严肃正规的考古工作于19世纪叨年代在科潘展开，哈佛大学皮波蒂博物馆派了一系列的考古工作队来；这些考古人员也对诸如像契晨·伊特萨那些地处尤卡坦半岛的玛雅废墟遗址进行了考查。
如今的科学家在很大程度上已经了解了这座古玛雅城市，科潘地区是一个八十平方英里的河谷地区，而城市本身不过几平方英里多一点，位于河谷地区的最低处。这一地区内有三千五百座草木覆盖的高岗，每一处都是一座文化遗址，还有其他千余座高岗沿着河谷地区零散地分布着。
科潘城的中心是一个占地约三十英亩的地区，考古学家称之为主建筑群，也是当年斯蒂芬斯和加瑟伍德看见一连串大型废墟的地方。包括大金字塔在内的最重要的建筑雄踞于土石砌成的平台之上，傲视着周围的一切。小型的金字塔、庙宇、院落及其他建筑散布于大金字塔的周围。金字塔之间建有大型广场，上面点缀着石碑，有的竟高达十三英尺。中央大型广场的一端修有一个球场，球场周围则是突兀的金字塔，就像陡峭笔挺的山峰。
科潘仅是玛雅许多文明中心中的一个。考古学家把玛雅的势力范围分成了三个区域：从南到北是高地（即今天危地马拉、西萨尔瓦多和洪都拉斯的山区地区）；南部低地（即危地马拉、南墨西哥和比奈滋的丘陵和平坦低地相连结的地区）；北部低地（即尤卡坦半岛）。
科潘位于高地和南方低地之间。就其地形来讲，她属于多山的高地，但她与南方低地的玛雅城市有着最紧密的文化联系，这些城市中包括有巴沦克和汰柯。
公元前1100年，在郁郁葱葱的科潘河谷里开始有人定居。玛雅文化诞生于公元前2世纪，大约在公元前250年就进入了今天学者们所说的古典玛雅时代。从那一时期起，玛雅人开始在包括科潘在内的各地修建大型城市。到了5世纪，一位名叫宝蓝色鹦鹉的国王统治了科潘（宝蓝色鹦鹉是玛雅人供奉的一种热带鸟）。他下令修建了第一座大型的庙宇。他的后代接着统治了科潘15个朝代。科潘在他们的统治下成为数一数二的古典玛雅城市。
科潘另一位著名的国王叫灰色美洲虎，他在7世纪统治了大约七十个年头，在他的治理下，科潘的领土扩大了，大概是因为战争征服的结果，城市不断地扩大，直到人口达到了二十万左右，人口的增加也带来了城郊的发展。皇亲贵戚们在中央金字塔周围修建了庙宇、广场和住宅，其余的人只得搬迁进了玉米地，在那里修建起一连串的新住宅。渐渐地，原来那些住在城边的农民被迫交出谷地上开垦出来的良田，搬迁到了周围不大肥沃的坡地上。他们改变了原来的耕种技术，用石头围造了梯田，以免大雨冲刷走泥土。无论怎样，生产力开始下降。
灰色美洲虎的儿子兔子十八在8世纪初统治着科潘，那里的领土扩大到了一百平方英里。为了记录下历史知炫耀科潘的辉煌，兔子十八下令修建了许多石雕和石刻壁画。可惜好景不长，这位国王战败后被邻国俘获，斩首示众。他的儿子灰色贝壳为了复国，和巴伦克国的一位公主成了亲。灰色贝壳也修了一个新的神庙金字塔，其造型很有自己的特点：七十二级台阶，每级五十英尺宽，上面刻满了一千二百五十多幅图画，倾诉着科潘王国和她统治者的故事，这可是全美洲最长的石刻故事。不幸的是，该台阶于18世纪崩塌，现在只有几幅画还保持着原来的状态。碑文研究家们正竭尽全力地工作，想恢复这些图画的原始状态，科学家们把这项工作的难度比喻成解决世界上最大最难的拼板游戏。
宝蓝色鹦鹉王朝的最后一位国王叫雅克斯·潘克，他于公元763年登基。尽管他下令修建了许多纪念碑和祭坛，把自己描绘成一个强大的君主，但仍然无法挽救已走上颓势的科潘。人口过剩和庄稼欠收导致了食物的短缺，科潘人体质整体下降。科学家们分析研究了当地的骨骸，发现科潘后期人口中的百分之九十都患有营养不良或其他病症。雅克斯·潘克死于820年，科潘的辉煌到此就结束了。考古学家有证据表明在以后几个世纪中，人们继续生活在这一河谷地区，但人口持续锐减，再没有修建新的石碑和祭坛等建筑。大约在公元1200年，除了少数一些农民和猎户外，科潘已无人居住，热带森林开始慢慢地、极为耐心地吞噬已开垦出来的河谷地区，用树林、树叶、枝蔓和杂草覆盖掉所有的石碑和庙宇。
