新股发行中暴露出来的问题，早已引起证券监管层的重视，本着对市场高度负责的态度，证监会正在从各种基础性措施入手，对新股发行逐步进行改革。比如在大盘股发行中曾经一度流行的向机构投资者战略配售的方式，就已经被取消；再有，推动大型国企以先A股后H股的方式发行，让A股的流通量大于H股的流通量，以利于减小A股一二级市场的价差。在具体的基础制度建设上，监管部门目前正在组织的新股IPO网下发行电子化系统建设，也将有效提高IPO网下发行的效率，缓解银行资金大规模跨行流动等实际问题。同时，深沪交易所也加强了新股上市首日的价格监管，对涨幅超出一定程度的股票，采取提示风险、盘中暂停交易等措施，以遏制二级市场的过度炒作，并着手研究改进新股上市首日价格形成机制的问题。
改革新股发行方式，最主要的是要解决一级市场的无风险利润和一二级市场的价差太大，以及操纵股价、中小投资者利益受损、股市动荡问题。新的改革办法除了要符合“三公”原则，还应该向中小投资者倾斜。新股的无风险利润更多分配给中小投资者，这符合党的十七大报告中首次提出“创造条件让更多群众拥有财产性收入”的说法，而股市投资收益正是“财产性收入”的重要组成部分。从保护中小投资者利益的角度出发，从维护资本市场健康稳定发展出发，应该尽快改革和完善新股发行方式。
（一）建议新股发行采取“网下机构询价申购＋（账户摇号抽签＋市值配售）”的方式
网下机构询价配售，是要继续坚持原有的机构询价制度不变，只是对机构投资者的发行量进行限制，将20%的发行量用作机构投资者网下询价配售，发行量的80%留下来作为“账户摇号抽签＋市值配售”。为了提高中小投资者的中签率，减少机构的垄断，要规定获网下已获配售的机构不得参与（账户摇号抽签＋市值配售），杜绝询价对象两头受益的现象发生。
“账户摇号抽签＋市值配售”是80%新股发行时按沪深股市的账户进行摇号抽签，抽到签的账户再按照其股票市值进行配售，且设置配售数量的上限和下限，就是说即使某一账户拥有市值过亿，配售最高限额也不要超过配售数量的上限为宜。这样一方面解决了沪深账户量多市值大不好分配的问题；又排除了有沪深股市的账户但不购买二级市场股票的专门打新族和空仓者。
“网下机构询价申购＋（账户摇号抽签＋市值配售）”的申购和发行方式，能够使长期以来存在的申购新股无风险的状况得到改变，使申购新股建立在论质定价和承担风险的基础上，有利于鼓励二级市场投资，鼓励价值投资、长期投资，对股票市场的稳定健康发展有重要作用。具体说来，有以下好处：
1.满足了人们要求恢复市值配售的强烈愿望。鉴于新股发行的种种弊端，人们开始强烈呼吁恢复市值配售。2002年到新老划断之前的四年里，市值配售在保护二级市场投资者积极性、恢复投资者信心方面起到了积极作用。但是，股改之后，已无流通股股东和非流通股股东之分，配售照理也应该包括原来的非流通股股东。由于市场所有存量股票都变成流通股，配售基础将是现在的至少十多万亿元市值，与股改之前市值配售时的1万多亿元市值相比，参与配售股份基数巨幅增加。所以，为了解决沪深股市市值太大，按照原来的配售方法施行有困难的问题，80%新股发行按照（账户摇号抽签＋市值配售）的方式，引入了账户摇号抽签，并对市值配售的上限和下限进行限制的办法，想必按市值配售的问题能够迎刃而解。
2.有利于消除新股申购和发行的严重垄断，有利于维护“三公”原则，有利于保护中小投资者。继续保留首次公开发行股票向机构投资者询价的制度，要求不超过20%发行数量向询价对象配售，目的在于保留询价制度的优越性，发挥机构投资者的积极作用。通过询价、报价，基金等机构投资者可以参与新股发行定价过程，使新股发行价格能够准确反映企业的价值和市场的实际需求，达到维护广大公众投资者利益的目的。
