（一）农地征用制度改革
随着我国工业化和城镇化的迅速发展，农村土地被征用的情况逐渐增多，由于我国土地制度还不完善，出现了征地农民利益受损，耕地面积快速下降等问题。农用土地征用制度就成为学者们研究的重要问题，这主要集中在以下方面：
1、农村土地征用中存在的问题
第一，农地和耕地保护不利。中央政府提出的严格保护耕地、切实保护失地农民权益，并且限制城市开发区扩张，但是该策略并没有取得较好效果。宋小宁等指出，这主要是因为中国式财政分权使预算内财政资源集中于中央政府，进而导致承担诸多经济、社会、政治任务的地方政府设法筹集预算外财政收入，而这主要通过农地征用实现，从而刺激了政府对农地征用的热情。449郑纪芳等的调查显示：对于“耕地由谁保护”，农户不认为自己具有保护耕地的责任，现阶段政策体系也未将农户纳入耕地保护主体的范围。这种认识影响了农户对“耕地保护什么”和“如何保护耕地”的看法，导致其缺乏了解耕地保护客体的主动性，在耕地保护实践中只关注自身利益，忽视对耕地质量和数量的保护。
第二，失地农民利益没有得到应有的补偿和保障。王修达指出，按土地原用途补偿并不必然导致被征地农民收入下降，但一些地方的征地补偿实际上没有达到这个标准。451李明月等也通过调查指出，在我国，征地补偿一直被人为划分为有形补偿和失地农民安置两部分。随着市场经济的转型，征地补偿逐渐提高，但远未达到土地的市场化价格。随着用工制度发生较大变化，货币安置手段成为主流。我国目前补偿在逐步市场化，但还未完全市场化，但安置已经完全市场化，两者失衡，导致农民损失较大，失地农民利益没有得到应有的补偿和保障。
2、改革农村土地征用制度
第一，提高补偿标准，建立合理的土地增值收益分配机制。张琦指出，农村土地征用补偿标准，公正补偿是核心。一要避免土地征用与地产经营出现较大差距，以维持农民现有的生活水平；二要根据不完全补偿原则，设置土地补偿费、青苗及建筑物、构筑物补偿、残余地补偿等主要项目，将劳动力安置补助费合并到土地补偿项目中；三是主张国家只规定基本的补偿项目，各地根据实际情况增加必要项目，但必须报国家批准；四是征地补偿费中应包括征用土地费、青苗及附着物费、少数残存土地补偿费、事业损失补偿、安置费和福利费。453 张季认为，为促进我国城乡经济一体化发展，应该改革征地制度，提高农地征地补偿标准，建立合理的土地增值收益分配机制，做到中央与地方之间的均衡，长期与短期之间的均衡。一是降低地方政府土地出让收益分成比例；二是建立建设用地使用税；三是提高土地增值税；四是开征土地使用权保有税；五是推行土地年租制；六是完善耕地占用税，增设土地荒芜税。
第二，进行农村土地征用制度的市场化改革。王修达指出，尽管目前征地补偿标准有所提高，但从长远来看，并不足以满足农民对生活水平提高的期望。问题的核心在于政府通过限制农地直接进入市场的权利的方式，剥夺了农民的土地开发权，主导了土地增值的分配并获取了大量土地收益。集体土地是农民的资产，在政府单方面规定征地价格的情况下，即使提高了征地补偿标准，这种强加于人的地价也难以得到农民的认同。解决征地补偿问题的根本在于变征地为土地的市场交易。
第三，土地股份制并非是国家征地制度改革的最优选择。刘愿通过对南海土地股份制的实践调查发现，南海土地股份制被视为农民分享工业化进程中的土地级差增值收益的制度创新。然而，股份分红实际上在农村居民收入中仅占较低的比例，家庭经营和非公有制企业的发展才是南海农村居民主要的收入渠道。作为一种特殊的集体产权制度安排，土地股份制存在的代理人问题可能会侵蚀其规模效应。南海土地股份制的实质是以土地为主的农村资产再集体化，在中国农村强制推行土地股份制可能是得不偿失的不可逆过程。
（二）农地流转问题
1、影响农地流转的因素
黄少安等认为，农村土地流转主要受到农村土地产权的影响。在承包制两权分离的框架下，对承包经营权施加物权保护的效果是有限的，农民将根据他们实际拥有的土地权利进行投资和土地流转等经营活动。457刘克春进一步指出，农地市场的发育不仅取决于农地产权制度，交易费用、制度环境、经济环境、非农产业的发展、农业劳动力转移等也是影响农地流转的因素，甚至是更为重要的因素。
钱忠好则通过实证研究认为，当非农就业机会出现后，农户是否流转土地取决于家庭拥有的初始土地资源、家庭劳动者的劳动能力、农业与非农业的综合比较利益等。我国出现了非农就业没有相应带来农地流转速度的加快，主要是因为家庭决策的基础是尽可能地利用家庭内部成员的分工优势，使家庭收益最大化。我国由于农户人均及户均土地资源有限、农户有着足够的农业劳动能力、农业经营有着相对较高的综合比较收益等，基于家庭收益最大化的考虑，农户的决策就是：部分家庭成员非农就业，家庭成员内部分工，农户经营兼业化。
2、如何促进农地流转
第一，推进农地产权制度创新。刘克春指出，推动土地流转，必须进一步推进中国农地产权制度创新。当前，中国必须在坚持土地集体所有制的基础上，积极推进农地使用权制度创新，根据物权法进一步明晰土地使用权，并给予充分的法律保护，推动包括土地抵押、担保、租赁、反租倒包和土地入股等多种流转形式，培育农地使用权市场。
第二，推行土地信用合作社。程志强指出，土地信用合作社是土地承包经营权流转制度的创新，对解决耕地细碎化和规模经营之间的矛盾、规范土地承包经营权流转、提高农民收入、提供农村公共品等问题有积极的作用。
（三）农村土地产权制度改革
关于如何推进土地产权制度改革，学者们之间存在一定的分歧。
首先，部分学者认为应该赋予农民土地所有权。黄少安等指出，《农村土地承包法》在维持农地产权不清晰的状态下实现公平与效率是不可能的。政府应当承担起农村社会保障的责任，解卸土地的保障职能，还农民以土地所有权。462刘克春也指出，随着中国经济快速发展，政府应根据经济社会和政治的发展进程，稳妥地推动农村土地所有权制度改革，明晰农村土地所有权主体，并切实予以法律保护。
其次，部分学者认为农村产权制度改革不应改变农村土地集体所有的特征。许经勇指出，当前我国农村土地产权制度还很不完善，如何切实维护农民的土地集体所有权，保障农民土地的合法权益，乃是深化我国农村土地产权制度改革必须解决的带有根本性的问题。464张良悦也指出，随着经济的发展，家庭承包经营为主要内容的农地制度，在保护农村集体社区土地财产权收益、土地的有效利用方面有一些不相适应的制度缺陷。然而这并没有构成农村集体土地所有制进行土地私有化的充足理由。而应以土地产权的丰富为主要的改革路径和完善内容。通过设置土地发展权，更好地保护农村集体土地和土地财产权收益；设置土地保障权并进行交易，促使农村劳动力转移，从而改善农村土地使用状况。