东南亚是一个多元社会，CAFTA成员国家具有不同的政治制度、不同的经济发展层次、不同的宗教和历史文化背景等等。“世界上很少有别的地区能比东南亚更鲜明地说明在千差万别中求得一致所会遇到的各种问题。”中国与东盟各国不同的国情决定了各国国家利益不同，进而在国家利益上发生摩擦和冲突，使东盟内部的离心力加大。中国作为东亚大国，对外关系的重点在东南亚，中国应该采取主动性策略推进中国-东盟自由贸易区形成，在富裕国家和落后国家之间发挥积极作用，充当它们的桥梁和纽带不仅对东亚自由贸易区的建立产生重要影响，而且将改变整个亚洲乃至世界的经济格局。
2.1 中国-东盟自由贸易区的推进原则
多种方式，分步推进，十年建成。从上述可见，东南亚各国的情况是不一样的。因此我们在建立中国-东盟自由贸易区的谈判方式方法也应该是多种多样的，既可以是多边的，也可以是双边的，原则是先易后难，争取早日建成自由贸易区。从目前的情况来看，有如下方式值得考虑：
2.1.1 秩序渐进原则
1、类似中国入世的谈判，中国与东盟可以就某个领域、某一种产品逐一展开谈判，看哪个领域、哪一种产品双方的立场比较接近，容易达成协议，就先进行哪些，逐步达成相互间的自由贸易。这里有一个与中国入世承诺的衔接问题，有些产品甚至可以比入世承诺早一两年。
2、中国与东盟北部的越南、老挝、缅甸三国陆地接壤，有众多的通道和口岸，近年双边的边境贸易很活跃，已成为中国与这些国家贸易关系的重要组成部分。我们也可以在中越、中老、中缅边境划出一些地方来先搞一些小规模的自由贸易区，作为中国-东盟自由贸易区的先行区或实验区，先实行一些自由贸易的措施，再逐步推广扩大，最终达到中国与东盟自由贸易区的建成。
2.1.2 区别对待原则
针对东南亚各国经济发展水平存在差异，各国对自由贸易区积极程度不一，我们也可以采取像日本与新加坡先达成自由贸易协定的做法那样，先与某个和我国经济发展水平较接近、经贸互补性较强、对自由贸易区态度较积极的国家谈判，先达成双边自由贸易的协议。如是否可以先达成中泰自由贸易区协议，然后再与经济发展水平较高的原东盟6国达成自由贸易协议，最后再与经济相对落后的、后来才加入东盟的越南、老挝、缅甸和柬埔寨4国达成自由贸易协议，并最终形成中国-东盟自由贸易区。其实，东盟自由贸易区的建立就是这么一个过程，并且他们目前正处在这一过程当中。原东盟6国到2003年才把相互之间的关税降至0～5%，越南放宽至2006年，柬埔寨、老挝、缅甸更是推后到2008年。中国-东盟自由贸易区的谈判和建立步骤，与东盟本身的形成步骤同步，或稍慢一两年是比较可取的方式之一。一旦某个先与中国达成自由贸易的国家，从自由贸易中获得了实惠，其他国家就会竞相仿效。这会促进中国-东盟自由贸易区早日建成。
如上所述，东盟各个国家的发展水平差异较大，尤其是那些发展水平还很低的国家，我们在谈判中还是要给予适当的照顾。对最落后的、人均收入在300美元以下的老挝、缅甸、柬埔寨，我们已有了优惠的安排。对发展水平比我们稍低、人均GDP在1000美元以下的印尼和越南是否要适当照顾，也是值得我们考虑的。当然对印尼和越南的优惠，与老、缅、柬应该是有区别的。无论采用哪种方式方法，也无论是用一种或多管齐下，目标和目的都是一样的，就是争取在10年或更短的时间内建成中国-东盟自由贸易区。
2.1.3 互惠互利原则
从长远看来，自由贸易区内各成员国之间如果经济实力差异过大会大大限制各成员国相互协调经济政策的余地，从而不利于自由贸易区内各国的共同发展。针对目前东盟自身的先天不足，以及中国与东盟之间存在的差异，中国有责任也有必要在东盟联合自强的同时帮助东盟发展，具体应采取以下措施：实行“让利”原则，让东盟各国感受到中国与之发展经济合作的诚意，为此，中国应与新加坡等国一起，率先在关税减免种类和税率下降幅度上采取更积极的立场，主动予以较大的让步。另外，提前5年先行向东盟开放自己的市场，并对经济发展落后的中南半岛国家给予优惠政策，从而取得东盟国家的信任，促进中国与东盟谈判工作的顺利进展。调整国内产业结构，从而形成中国-东盟自由贸易区内有效的地区分工和各自的比较优势，把竞争与合作结合起来，实现区内的整体优势。加强对东盟地区的投资力度，可以把一些相对优势己不明显的产业转移出去，特别要注重铁路、公路、港口和水库等基础设施的投资，为以后更多的紧密经济结合奠定基础。
