奇琴·伊察的库库尔坎金字塔超过了蒂卡尔和其他城市的金字塔。库库尔坎金字塔塔底呈正方形，高三十米，塔身分九层，每层有九十一级宽阔的石阶。四周台阶总和为三百六十四级，若把塔顶神庙算一级的话，共三百六十五级，代表一年的天数。神庙高六米，呈正方形。金字塔正面的底部雕刻着羽蛇头，。每逢春分和秋分两天的下午三点种，西边的太阳把边墙的棱角光影投射在北石阶的边墙上，整个塔身，从上到下，直到蛇头，看上去起起伏伏，犹如一条巨蛇从塔顶向大地爬行。这个金字塔是为适应宗教和农业的需要，经过精密的设计和计算建造的。
当然也已发现了作统治者坟墓的金字塔（这在中美洲只发现过一次，即帕伦克城玛雅人首领巴尔卡的陵墓金字塔）。
1952年，墨西哥考古学阿尔贝托鲁兹在帕伦克的铭文神庙的地面上发现了一个甬道入口。甬道入口被石头和瓦砾湮没。沿着甬道的阶梯向下走二十五米，就到了深藏的拱顶墓室。
他在这里发现了一座赫赫有名的地下陵墓。墓室九米长、七米高，四壁的人形浮雕被认为是玛雅神话中九个夜神的形象。在玛雅人的观念里，死亡就是把人拖入了永不可返回的浓浓黑夜，而夜神的陪伴，可以减轻他的孤寂和绝望。石棺上盖着一块雕刻精致，重达五吨的大石板，石棺中有一具人骨，随葬品琳琅满目。它们多是大量精美的玉雕制品，其中有玉镶嵌的面具，玉和珍珠母片的耳饰，以及管状玉珠的项链、指环。墓主的双手和口中各有玉块，还有两尊太阳神的玉雕放置在尸体两侧。太阳神玉雕小塑像的脸上戴着一个由二百来块玉石制成的玉面具。可见，玉在玛雅人眼里比金子还珍贵，像古老的中国人一样，玉是和生命有关的物事，它不仅使死去的人重生，而且是活着的人生命力的象征。从《红楼梦》便可一见端倪，通灵宝玉便是贾宝玉的命根子，一旦丢失了它，宝玉便疯疯癫癫不省人事。玛雅人也对玉寄予了一种厚望。不过，这被视为国宝的玉面具在轰动世界的墨西哥博物馆失窃案中被盗，至今下落不明。
沿着阶梯，还有一条仿大理石的通道把地下陵墓和上面的平台连接起来。也许这是一条玛雅人的“心灵通道”，死者由此可以与祭司们会晤，发号施令。石棺等处的铭文表明：墓主是帕兰克最大的统治者帕考。玛雅史学家认为，帕兰克古城铭帕考地下陵墓的发现，是玛雅古城遗址中最重要的发现之一。迄今为止，还没有发现能跟这个地下陵墓一比高低的其他地下宫殿。它表明，美洲的金字塔在某种情况下，与埃及金字塔一样，也是一种丧葬建筑。
“圣井”之谜
干旱地区的玛雅人，生存的第一问题是水，人们最担心的就是天不下雨。于是，玛雅宗教史上一个重要的新现象出现了——雨神恰克日益受到崇奉，地位大有凌驾第一大神天神伊扎姆纳之势。这就好比说中国常为祈雨操心的古代农民变得不敬玉皇大帝，专奉龙王爷一样。玛雅祭司们的主要工作变成了求雨，地处尤卡坦半岛北部干旱地区、辉煌的奇琴·伊扎城就建在两个大型石灰岩蓄水池边上，开口呈五十米至六十三米的略不规则的椭圆，井壁陡峭，一层一层的岩层叠压在一起，仿佛是一道道密排的环圈。从井口到水面有二十多米，水面之下到井底也有二十多米深度。这两口天然并成了玛雅人的“圣井”。奇琴·伊扎若逐字转译，即是“‘伊扎人的井口”。
这两口圣井中，南并为饮水井，北井则为玛雅人祭神专用的“牺牲之井”，也有一种说法，圣井只指北井。传说每逢旱灾之年，玛雅人便在祭司带领下前往圣井，献上丰盛的祭品，甚至包括活生生的美丽少女，祈求井底诸神息怒。1877年，美国探险家爱德华·H·汤普森打捞了这口圣井，一眼望去，这是一个装满脏水、石块和千百年积下的烂草枯木的黑洞。
从井底臭气熏天的淤泥里，一件件期盼已久的珍宝露面了，有玉石、金饰、花瓶、和翡翠碗等，伴随着它们的，是一具具少女骸骨。这一切都证明那古老的传说其实是千真万确的史实。
