虽然《麦金利关税法案》让哈里森丧失了选民的支持，但麦金利和哈里森二人的关系一直还不错。1892年大选时，此时已经成为俄亥俄州州长的麦金利，积极四处活动支持哈里森，并以州长的身份出动国民自卫队镇压了当地的劳工动乱。
做了两任州长之后，麦金利开始打算参加1896年的总统大选。这个时候已经离开白宫四年的前总统哈里森的民意很高，但哈里森公开宣布不参加大选，而是支持麦金利参加大选。
作为前总统，哈里森的支持对麦金利赢得共和党提名有一点帮助，但帮助作用更大的却是一个叫马克·汉纳的人。
这个汉纳并没有做过总统，所以在历史上的名气并不算大，但他在当时的影响却非常大，因为他才是有真正影响力的人物。此时他的身份是金融巨擘，同时也被认为是共和党的后台老板。
麦金利能够赢得汉纳的青睐，一是因为1871年麦金利娶了一位地方银行家詹姆斯·萨克森的女儿；二是因为他有吸引力的个性、敏捷的智慧和能言善辩，被汉纳所赏识。
早在1892年麦金利竞选俄亥俄州州长时，汉纳就帮了不少忙。在1896年的共和党全国大会上，因为汉纳的指挥得力，麦金利在第一轮投票时就轻松地赢得了共和党总统候选人提名。
这次麦金利面对的对手是威廉·布莱恩，这个人也没有多少辉煌的从政经历，他最大的个人特征是年轻，当时他只有36岁。
1896年大选的主要议题是货币问题。麦金利的政纲是支持金本位，但也允许银币自由流动；而布莱恩的政纲是支持自由银币。
因为在货币问题上，各个党派内部也不是很统一，加之麦金利主张高关税。这样一来，这次大选中就出现了一个非常有趣的现象，那就是党派的界限变得异常模糊。
支持自由银币的共和党人却背弃自己的党派，转而支持民主党的布莱恩；无法接受自由银币的东部民主党人，又无法接受自由银币，但又不同意共和党的高关税，反而去支持了一个叫约翰·帕尔默的人，他们自称自己为金本位派。
更有趣的是第三党平民党，他们研究了共和、民主两党的政纲之后，发现自己的立场和民主党基本一致，所以他们在全国党代会上认可了布莱恩。
党派界限的模糊似乎是对布莱恩更有利，不仅如此，在大选开始后，布莱恩的表现也要比麦金利积极。这个只有36岁的年轻人，精力非常充沛，据说他每天只睡几个小时，用了三个月的时间，走了1.8万英里，到处发表演说。
相比较而言，麦金利就可怜得多了，已经53岁的麦金利几乎一直窝在自己家里，最多也就是在家门口对前来看自己的代表发表了一些讲话。
当然，麦金利也有他的优势，那就是在这次大选中，他的团队募集到了300多万美元的活动经费，而布莱恩只募集到60万美元活动经费。
麦金利之所以能够募集到这么多经费，一是因为他背后有马克·汉纳这个金融巨子在后面鼓动，更为重要的原因是，布莱恩竞选时声称自己代表的是广大劳动人民，那些大资本家担心布莱恩赞同的民粹意识会危害到自己的利益，所以他们纷纷用钱包支持麦金利。
劳动人民自然没有多少钱支持布莱恩，布莱恩得到的那60万美元的经费，大都是因为他主张自由银币而从西部银矿主那里募集到的。
有了充足的经费之后，共和党拥有1400多名麦金利的代言人，在全国各地给麦金利造势，他们还把布莱恩描述成为了一个激进分子、社会主义者和蛊惑人心的政客。而民主党也不甘示弱，他们把麦金利宣传成为一个资本家的工具。
所以，当时的克利夫兰市长琼森认为，这次大选是“美国人民对垄断的第一次伟大反抗，是美国大众对特权阶层的一次斗争”。
大选的结果是，麦金利以271票对176票，赢得了大选。