赵坚从分析轿车工业产业政策入手，指出了通过限制竞争来避免重复建设和过度竞争的产业政策存在的不足之处。产业政策通常以提高产业集中度，实现规模经济为政策目标，通过限制竞争的政策手段来避免重复建设和过度竞争，而忽略了将如何构建企业能力作为产业政策的目标，在市场经济环境中，不存在成立之初就在市场份额、资产规模上具备竞争优势的企业，企业总要经历由小到大、由弱到强的发展过程，而企业获得竞争优势的过程是企业能力（即基础变量）进化提升的过程，同时也是表层变量的相对均衡不断被打破的过程，竞争优势属于那些能够更快地提升企业能力的企业。产业政策在此时用于抑制竞争、避免重复建设，则可能造成双重损失：一方面是限制竞争造成的垄断和寻租的效率损失；另一方面是阻碍更有潜在竞争力企业发展的效率损失。
栾贵勤等分析了我国产业政策对区域经济发展的作用，认为其还存在传导机制不畅等问题。我国目前在大多数重点产业的发展上，实行的是全国统一的政策，产业政策对区域协调发展的作用非常有限，甚至在某些方面还存在负面影响，如多年来区域间产业结构趋同、地方保护主义、恶性竞争等现象屡见不鲜。这其中的关键原因就是传导机制不顺畅。具体表现在：（1）产业政策实施的体制环境不完善。国家制定产业政策是从经济发展全局出发，根据经济社会发展需要来制定的中长期调控政策，在政策的实施传导过程中，需要地方政府的配合执行。但自从1994年分税制改革以来，地方政府不仅承担了推动地方经济增长的角色，也强化了其“经济人”的特性。在趋利动机的作用下，一旦地方利益与国家产业政策发生矛盾，地方政府的行为往往就与国家产业政策相背离，尤其是在面临高附加值产品和市场价格扭曲的诱惑下，地方利益主体导向与产业政策导向的错位就更加明显。加上目前我国对产业政策实施的缺乏相应的激励约束保障机制，其考评和监督并不完善，导致产业政策不能落实普遍存在。（2）缺乏产业政策作用的微观基础。我国的公有制企业作为产业运行的微观基础，其市场经济主体身份并没有根本确立，而民营企业由于自身规模以及体制方面的原因，一直无法承担起调整产业结构的重任，加上外资企业在整体上又缺乏推进我国产业升级和技术进步的压力和动力，因此，在产业政策传导过程中，由于企业的主体作用没有真正发挥，必然使产业政策的效果大打折扣。（3）我国产业政策的实施带有很强的行政色彩。目前一些主导产业的选择、产业规模以及技术发展方向都往往由政府确定，市场机制配置资源的基础性作用并没有得到充分发挥。比如近年来实施的产业结构调整、对土地的调控以及淘汰落后产能等举措，行政手段颇多，市场手段较少，尽管在短时间可以见效，但持久性不强，难以从根本上解决产业发展上存在的深层次问题。
张波从产业政策与市场经济体制关系角度来考察，认为我国现行产业政策在实施的内容、目标、手段以及影响因素等方面存在着不足。从内容来看，产业政策与国家经济计划内容存在着较多交叉，往往两者在互动上缺乏良性的配合，容易影响彼此调控的效率。从目标来看，产业政策的目标与具体的政策手段常常脱节。尤其是在市场经济体制下，需要多元主体来共同配合实施产业政策，通过调动每个主体自身可能运用的一切手段来实现自己的利益目标，进而将其各自利益目标经过协调统一后渗透到产业政策目标中。最大的问题就是企业作为政策实施多元主体中的一个重要组成部分，并没有很好地参与到产业政策的实施中，从而导致产业政策目标与实施手段相脱节。从手段来看，我国现行的产业政策过多地依靠增量调节，而忽视存量调节的运用。由于严重缺乏对资产存量的调整力度，而只是单一地通过追加投资来获取推动力，以期优化产业结构，这非但不能彻底转变经济增长方式，解决产业结构的深层次矛盾，反而还容易陷入低效率和低水平重复的恶性循环之中。从影响因素来看，我国对国际因素的影响以及区域间经济关系的处理不够关注。从目前实施的产业政策来看，我国尤其缺乏把利用国际产业结构变动的机遇来提升外向型经济发展提高到战略高度上来。在处理区域经济关系的问题上，东西部差距不断扩大，现行的产业政策在促进区域经济分工、发挥比较优势、缩小地区差距、谋求共同发展等方面遇到了困境，致使区域间经济发展出现了许多问题，比如地区间产业结构雷同、地方保护现象严重等。
田玉红基于贸易摩擦的视角分析我国产业政策存在的结构性问题。在当前外国对华贸易摩擦中，已经不仅仅是某一种产品的待遇问题，而是透视出我国在产业政策上的结构性问题。我国的产业政策长期以来表现为对价格优势、劳动力成本和产能扩张极度依赖，这使得我国在对外贸易经济上的快速增长都是建立在以占领产业链低端的国际市场和对本国资源超负荷使用的基础上。随着当前国际产业格局的不断变化，我国的劳动力成本优势、价格竞争优势等已经在众多发展中国家大量突起的情形下急剧下降，我国一方面要同其他发展中国家进行竞争，另一方面又要应付同发达国家在技术性贸易壁垒和知识产权等领域的纠纷。