在办完多尔衮的丧事后，顺治八年正月十二日（1651年2月1日），福临怀着复杂的心绪在太和殿亲政。孝庄凭借对突变的政治风云的把握，把儿子福临推上皇帝的宝座，又凭借胸中的韬略在随时都可能出现的逼宫危机中度过了最艰难的七年。而当多尔衮去世后，在“倒多”过程中，济尔哈朗取而代之，成为一个新的权力集中点。孝庄敏锐地发现了这一苗头，防微杜渐，让福临发布上谕，宣布一切章奏悉进皇帝亲览，不必启和硕郑亲王（济尔哈朗），消除了可能产生的隐患。
但对孝庄来说，顺治亲政后的日子过得并不轻松。日理万机对于刚刚接手朝政的顺治来说非常难以应付。前面已经提到过，多尔衮为了能长期大权独揽，在摄政时期根本就不曾让顺治受过从政的训练，就连读书识字的机会也不让小皇帝得到。尽管朝廷官员特别是汉族官员为此一再吁请，多尔衮就是置之不理。虽然孝庄意识到问题的严重，但她很清楚多尔衮对此相当敏感，对小皇帝进行系统的文化教育就意味着为幼主日后亲政做准备，而多尔衮则希望把摄政无限期地延长下去。因而目不识丁的顺治在亲政之初，“阅诸臣奏章，茫然不解”，用他自己的话说就是“朕极不幸，五岁时先太宗（皇太极的庙号）早已晏驾，皇太后生朕一身，又极娇养，无人教训，坐此失学”。但年少的皇帝在太后的安排下理政、读书，如饥似渴地吸收汉文化，“由是发愤读书”，早起晚睡，“每辰牌至午理军国大事外，即读至晚……逮五更起读，天宇空明，”便开始背诵，甚至累得“呕血”。
经过几年时间的苦读，顺治不仅掌握了汉语、写得一手漂亮的汉字，而且还系统学习了《左传》《史记》《庄子》《离骚》以及两汉古文、唐宋八大家的文集以及元明以来的名著，就连明清之际金圣叹批点的《水浒》《西厢》也在政事之余予以浏览。对于顺治的苦读，孝庄深感欣慰。但与此同时，她又卷入了家庭矛盾的苦恼之中。
虽然儿子读了大量有裨治国安邦的经史类典籍，也恢复了“经筵”进讲，并在学习《四书》《五经》《资治通鉴》《十三经》《二十一史》的过程中，对“诸书中之关于政事者”予以节录，“贯以大义，联其文词，于忠臣孝子、贤人廉吏，略举事迹；其奸贪不肖悖乱者，亦载其内，使法戒迥然”，编辑了“旨约而易明，文简而易约”的《资政要览》三十篇。但看得出，顺治对老庄、对书画、对诗词曲赋、明清小说以及禅宗的机锋相对的兴趣更浓。上述杂书未尝不可略知一二，但对一个君王来说一旦陷进去，就容易移了性情，甚至丢了江山社稷。南朝的梁武帝因沉溺佛经落得亡国，南唐的李后主因陶醉于填词而沦为阶下囚，乃至亲身品味着“恰似一江春水向东流”的不尽哀愁，至于字画都称得上是第一流的宋徽宗就更惨，不仅国破家亡，还闹到被掠异邦的地步。所以，对于顺治诸多的个人兴趣，孝庄不能听之任之。更何况当时的清王朝离海内一统还差得远着呢——东南有郑成功的几千艘战舰，西南有以云贵为基地的南明永历政权，这些都是摆在面前的严峻挑战，孝庄又焉能放得下。所以，孝庄在欣慰儿子苦读之余，又对他于政事的不下苦心而忧心忡忡。
但要对已经亲政的儿子进行引导的确不是件容易的事。知子莫若母，顺治是个感情多于理智的人，而万乘之尊所形成的自以为是与少年天子在思维上的不成熟又交织在一起。太后与皇帝的关系绝非单纯的母子关系，作为母亲她必须理解儿子是天下之主的现实，她的任何规劝、建议都不能引起儿子的抵触，否则就会适得其反。
而且，伴随着顺治的亲政，皇帝大婚的问题也就产生了。
如前所述，满蒙联姻，是清太祖努尔哈赤在位时定下的既定国策。大清帝国的建立，蒙古八旗也立下汗马功劳，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚为股肱的力量。为了确保这种关系代代相传，也为了保持自己家族的特殊地位，福临即位不久，孝庄就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后，这是由多尔衮做主订婚、聘娶的。显而易见这门婚姻也体现了太后的意愿——通过联姻来巩固同蒙古各部的联盟。
