣，请速进兵台湾。郑军中军廖方潜逃漳州投清，亦“恳速发兵救民水火”，并带来台湾地图（《优畏轩奏疏·题为报明郑经病故克墼被杀等事本》）。福建总督姚启圣认为郑军以台湾为根据地，随时可以东南沿海地区进扰，不消灭郑军，海患不能消除，应乘机进攻台湾。水师提督万正色与总督姚启圣有矛盾，本来他是力主进攻的，见姚启圣请求亲率水军进攻台湾，却一反常态，“言台湾难攻，且不必攻”（《海上见闻录》第75页）。玄烨当机立断，将万正色调为陆路提督，任用智勇双全的施琅为福建水师提督。命“与将军、总督等统舟师进取澎湖、台湾”（《东华录》卷十二）。
施琅于十月初五日到职，“一面整船，一面练兵，兼工制造器械，躬亲挑选整搠”（《靖海纪事·决计进剿疏》），积极进行战备。次年三月，向玄烨报告了作战方案、进军时间等，并请求统一指挥权，由自己“独任专征”。姚启圣也上疏玄烨，请求亲自率兵参加进攻台湾的作战，并要求由施琅率军攻澎湖，他率军攻台湾的淡水。康熙二十一年（1682年）五月，清军集结铜山，在作战会议上对进攻发起时间上产生分歧：施琅拟趁南风立即进攻；姚启圣、吴兴祚则坚持应至十月趁北风进攻。双方“力争十余天”不能统一，部队无法行动。玄烨有所犹豫，拟“俟十月后再行定夺”（《汉文起居注》康熙二十一年七月二十八日）。施琅七月又上疏玄烨，详细汇报“屡得旧时部曲密寄通报”所得到的台湾情况，从兵力对比、士气人心等各方面分析了确有“可破、可剿之机”。认为不能单靠政治招抚，应以军事进攻为主，“因剿寓抚”如果按兵不动，专以招抚为主，则刘国轩等处于主动地位，断不肯就抚。仍恳请“独任臣以讨贼……勿限时日，风利可行，臣即督发进取”（《靖海纪事·决计进剿疏》）。玄烨看过施琅的奏疏后，认为郑经既死，“余党彼此猜疑，各不相下，众皆离心，乘此扑灭甚易，进剿机宜不可停止”。又征求了议政王大臣们的意见，考虑“若一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便行事”，完全“由施琅相机自行进剿极为合宜”，遂下令同意施琅独率水军，专任攻取，而令总督、巡抚“同心协力，攒运粮食，毋敢有误”（《汉文起居注》康熙二十一年七月二十八日）。
（二）施琅的作战指导