为了摆脱两位皇太后的控制，八个赞襄政务大臣提出，新皇帝年幼，不解政事，老皇帝有遗诏命他们赞襄政务，新皇帝发布圣旨由他们拟文发出即可。慈安对此似是模棱两可，慈禧却极力反对，她认为这是很严重的事情，任其这样就会使皇帝被架空，导致大权旁落。八大臣却不依不饶，双方的权力斗争也越来越激烈。有一次，八大臣竟然以罢工相威胁，使慈禧认识到只靠一个手中无权的慈安去实现其垂帘听政的设想，无异于孤军奋战。因此，她又联系以恭亲王奕为首的王公大臣集团，最终发动了“辛酉政变”，一举击溃了以肃顺为首的辅政大臣集团，将权力操控在太后手里。
这场政变实质上就是一场朝廷内部的权力之争。一方是两宫皇太后和以恭亲王奕为首的皇族，另一方则是咸丰帝临终任命的八位赞襄政务王大臣。这场政变的组织者、策划者和领导者是慈禧，其主要倚靠的骨干力量是奕，但也绝对不应忽视慈安在其中的作用。她作为原中官皇后、当时的母后皇太后，具有举足轻重的作用。因此她是这场政变中决定成败的关键性人物。这一点，机敏而工于心计的慈禧比谁都清楚。慈禧更清楚自己是靠“母以子贵”才登上皇太后宝座的，声望、资历、影响力远逊于慈安。如果不将慈安争取过来，夺权、垂帘听政的目的就达不到。可以说，如果慈安旗帜鲜明地坚决拥护咸丰帝的遗命，毫无保留地支持并站在八大臣一边，辛酉政变就不会发生，这段清史就得重写。
在政变之后，朝廷中一些日常的事务由慈禧处置，但每遇朝政大事，还是要由慈安太后最后决定。有书记载，慈安“及与孝钦后（慈禧）垂帘听政，首简恭王入军机处。时国人称孝贞优于德，而大诛赏大举措，实主之；孝钦优于才，而判阅奏章，裁决庶务，及召对臣工，咨访利弊，悉中款会”。这段话是什么意思呢？就是说，时人对慈安和慈禧的评价是各有所长，慈安“优于德”，慈禧“优于才”。慈安太后的理政之才主要表现在四件事上。
第一是重用能臣，带来“同治中兴”。慈安与慈禧密切配合，发挥己长，励精图治，在朝内重用奕、文祥、倭仁等重臣，外用一批优秀的汉族将领，如曾国藩、左宗棠、李鸿章等，使得同治年间出现了“中兴之象”。1914年出版的《清朝全史》记载：“同治改元之初，即知曾文正公之贤，授为两江总督。文正感其知遇，尽心谋国。而东宫（指慈安——笔者）则自军政、吏治、黜陟、赏罚，无不咨询文正而用其言。”于是当时遂有“至军国大计所关及用人之尤重大者，东宫偶行一事，天下莫不额手称颂”之说。
第二就是节俭自爱。辛酉政变之后，慈安、慈禧两宫太后，在养心殿共同垂帘听政。开始的时候，由于慈安太后位居正宫，名位高于慈禧太后，因此慈禧不敢太张狂，大权一度由慈安太后掌握着。一段时间里，节俭自爱的政风很浓。慈安常以东南太平天国未灭，国家正处多事之秋为由，驳回一些阿谀奉承的大臣奏请大兴土木重修圆明园的奏折。原圆明园管理大臣殷德以园务不能振兴为一大憾事，他百般恳求两宫皇太后，坚持要重新修复圆明园。这时太平天国农民革命虽已失败，但捻军（清中叶后反政府农民武装）和西北回民的武装斗争却气势正盛。慈安太后素来崇尚节俭，根本就不同意大兴土木的修园之举。