然而，当孝庄皇太后的兄长吴克善在顺治八年正月十七（1651年2月8日）送女儿到北京时，尽管宗室亲王满达海等均建议应在二月为皇帝举行大婚典礼，却遭到皇帝本人的拒绝。对于这位“睿王于朕幼冲时因亲订婚，未经选择”的皇后人选，顺治并不想接纳。
顺治皇帝亲政当年，就大礼成婚，正中宫之位。自古帝王婚姻，总是带有明显的政治色彩，个人的喜好与感情则是次要的。而福临恰恰缺乏这种胸怀，他更多以自己的好恶来对待这种关系。皇后博尔济吉特氏聪明、漂亮，但喜欢奢侈，而且爱嫉妒。本来，作为一个贵族出身的女子，这些并不是什么大毛病，但福临却不能容忍，坚决要求废后另立。这个未成年的皇帝性格十分执拗，尽管大臣们屡次谏阻，他仍然坚持己见，毫不退让。顺治十年（1653年）八月，孝庄见儿子实在没有回转余地，只好同意，皇后降为静妃，改居侧宫。为了消除这一举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济锦氏进宫为妃。但福临对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样不感兴趣，反而如痴如醉地恋上了同父异母弟博穆博果尔的福晋董鄂氏。董鄂氏隶属满洲正白旗，父亲鄂硕，任内大臣，封三等伯（位同一品）。董鄂氏不但通诗文，而且性格温顺，仪表端庄，举止言语，很有风采。顺治十年（1653年）应秀女之选（清制：满族女子到应聘之年必须造册上报内务府，三年一选以充实后宫或指配皇弟、皇子）许配给皇太极末子博穆博果尔。博穆博果尔经常从军出征，董鄂氏出入宫苑侍候后妃，与福临相识并坠入情网。
孝庄察觉了这一危险苗子，立即采取措施，宣布停止命妇入侍的旧例，以“严上下之体，杜绝嫌疑”，同时赶紧给儿子完婚，博尔济锦氏成为第二任皇后。但这一切并不能阻止福临对董鄂氏的迷恋。
顺治帝对董鄂妃可谓是一见钟情，至死不渝。《清史稿·后妃传》记载顺治帝有两后、十五妃，但顺治真正视为国色天香、红粉知己的是董鄂妃。有人总结了几件事可以说明少年天子对董鄂妃的恩爱逾常。一是晋升之速和典礼之隆。为了获得更多接近董鄂氏的机会，顺治十二年（1655年）二月，福临封博穆博果尔为和硕襄亲王，以示优宠。后来博穆博果尔得悉其中内情，愤怒地训斥董鄂氏。这事被福临知道，他打了弟弟一耳光，博穆博果尔羞愤自杀——此事发生在顺治十三年（1656年）七月。宫中发生了这种事情，传扬出去自然是不光彩的，孝庄悄悄地处理了这件事：博穆博果尔按亲王体例发丧，27天丧服期满，董鄂氏在顺治十三年（1656年）八月二十五日被册为“贤妃”，仅一月有余，即九月二十八日再晋为“皇贵妃”。这样的升迁速度，历史上十分罕见。十二月初六日，顺治帝还为董鄂妃举行了十分隆重的册妃典礼，并颁恩诏大赦天下。在有清一代近300年的历史上，因为册立皇贵妃而大赦天下的，这是绝无仅有的一次。
二是尽改恶习、专宠一人。据当时的传教士汤若望记述，少年福临“和一切满洲人一个样，而肉感肉欲的性癖尤其特别发达”，结婚之后，“人们仍听得到他的在道德方面的过失”。可见，福临确实沾染了满洲贵族子弟那种好色淫纵之习。可是奇迹出现了，自从遇到董贵妃后，少年天子变得专一起来。两人情投意合，心心相印，可谓“长信宫中，三千第一”，“昭阳殿里，八百无双”，真是六宫无色、专宠一身。
皇贵妃在后宫的地位仅次于皇后，不过福临对董鄂氏的感情，已到了无以复加的地步。他认为董鄂氏有德有才，正是理想的皇后人选，因此准备二次废后。假如福临再度废后，改立董鄂氏，蒙古女人失去中宫主子之位，势必影响满蒙关系，倾动大清帝国的立国之基。孝庄毫不犹豫地对儿子的举动进行了抑制。结果，母子间出现隔阂，顺治皇帝甚至公然下令抠去太庙匾额上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，对于安排自己命运的同族婆婆并无丝毫感激，相反把不幸和怨恨，统统归集到太后身上，连太后病倒，也不去问候一声。对于这一切，孝庄都忍受了。宽容理解是她的原则。这种微妙紧张的母子婆媳关系维持了五六年，幸而她有多年的政治经验和坚毅的性格，清帝国的基业才不致因后宫的倾动而发生动摇。孝庄这种苦心，福临与皇后恐怕都不理解，倒是通达人情的董鄂氏能够体谅孝庄的苦衷，她主动周旋于皇后与皇帝之间，缓和调节双方矛盾，有时起到孝庄所难以达到的作用。唯其如此，孝庄有什么事总是找董鄂氏商量，有什么话总是找这个儿媳妇说，以至于到后来，婆婆对儿媳几乎到了不能离开的地步。
