在政治形式逐渐进步的历程中，功臣政治的弊病越来越突出地显现出来。在功臣政治与功臣子政治的影响下，“长吏多出于郎中、中郎，吏二千石子弟选即吏”，正如董仲舒在《天人三策·对策二》中所指出的：“未必贤也。”而和平时代以功劳升迁，又导致“累日以取贵，积久以致官，是以廉耻贸乱，贤不肖浑殽，未得其真”。当权者于是逐渐注意到，要完善政治，必须有效地吸引和任用贤能之士。
于是，《韩非子》书中对功勋之臣和贤能之臣区别对待的主张受到重视。
《韩非子·人主》中说：“明主者，推功而爵禄，称能而官事，所举者必有贤，所用者必有能，贤能之士进，则私门之请止矣。”“夫有功者受重禄，有能者处大官”，“此所以聚贤能之士。”《韩非子·八奸》也强调对“功大者”和“贤材者”应当分别授以爵与官：
明主之为官职爵禄也，所以进贤材劝有功也。故曰：贤材者处厚禄任大官，功大者有尊爵受重赏。官贤者量其能，赋禄者称其功。是以贤者不诬能以事其主，有功者乐进其业，故事成功立。
授功勋之臣以爵禄，褒奖其以往的政治贡献。任贤能之臣以官职，期待其未来的政治建树。
从秦王朝行政的特点看，当时中央政府的构成体现出倾向《韩非子》主张的政策方针。统一战争中著名的功臣大多不在秦王朝的统治中枢任职，而统一后征召的博士却极其活跃地参与议事。于是，汉初政治学者对秦始皇曾经有“不信功臣”的批评。
对汉代政治形势的分析，可以看到由功臣政治向贤臣政治的转变过程。
除零星以外戚、宗室身份得相位者外，我们看到，西汉相权归属大致呈现这样的转移趋势：
功臣→功臣子→掾史文吏→经学之士
与这一趋势相一致，西汉政治进行着由功臣政治向贤臣政治的转化。
前期功臣及功臣子为相者，较多被免去相职。后期掾史文吏及经学之士为相者，则较多“薨”于丞相职任，被免职者往往也享受优遇，如“赐金免”，“赐金安车驷马免”等等。由此或许也可以体现政治安定程度的不同。特别值得注意的是，出身于“功臣子”的8名丞相，除1人“薨”于任上外，5人被罢免，1人“有罪自杀”，1人“下狱死”。从总的形势看，继承侯位的功臣子孙们，也正是大致在这一时期绝大多数“坐法陨命亡国”。这一事实，或许正说明了从功臣政治向贤臣政治转化的艰难。
司马迁在《史记·高祖功臣侯者年表》序中说到汉初功臣受封者百有余人，而至汉武帝太初时期百余年间，仅余五侯。他接着说道：“居今之世，志古之道，所以自镜也，未必尽同。帝王者各殊礼而异务，要以成功为统纪，岂可绲乎？观所以得尊宠及所以废辱，亦当世得失之林也，何必旧闻？”徐孚远说，“此数语无注，盖不敢斥言汉家少恩，故为隐语也。”其实，司马迁所谓“未必尽同”，“何必旧闻”，可能是暗示汉世功臣“枝叶稍陵夷衰微”与以往所谓“为将三世者必败”，“君子之泽，五世而斩”不尽相同，这一过程似乎意味着政治结构的重要转变。司马迁说：“后有君子，欲推而列之，得以览焉。”如果我们从功臣政治向贤臣政治的转化这一角度分析这一过程，可能是较为接近历史真实的。
正是在汉武帝时代，察举确立了在仕进制度中的主体地位，辟除亦盛行，选举与教育也实现了早期的结合。功勋之臣不得不退出关键的政治权位，贤能之臣得到了更多的上升的机会。赵翼《廿二史札记》卷四有“东汉功臣多近儒”条，说到“西汉开国，功臣多出于亡命无赖，至东汉中兴，则诸将帅皆有儒者气象”，以为“亦一时风会不同也”。他说：“光武诸功臣，大半多习儒术，与光武意气相孚合。盖一时之兴，其君与臣本皆一气所钟，故性情嗜好之相近，有不期然而然者，所谓有是君即有是臣也。”实际上，这种现象未必可以用“意气”“性情”简单化地理解，而应当看作政治形式出现历史性进步的一种表现。就是说，政权主持者对贤能的敬重，使得有可能介入上层政治活动的社会阶层普遍开始重视自我政治素质的修养了。
将功臣政治修正为贤臣政治，往往不得不经历艰难的转折过程。这是因为，这种转折需要克服以权力酬功勋的传统政策的强大历史惯性，特别是需要破除功臣当然参与执政以及功勋具有永久政治效力等等迷信观念。
这种迷信观念的产生，是与我们民族传统心理中恋故怀旧的特质有关的。人们乐于频繁地回顾往旧的政治经历，反复地追述昔日的功业，“陈其功苦，以歌乐之”，于是使功勋几乎可以产生永远的政治效能。所谓“夙夜永思，追维勋烈”，“章叙旧德，显兹遗功”，就是这种普遍的政治心理的体现，于是形成“成功于一时，垂业于万世”的政治史的定式。“子袭功位”“门籍勋荫”，都自然而然地被看作合理的政治现象。期求安定宁静的政治秩序的传统心理，又希望新王朝的制度能够恒定化，如秦始皇会稽刻石所谓“初平法式，审别职任，以立恒常”，于是产生辨功苦以定朝位的权力分配现状也能够凝死不变的愿望。此外，功臣政治体现出“苟富贵，无相忘”的政治人情关系，这种关系，是维系政治团体的生命的纽带，同时，它又是以被看作中华民族国民性的典型特征之一的人情观念为基础的。如果没有维护这种关系的“信”与“义”的道德原则，也就难以形成真正有凝聚力的政治集团。