2.1.4 遵循国际贸易通行规则
借鉴其它贸易区建设经验建立中国-东盟自由贸易区，与WTO的目标是一致的，都是为实现各国贸易的自由化。WTO为世界贸易制定了一系列协议、协定等法律文件，确定了国际贸易的通行规则。中国与东盟之间的自由贸易只能在WTO框架内，按国际通行规则进行。当然，目前东盟还有某些国家不是WTO成员国，与之谈判的时候应平等协商，灵活处理。加盟自由贸易区，对中国来说可谓一个“新事物”，中国没有这方面的经验，但中国-东盟自由贸易区从某个角度可以看成是东盟自由贸易区的扩大和延伸。因此，东盟自由贸易区建设的方式和经验可以为中国-东盟自由贸易区的创建提供参考，例如东盟制定和实施的“共同有效优惠关税计划”、“流转商品便利文化框架协议”、“相互承认安排框架协议”等等。再者，虽然欧盟、北美自由贸易区的特点与之各不相同，但毕竟自由贸易区的建设存在一些共性的东西。例如“宏观经济政策的整合、共同法律框架的制订”等等。因此，中国-东盟自由贸易区的建设在许多方面可借鉴欧盟、北美自由贸易区的经验，从中国、东盟各国实际出发，建立具有特色的自由贸易区。总之，中国-东盟自由贸易区的建立是大势所趋，是一个互利双赢的安排。只要我们正视上述困难和问题，并且采取有效措施予以克服，就一定能够趋利避害，实现我们在10年内建立中国-东盟自由贸易区的目标。
2.1.5 创新合作理念
从当前国际形势的变化和中国与东盟关系的发展趋势看，未来10年是中国与东盟深化合作、建立新型伙伴关系的重要历史机遇期。中国应从长远战略出发，抓住机遇、全方位推动与东盟睦邻互信合作关系的发展。双方关系的发展应建立在建设性、开放和非排他性、包容性及灵活性基础上。
政治方面，中国与东盟的合作从纵向比较确实取得了长足的进展，但从横向看，在合作的规模、水平及领域方面尚有待进一步提高和扩大。政治上，双方有必要在国际事务中密切磋商及协调立场和行动，建立更趋完善的多边与双边政治合作机制，探索更利于双方增信释疑、加深理解、相互支持、团结互助的交往方式，并促进双方各阶层的交往，使双方的政治关系更加牢固。应积极探讨一些深层次的合作议题，开展一些有利于双方加深互信的活动，诸如对亚洲价值观、新安全观、东亚发展模式、文化比较研究等展开研讨；进一步推动双方的社会、文化教育的交流与合作，特别是要加强媒体的合作和交流，提高亚洲的声音，可提出与东盟共同建立新闻基金；注意加强年轻一代人对中国的认知和了解的有关工作，可考虑在双方主要大学增设中国-东盟留学基金，以及青年交流基金等。
经济方面，应将加强双方的能源合作问题提上重要日程；在科技合作方面应考虑全面推进目前最有利于双方合作的卫星遥感技术的合作。
安全方面，应进一步解放思想，积极推动新安全观的合作研究，在加强官方安全合作的基础上，鼓励“二轨”的安全对话和进行相关项目的共同研究，如就预防性外交议题加强双方的合作研究，以有效地促进双方的相互了解和理解；注意落实在非传统安全领域的合作项目，当前应加强现有的“反恐”和打击跨国犯罪方面的合作外，应注重把打击海盗、维护海上航道安全提上重要日程，并开始协商共建海上共同保障合作机制；积极推动与东盟探讨建立双方的危机管理机制。
妥善处理好一些敏感问题和关系。一是继续加强与东盟国家在领海争议问题上的磋商和谈判，加强对于南海的“联合开发”问题的研究，尽早提出中国的具体主张。二是协调好与美、日等大国在东南亚的利益关系，尊重美国在东南亚的利益，支持东盟国家在“反恐”等领域与美国的合作；支持日本在地区经济合作中发挥重要作用；重视印度参与在东南亚地区的合作。三是加强与东盟国家在台湾地区问题上的协调，在此问题上应保持密切的联系和沟通，避免出现有损双方关系的事情。
