熟悉国史的钮祜禄氏非常了解丈夫的能力，以嘉庆的能力他也只能跻身于守成之君的行列，他的决断能力、应变能力根本不能同他的列祖列宗相比，但他所面临的问题却又是实实在在的，刚一改元就遇上因擒拿教首刘之协所引发的川、楚、陕白莲教起义。
虽然在乾隆退位后的三年时间，清军相继诱使聂人杰与王三槐到清军营地投诚；德楞泰在陕西歼灭王聪儿、姚之富部；其他将领也摧毁罗其清在大鹏山的营地，生擒罗其清；拿下冉文俦设在通江的基地，并将其击伤俘获；但张汉潮、王廷诏、齐国谟（齐林之侄）、樊人杰、冉天元、冷天禄、马学礼、苟文明、冯天保、苟文润、徐添德等依然转战在川、楚、陕的深山老林中。
到嘉庆五年十二月，亲政已经快两年的皇帝在上谕中也不得不承认“自邪匪滋事以来，剿办已及五载，总无蒇事之时”，“看来年内蒇功之说又成虚愿”。“现在各路征兵不下十万，军威不为不盛”，“即如陕西省南山内伍逆余匪，所剩不过二百余人，而官兵现在万余”，“伊等尚得借口于兵力不足”“似此辗转奔逐，年复一年，何时始能剿尽”？正像他在《蜀中余匪尚未荡平诗志忧闷》中所表述的，“兵能迅速斯能扫，机患因循不患迟”，“将疲士懈皆予罪，宵旰焦愁莫我知”。
一份来自河南的奏报令嘉庆和皇后兴奋不已，那个掀起吞舟巨浪的刘之协在河南叶县落网。刘之协一直藏匿在新野一带，东藏西躲，在躲藏六年后，他准备去湖北同那里的白莲教徒联合起来，在行至叶县时被清廷抓获，时为嘉庆五年六月。一个月后刘之协被押至北京处死。刘之协的伏法的确让皇帝夫妇出了一口恶气，但清军同白莲教的战争却仍在继续着。
“白莲余孽尚纷驰”的局面，并不会因刘之协被处死就能结束。
这一年年底，嘉庆帝在给军机处大臣的谕令再次谈到：“剿办已及五载，总无蒇事之日。近据各路奏报，贼匪仍复东奔西窜，官兵虽随处追击，总不能扼其一路，归并一处，聚而歼洗。看来年内蒇事之说又成虚愿。”何以同白莲教的战争久拖而不绝？一种观点认为：“带兵大员及各督抚等仍存此疆彼界之见，只将贼匪驱逼出境即为尽职，并不协力会剿，以致川、楚、陕三省窜匪出此入彼，来往自如。即被一路防堵官兵剿杀，杀贼无多，而前无拦截，后无追摄，沿途裹挟，又成大股，仍与未经剿杀者无异。”
另一种观点认为：白莲教在服饰上与平民百姓无异，“良莠难分”，而彼等“生长深山，登峰便捷”，掠食于民，无需转饷，故能转战数省，旋灭旋起。
还有一种观点认为：白莲教采用机动灵活的战术“或分或合，聚散无常，或往或来，出没无定。使我之兵，日疲于奔命；使我之财，日耗于粮饷；使我之民，转徙流亡，不得耕种以为生”。
上述种种，只是一些表面现象，钮祜禄氏隐约感到皇帝对局势控制的能力在减弱，无论是对将士，还是对教徒，尽管这是嘉庆不愿承认的。
将领的杀良冒功、杀降冒功，已经是公开的秘密，例如四川总督福宁在围剿来凤县的旗鼓寨时，有三千被裹挟的难民到清军营地投降，福宁把千余妇女儿童释放后，把剩下的两千余人杀害，竟以“节次擒获贼匪俱随时正法”上报……为了尽快结束同白莲教的战事，嘉庆帝在嘉庆六年（1801年）一月特颁布《御制邪教说》，在指出白莲教不同于佛教的同时，特别强调一般的白莲教信徒不是叛匪，明确指出清政府所要消灭的是叛逆之徒，而不是一般的教徒。
虽然白莲教在建立之始，其教首“则为骗钱惑众，假烧香治病为名，窃佛经仙篆之语，衣服与齐民无异，又无寺宇住持。所聚之人，皆失业无赖之徒，所以必流为盗贼，是又僧道不若矣。然天下之大，何所不有，苟能安静奉法，即烧香治病，原有恻怛之仁心，在朝廷之所不禁。若借此聚众弄兵，渐成叛逆之大案，则王法之所不容……官军所诛者叛逆也，未习教而抗拒者杀无赦，习教而在家持诵者原无罪也……故白莲教与叛逆不同，乃显而易见之理，设若贼营中有一二僧道能尽行沙汰，有一二生员岂遂废科举之典乎？然则白莲教为逆者，法在必诛，未谋逆之白莲教，岂忍尽行剿洗耶？白莲教与叛逆不同之理既明，则五年来所办理者一叛逆大案也，非欲除邪教也。”
虽然嘉庆盼来王廷昭（嘉庆六年初）、高天德（同年四月）、冉天士（同年八月）、樊人杰（嘉庆七年六月）等被歼的捷音，但一支支白莲教的队伍仍然出没在深山老林，虽说是强弩之末，但这“末”还要持续多久？钮祜禄氏不禁忧上心来。
嘉庆九年九月（1804年），最后一支白莲教被消灭的战报终于抵达北京。
皇后当然清楚为此所付出的沉重代价：动用军队十一万七千六百六十二名；使用战马四万二千五百六十三匹（不包括各省所购买的）；调拨饷银二亿两，从川楚陕三省调拨的粮食截至嘉庆七年将近四百万石。长达九年的战事，使得清帝国库存的粮饷进一步靡费，川、楚、陕等省的百姓则长期挣扎在死亡的边缘上。
诚如时人所分析的：“自嘉庆元年用兵以来，吾民之死于贼者无论矣。官兵迎头截击，则冲锋冒刃者，皆吾精壮之民也；官兵从后尾追，则兜擒掩取者，皆吾老弱之民也，其死者不知凡几矣。幸而乘间得出，守卡之勇，坐营之兵，盘而获之，以为奇货，文致其罪，冀邀厚赏，非法拷掠，多方指证，草草数言，即行正法，其死者又不知凡几矣。”钮祜禄氏很清楚：医治战争的创伤、恢复饱受摧残的经济以及如何妥善遣返在平定白莲教中立下汗马功劳的乡勇，对嘉庆都是很棘手的问题。