历史上的中国是一个民族众多的国家，也是一个具有多种宗教信仰的国家。这两个特点尤其集中体现于边疆民族地区，并相互交织在一起。宗教强烈的排他性和超世俗力量，使边疆问题更为错综复杂，治理边疆的任务更加艰巨。而历代王朝为了维护边疆的安全与稳定，一般都比较重视实行开明的宗教政策，对宗教因势利导，既扶持又加以管理，从而使其成为有利于维护统治和边疆安定的因素。
尊重边疆少数民族的宗教信仰
毫无疑问，儒家学说在中国古代占据着主流意识形态的地位，但儒学的一统天下的局面一直未能完全实现，相反，在长期的历史发展中，现实的情况却是，不仅儒、佛、道三家并存并渐趋融合，而且在佛、道之外，也长期存在着其他各种宗教。当然，中国历史上出现过“三武一宗”灭佛运动，但这些极端的事件只是个别的“插曲”，并不代表中国文化对宗教的整体态度。尤其是，在现实的政治实践中，无论何种宗教，只要其不挑战世俗的政权，统治者往往乐意藉其作为“神道设教”之工具，以加强自己的统治。
在此背景下，历代中央政府一般能够实行开明的宗教政策，不强行改变少数民族的宗教信仰，而是尊重少数民族的宗教信仰，对宗教进行必要的保护、扶持，以此来团结信教群众，达到安定边疆的政治目的。
中国历史上元、明、清三朝在边疆经营中尤其重视宗教的作用。例如，佛教从7世纪时正式传入我国的西藏地区，很快与当地原始宗教相结合，于10世纪时逐渐形成了喇嘛教，成为当地民众普遍接受的宗教。到了13世纪，喇嘛教还传入蒙古，成了青藏高原与蒙古高原的联系纽带。当然，西藏与中国其他地区早就存在着各种联系，唐朝的政治、经济、文化和艺术曾对吐蕃产生过很大影响，但由于地理障碍和当时生产力的限制，在元朝以前，中央政府并未实现对这一地区的行政管辖，而从元朝开始，西藏则被纳入了统一多民族国家的版图，这其中，宗教因素无疑起了重大作用，元朝统治者充分利用了佛教这一有利因素，比如，忽必烈称帝后，曾奉吐蕃萨迦派五代祖师八思巴为“国师”，加“帝师”、“八宝法王”等尊号，统领全国佛教事务，佛教也被奉为国教；朝廷成立总制院，管理全国佛教僧徒及西藏地区事务，仍以八思巴统领之。到了至元二十五年（1288年），借唐朝曾在宣政殿接待吐蕃的典故，改总制院为宣政院。因此，随着元朝成为中原的主人，西藏地区与中原的联系也因而更加密切。此外，建立元朝的蒙古族还重视扶持道教，元朝统一全国的事业也因此得到道教领袖丘处机和全国道教徒的支持。
明清之际，黄教和伊斯兰教在我国西北地区广泛传播，为生活在这些边疆地区的藏、蒙、维族各阶层所信奉，其中黄教的影响尤大，包括西藏、青海、四川的藏、蒙聚居区，蒙古高原的漠北蒙古诸部和新疆北部的卫拉特蒙古诸部，都普遍信奉黄教。而天山南路的民族如维吾尔族，则普遍信奉伊斯兰教。这两大宗教在边疆地区有着深厚的社会基础，形成了庞大的政治、社会势力。
对此，清朝统治者因势利导，采取了利用宗教治理边疆蒙、藏、维诸民族的政策，其中，尤其重视藏传佛教在联系边疆民族和安定边疆中的重要作用。在清代，青藏高原、大漠南北和新疆地区的蒙、藏民族大多信奉藏传佛教，因此，要保持蒙古地区的安定，必须利用藏传佛教，而要利用藏传佛教，就不能不承认和尊崇藏传佛教。如清朝前期，准噶尔部曾利用藏传佛教与清朝对抗，清朝统治者也针锋相对，优礼藏传佛教上层人士，承认其宗教地位，给予其极高的社会地位，同时，支持藏传佛教的发展，赋予寺院集团各种特权。结果，不仅使西藏地区得以安定，而且也加强了蒙古地区对清王朝的向心力，消除了割据势力。此后，清统治者继续将利用黄教治理蒙藏民族地区作为一项基本的边疆政策，始终不渝地加以贯彻。在具体措施方面，一是优待黄教领袖。清政府先后对达赖、班禅等受到蒙藏人民爱戴和崇拜的大活佛进行正式册封，赐予其金册、金印，确认他们的宗教地位。在处理有影响的大喇嘛觐见、朝贡、圆寂、转世等事务上，不仅待以十分隆重的礼节，而且还经常赏赐他们财物，赋予他们各种特权。二是参照世俗贵族爵位、职衔和传统习惯，制定僧侣等级和册封制度，然后由朝廷根据各类上层喇嘛的身份、地位和影响，授予不同的名号，使其享受相应的政治经济待遇。三是免除寺院喇嘛对国家的差役、赋税义务，让他们与国家官员一样由国家供养。四是广建寺庙。在中央财政支助下，喇嘛教在全国各地大建寺庙。五是以中央政府的名义向有影响的寺院赏赐匾额。这些扶持喇嘛教的措施，对保持边疆稳定，增进蒙、满、藏等民族关系和感情起到了重要作用，也增加了边疆民族对中央政府的向心力。