2.2 合理设置组织制度
根据世界区域经济一体化组织的成功经验，一个区域性的一体化经济组织，要由各国授权组成的并具有“超国家性”的、高度权威性的共同机构领导协调下，通过制定统一的经济贸易等政策，才能消除国别间阻碍经济贸易发展的壁垒，才能实现区域内共同协调发展。而且建立高效的组织机构来保证制度化的紧密合作，才能确保自由贸易区的顺利运作。为了使中国-东盟自由贸易区有效的运转，就必须有一个高效的强有力的组织机构体系：按照权力机构、执行机构和行政机构三种类型来规划其组织构架，分别负担制定本组织的方针政策、审核预算、决定接纳新成员、选举执行机构的成员，制订及修改有关规章等职责；执行权力机构的决议，提出建议、计划并付诸实施等职责；处理各项日常事务等职责等。由此，按照一般国际组织的机构设置，参考东盟自由贸易区业已形成的机构设置，在中国-东盟自由贸易区里可建立的机构主要如下：
可以借鉴北美自由贸易区（NAFTA）的经验。考虑到东盟原来也设立了东盟首脑会议（ASEAN Heads of Government）、东盟部长会议（ASEAN Ministerial Meeting，AMM）、东盟经济部长会议（ASEAN Economic Ministers，AEM）、东盟经济高官会议（Senior Economic Officials Meeting，SEOM）、东盟自由贸易区理事会（the AFTA Council）和东盟秘书处（ASEAN Secretariat）等组织机构，通过制定有关条约来规定各个机构的职能和管辖范围；同时，一些不必要的机构可以关闭或合并，以节约人力、物力、财力。
2.2.1 设“10+1”理事会
由各成员国部长组成的，各国轮流当轮值主席国。此理事会下设各分委员会，加强磋商与协调。根据东盟委员会的建议就东盟各项政策进行决策，并负责共同外交和安全政策、司法、内政等方面的政府间合作事宜，任命东盟主要机构的负责人并对其进行监督。
2.2.2 设立中国-东盟自由贸易区理事会
建议把东盟自由贸易区理事会上升为中国-东盟自由贸易区理事会，作为执行机构，同时可合并东盟常务委员会的部分职能。执行机构可具有“超国家性”，这就要求有关各国适当地让渡出一部分国家主权。尽管东盟各国坚持国家主权原则，但建立一个“超国家性”的机构并不是不可能的。区域化合作的推进有一个由浅入深的过程，国家间开展合作的共同意愿会促进组织化机制的形成。所以，区域化的集中表现是区域组织化，这种组织化合作既包括一般意义上的国家间合作，也包括让渡部分主权权力的深度国家间合作-区域一体化组织。2003年10月7日，东盟第九次首脑会议在印度尼西亚巴厘岛举行，与会的东盟各国领导人通过了由《东盟安全共同体》、《东盟经济共同体》和《东盟社会与文化共同体》一系列文件所构成的《巴厘第二协约》，提出在2020年建立类似于欧盟的“东盟共同体”，包括建立“东盟安全共同体”、“东盟经济共同体”和“东盟社会与文化共同体”。该协约标志着东盟的政治、经济、安全、社会与文化全面合作进入历史新阶段。东盟国家的一些领导人已经看到了东盟组织的上述种种结构性缺陷，并意识到要改变这种情况，必须迫使各国在“互不干涉”、“非正式性”等原则上做出让步。马来西亚副总理安瓦尔最早提出了“建设性干涉”（constructive intervention）的概念；泰国外长素林提出以“灵活介入”（flexible engagement），泰国总理川·立派提出的折中性质的“三驾马车”机制。这些意见或建议的提出虽然没有突破国家主权原则，但从一定意义上动摇了东盟坚守的完全的国家主权原则。
2.2.3 建立CAFTA的行政机构
建议提高东盟秘书处的地位，上升其为中国-东盟自由贸易区的行政机构。其主要职能是负责处理中国-东盟自由贸易区的各项日常事务，包括同各成员联系、执行中国-东盟自由贸易区的各项决议、对外代表中国-东盟自由贸易区以及制作和分发各种文件资料等。
2.3 科学构建法律运行机制保障CAFTA进程
