众所周知，新股发行涉及社会各个层面，又牵涉到巨额利益的分配，这个制度的制定本身就是高难度的，而且也确实很难搞出一个十分合理、能够充分满足各方要求的方案。现行的新股发行制度，应该说也是在征求了市场各方的意见后，经反复修改推出来的，是从多年实践中获得的成本最低，效率最高，相对公平合理的一种方式。但是，它也存在不小的缺陷，而且随着市场的发展，这方面的问题还在扩大，因此，就有及时进行调整和加以完善的需要。
（一）新股发行申购和定价方式极大地照顾了机构投资者的利益，形成了机构投资者和中小投资者之间的不公平、不平等
询价制的基本特征，是建立了一个面向机构投资者的询价机制，同时也形成了一个向机构投资者倾斜的发行模式，并且是以资金量的大小为配售新股的最主要原则。按照现行发行机制，拥有巨额资金的机构投资者既可以参与网下询价配售，又可以在网上进行资金申购。新股发行使大资金、大机构凭借询价、配售、资金的优势占尽新股发行的利益，而中小投资者只能参与网上申购，由于资金量小，几乎很难中签新股。据2007年11月24日《北京日报》报道，2007年11月发行的中国石油40亿A股引来了3.378万亿元资金的申购，网上中签率1.94%。根据测算，投资者原则上需要86万元才能稳中1手，中小投资者中签机会渺茫，只能选择在二级市场上买入。而相比投入86万元才能稳中1手中石油，中小投资者如果想中签中小板新股，更是难上加难。2007年底，东晶电子网上发行中签率仅为0.01418%，创下新股中签率的历史新低。据测算，如果要中500股东晶电子新股，理论上需要动用资金3102.44万元。新股认购中签后往往在上市首日卖出，之后再连本带利重回一级市场，如此循环往复，赚取无风险收益。
中小投资者难得分食新股的一杯羹，因为他们没有询价、配售、资金的优势，最终只能被迫从二级市场上以更高的价格买入股票，承担了较大的投资风险。由于新股发行价与上市交易价存在巨大价差，所以导致我国股票一级市场长期驻留着各种不同性质的巨额资金。新股发行造就了市场上的一批“专业打新族”，享受着一级市场的无风险利润。这些都体现了发行市场的不公，改革新股发行制度势在必行。
（二）助长了股市投机，给股价带来了暴涨暴跌的隐患和风险，不利于股票市场的长期健康发展
一级市场与二级市场的收益与风险的严重不对称，给二级市场造成很大破坏性。由于新股定价不合理，很多新股在上市首日便出现盲目的、不合理的上涨，然后再一路下跌。2008年新华网北京3月5日电，2007年以来新股首日涨幅平均高达140%，拓邦电子、宏达经编、中核钛白等股票上市首日竟暴涨500%以上。2007年二级市场平均交易市盈率高达40～60倍，但是一级市场发行市盈率一般控制在20～30倍，这种巨大价差使得打新股“几乎稳赚不赔”。由于有的新股上市首日价格过高、市盈率过高、换手率过大，然后连续下跌，有的跌幅超过75%，使广大投资者遭受巨大损失。如中国石油上市首日最高价48.62元，平均成交价高达45元，比16.7元的新股发行价高出了1.7倍，此后便一路下跌至10元附近，首日大量买进的广大投资者损失惨重。
2008年以来几乎每只新股上市首日都会被爆炒，而后一路下行，引发股价大幅下跌，套牢了大量投资者。
狂炒新股证明新股定价机制存在巨大的偏差。由于IPO定价机制存在的不合理，致使新股发行上市的市盈率明显偏高。一级市场发行价格不断上提，推动了二级市场股价的高企；二级市场股价的高企又反过来推动一级市场发行市盈率不断走高，进一步推动二级市场上新股上市的市盈率越来越高。二级市场疯炒新股的根源之一，就是一级市场发行的不合理。
由于大资金、大机构新股中签率高，可以凭借股票筹码集中的优势操纵新股上市的股价，因此，导致许多新股上市后非理性高开，继而机构投资者大举沽售手中的新股，使中小投资者成为其中的埋单者，遭受着套牢之苦。很明显，现行的新股发行方式有利于形成机构投资者对新股发行的严重垄断。垄断的结果必然是价格与价值的高度背离，而且从某种程度上是被少数机构和利益集团操纵了发行价与上市价。
（三）零风险的高收益率，必然促使大量资金向一级市场集中，人为地加大了金融市场的风险
据2007年11月23日《中国证券报》报道，在认购新股的几天时间里，中国中铁冻结资金高达3.383万亿元。推算起来，比2005年全国财政收入3.1万亿元人民币还要多。2007年，在股票市场异常火爆的同时，货币市场每隔一段时间，资金拆借利率就会发生“脉冲式”的大幅上涨，尤其是在新股申购特别是大盘股申购期间，拆借利率的暴涨现象更为明显。在打新股无风险、高收益的驱动下，新股尤其是大盘蓝筹股发行期间，一些机构通过银行间市场进行资金拆借，带来资金拆借利率、资金流动短期内异动。
2008年新华网北京3月5日电，在机构投资者申购中国石油时，银行7天回购加权平均利率从2.5%一度飙升至15%，银行间拆借利率被极度扭曲。如果连续有大盘新股发行，就使得市场资金极度紧张，而到发行结束又一下子松动下来，导致巨额资金在银行与股票一级市场之间无序流动。这在一定程度上影响了市场总体的资金供求，打乱了合理的资金价格体系，对央行公开市场操作形成了严重的干扰。显然，当几万亿元的资金聚集在一级市场，为认购新股而忙进忙出，无暇进入到正常的生产与流通领域的时候，很难想象这个时候的金融体系运行是平稳的，这种资金的流向是合理的。如果任其下去，一旦在万亿资金申购冻结期间，金融体系出现系统性风险，国内银行流动性就会遭受重创。为稳定市场利率、减轻银行不必要的资金运营压力，营造一个真实稳定的市场环境，现行的新股发行资金管理模式也需要改革。