1958年5月26日，全总党组召开扩大会议，原定讨论贯彻成都会议精神和《中共中央关于工会组织问题的意见》。会议开始后，很快就转为讨论、贯彻三天前刚刚闭幕的党的八大二次会议精神。变为“插红旗、拔白旗”，错误地批判赖若愚、董昕，指责他们把工会和党的关系完全放在对立地位，崇拜自发的工人运动，反对党的领导，把工会搞成“独立王国”，犯了“严重的右倾机会主义”错误，并扣上“反党、反人民、反社会主义”的大帽子。董昕被撤销了全总书记处书记的职务，一大批干部受到程度不同的处分。只有赖若愚因当时已经病逝，没有处分。
批判赖若愚完全是捕风捉影、断章取义。赖若愚作为全国总工会主席，讲过许多话，写过许多文章，今天看来都是站得住脚的。批判项南、曹冠群也是毫无根据的。他们有一个共同的罪名就是“严重的右倾机会主义”错误。
1961年夏，中央察觉到庐山会议以后，在全党范围内开展的反右倾斗争伤害了一大批干部，党内民主生活受到破坏，造成人人谨小慎微，不敢讲真话，不敢反映真实情况，党内外一片沉闷，万马齐喑。为了扭转这种局面，中央决定实事求是地对几年来受批判、受处分的干部和党员进行一次甄别平反。6月12日，毛泽东在中央工作会议上讲话说，“我们错就错在不该把关于彭、黄、张、周的决议传到县以下。应该传达到县为止……在十几万人的小范围内传达就行了。军队不搞到连队，地方不搞到公社以下去就好了。搞下去就整出了许多‘右倾机会主义分子’。现在看是犯了错误，把好人，讲老实话的人，整成了‘右倾机会主义分子’。”会后，6月15日，中共中央发出《关于讨论和试行〈农村人民公社工作条例（修正草案）〉指示》，规定：“为着发扬民主，有必要对于最近几年来，受过批判和处分的干部和党员，实事求是地加以甄别”。“过去批判和处理完全错了的，要改正过来，恢复名誉，恢复职务；部分问题批判和处理错了的，就改正这一部分问题的结论。”还明确“今后在不脱产干部和社员群众之间，不许再开展反对右倾或者‘左’倾的斗争，禁止给他们带政治帽子”。虽然中央有了政策，但是中央并未为此事专门发文件，因此，甄别平反工作阻力很大，进展十分缓慢。1962年1月，扩大的中央工作会议（七千人大会）决定加速进行这项工作。4月27日，中共中央发出《关于加速进行党员、干部甄别工作的通知》。明确地指出：“中央认为，对于党员、干部的甄别平反工作，必须根据扩大的中央工作会议的精神，加强领导，加速进行。”文件还规定：“甄别平反的方法，是由上一级党委派负责同志帮助所在组织摸清被错批判和错处分的党员、干部的情况，召集他们开会、谈话，然后召开干部大会或党员大会、群众大会，宣布一律平反。其中即使有的有些轻微错误，也不要留尾巴。有关领导干部应该当场向被错批判、错处分的党员、干部进行道歉。”
根据中央4月27日通知，全总、团中央、全国妇联都有大批干部需要进行甄别平反。但是，对赖若愚、董昕、项南等同志的批判涉及多年来对工会理论和团的理论的争论，在当时“左”的指导思想没有根本改变的情况下，为他们进行甄别平反困难很大。所以，当时对赖、董、项的甄别平反问题，只能是走走过场。中央书记处那时正以主要精力指导全党贯彻“调整、巩固、充实、提高”八字方针，对国民经济进行调整，也无法拿出更多的精力去解决这样的重大问题。相对地，解决曹冠群的问题就比较容易些。七千人大会以后，杨尚昆即责成群众工作组派人去协助中监委秘书长金昭典，到全国妇联对曹冠群的情况进行调查，确定曹的问题应当彻底平反。随后，杨尚昆亲自找曹冠群本人和全国妇联领导人罗琼、曾宪植谈话，反复向全国妇联的同志们指出：“工作中有不同意见是正常的，任何时候都会存在各种不同意见，不要把工作中的问题都提到政治高度。”请她们说服全国妇联机关中不赞成为曹冠群平反的那部分同志。经过细致的工作，终于统一了认识。7月20日，全国妇联召开主席团会议，审议了对曹冠群的甄别结论，指出在反右倾运动中对她的批判和处分是错误的，决定予以撤销，恢复她的全国妇联书记处书记的职务。