但不幸的是，“枕上春梦刚三年，贵妃撒手绝人寰”。顺治十四年（1657年）十月，董鄂氏产下一子，但四个月后不幸夭折。董鄂妃本来就体弱多病，生了一个男孩儿又百日而殇，丧子的悲伤使她郁郁成疾，一病不起，宫廷矛盾的精神重负使她原本有病的身体更加虚弱。顺治十七年（1660年）八月，董鄂氏22岁时，告别了深爱着她的少年天子，撒手人寰。顺治痛不欲生，寻死觅活，不顾一切。人们不得不昼夜看守着他，使他不得自杀。顺治帝辍朝五日，追谥其为端敬皇后。并在户部资金极为短缺的情况下，在景山建水陆道场，大办丧事。将宫中太监与宫女30人赐死，让他们在阴间侍候自己的爱妃。同时令全国服丧，官员一月，百姓三日。顺治帝让学士撰拟祭文，“再呈稿，再不允”。后由张宸具稿，“皇上阅之，亦为坠泪”。以顺治帝名义亲制的董鄂妃《行状》数千言，极尽才情，极致哀悼，历数董鄂氏的嘉言懿行，洁晶慧德。可见，董鄂妃之死对他的打击极其巨大。
顺治感情丰富，天资聪颖，性格固执，具有高度的理想性，亟欲实现自己“满汉一体，共享太平”的治国理念。他对于汉文化有着强烈的仰慕和兴趣；不过，他的性情自由奔放，故厌倦宫廷的压抑和斗争。他很情绪化，急躁执著，喜怒皆形于色，故在满洲亲贵利益与广大人民利益之间产生矛盾时，往往无法妥善而圆融地处理，令孝庄伤透脑筋。
而宫中另有一股反派势力，在多尔衮当政时期就已经在虎视眈眈、制造问题。当年与顺治争帝失败的博果尔之母贵太妃，暗中结合对于顺治不满的满蒙亲贵，跟顺治作对甚至密谋废立。顺治与董鄂妃的百死无悔的爱情，造成满蒙亲贵的仇视；博果尔的死亡，也更激化了反派势力的仇恨与行动，但均为孝庄一一化解。
这样一对相依为命的母子，按理说应当母慈子孝、关系融洽。但事实似乎并非如此。据阎崇年先生所作《人物风流：顺治——大清朝最为多情哀愁的帝王》一文介绍，关于顺治皇帝和母后的关系，《清史稿·后妃传》仅有四句话的记载：第一句是“世祖即位，尊为皇太后”，这是例行公事；第二句是“赠太后父寨桑和硕忠亲王，母贤妃”，这也是例行公事；第三句记载：“太后万寿，上制诗三十首以献”，这仍是例行公事；第四句记载：“上承太后训，撰《内则衍义》，并为序以进。”仅仅以上四句话、60个字而已。而同一篇传记，记载康熙同他祖母关系的则有715个字。从中透露出顺治同母后的关系并不太协调。可能有的冲突是：第一，顺治小时候贪玩，母后管教过严，这是家庭中的常理。第二，顺治的皇后是母后和叔父多尔衮给指定的。小皇后出身蒙古科尔沁贵族，从小娇生惯养，顺治不喜欢。虽然勉强成了亲，但婚后经常发生口角。顺治不顾母后和大臣的反对，强行废掉了皇后。直到顺治病危的时候，被废的小皇后想要见他一面都不行。后来再立一个皇后，顺治还是不喜欢。在皇后问题上母子有矛盾。第三，顺治喜欢董鄂妃，爱得死去活来。太后干涉，母子又发生矛盾。第四，也是矛盾最激烈的一方面，顺治放着皇帝不做，要出宫做和尚。顺治对董鄂妃情比金坚。董鄂妃死之后，顺治更郁郁终日，了无生趣，并萌生出家为僧的念头。母后当然坚决反对。第五，母后同多尔衮有着说不清道不明的关系，也让小皇帝心里不愉快。总之，母子之间的关系并不是太好。
顺治是个既任性又脆弱、既多情又哀愁的人。这样一个以自我感情、好恶为中心的皇帝，与自己的母亲有着深深的感情隔阂，又痛失了最心爱的女子。他遭此打击后，精神颓落，恹恹无生趣，未出半年，便染天花病逝，结束了短暂的一生。