“圣井”的神秘价值在于当把它们连成一条直线时，那座被称为“螺旋塔”的天文观象台的顶部，恰恰在这条直线的中部，而且非常准确，两口井距天文台的顶部都是984码！
关于圣井，人们知道的也许就这么多，而实际上，它还有一个令人惊心动魄的神奇传说：
11世纪初，玛雅潘、奇琴·伊扎、乌斯马尔三城结盟，玛雅历史开始三雄鼎立、合三而一的进程。几个世纪的角逐、融合的结果，就是使这一地区因最强盛的玛雅潘而得名。故事还得从头说起，这一系列历史偶然事件都可以归到一位史诗人物名下，而他传奇的经历就发端于奇琴·伊扎的圣井。
每当饥荒、瘟疫、旱灾等情形出现时，玛雅人就要把活人投进井里，或者叫做请活人前往“雨神之家”去“询请”雨神的谕旨。通常玛雅人是在清晨把作为人祭的少女投进井里，如果她摔进水中很快溺死，那么，人们就感到非常失望，哭号着一起向水中投石头，因为神灵已经把不祥的预兆昭示给他们。事情的奇特在于人牲还有生还的可能。假如从清晨到中午，井中的人还侥幸活着的话，那么上边的人就会垂放下一条长绳，把幸存者拉上来。这个生还的人从此备受崇敬，被认为是雨神派回来的“神使”。
12世纪后期，有一位名叫亨纳克·塞尔的男子就因投井不死而被奉为“神使”。他甚至去做了玛雅潘的最高掌权者。这让人想起中国古代的类似传说，据《尚书》记载，中国在尧统治的时候，有一位叫做重华的人，被投到荒山野林里，风雨雷震、毒虫猛兽都没能加害于他，于是人们普遍认为他的才德感召了上天，受到神的眷爱，尧也把帝位传给了他。这就是中国历史上著名的禅让制，重华也就是后来的舜——三皇五帝之一。玛雅世界的亨纳克·塞尔也一样，他经过验证的“神使”身份，使他成为玛雅政治史上不可多见的显赫人物。他把玛雅潘变成了尤卡坦半岛上最强大的城邦国家，而且他的帝国化努力也有了初步成果。1194年，亨纳克·塞尔的玛雅潘武装攻占了奇琴·伊扎城，血腥地镇压了当地居民的反抗。接着，他又征服了另一重要城市乌斯马尔。玛雅奴隶制政治实体的雏形已经呼之欲出，甚至今天我们把几十万平方公里的土地称为玛雅地区，把共有同一类型文明的这些人民称为玛雅人，都应归之“神使”亨纳克·塞尔给玛雅潘这个城市带来的力量和突出地位。
这位圣井中来的“神使”由于自己并非贵族出身，所以给玛雅潘添加了世俗的色彩。
除了建造高大的祭祀坛庙之外，他还全力修建世俗权力人物的豪华宫殿，其中包括复杂的立柱厅房，有众多舒适的房间，装饰华美，设施齐全，以“宫殿”命名。这种世俗性的大型建筑在玛雅地区其他众多遗址中是难以见到的。玛雅潘的统治大权落到了非宗教祭司的世俗军事新贵手中，这使玛雅社会的组织体系、社会性质发生了微妙的质变。
或许可以作这样的猜想，玛雅潘的政治领袖亨纳克·塞尔其实并没有那一段神奇的经历，所谓从奇岑伊扎“圣井”中死里逃生的故事，乃是他编造出来的神话，用以证明他统治的合法性。这是不难想见的惯用伎俩，古今中外的事例不胜枚举。玛雅人的宗教神秘文化需要这样的“神话”，他们的人民甚至会自觉自愿或下意识地为他们的军事政治强人编织一段“神使”的传说。
望着玛雅潘遗址宏伟厚实的城墙（玛雅地区其他城市并没有这种严格的城市边界）以及六个带城楼的城门，还有城墙内大大小小近四千个建筑的遗存，人们不禁要问：它们的缔造者亨纳克·塞尔，究竟是因为来自“圣井”才有资格和力量开创出这个大局面呢，还是由于开创了玛雅历史空前的规模才被这种文化视为“神使”呢？
在今天看来，奇琴·伊扎的“圣井”只不过是两口废弃的水井，井壁风化剥蚀，井水在幽绿的色泽中闪烁着棕色和血红相间的颜色，井下曾经填满了珠宝玉器和不幸被推下井来的人牲，而如今，只剩下淤泥杂草……谁能联想到，它曾被赋予了那么重要的宗教功用和神秘色彩？
科潘之谜