对机构投资者的新股发行量进行限制和80%新股（账户摇号抽签＋市值配售）的方法，增加了中小投资者的中签率，增大了新股上市首日的流通量；相应地降低了机构的中签率，使机构股票筹码集中度降低，减少了机构对新股的操纵机会。这样的安排既有利于提高中小投资者收益率，也有助于抑制新股上市首日的炒作气氛，有效控制恶炒新股的现象。这样的安排减少了一级市场的无风险利润和机会，消除机构对新股发行的垄断，保护了中小投资者的利益，体现了“三公”原则。
3.有利于鼓励长期投资，避免短线炒作，有利于股市的长期健康发展。股市的长期健康发展离不开长期投资者。（账户摇号抽签＋市值配售）的方式，使只有二级市场持股者才有资格申购新股，有利于增加长期投资者的利益，鼓励二级市场投资，避免短线炒作。所以，新股发行采取（账户摇号抽签＋市值配售）的方法能够鼓励长期投资，增强长期投资的信心，有利于股市的长期健康发展。
（二）提高股票发行并上市的流通比例
目前的新股发行制度下，IPO所产生的限售股将成为未来新的“大小非”。我国的限售股太多、禁售期太长，人为提升了二级市场的泡沫。由于上市流通股比例太低，而新增限售股却源源不断。所以，要增大新股上市首日流通量。如果新股发行前部分存量股份与首发股份一起上市，就可以改变新股因流通量小而定价偏高的现象。可以将大盘股的流通比例限定在25%以上，同时缩短禁售期。在增加流通股与缩短禁售期的前提下，将初步询价与累计投标询价合二为一，即取消初步询价，进行一次性投标询价。
（三）引入融资申购新股的制度
在股票发行上，可以引入融资申购新股的制度。结合二级市场上的融资融券制度，引入一级市场上的融资申购新股的制度。融资申购新股的制度，就是针对中小投资者开展的券商中间业务，中小投资者申购新股可以先进行融资，中签后的新股自动进入券商的抵押库，归入融资融券系统。融资申购新股的制度，是比账户限制更公平的新股发行措施。融资申购新股的制度，一方面可提高中小投资者申购新股的能力；另一方面可增加一级市场的流动性，提高新股发行成功的可能性。融资申购新股的制度，还是保证投资机会平等权的重要措施，在资金实力相差悬殊的不同投资者之间，除了账户限制措施之外，提高中小投资者的投资能力，是消除因资金实力差异导致投资机会不均等的另一替代措施。
（四）大盘股、小盘股区别发行
有专家认为，从技术层面看，我国股市大盘股上市和小盘股上市的市场表现和溢价迥然不同，不宜呆板地采用同一办法。由于历史原因，我国股市对大盘股特别是超级大盘股上市有畏惧心理。大盘股上市采取机构投资者有较长锁定期的认购制度有积极意义，今后要继续保持乃至进一步扩大机构投资者承接大盘股的比重。这对稳定市场、扩大直接融资都有积极意义。
但是，对于流通量本来就很小的小盘股就不能生搬硬套，也去砍下一大块给机构投资者，再分几段几截分步流通，人为造成流通股票的稀缺和炒作。对于流通量本来就很小的小盘股可以全部配售给公众投资者，并且集中上市，以此平抑因供给不足而造成股价的人为操纵和异常波动。其实，即使在海外成熟市场，大型基金和其他机构投资者，由于进出不便，一般并不参与小盘股的发行和二级市场买卖。
我国股票市场是在经济体制转轨条件下诞生和发展起来的，股票发行市场经历了数次大的历史变革。从带有浓厚色彩行政性质的审批制，到目前的辅之以保荐制和发审委审核制的核准制，市场化倾向不断加深的过程反映出我国股票市场改革发展的过程，也反映出我国股票市场逐渐成熟的过程。总体看，我国股票发行市场的改革发展是由行政管制向市场化约束机制建设方向推进的。