正是在这样的政治土壤中，生长出以盲目“敬重功勋”的政治迷信为基干的根深蒂固的功臣政治的古树。按照“以功伐决智行”的原则，功劳成为衡量政治条件的最主要的标尺。“功名”，也成为所有从政者全部追求的一种概称。
对于功臣政治的弊病，历代王朝采取了各种补救方式。汉武帝采取的对功臣权力严酷削夺的政策，为许多统治者所沿用。汉高祖刘邦诛杀彭越、韩信、英布的做法或许客观上也有近似的效用，也为后世帝王所继承。明太祖朱元璋就曾两次对功臣大规模杀戮。洪武十三年（1380）胡惟庸案，牵连被杀的功臣多达3万余人。洪武二十六年（1393）蓝玉案，牵连被杀的也有1.5万余人。朱元璋还屡次戒饬功臣“持身有礼，谦让不伐”，并对其生产经营和生活消费，颁布了严明的定制，严禁逾越。
较为平和而又相当有效的做法，是建立散官、勋官制度。这种制度，接近《韩非子》中的主张，将爵禄与官职分授，即对功臣给予其荣誉和物质奖励，却不给予与其实际行政能力不相称的政治权力。
散官即有官名而无固定职事的官。汉代制度，朝廷对重臣于本官之外加赐名号，而实无官守。魏晋南北朝承因这一做法。隋代始定散官之制，唐、宋、金、元因之。文散官名号有开府仪同三司、特进、光禄大夫等。武散官有骠骑将军、辅国将军、镇军将军等。
勋官制度始于南北朝，授功臣官号，名位极高，却无实职。起初只称散官，到唐代始别称为勋官。勋官名号有上柱国、柱国、上护军、护军、上轻车都尉、轻车都尉、上骑都尉、骑都尉、骁骑尉、飞骑卫、云骑卫、武骑卫十二等，自正二品至从七品。明代分列文勋官、武勋官。武勋官名号大致与唐制相同，文勋官有柱国、正治上卿、资治尹、赞治尹等。从“资治”“赞治”之称，可以知道其身份虽高，权力却仅接近于顾问，未能对行政事务握有决策权。
尽管有散官、勋官制度，然而相当数量的功臣仍然身居职事官的地位，而散官、勋官也可以再度把持政治实权。从历史上看，功臣政治总是不能完全绝迹，贤臣政治往往不能彻底施行。究其意识方面的根源，盖在于功臣崇拜这种政治迷信的深刻影响。
能吏寻常见，公廉第一难。
只从明府到，人信有清官。
元好问：《薛明府去思口号》
清，是中国传统意识中理想政治品格的基本特征之一。
《尚书·尧典》说：“夙夜惟寅，直哉惟清。”《易·豫》：“圣人以顺助，则刑罚清而民服。”《论语·公冶长》说，子张问孔子：“崔子弑齐君，陈文子有马十乘，弃而违之，至于他邦，则曰：‘犹吾大夫崔子也。’违之，之一邦，则又曰：‘犹吾大夫崔子也。’违之。何如？”孔子回答说：“清矣。”又问：“仁矣乎？”孔子说：“未知，焉得仁？”对于荒乱之政，不惜弃家财而远避之。这种政治态度，孔子赞誉为“清”。所谓“清”虽然没有达到“仁”的境界，但也是世人景仰的盛德高行。
于是，史书中可以频繁地看到对于“清淳”“清真”“清介”“清白”“清公”“清廉”等政治品德的赞颂。政治风格清高纯美，被称作“清尚”“清节”“清德”“清操”。德行如此高洁的人，被誉为“清士”“清人”皕瑏瑠，若举步仕途而有政治成就，则称作“清绩”皕瑏瑡“清政”皕瑏瑢，因此获得“清官”的高名。
清官的政治品行，一般以清正、清明、清廉为主要特征，也就是公正、开明、廉洁。这几乎是各种不同的政治形态下站在不同政治立场的人们所共同给予肯定的政治标范。不过，处于社会底层的受压迫民众可能对于清官怀有更真诚的崇敬。他们在政治权力方面的彻底的贫贱，致使他们渴望较为和缓的清官政治。而温良谦恭的民族传统心理所导致的抗争意识的薄弱，也使得他们把维护其最低政治权利的幻想，寄托在清官的作用上。
清官行政，历来被看作非理想政治形态的一种补充，在某些历史条件下，也是有益于纠正种种政治弊病的一种调节方式。然而，通过政治史的总体观察，人们发现，真正的清官确实只是凤毛麟角，其突出的历史作用，一方面是树立了一种政治典范，另一方面则在于即使在政治最腐恶的年代，也足以造成犹如鲁迅在小说《白光》中说到的在“朝笏一般黑魆魆的挺立着”的黑山前面那“浩大闪烁的白光”。
清官政治的致幻作用表现出深远的历史影响。无论在任何一代王朝的盛世以及末世，民间政治意识中对于清官的崇敬心理和期待心理，都是规定当时政治形势的重要因素之一。
清官迷信的历史影响，无疑也是中国传统政治文化值得特别重视的特色之一。