不久，1962年9月，八届十中全会大批“黑暗风”、“单干风”和“翻案风”，风向骤变。这以后，再提为在反右倾运动中受批判和处理的同志甄别平反问题，显然是不可能了。接着“文化大革命”10年，直到1979年赖若愚、董昕、项南三同志才得到彻底平反。
当时，全总、团中央、全国妇联的一批干部被指责为犯有右倾机会主义性质的错误。那么，他们右在何处？其实所谓右，主要就是怎样理解群众组织接受党的领导问题。应当说，在五六十年代，工会、共青团、妇联在配合党的中心工作方面是十分出色的。特别是60年代初，为了扭转当时的严重困难局面，对国民经济进行果断的调整，成千万地精减职工和减少城市人口，如果没有工会、共青团、妇联的有力配合，能够取得成功是不可想象的。1962年12月，彭真就曾在一次会议上高度评价工会工作。他说：“一年来，工会做了很多工作，表面看来不是那样轰轰烈烈，实际上有很大成绩。这一年，所有企业都在调整，调整中最大的问题就是工人群众的问题。由五千几百万人减到三千多万人，动员了差不多两千万人下乡，而且没有出乱子，世界上哪个国家能做到这样？我们这次调整搞得比较顺利，固然是我们的党中央、毛主席、人民政府在人民中有很高的威信，又有各级党委的领导，但是如果没有五千万工人群众的觉悟，也是不行的。”当时，精减职工，工会做了大量工作；动员和组织城市青年上山下乡，要依靠共青团；妇联则在做好占人口总数一半的妇女的思想工作，号召广大妇女坚持勤俭建国、勤俭持家方针，千方百计战胜困难，为顺利地实现国民经济调整进行了有力配合。
但是，另一方面，工会、共青团、妇联对各自的经常工作却做得很不够,在当时确有脱离群众的现象。全总、团中央、全国妇联一批干部犯“右倾机会主义”错误，其实就是他们指出了这方面工作中的不足，要求扭转群众组织脱离群众的局面。因而被指责为“反对党的领导”、“向党闹独立性”。
1961年1月，党的八届九中全会决定对国民经济进行调整。随后，党中央制定了《人民公社60条》、《工业70条》、《高教60条》等一系列政策规定，开始了各项工作领域的纠“左”。群众工作中的“左”的东西也开始降温。1961年5月23日，全总党组向中央作的《关于改进基层工会工作的报告》，承认当时基层工会的主要问题是没有发挥或者没有很好发挥应有的作用，不大关心群众的生活，不大注意倾听群众的意见，民主生活制度不健全，在完成党的中心工作时常常放松或丢掉经常工作。同时有针对性地提出了改进意见。很快，5月29日，中央就批转了这个报告，要求各地参照执行。这一时期，中央书记处多次讨论工会、青年、妇女工作，突出强调工、青、妇三个群众组织要恢复和加强自己的经常工作。
这一时期，纠“左”的步子尽管迈得不大，但在工作中已经出现了可喜的局面，工、青、妇的工作比较活跃了，在国民经济的调整中发挥了重要作用。
力争缩小受“小说《刘志丹》案”株连的范围
1962年秋，中共八届十中全会重新强调阶级斗争，“左”的指导思想进一步发展。刚刚摆脱沉闷局面的工会、共青团、妇女工作又受到了新的冲击。
首先是1962年8月，在北戴河召开的中央工作会议上，康生无中生有，指责小说《刘志丹》一书是“利用小说进行反党”，制造了“习仲勋反党集团”冤案，全总和团中央也为此受到牵连。当时，小说《刘志丹》一书尚未正式出版，但是《刘志丹》（第六稿）的若干章节已在《工人日报》、《中国青年报》和《光明日报》上连载。《工人日报》、《中国青年报》分别是全总和团中央的机关报，《刘志丹》的组稿和出版者工人出版社是全总的事业单位，而全总、团中央又是归杨尚昆负责联系的，这件事就自然地牵连到杨尚昆头上了。