虽然《中国一东盟关于争端解决机制的协议》对适用争端的范围、磋商程序、调解或调停、仲裁庭的设立、职能、组成和程序、仲裁的执行、补偿和终止减让等问题做出了相应规定，但是仍存在一些不足之处。
2.3.1 仲裁庭组成人员的改进
根据《中国-东盟关于争端解决机制的协议》第7条规定，仲裁员或仲裁庭主席，他们应擅长或熟知法律、国际贸易或框架协定中所涉及的事项及由国际贸易协定而产生的争端解决方法。这项规定是仲裁员或仲裁庭主席必须所具备的条件之一，且规则也肯定仲裁员或仲裁庭主席的挑选必须基于客观、可靠，有准确的判断力和独立原则。但是此条存在着一个明显的缺陷，即只规定主席不应该是任何争端一方的国民，也不应常住于争端国中或在争端国中从业，而对于其他的仲裁员却无此类似的规定。因此，中国-东盟自由贸易区争端解决机构应参照北美自由贸易区争端解决机构的设置，设立一个常设性的争端解决小组，成员由中国-东盟自由贸易区内11国按照一定的比例选派熟悉法律、国际贸易等方面知识的人员组成。这些人员必须是各成员方国民，一旦选定之后，不再从属于其本国，只作为中国-东盟自由贸易区的公务人员。并由选定的人员组成一个仲裁员名单，供争端各方选择。争端解决小组做出的裁决，各国必须遵守。
2.3.2 仲裁庭设置及表决方式的改进
根据《争端解决协议》，为解决争端而设置的是临时仲裁庭，即当争端要求被设立仲裁庭解决时，仲裁员才由争端双方选择，争端解决完毕，此仲裁庭就自行解散。是否可以考虑设立常设仲裁庭，便于经常性的投资、贸易纠纷得以及时有效的解决，同时，使之变得更加富有经验，处理问题更加高效。
《争端解决协议》第8条规定，仲裁庭应以协商一致方式做出裁决；如仲裁庭不能达成一致意见，则依多数意见做出裁决。一般而言，这种表决方式是没有问题的。但是，在仲裁庭没有达成一致意见，争端中又存在第三方的情况下，依该条规定，可能会出现裁决无法做出的情形。根据《争端解决协议》第10条，任何对仲裁庭裁决的事项有实质利益且已将其利益书面通知争端各方的成员（这里指第三方）应向仲裁庭递交书面陈述文件。如第三方认为已成为仲裁庭裁决主题的措施造成其根据框架协定下获得的利益丧失或减损，该方可以援用本协定的争端解决机制求偿。因此，如果某一争端中出现了三个以上的当事方，而仲裁员的意见又彼此不同（如A、B、C三名仲裁员分别认为甲、乙、丙三国应承担责任），则可能出现无法做出裁决的情况。因此，在无法协商一致的情形下，依首席仲裁员意见做出裁决较妥。
2.3.3 执行程序的完善
在《争端解决协议》中虽然对执行程序作了一系列的规定，但与WTO的争端解决机制的执行程序相比，它存在着明显的不足之处。如WTO中对于专家组裁决的执行有其自己的一套“跟随执行监督制度”。在中国-东盟自由贸易区争端解决机制中完全可以借鉴WTO的“跟随执行监督制度”，由于中国-东盟自由贸易区没有一个统一的常设机构，不妨可以由原仲裁庭代为行使。即使仲裁庭的建议或裁决的执行置于原仲裁庭的监督之下，在此期间任何成员方都可提出质疑，执行方应在每次监督与审议其执行情况的原仲裁庭会议前10天提供执行进展情况的书面报告。通过“跟随执行监督制度”的运行，使执行活动更趋透明化，形成一种强大的道义压力，迫使败诉方执行建议或裁决，最终强化了执行的力度，保证了胜诉方的利益。
2.3.4 惩罚机制的完善
《争端解决协议》的惩罚机制是以同一领域或交叉领域交互使用，这对建议或裁决的执行起了非常重要的保障作用。但是在《争端解决协议》第13条赔偿、减让或利益的中止，对于惩罚水平并没有做出清晰的规定。WTO对此有着明确的规定，即要求惩罚水平应与利益损害或丧失的水平相当。因此，该争端机制要使其发挥作用，公平的使争端得以解决，必须对惩罚的水平有明确规定，即要求惩罚水平应与利益丧失或损害的水平相当。如被申诉方认为申诉方所提议的惩罚水平违背水平相当原则，可以提请原仲裁庭进行仲裁，且在交叉领域惩罚中，如果申诉方实行交叉惩罚时，被申诉方认为不合理或没有必要时，有权提请仲裁，这对防卫惩罚权的滥用是非常必要的。