加强对宗教事务的管理，防止极少数人利用宗教破坏国家的统一，对中央政权和边疆的稳定与安全构成威胁。
在对宗教进行扶持的同时，中央政府还采取一系列措施，不断完善宗教管理体制，加强对各种宗教进行有效的管理。
一是在中央设置专门机构，管理边疆地区的民族宗教事务。如元朝的宣政院既是中央管理全国佛教的专门机构，又是中央管理西藏地区的最高机关；元朝政府还在中央设立了一个特殊机关——“大禧宗院”，总管全国佛寺。明朝政府也曾在礼部设“会同馆”，加强对各种宗教尤其是边疆民旅宗教的管理。到了清朝，则在中央设置管理少数民族地区及外交事务的专门机构——理藩院，重点对边疆少数民族和宗教事务进行管理。康熙帝在追述设理藩院的用意时曾说：“太宗文皇帝时，蒙古部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务”。随着清王朝成为全国政权，理藩院成为统管内、外蒙古、察哈尔、青海、西藏、新疆以及西南地区土司各少数民族事务的机关，同时还兼办部分与外国通商及外交事务。理藩院中还下设了一个特殊机构——喇嘛印务处，管理全国喇嘛教事务，这是清朝统治者担心喇嘛教势力无节制的发展对边疆安全与稳定的负面影响，于是运用强大的国家力量对宗教进行行政干预。
二是支持爱国教派的发展。如元朝特别重视宗教，对于佛寺大加保护，并曾扶持萨迦派、噶举派执掌西藏地方政权，以消除分裂因素；清朝进一步扶持宗喀巴创立格鲁派（黄教），册封黄教领袖达赖和班禅，使之成为西藏的宗教领袖，并掌握地方大权。在新疆，清政府还支持信教人数多、拥护中央的伊斯兰教黑山派。在当时的条件下，这些措施对于巩固国家的统一是有积极意义的。
三是奉行“以政驭教，决不以教妨政”的政策，实施政教分离，尽量不建立政教合一地方政权。如清朝就曾在新疆严格地实施政教分离政策。乾隆二十四年（1759年），清政府平定了白山派的大、小和卓叛乱，统一了新疆，此后，清政府为安定南疆，一方面对曾协助清军平定叛乱的穆斯林首领封官赐爵，委以重任，使其成为清朝的高级官员，尤其是扶持依赖黑山派的和卓作为清朝统治南疆的主要依靠力量。与此同时，充分认识宗教领袖控制地方行政对边疆安定的危害性，坚决实施政教分离的政策，由中央政府直接掌握南疆各城行政事务的管理权和行政官员的任免，明文规定宗教职业人员不能在地方行政“伯克”政权中任职。同时，支持世俗的伯克管理民政事务，这就抑制了宗教势力，有利于边疆的社会安定。此外，在西藏，清政府也以法律形式对宗教人员的权力进行限制，明确规定驻藏大臣的世俗权力高于教权，教权必须服从行政权。并对宗教领袖进行多封众建，以防教权过于集中。
四是按律治罪，严厉打击反动宗教势力的分裂叛乱活动。比如，清政府对少数上层宗教人士发动分裂叛乱活动坚决出兵平息，对参与叛乱和卖国活动的喇嘛与和卓，不论其身份等级有多高，也都依法严惩，决不姑息。如，康熙十四年（1675年）平息阿杂里喇嘛发动的叛乱后，康熙下令将“阿杂里喇嘛等悉于军前正法”。乾隆五十七年（1792年），清王朝击败入侵西藏的廓尔喀人后，对怂恿廓尔喀人入侵的红教活佛舍玛尔巴停止转世，对不率众保护札什布寺而先期逃跑的六世班禅之兄解押北京治罪，对占卜惑众，拒不抵抗的喇嘛予以正法。对此，乾隆皇帝曾明确说过：“朕于黄教素虽爱护，但必于奉教守法之喇嘛等方加以恩遇。若为教中败类罪在不赦者，即当明正典刑，断不稍为袒护。”
通过以上措施，中央政府逐渐建立了完善的宗教管理体制，加强了对宗教事务的有效管理和干预，这对防止极少数宗教分离主义者利用宗教破坏统一，对于边疆的安全和稳定都是非常有利的。