科潘的衰败反映了玛雅文明的整体衰退。汰柯、巴伦克和其他的南部低地城市似乎大约在10世纪左右就被遗弃了，只是在北部的尤卡坦，玛雅文化继续在契晨·伊特萨、犹克斯莫、图拉和玛雅潘等城市繁荣，但是也未能持续到15世纪，当西班牙人于16世纪入侵时，玛雅文明已经衰败不堪，她的鼎盛时期已经是几个世纪以前的事了。古代的玛雅人相信时间的轮回，认为世界将灭亡于公元2012年，然而玛雅文化的辉煌却在几个世纪前就熄灭了。
研究人员今天仍然在致力于解释和完善玛雅文明消亡的原因。玛雅城市之间的战争，城市内部贵族之间的争斗，再加上由于旱、毁林和人口过剩所引起的经济和环境恶化导致了玛雅文化的全面崩溃，常年不息的战争的拖累，不断歉收的粮食，可能还加上农民的躁动不安，等级森严的玛雅社会终于不堪重负，趴下了。1995年，地质学家发现，有证据表明8世纪南部尤卡坦玛雅城市的衰落恰好与发生在那一地区的干旱相重合，那可是7000年一遇的特大灾害。学者们一致认为“玛雅文化为什么崩溃？”和“玛雅文化是怎样崩溃的？”是当今玛雅研究中最引人入胜的两个题目。
联合国教科文组织于1982年宣布科潘为世界级文化遗产之一；这使联合国可以提供经费，用来保护废墟遗址免遭文物盗贼的茶毒和自然力量的侵害，同时能为进一步的研究提供经济援助。两年之后，洪都拉斯政府宣布科潘成立国家考古公园，并且筹备一个考古博物馆，于1996年对公众开放。虽说废墟遗址已发掘了许多，然而在未来的几十年里，考古学家和碑文研究人员仍有很多实地工作要做。一个世纪以前，斯蒂芬斯和加瑟伍德面对科潘的神秘赞叹不已；一个世纪以后，科潘仍然是一个谜，还有许多秘密等待人们去打开！
玛雅人神秘消失之谜
公元830年，科班城浩大的工程突然宣告停工，在公元835年，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。公元889年，提卡尔正在建设的寺庙群工程中断了。公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱。这情形令我们联想到复活节岛采石场上突然停工的情景。
这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求，辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。
现在我们所能看到的玛雅人的那些具有高度文明的历史文化遗址，就是在公元8世纪至9世纪间，玛雅人自己抛弃的故居。如今的游客倘佯在这精美的石雕和雄伟的构架面前，无不赞叹、惋惜，而专家学者们却陷入了深深的困惑之中。
玛雅人抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林，这种背弃文明、回归蒙昧的做法，是出于自愿、还是另有其他原因？
史学界对此有着各种解释与猜测。譬如说：外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移。然而，这些假设和猜测都是缺少说服力的。首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族，因此，外族侵犯之说就站不住脚。气象专家几经努力，仍然拿不出公元8世纪至9世纪间，南美大陆有过灾难性气候骤变的证据，同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨却依然保存完整，因此地震灾难之说可以排除。至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无耗时如此长久的可能性。
于是，就有了后人的种种猜测……