公元8世纪，辉煌的玛雅文明骤然消失，巨大的城市科潘被遗弃，繁荣的街道空无一人，玛雅人抛弃了舒适的家、广场和宫殿，突然离去……这一切都成为考古史上新的不解之谜。这是人类历史上最为彻底全面的一次文化失落。是什么力量终止了玛雅文明的延续？
这是考古学家仙诺对玛雅文明困惑。
1839年，两个旅行者出现在中美洲的热带雨林之中。在当地向导的指引下，正沿着泥泞的马帮小道，艰难地向洪都拉斯崎岖的高地行进着，绿色的丛林世界，轻柔飘荡的树蔓，不绝于耳的树蛙声，这一切真会让一个生物学家如痴如醉。但是这两位旅行者到洪都拉斯来可不是为了研究珍稀动植物的，他们正在寻找一个消失掉的城市——科潘。
英国人名叫佛雷德里克·加瑟伍德，四十岁，是一位绘画艺术家，有丰富的旅行经验。
美国人叫约翰·李约德·斯蒂芬斯，三十四岁，出生于一个殷实的家庭，自己又是一位律师，但他放弃了这一本行，这些年来一直在欧洲、俄国、近东地区、阿拉伯地区以及埃及四周漫游。对古文化和废墟遗址的兴趣使两人成为至交好友。他们选定中美洲作为他们的探察目标。虽然人们早就知道在墨西哥南部、尤卡坦半岛、危地马拉和洪都拉斯存在着大量的废墟，但对于这些遗址文化的真正了解却几乎近似于零。
当两位探险家到达科潘谷地时，即今天位于洪都拉斯西部的科潘·瑞纳斯镇，看见了一条河，河的那面是长长的石墙似的建筑，高度达到一百英尺。虽然有些地方已是残缺不全，小树和灌木丛生，但他俩仍然一眼就认出这是一座巨大石建筑的遗迹，斯蒂芬斯后来在回忆中写道，“我们沿着宽大的石阶梯往上爬，有的地方还完整无缺，有的却被石隙里长出的树所拱翻，最后我们来到了一个平台之上。由于丛林杂草的覆盖，很难辨认出它的形状。”尽管科潘几乎大部分都被热带雨林所吞没，但是斯蒂芬斯和加瑟伍德还是找到了一个石头砌成的半圆形的竞技场；一些前肢跃起，飞向前方猛扑的美洲虎的雕像；还有砖石建筑上部巨大的石雕头像。他俩的正前方，一级一级的石梯最终引向一个巨大金字塔的顶部，简直就是一座人工的石头山，顶部上原来是一座庙宇，墙体已全部倒塌，并被无花果的盘根所覆盖。周围全围立着石碑或有雕花的石柱。有些雕刻内容显然是人和动物，还有一些图像俩人可是见所未见，闻所未闻。
斯蒂芬斯和加瑟伍德气喘吁吁地爬到一百英尺高的金字塔顶部，坐下后放眼向掩盖在丛林中的其他金字塔和废墟望去，映入眼帘的是凄凉和神秘的景色。斯蒂芬斯把半掩在丛林中的科潘比喻成大海中的一条沉船，“她躺在那里像大洋中一块折断的船板，立桅不知去向，船名被湮没了，船员们也无影无踪；谁也不能告诉我们她从何处驶来；谁是她的主人；航程有多远；什么是她沉没的原因。”当被问及玛雅文化被毁灭的原因时，当地的向导也只能一脸茫然：“谁知道呢？”他们总是这样一成不变地回答他们的咨询者，面对着科潘城的全部景貌，斯蒂芬斯心中只有一个信念：这些废墟只能是一个颇具成就的，有高度文明的种族留下的遗址。
两人在科潘一呆就是好几个星期，忙于探察，绘制地图和搞素描，勾草图。两人都认为科潘绝不逊色于埃及任何一座著名的金字塔。
发现令人振奋，二人大受鼓舞，急于探察更多的废墟遗址。他们穿过危地马拉，进入了墨西哥南部的契阿帕斯地区，继续进行范围广泛的探测旅行，访问了巴伦克和其他十来座别人告诉他们顺路就可以到达的废墟。他们注意到这些遗址的石碑上刻有许多和科潘石碑上相似的图像，于是断定这一整个地区曾经为一个单一的种族所占领，并且他们的文化艺术是独立存在的，决不雷同于其他任何已知种族，属于一个新的文明，斯蒂芬斯断然拒绝了当时风靡一时的文明扩散论，坚信这些废墟遗址肯定源于美洲本土，其建造者和现在还居住在这里的玛雅印第安人的祖先有相当接近的关系。随着这一论断的宣布，玛雅文化研究就从此诞生了。