工人日报社和中国青年报社仅仅是刊载了《刘志丹》的若干章节，怎么也不能上纲上线，说他们蓄谋反党，划到所谓“习仲勋反党集团”里面去。组稿并出版《刘志丹》一书的工人出版社就不同了，非得查个水落石出不可。8月24日，中央工作会议一结束，杨尚昆就匆匆忙忙从北戴河赶回北京，立即责成群众工作组胡剑青等同志去调查此事。随后，由中央办公厅会同中央组织部干部杨以希、全总书记处书记黄民伟等同志组成一个小组，经过几个月的工作，最后向中央书记处写出报告。指出：工人出版社为了在广大职工群众中进行革命传统教育，早在1956年就拟订了一个出版革命烈士传记和革命回忆录的选题计划，小说《刘志丹》就是这个计划选题中的一部。原来是想出一本好书，主观愿望是好的。报告指出，工人出版社没有在习仲勋领导下工作过的人，也没有同习仲勋有过联系，不存在反党集团问题。这就保护了工人出版社的同志，也保护了全总。康生虽不满意这个报告，但是他也没有办法推翻这个调查结论。“文化大革命”开始以后，康生重新抓起《刘志丹》这个“题目”，变本加厉，借机整人。工人出版社社长高丽生同志最终被迫害致死。直到党的十一届三中全会以后，1979年8月4日，中共中央批转中央组织部《关于为小说〈刘志丹〉平反的报告》，这个冤案才得到平反。1980年2月25日，中共中央又发出《关于为“习仲勋反党集团”平反的通知》，明确指出：“习仲勋、贾拓夫、刘景范同志参加革命几十年来，为党为人民做了大量工作，对革命是有贡献的。强加给他们的反党罪名应予推翻，彻底平反，恢复名誉。1962年以后审查他们所形成的一切诬蔑不实的结论意见和材料，应予否定。对因所谓‘习仲勋反党集团’问题受到株连迫害的干部和群众，均应予以平反，恢复名誉。”至此《刘志丹》和“习仲勋反党集团”冤案彻底解决。
“四清运动”中再一次明确工会的性质
“四清”运动后期，1965年1月，指导运动的纲领性文件《二十三条》公布后，全总也提出工会工作要“以阶级斗争为纲，以社会主义和资本主义两条道路斗争为纲”。在某些进行了“四清”的地方，甚至出现建立“革命工人协会”、“革命工人委员会”代替工会的现象；还有的地方提出要将工会的某些具体业务交给有关行政部门管理等问题。工会工作又一次面临“消亡”的危险。7月3日、26日，杨尚昆两次听取了全总党组的汇报并做了原则指示。28日，全总召开省市自治区工会主席座谈会。座谈会期间，8月9日，中央书记处及时地讨论了工会工作，明确指出工会要做切切实实的群众工作，发挥群众监督作用，克服官僚主义。再一次明确工会“作为工人阶级的群众组织的性质没有变，由此而规定的群众工作任务没有变”。重申工会组织群众监督的重要意义，第一次明确规定把企业的职工代表大会和工会工作结合起来，工会委员会要成为职工代表大会的常设机构，经常发动和组织群众监督干部、监督企业工作，正确贯彻执行党的方针政策。15日，杨尚昆到全总作报告，阐述中央书记处的指示精神。9月8日，中央批转了传达中央这一精神的《全总党组关于省、市、自治区工会主席座谈会情况的报告》。可惜的是，中央的精神未及贯彻执行，一场更大的灾难，“文化大革命”的风暴已经降临。
“四清”运动中，一些地方为了纯洁组织，把家庭出身不好，表现落后或犯有一般错误的工会会员，降为“预备会员”，有的还开除了他们的工会会员资格。中央书记处及时制止了这种做法。指出工会是工人阶级的群众组织，不能套用党和共青团实行预备党、团员制度。对少数表现不好的职工，工会应当加强对他们的教育。
不久，“文化大革命”爆发，一场灾难不可避免地先后降临在工会、共青团、妇联的头上。首先是共青团。由于毛泽东的支持，“红卫兵”运动狂热发展，共青团被迫停止活动；接着，有雄厚经济实力的全总，资金被冻结，金库封存。工会内部也乱揪乱斗，从全总到各地基层工会全部陷于瘫痪；最后是全国妇联，艰难地维持了一段时间，到1968年初也完全停止了活动。直到“文化大革命”后期，工会、共青团、妇联才逐步恢复活动。1978年9月，中国妇女第四次全国代表大会；10月，中国工会第九次全国代表大会和共青团第十次全国代表大会相继召开，标志着三个群众组织正式开展工作。尽管这时党的十一届三中全会还未召开，“文化大革命”还没有被彻底否定，思想上、理论上的拨乱反正刚刚起步，但毕竟工、青、妇的工作开始恢复了。
“文化大革命”中，工、青、妇真的“消亡”了，但最后被彻底否定的是“文化大革命”。“文化大革命”的历史不会重演，工会、共青团、妇联当然也不会消亡。