顺治死后，玄烨即位。顺治皇帝临终时，原属意于次子福全，孝庄看中了玄烨，通过皇帝信赖的传教士汤若望说项，才改立玄烨，所以说玄烨是孝庄一手扶立的。根据福临死前留下遗嘱，八岁的皇三子玄烨入继皇统，改元康熙。
玄烨8岁即位，10岁时生母佟佳氏亡故，照看他的是祖母孝庄太皇太后，所以祖孙二人感情十分融洽。孝庄不但关心他的起居，而且对他的言语举动，都立下规矩，严格要求，稍有逾越，则严厉批评，毫不宽纵。玄烨日后回忆：“朕自幼龄学步能言时，奉圣祖母慈训，凡饮食、动履、言语，皆有矩度。虽平居独处，亦教以不敢越轨，少不然即加督过，赖是以克有成。”（《清圣祖御制文二集》）在她的教导下，玄烨健康成长，一个未来杰出帝王的特质和能力，在少年时代打下了根基。
为了避免摄政王专权的悲剧重演，顺治皇帝有意撇开皇室亲王，安排了四位忠于皇室的满洲老臣索尼、遏必隆、苏克萨哈和鳌拜辅政。当时安徽有位叫周南的秀才千里迢迢赶到北京，请求皇太后垂帘听政，孝庄严词拒绝了，因为清建国之初曾总结历史上外戚干政导致亡国的教训，规定后妃不得临朝干政，孝庄当时虽有足够的声望与资历临朝，但此例一开，将来或许贻害后代。因此她坚持了大臣辅政的体制，把朝政托付给四大臣，自己则倾力调教小孙子，培养他治国安邦的才能，以便他亲政后能担当起统御庞大帝国的重任。
没有想到顺治所择非人，口是心非的鳌拜很快暴露出专横暴戾的本性，欺皇帝年幼无知，广植党羽，排斥异己，把揽朝政，俨然是摄政王再出。康熙六年（1667年），玄烨14岁，按例亲政。但鳌拜不但没有收敛，反而变本加厉。苏克萨哈因为受鳌拜压制，乘皇帝亲政之机，上奏辞职，请求去守先帝陵寝，“俾如线余息，得以生全”。实际上是向皇帝抗议鳌拜的专横。螫拜也清楚苏克萨哈的用意，他和同党一起，捏造苏克萨哈24条大罪，将苏拘捕入狱，要处以极刑。苏克萨哈从监狱里送出申诉状，创建的初期，为了能得到汉族上层的支持，孝庄皇太后冲破满、汉不得通婚的惯例，顺治十年（1653年）把孔有德的女儿孔四贞“育之宫中”当作宗室郡主看待；又把皇太极第十四女和硕公主嫁给吴三桂的儿子吴应熊，起到拉拢汉军将领的作用。但当清王朝的一切逐渐稳定的时候，这些不稳定的因素就成了朝廷的眼中钉、肉中刺。康熙帝亲政之后决定撤藩，他对军机大臣们说：“天下大权，唯一人操之，不可旁落。”意思就是说全天下的权力，只能集中在皇帝一人手上。撤藩令一下，三藩以吴三桂为首，起兵叛乱，战事由是而起。大家都知道，战争对财富的消耗是不可估量的。这对刚刚稳定不久的清廷是一个考验。这时候，孝庄给了她孙儿极大的支持。
孝庄生活俭朴，不事奢华，她在宫中提倡节俭，器物坏了，能修的修，尽量不换新的。并且以此影响整个宫廷。比如康熙二十九年（1690年）正月，当时宫中用人、用物及开支情况与明朝作了一个对比：前明宫内每年用金花银96万9400余两，今悉已充饷。前明每年宫中用木柴2686万余斤，今只六七百万斤。前明各宫床帐、舆轿、花毯等项每年用银28200余两，今俱不用。唐太宗乃有唐明主，但一次遣发宫女达3000多人，其余则更有数千人可知。今除慈宁宫、寿康宫外，乾清宫妃嫔以下使用老媪、洒扫宫女，合计只134人。皇宫内如此节俭，省出的银两哪里去了？原来，孝庄把宫廷节省下的银两都捐出犒赏出征的士兵。每逢荒年歉岁，她也总是把宫中积蓄拿出来赈济，全力配合、支持孙子的事业。黄河水灾，孝庄也自己掏私房钱赈灾。由于内外齐心，清王朝从动乱走向稳定，经济从萧条走向繁荣，为平定三藩、统一台湾和边疆用兵等大规模战争奠定了物质基础。在他们的携手努力下，清王朝在康熙朝形成第一个黄金时代。可以这样说，康熙大帝之所以文治武功大有作为，开创清王朝鼎盛时期，其中也有孝庄文皇后的一份心血。
