为了方便小规模纳税人的正常生产经营，对于部分不符合直接使用增值税专用发票的小规模纳税人，可以由主管税务机关代开增值税专用发票。具体有以下规定：
小规模企业只能向主管税务征收机关申请代开增值税专用发票。凡能认真履行纳税义务的小规模企业销售货物或应税劳务，需开增值税专用发票，可由纳税人提出申请，报经审批后，在规定的期限内（一般为1年）由主管国税征收机关代开增值税专用发票。
申请代开专用发票的小规模纳税人应向主管税务机关提出书面申请报告，并填写申请表（使用“一般纳税人申请认定表”在备注栏注明健全会计核算的具体措施和期限）经主管税务机关审查，于3日内签署意见，报经县（市）级税务机关审批，对批准由税务机关代开增值税专用发票的小规模纳税人，县（市）税务机关在其税务登记证副本上加盖“代开增值税专用发票”字样及代开期限。