创业之初的公司，规模很小，业务量也不大，但它的生产、销售、研发、售后服务、信息管理、财务控制等功能部门都是应当具有的。为了公司今后的发展，创业者必须建立好公司的各个部门，也就是公司的内部结构。
公司的内部结构是规定公司内部各种分工协作关系的基本框架，规定了公司的责权分配、管理范围。这一框架随着公司规模的扩大，业务量的增多会显得更加重要。因此，新公司根据分工原理，要按业务的需要划分不同部门，各个部门隶属一个经理来掌管和控制；大的部门再分为子部门，形成多个阶层。一般认为，范围、目标、作业复杂性相仿的企业，经理阶层以少为佳，因为决策链短对市场的反应能够更加敏锐。
公司可以按照不同的方法来建立部门，下面介绍几种典型的建立方法。
1.职能型组织结构
职能型组织结构是以公司的各种经济功能为依据划分各个部门的：
优点：总经理对各职能部门实行垂直式领导；各职能部门以专业分工，可由具有专长的人出任经理。这种方法充分利用了现代化大生产的专业化分工思想，提高了工作效率，避免了公司功能的重复，达成了部门内规模效益，节约了管理费用。
缺点：各部门之间横向沟通不够充分，协调难度大；各部门不能充分体会别的部门的意图和要求，公司行动缺乏全面性和主体性，容易脱节。随着公司规模的增大，业务部门的增加，这些缺点将越来越突出。
选择考虑：如果新公司的市场较为稳定，公司的产品专业化强、品种较少、以规模取胜，这种方法不失为一种上佳选择。
2.事业型组织结构
这种组织结构是按产品、地域和顾客的不同把公司分为若干个事业性的独立部门，也就是把公司业务分为多个单独“项目”，因此又被称为“项目型”。
优点：各项目独立负责，责任清楚，工作连贯。项目内各环节联系紧密、决策迅速、反映机敏，能很好适应各方面要求。
缺点：各项目之间工作重复，成本高，费用支出过多。各部门之间争夺公司内部资源，不利于公司协调动作。
选择考虑：如果新公司的市场环境差异较大、公司业务多样且特色明显、产品相关性不强，事业型的组织结构将是一个很好的发展基础。
3.纵横交错型
纵横交错型的公司组织结构是同时按职能和项目两种方法来划分公司部门，集职能型和事业型为一身的复杂结构。
优点：既可获得专业分工的效益，又对具体业务有一个全面连续的思路。公司内部营运灵活，可充分发挥各人员积极性。
缺点：对整体管理有更高的要求。内部联系路线不固定，责权模糊，容易产生各种矛盾。成本较高。
选择考虑：公司的业务内容相通处多，但业务阶段性强（如广告代理公司等）。
4.地域型组织结构
企业因为经营遍布各地，并且经营范围相同，常常会按地理位置来划分部门。像有很多分行的银行，速食连锁店，或有诸多分店的旅馆，百货公司营销性质的公司等，可以组成按地区划分的管理中心。
优点：各地区的客户情况各异，能因地制宜，随市场而调整经营措施。
缺点：机构重叠，怎样确定地区经理中心授权的程度和范围也是个值得注意的事情，不然会出问题。个别地区的管理处理不当也可能会影响整个企业的形象声誉。
考虑选择适用于公司经营范围广泛，并且经营业务相同，建立网络式的公司。
5.战略决策单元型组织结构划分部门
大型综合性的集团公司按其发展战略把它多角经营业务整合为集团，或战略业务单元。这些单元可能在业务上完全不相关，除了各自向总部报告外，在规划、财务、人事、产品上完全独立。
这些集团有时是企业看到市场利润远景，而开发出来的战略产品，像IBM在20世纪80年代初的个人电脑单元，但多半是并购后整合的结果。
各个集团实质上是独立的企业，即子公司组成的集团，被总公司拥有或最终控制。
各集团可以再按经济功能、产品类型或地域划分成部门。比如，摩托罗拉有5个战略业务单元；华而特·迪斯尼公司也把全球的业务整合成6个战略业务单元；游乐园，电影集团，消费品集团，房地产开发集团，闭路电视集团和影像技术工程开发集团。
优点：除了由各集团的本身组织形式带来的利弊之外，这种结构形式的好处在于：各集团所处的市场环境差别很大，无法按同一结构来组成。各集团对市场的把握，利润成本的控制和风险的承担上能自主，因为它们也确实只限解本集团范围内的业务。
缺点：由于它其实是集团的联盟，彼此协调的动因很小。加上总公司倾向于用当期的利润指标来考量集团经理的业绩和红利的分配，各集团会专注于竞取总公司的投资支持，并看重短期利润，利用近期表现来获取升迁或向其他企业跳槽，对总公司的整体长期利益可能不见得有好处。
选择考虑：此适合为大型综合性大公司，由许多子公司组织集团并由总公司拥有或最终控制。也可以是业务各不相同的众多部门共同组成在规划、人事、产品、财务上完全独立的公司形式。
以上只是常见的五种公司组织结构，现实经济生活中，还有许多变形和综合结构。在组建公司时，创业者一定要由具体环境和业务特点而定，万万不可拘泥。