康熙平鳌拜，平三藩，孝庄都在财力上给予了极大的支持。平定三藩时，她的表率行为，更使皇帝增加十二分敬意。康熙二十一年（1682年）春，皇帝出巡盛京，沿途几乎每天派人驰书问候起居，报告自己行踪，并且把自己在河里捕抓的鲢鱼、鲫鱼，派人送京给老祖母尝鲜；二十二年（1683年）秋，康熙陪祖母巡幸五台山，一到上坡地方，皇帝每每下轿，亲自为祖母扶辇保护。孝庄与皇帝这种亲密和谐的关系，反映了她的为人。这与二百年后同样经历三朝、对中国政治产生了重大影响的慈禧太后，是截然不同的。不过，孝庄太后终于敌不过时间的车轮。康熙二十六年（1687年）九月，孝庄太后开始病情加重，康熙皇帝昼夜看视；康熙二十六年十二月，孝庄太后病危。康熙皇帝号哭不止，昼夜不离左右，亲奉汤药，隔幔看护，水米不进，衣不解带，夜以继日。并亲自率领王公大臣步行到天坛，祈告上苍，请求折损自己生命，增延祖母寿数。康熙在诵读祝文时涕泪交流，说：“忆自弱龄，早失怙恃，承奉祖母膝下，三十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立，罔极之恩，毕生难报……若大算或穷，愿减臣龄，冀增太皇太后数年之寿。”然而自然规律是无法抗拒的，此月二十五日，孝庄走完了她的人生旅程，以75岁的高龄安然离开了人世。皇帝给祖母册封了最尊崇的谥号——孝庄仁宣诚宪恭懿翊天启圣文皇后。其实，孝庄没有当过皇后，而是皇太后、太皇太后。之所以称为孝庄文皇后，是她死后康熙皇帝给其谥号的简称。孝庄去世后，据载，康熙诵读谥文，群臣皆涕零。
令人不解的是孝庄并未与皇太极合葬于沈阳的昭陵，也没进清皇陵，一直到康熙帝死，也未给祖母孝庄文皇后建陵，其梓宫在暂安奉殿停了38年之久，而最终于雍正三年（1725年）才由曾孙胤禛安葬于清东陵风水墙外的地宫内。这究竟是什么原因呢？即使至今也未找到令人信服的解释，仍是一个未解之谜，不过对此民间传说甚多。关于孝庄皇后为什么不葬入昭陵一事，民间有“托梦定陵址”的说法。大意是：孝庄皇后死，清廷遵照祖制，决定将她葬入昭陵，与太宗合葬。但当梓宫途经东陵时，突然沉重异常。128名杠夫个个被压得龇牙咧嘴，眼冒金星，寸步难行，只得把梓宫就地停放。两个时辰过后想继续前行，梓宫就像长在地上一样，丝毫不动。这下子可急坏了送葬诸王和大臣们，于是飞报朝廷。康熙皇帝接到奏章，也是一筹莫展。当夜皇帝梦见孝庄皇后，对皇帝说：“我决计不与太宗合葬，如今梓宫停放之地就是上吉佳壤，可即地建陵安葬，切记吾言，休得违误。”皇帝醒后，遵照嘱咐，择吉时开工，即地建陵。这回再移动棺椁也不那么沉重了。很显然，这纯属神话，不能作为依据。还有的说，因为孝庄皇后下嫁给多尔衮，已不是皇太极的皇后了，所以她没有资格入葬昭陵，也无颜与皇太极合葬。清廷官书从来没有孝庄皇后下嫁多尔衮的记载，康熙帝以后各帝始终承认她是太宗皇帝的皇后，所以说这条理由也不充足。
而查阅史料，孝庄皇后不与皇太极合葬的原因有这样一段记载。孝庄皇后生前就为自己葬地之事留下了遗嘱，她谆谆嘱咐康熙皇帝：“我身后之事特嘱你：太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。若别起茔域，未免劳民动众，究非合葬之义。我心恋你们父子，不忍远去，务必于遵化安厝，我心无憾矣。”康熙皇帝一向孝顺祖母，孝庄皇后死后，康熙帝遵照遗嘱，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。
