保荐制度实施以来，对股票发行市场起到了多方面的积极促进作用，但仍有一些不足之处，需要进一步深化和完善。
一是保荐制要求保荐人核查律师和会计师的工作并做实质判断，这实际上已经超出了保荐人的能力范围和专业范围。按现行办法，保荐机构要负责审查律师事务所、会计师事务所等中介机构出具的专业意见，并且保荐人要负相应的连带责任。但实际上，律师事务所和会计师事务所出具的法律意见书和审计报告，本身是具有法律效力并能够独立承担法律责任的，并且保荐机构也缺乏相应的专业技能。
二是对上市公司的违规行为，保荐人只是增加了披露责任，无法进行实质性的制约，法规并没有赋予保荐人对于上市公司的行政处罚权。比如给予保荐人的权力不足，保荐代表人在尽职调查、审慎核查时，发行人不配合，如何保障其核查的权力？因此，保荐人能否全面阻止上市公司的违规造假，仍然是个未知数。
三是上市保荐人的担保力不足，不足以抑制上市公司违规造成的金融风险。在中国目前的环境下，保荐人个人根本无法对上市公司发行中的问题负责。针对保荐人的责任认定也不是十分清楚，比如上市公司出现问题后很难界定是保荐人、上市公司或者其他中介机构的责任。
四是保荐机构和保荐代表人“重上市保荐，轻持续督导”的现象仍然存在；部分保荐代表人对持续督导的相关规则不熟悉，发现问题的能力不强；保荐机构和保荐代表人对重大事项的核查往往“重书面核查，轻现场调查”以及部分保荐机构持续督导工作内控制度缺失等。
五是保荐上市的规模和速度主要取决于保荐人的数量，保荐制中有关“一个保荐人只能做一个项目”的规定在一定程度上会导致保荐人队伍稀缺局面出现，造成保荐人频繁流动，不利于保荐业务正常开展。保荐人的稀缺性使其年薪多超过百万，而在业务上却不见得过硬，券商还需招聘大量业务人员，使得券商的成本大幅增加。由于保荐代表人数量有限，属稀缺资源，故而拥有保荐人数量较多的证券公司，会在保荐人的流动上设置种种障碍，阻止其流动，此类事件的发生并不鲜见。
此外，保荐机构和保荐代表人勤勉不足，未认真履行尽职调查，保荐代表人职业素养不高、责任意识淡薄，相关处罚措施缺位等问题均亟待解决。