（一）有利于多层次资本市场的形成
资本市场较为成熟的国家，证券市场体系庞大、层次多样且功能完备，既有统一、集中的全国性市场，又有区域性的、小型地方交易市场；既有场内市场，又有场外市场；同时市场还具有不同的层次性。这就使不同规模、不同需求的企业都可以利用资本市场进行股权融资，获得发展的机会。例如，在美国，一般大型企业可以选择在纽约证券交易所（NYSE）或NASDAQ国际市场（NNM）挂牌；从NYSE或NASDAQ摘牌的股票，可进入公告板市场（BBX）；被BBX摘牌的股票则会进入红粉单交易系统（Pink Sheets）。同时，如果BBX上的公司达到一定规模，则可以进入NASDAQ小型市场（SM），再发展到一定规模和达到一定的盈利能力，就可以进入NASDAQ国际市场交易，也可以选择进入交易所市场交易。多个证券交易所或证券交易系统同时存在有利于资本市场的竞争，提高资本市场效率。
我国是经济总量较大的国家，有着众多不同类型、规模的企业和不同风险偏好的投资者，不能只建场内市场，而主板、中小企业板或者是今后的创业板，仅仅是场内市场的多层次。真正的多层次资本市场应该是场内和场外并存的市场，而且场外市场也要多层次。虽然场内交易是资本市场发展的核心，但场外交易才是资本市场发展的主体。代办股份转让系统的建立，在探索和完善统一监管下的场外交易制度和促进我国多层次资本市场形成方面发挥着重要作用。
（二）为非上市公众公司股份转让提供有效的监管
建立和完善代办股份转让系统，可以为非上市公众公司股份转让的过程提供有效的监管。在以前，非上市公众公司股份转让的监管问题还是空白，并且没有相应的游戏规则，这其中很多操作都不透明。而在代办股份转让系统下的股权交易则可以规范、公开地进行，可以有效地防止国有资产流失和“暗箱”操作的发生。股份在系统中竞价买卖，还可以充分实现其“价值发现”功能，使资产在转让过程中保值增值。另外，代办股份转让系统，使那些经营不善、业绩较差、交易清淡的上市公司被取消上市资格，重新回到非上市公众公司的行列，能够在一定程度上促使投资者理性评价投资风险，实现资源的有效配置，从而形成对企业经营者的有效外部约束机制。
（三）有利于股票交易市场退市机制的完善
一个缺乏退出机制的股票市场是不完善、不健康的市场。一旦个别股票在交易所退市，股民有可能血本无归，而有了代办股份转让系统就可继续交易，起到一个缓冲器的作用。而且，场外交易能降低交易双方的费用，更重要的是稳定场内的股价。建立代办股份转让系统，为不符合上市条件的股票继续交易提供了场所，解决了退市公司股票交易渠道不畅通的问题，保证了股票的流动性需要，使上市公司的退出机制趋于完善，促进了资本市场的健康发展。
（四）有利于支持中小企业发展
中小企业在一国经济中占有十分重要的地位，但是与大企业相比，中小企业普遍存在资金实力弱、信誉度低、资产负债比率过高等问题，需要通过资本市场来优化资本结构，满足企业发展对资金的需要。股票交易所市场的上市条件是中小企业难以达到的，较低层次的场外交易市场所具有的融资功能将更有利于中小企业的发展。
（五）为风险投资提供退出通道，促进风险投资发展
风险投资基金通过加速科技成果的商品化和产业化，推动中小型高科技企业或创新公司的成长，在企业发育相对成熟后通过上市、转让等手段退出所投资企业，以实现资本增值，取得投资回报。可是，成长中的高新技术企业，由于规模小、风险高，很难达到交易所的上市标准。作为针对非上市“两高”企业的资本市场，代办股份转让系统的设立就成了风险投资基金实现成功退出的最佳场所。
建立代办股份转让系统，可以为那些非交易所上市的股份公司提供很好的流动性，可以借这个市场进行重组、融资和变现，让老股东可以选择退出的途径，也可以吸引新的战略投资者参与进来。
（六）有利于证券公司业务的发展
代办股份转让系统的设立，需要主办券商在股份转让公司挂牌前辅导、股份确认、交易、信息披露、风险提示等方面提供各种服务，为主办券商带来新的利润增长领域。一是在代办股票交易方面，由于每个公司只能委托一家证券公司代办其股份转让业务，可以使主办券商在没有竞争压力的情况下增加手续费收入。二是随着退市公司的增加，有主办券商资格的证券公司由于能够同时满足投资主板市场和三板市场交易需要，更容易稳定老客户和增加新客户。三是得到场外交易演练的证券公司将会更好地适应我国证券市场多层次发展的需要。四是业绩不佳，交易价格低廉的三板市场上市公司被重组的可能性极大，为其提供重组购并服务将成为证券公司重要的收入来源。