一是挂牌标准和信息披露制度还不健全，转板机制还有待进一步研究。中关村之所以启动“新三板”，初衷就在于为高速成长的科技型中小企业提供投融资服务，并成为证券公司代办转让系统，以及未来的创业板市场甚至主板市场的优质企业蓄水池。然而，交易方式过于呆板、没有体现融资的功能、交易结算单一等弊端的存在，导致“新三板”的扩容工作始终在艰难中行进。
二是由于证券业协会的行业性质，对于三板公司的监管相对宽松。据了解，相对于主板上市公司清欠举动的轰轰烈烈，许多因为大股东欠款被转至三板的公司却无人关注。而且，在三板交易的公司，其信息披露也比主板要“宽松”不少，这让投资者无法真实了解这些公司的内部运行情况。
三是交易制度的制约。在交易制度方面，目前我国的三板市场实行的是集合竞价交易方式，设有涨跌幅度限制，在一个交易日当中只产生一个交易价格，不允许券商从事自营买卖，因而交易不活跃，流动性低。针对非上市公司股份转让的特点，中关村科技园试点办法规定每笔委托股份数量不低于3万股，大大高于交易所市场每手100股的最小交易单位。同时，股份报价转让的成交价格通过买卖双方议价产生，也存在一定时间内无法成交的可能性，这都影响了投资者的积极性。与主板不同的是，三板市场的公司是按照盈亏状况，分别设定每周交易5天和3天，在交易日由系统在收盘时撮合成交。这给投资者带来了巨大不便，交易的不透明导致投资者难以按照意愿的价格来买卖股票。
四是投资者在参与中关村科技园区公司股份的报价转让前，需要单独开立非上市公司股份转让账户，而该账户与A股市场账户并不通用。虽然有关方面有打通代办股份转让系统与A股市场，从而实现共用账号的想法，但如何体现代办股份转让系统与A股市场的层次性，又成为不得不考虑的问题。
五是目前代办股份转让系统的基本功能，就其本质而言，还只是经纪业务的性质，没有成为真正的股份发行、挂牌、转让的平台。这不仅限制了代办股份转让系统的功能发挥和发展壮大，也限制了产权机构与代办股份转让系统合作的空间。未来产权机构能否与代办股份转让系统达成更深层次的合作，取决于监管层发展代办股份转让系统的政策思路，其中关键因素在于代办股份转让系统能否具备融资功能。
六是目前在代办股份转让市场挂牌的企业交易比较冷清，投资者稀少，而且在现有游戏规则下，随着中小板的建设和创业板即将推出，代办股份转让系统正面临边缘化的困境。而由于成交量小导致的利润微薄，也使券商积极性大打折扣。