（一）B股市场的融资功能几近丧失
资料显示，1996年以后，随着国内企业海外上市步伐的加快，B股市场IPO越来越少，2001年以后再无新股发行，B股市场的融资功能几近消失。B股市场因为无法融资补充血液，几乎成为一个半封闭的市场。企业上市是为了融资，而B股市场目前非但没有融资功能，每年还要支付为数不少的信息披露等费用，这对B股公司和投资人来说显得不太公平。由于B股市场融资功能的丧失，现今纯B股公司处于一种非常尴尬的境地，不少公司甚至后悔当时想在B股上市融资的选择。
（二）B股市场在设计、管理上存在缺陷
B股市场在设计、管理上囿于当时的历史条件，是存在一定缺陷的。它的投资人局限于中国大陆以外的居民，投资场地则在中国大陆。虽然在现今的电子时代这似乎不成问题，但这种格局难以真正有效地吸引海外投资人。B股被称作是世界上“独一无二”的，还在于它计价的币种是非本国货币，而且又区分以美元计价和以港币计价两种。在全球范围来看，B股市场的这种情况都极为少见。其最初的优势，在于募集资金种类的不同，给美元、港币增加一个投资渠道。但是，我国资本市场发展必须坚持“人民币第一战略”，要防止货币替代现象。如果一味地允许外币在国内计价或者交易，就可能出现货币替代现象。按现行规定，境外投资者可以自由投资B股，在人民币不可自由兑换的背景下，本土资本市场允许外资大规模进出，就有可能加大金融风险。目前，政府也没有赋予大陆证券交易所离岸市场的定位，不可能为非居民的股票交易提供很大的服务平台。所以，B股市场对境内机构投资者被明确禁入。而缺乏境内机构投资者参与的市场，显然更易出现脆弱性、投机性强和稳定性差等问题。
（三）B股市场缺乏长远规划和明确的市场定位
目前B股市场功能定位十分模糊，缺乏长远的发展规划。当初B股市场的功能定位是，在资本市场没有完全开放的条件下，解决外资的跨国进入和退出的问题，使国有企业能通过B股市场进行融资，在一定程度上缓解国内资金短缺问题。由于B股市场的制度设计着眼于“开辟引进外资的渠道”，具有在特定的历史阶段特定的市场安排，不可避免地带有浓厚的过渡性色彩。但是，随着我国企业海外融资渠道的增多和国内证券市场对外开放的深化，B股市场这两个窗口的功能不断弱化。特别是1997年大陆企业大量到中国香港市场上市后，H股、红筹股等外资股已成为内地企业到境外筹资的主渠道，因此作为吸引外资的一种过渡形式，B股市场已基本完成了其历史使命。2001年2月B股市场对内开放以后，B股市场原有的功能逐渐丧失，新的功能定位又未明确，使B股市场失去了发展方向。在2002年12月，A股市场对合格境外机构投资者（QFII）开放后，B股市场的定位变得更为模糊。随着QFII的深入，B股由于盘子小、流通性不高，越来越缺乏吸引力。推出QDII后，B股市场进一步萎缩。B股市场没有一个长远规划和明确的优势，缺乏明确的市场定位，影响了B股市场功能的正常发挥。
（四）A、B股分割形成同股不同权、同股不同利
我国在创建股票市场伊始精心设计了国有股、法人股、公众股（含A股、B股、H股等）并行的股权结构。作为同样的制度安排，B股公司的股权结构也是以非流通的国有股、法人股与流通的B股、A股相互分割为特征的。对于A、B股共存公司的A、B股分割问题，1998年3月中国证监会发布《关于股票发行工作若干问题的补充通知》已在增量意义上得到了解决，但存量问题依然存在。同一公司的A、B股分割已在事实上形成同股不同权、同股不同利，并已对公司的实际运作产生了消极影响。
（五）B股市场各项制度建设明显滞后
首先，信息披露制度建设明显滞后。自发行B股起，我国就没有一部适合于B股信息披露制度和监管的法规，这使得 B股信息披露实际上无法可依。由于B股市场交易机制的特殊性，B股的信息披露必须经过比A股更多的环节才能到达境外投资者手中。B股上市公司存在许多信息披露有法不依、钻法律空子的行为，主要表现在滥用盈利预测，信息披露不及时、不完整、不准确、具有较大误导性。信息披露制度的供给滞后性足以令境外投资者对我国B股市场失去信心，并在事实上构筑高额交易成本、引致投资兴趣弱化。
其次，B股市场效率低下与发行制度、交易制度、清算制度也有很大关系。由于人民币在资本项目下不可自由兑换，必须对股市的交易活动实施外汇管制，才形成有别于A股市场的人民币特种股票（即B股）市场。中国公司法律制度与国际公司法律制度存在着差异，使得B股市场的投资者和上市地出现结构性分离，外汇管制使得B股市场产生特殊的交易和清算制度。B股交易环节多、费用高，直接或间接地损害了市场的效率。