所以殷德的愿望，无法实现，心中深感不快。正巧，北京城内有一个很有势力且人品极坏的大富豪名叫李三，他勾结广东商人李光照，投殷德所好，与殷德拉上了关系。他们在小皇帝载淳出外游玩时前往参见，哄骗小皇帝答应重修圆明园。李三与李光照暗自高兴，以为可借此次机会大捞一把。为了能取得慈禧太后的赞同，李光照前去用重金贿赂大太监安德海，安德海开口要价20万两白银，讨价还价一番后，终以10万两银子成交。而慈禧太后此时正韬光养晦，密谋夺权，也就颇为顾忌朝野内外对她所作所为的议论，无心过多地游乐。不想李光照行贿之事被恭亲王奕等大臣侦知了，马上上报给慈安太后。而平素以节俭著称的钮祜禄氏大怒，立即命令刑部官员逮捕李光照下狱。接着传下懿旨，命逮捕奸商李光照，并追查行贿修园一案。后来，安德海因慈禧太后关照，才度过了这一风波。
第三是诛杀安德海，朝野称快。太监安德海是直隶南皮（今属河北）人，人称“小安子”。同治初年，他因受慈禧太后宠幸，开始干预国政。穆宗载淳尚未成年，但对安德海飞扬跋扈的一套非常不满，经常为一些事训斥安德海，而每次挨了训，安德海都要向慈禧太后诉委屈，慈禧太后马上便召载淳来指责一番，这样反而更加深了小皇帝对安德海的仇恨。
关于杀掉安德海一事，现在主要有两种说法。一是为除掉安德海，载淳曾找慈安太后密商办法，他们认为山东巡抚丁宝桢敢作敢为，因此在丁宝桢入京晋见时，令他俟机诛杀安德海，丁宝桢慨然允诺。同治八年（1869年）七月，慈禧太后命安德海往南方采办宫中用物，安德海自然得意非常，他公然打着钦差大臣的旗号乘楼船沿运河南下，一路声势浩荡，招摇纳贿。安德海进入山东德州地界时，丁宝桢得知消息。他令总兵王正启率兵追安德海。等追到泰安，王正启抓住了安德海，并马上把他押送到济南府。安德海不识时务，死到临头还叫道：“我奉皇太后的命令外出，谁敢冒犯我，那是他以卵击石自寻死路！”逮住安德海后，丁宝桢便飞马上奏朝廷。慈安太后得到报告，立即召见军机大臣奕及内务府大臣等商议处置办法。诸位大臣都说太监不得出都城之门乃是祖制，大清建立200多年来还从没有敢违犯的，如有违犯者要坚决处死，不可饶恕，安德海应就地正法。另一种说法是慈安等与丁宝桢并未事先沟通，只是按照清朝制度：太监不得出都门，犯者杀无赦。同治八年（1869年）八月，安德海请求慈禧派他到江南置办龙衣，获得许可。但他不知收敛，一路招摇，途经山东境内时，被山东巡抚丁宝桢拿获。丁宝桢迅速将此事上奏朝廷。慈禧有意袒护，慈安“立命诛之”。结果安德海被就地正法。反正不管怎么说，安德海被杀都是由于慈安的力主其间。当时朝野上下，人心大快。
第四是立阿鲁特氏为皇后。同治十一年（1872年），同治帝已经17岁了，到了立后成婚的年龄。慈安看中了淑静端慧、容德俱佳的崇绮之女阿鲁特氏，她怕载淳亲政以后，年纪太轻，不能胜任繁重的政务，所以得要一位成熟贤淑、识大体，而又能动笔墨的皇后，辅助皇帝。而慈禧则看中了年轻俏丽、姿性敏慧的富察氏。两人各执己见，最后决定由同治帝自己决定。结果同治帝采纳了慈安的意见，同意立阿鲁特氏为皇后。皇帝“大婚”之后，慈安太后对皇后阿鲁特氏更是百般关照，每次皇后来问安、伺膳，她都热情接待，并屡次催促皇后早早回宫，不必过于拘礼。此事表明了慈安在宫中、在同治帝心中的崇高地位和影响力。