那么，为什么孝庄又被葬在了清东陵大红门东侧风水墙外，而不是在皇陵内呢？许多野史称，这是因为孝庄下嫁多尔衮丢了爱新觉罗家族的颜面，所以把她葬在陵区大门外，罚她世世代代为子孙把门。其实，这只不过是好事者的主观附会而已。据有人分析，真正的原因有三：第一，顺治的孝陵处于陵区内至高无上的位置，而孝庄则是顺治的生母，将她葬在陵区内任何地方，位置都低于孝陵，这就与她的辈分不相称。第二，孝庄虽葬在遵化清东陵，但与远在沈阳的皇太极的昭陵仍是一个体系。孝庄皇后的陵名叫昭西陵，因此看，与清东陵是两个不同体系，不能混淆，只能葬在东陵区外，以示区分。第三，在清代，无论皇帝、王公谒陵，都先从最高辈分的墓主人的陵寝开始。孝庄皇后在清东陵所有内葬人中辈分最高，所以谒陵时，每次都必先从孝庄皇后的昭西陵开始。大红门是陵区的正门。是谒陵人的必经之处。将昭陵建在大红门旁边，也为谒陵提供了极大的方便，避免了绕道往返之劳。第四，清代，以左方为尊贵之位，皇帝谒陵，出入宫门、殿门、陵寝门皆走左门，臣工走右门。把昭陵建在大红门左侧，处于尊贵之处，也正反映了她的后代儿孙们对她的尊崇敬仰之意。大红门左侧地势高而平坦、土厚质纯，而大红门右侧，低洼多石，又濒临西大河，常有水患，所以从地理环境上看，也应该将昭西陵建在大红门左侧。从以上几点看，将孝庄皇后葬在东陵陵区外，绝不是为了罚她为后代子孙看守陵门，而是综合考虑各方面的原因后作出的最佳选择。也是根据她的遗愿，灵枢没有运往盛京与皇太极合葬，而是暂安在京东清东陵。直至雍正三年（1725年），才在暂安奉殿原处就地起建陵园，葬入地宫。
孝庄太后是一位有见识的政治家。正史记载，顺治六年（1649年），郑成功引部下反清复明，顺治皇帝恐慌，甚至有退回关外之意，是孝庄皇太后制止了顺治，并主持击退了郑成功。康熙十二年（1673年），吴三桂叛乱，康熙决意起兵平叛，遭到了朝中多数大臣的反对，孝庄坚决支持康熙，多次拿出宫中金帛和自己的份银犒赏出征将士。康熙十四年（1675年），吴三桂南乱未平，蒙古察哈尔部的布尔尼又起兵叛乱，清廷有倾覆之忧。孝庄向康熙力荐顺治时期曾因刑事问题被免职的大学士图海领兵。当时朝中无兵可用，图海选取数万八旗家奴，在辽西夜袭连营，大破敌军，杀死布尔尼。这些都说明了孝庄的治国才华。
孝庄还很节俭，康熙朝力求节约以充裕国库的举动也始于孝庄。孟昭信认为，历史上的孝庄皇太后确有雄才大略，是堪与唐代武则天媲美的，我国历史上少有的杰出女政治家，在治国上，远远超过清朝另一个皇太后慈禧。孝庄参与国政没有采用垂帘听政的形式，而是直接与朝中大臣打交道。顺治去世前两年左右的时间里，基本上是孝庄在主持朝政。顺治去世后，她又设立了四大臣辅政的机制，帮助康熙治理国家，取得了很好的效果。她对朝政的干预，更多的是一种斡旋、制衡和退让。康熙曾说：“全赖圣母皇太后鞠养教诲以至成立。”如康熙有吸大烟的恶习，后来孝庄晓之于理，好言劝告，硬是让当上皇帝的康熙把烟戒掉。“设无祖母太皇太后，断不能敦有今日成立。”孝庄皇太后在中国历史上，其贤德恐只有宋神宗时垂帘听政的宣仁太后可比，此在国史上已是定论。联系到清朝另一个垂帘听政的太后慈禧，两人一头一尾，皆抚育长大两位儿童皇帝，一个开出一个全盛的大清，一个虽也带出所谓的同光中兴，但恐终不能逃脱断送大清朝江山的恶名，把这两人略作比较，似乎也颇有兴味。
孝庄是一位非凡的蒙古族女性，她13岁进宫，62年间辅佐清太宗、清世祖、清圣祖三朝皇帝主政，为清初国家的统一和政权的巩固做出了不可磨灭的贡献。从蒙古小格格到西宫妃，从皇太后到太皇太后，她一步步走向顶峰；大清草创，前途是兴是衰，历史的枢纽因缘际会地掌握在她手里。然而，孝庄终于凭借她的政治头脑、英明决断，搏击世纪风云，历尽人世沧桑，享受了她传奇般的政治人生。