有人认为玛雅文化的神秘消失是由外星人运用大型太空船集中人力、物力进行突击性的运送来完成的星球大转移。太空船把绝大多数玛雅人运送到外星球后，只有极少数人留守。
当这些留守者眼睁睁地看着自己的亲人离家而去、迁往遥远的新天地时，就会注视着天空，发出“啊咿啊咿”的叫喊，似乎在向运送他们亲人的太空船叫道：“等一等呀，带着我啊！”这个猜测倒是与出土文物上玛雅人仰天呼号的形象颇为合拍。根据玛雅人神秘的生活方式和奇诡的科学成就，认为是一种有计划、有目的、有步骤、有安排的向外星球的移民行动，似乎也有一定的合理性。
根据有关资料，有的学者认为，在大西洋中曾有一个大西洲，它经济繁荣，文化发达，可在1万多年前的某一天，它一夜之间沉入了大海，毁灭了。翻开地图我们发现，大西洲的位置离犹卡坦半岛很近。德国科学家莫克认为，玛雅人在公元前8499年6月5日13时开始了他们的新纪元。在玛雅人中流传着这样一句话“世界由5个太阳主宰，一个太阳代表一个纪元”。所以我们认为，若以上材料是真实可靠的话，那么，也许玛雅人会是幸存的大西洲人和美洲当地人的后代，他们深知祖先的毁灭，他们认为在公元后的某一天，又一个纪元将灭亡，所以集体向北迁移，并在之后的某一天，集体跳入大西洋，逃避世界的灭亡。当然，这一说法还有待论证。
20世纪80年代末，一支包括考古学家、动物学家和营养学家在内的共四十五名学者组成的多学科考察队，踏遍了即使是盗墓贼也不敢轻易涉足的，常有美洲虎和响尾蛇出没的危地马拉佩藤雨林地区，用了六年时间对约二百多处玛雅文明遗址进行了考察，结论是：玛雅文明是因争夺财富及权势的血腥内战，自相残杀而毁灭的。
这些学者认为，玛雅人并非是传说中那样热爱和平的民族，相反，在公元300～700年这个全盛期，毗邻城邦的玛雅贵族们一直在进行着恐怖的争权夺利的战争：战卒们用矛和棒作兵器，袭击其他城市，其目的是抓获俘虏，并把他们交给己方祭司，作为向神献祭的礼品。这种祭祀正是玛雅社会崇拜神灵的标志。
玛雅社会一度相当繁荣，农业、手工业以及商业贸易都非常发达，但自公元7世纪中期开始，玛雅社会衰落了。战争永无休止，生灵涂炭，贸易中断，城毁乡灭，最后只有10％的人幸存下来。
公元761年，杜斯·彼拉斯城的王宫覆灭可视为玛雅社会衰落的一个起点。杜斯·彼拉斯是方圆一千五百英里内的中心城邦。它遭到从邻近托玛瑞弟托城来的敌人的攻击，随后是斩草除根的大屠杀。胜利者举行了“终结典礼”，砸烂了王座、神庙和刻板。一些贵族逃到附近的阿瓜迪卡城——这是一个巨大裂缝环绕的天然要塞。他们在那里苟延残喘了四十年，最后还是遭到灭顶之灾。公元800年，阿迪卡已是一座鬼城。公元820年以后，玛雅人舍弃了这片千年间建立了无数城市的佩藤雨林，再也没有返回这片文明的发源地。
据科学家最新研究显示，促使玛雅文明没落没落的罪魁祸首可能是干旱，而且这种干旱具有某种时间规律性，与太阳活动的周期有关。
太阳活动的周期事实上变动的幅度大约仅有百分之一，但却足以造成玛雅文明的心脏地带——尤卡坦半岛严重的干旱发生。从来自北尤卡坦奇强卡纳普湖采集而来的沉积物中，研究者发现高浓度硫酸钙沉积层周而复始地出现，硫酸钙的成因是大量的水分从地表蒸发后而留下的，相隔的时间大约为两百年，也就是说大约两百年左右尤卡坦半岛上会出现一次严重的干旱，这与目前已知的太阳活动的周期长度为二百零六年非常吻合。
科学家将玛雅文明的发展与太阳活动的周期一起研究比较发现，每次遇到干旱发生玛雅社会文明的发展便有趋缓的现象。而玛雅人又是非常依赖降雨以及地表水源生活的，长期严重的干旱足以使他们的文明中断并最终灭亡。
每一种说法都似乎很有道理，但正如法国人克罗齐所说，“任何历史都是当代史”，每一种说法也都无可避免地带上了研究者个人的烙印。玛雅文明的消失，不可能只是一种成因的单独作用，撇开外星移民、集体投海等等看起来荒诞不经的推测，农民起义、人口骤降、资源匮乏、地力衰竭、环境恶化、丛林侵蚀等等，这些因素都可能发生作用。至少现在，还没有人揭开玛雅文明终结之谜。