企业家价值实现的平台和载体是企业，因此组织结构设计是一项战略工作。组织结构设计是指以企业组织结构为核心的组织系统的整体设计工作。组织结构设计是通过对组织资源的整合和优化，确立企业某一阶段的最合理的管控模式，实现组织资源价值最大化和组织绩效最大化。企业的组织结构设计就是对构成企业组织的各要素进行排列、组合，明确管理层次，分清各部门、各岗位之间的职责和相互协作关系，并使其在企业的战略目标过程中获得最佳的工作业绩。组织结构设计原则：①任务与目标原则；②专业分工和协作的原则；③有效管理幅度原则；④集权与分权相结合的原则；⑤稳定性和适应性相结合的原则。组织设计理论分为静态的组织设计理论和动态的组织设计理论。静态的组织设计理论主要研究组织的体制（权、责结构）、机构（部门划分的形式和结构）和规章（管理行为规范）。而动态的组织设计理论除了包含上述基本内容之外，还加进了人的因素，加进了组织结构设计，以及组织在运行过程中的各种问题，诸如协调、信息控制、绩效管理、激励制度、人员配备及培训等。
组织结构设计包括六项主要内容：①职能设计。职能设计是指企业根据其战略任务设计的经营职能和管理职能。②框架设计。框架设计就是纵向的分层次、横向的分部门。③协调设计。协调方式的设计就是研究分工的各个层次、各个部门之间如何进行合理的协调、联系、配合，以保证其高效率的配合，发挥管理系统的整体效应。④规范设计。结构设计最后要落实为规章制度，管理规范保证了各个层次、部门和岗位，按照统一的要求和标准进行配合和行动。⑤人员设计。按照组织设计的要求，必须进行人员设计，配备相应数量和质量的人员。⑥激励设计。就是所谓的奖惩制度，激励制度既有利于调动管理人员的积极性，也有利于防止一些不正当和不规范的行为。
组织再造设计的原则：①拔高原则。在为企业进行组织结构的重新设计时，必须遵循拔高原则，即整体设计应紧扣企业的发展战略，充分考虑企业未来所要从事的行业、规模、技术及人力资源配置等，为企业提供一个几年内相对稳定且实用的平台。②优化原则。任何组织都存在于一定的环境之中，组织的外部环境必然会对内部的结构形式产生一定程度的影响，因此企业组织结构的重新设计要充分考虑内外部环境，使企业组织结构适应于外部环境，谋求企业内外部资源的优化配置。③均衡原则。企业组织结构的重新设计应力求均衡，不能因为企业现阶段没有要求而合并部门和职能，在企业运行一段时间后又要重新进行设计，职能不能没有，岗位可以合并。④重点原则。随着企业的发展，会因环境的变化而使组织中各项工作完成的难易程度及对组织目标实现的影响程度发生变化，企业的工作中心和职能部门的重要性亦随之变化，因此在进行企业组织结构设计时，要突出企业现阶段的重点工作和重点部门。⑤人本原则。设计企业组织结构前要综合考虑企业现有的人力资源状况及企业未来几年对人力资源素质、数量等方面的需求，以人为本进行设计，切忌拿所谓先进的框架往企业身上套，更不能因人设岗、因岗找事。⑥适用原则。企业组织结构的重新设计要适应企业的执行能力和一些良好的习惯，使企业和企业员工在执行起来时容易上手，而不能脱离企业实际进行设计，使企业为适应新的组织结构而严重影响正常工作的开展。⑦强制原则。重新设计的组织结构必然会因企业内部认识上的不统一、权利重新划分、人事调整、责任明确且加重、考核细致而严厉等现象的产生而导致员工的消极抵制甚至反对，企业家要有充分的心理准备，采取召开预备会、邀请员工参与设计、舆论引导等手段，消除阻力，但在最后实施时必须强制执行，严厉惩罚一切违规行为，确保整体运行的有序性，某些被证明不适合企业的设计可在运行两三个月后再进行微调。