对于珍妃的死，目前有两种说法，一是珍妃是被慈禧命人推入井中。
光绪二十六年七月二十日（1900年8月14日），八国联军兵临城下。城外炮声隐隐，宫中人心惶惶，乱作一团。慈禧在签订了许多不平等条约的情况下，又作出了一个错误的决定，携带光绪等一行人出逃至西安。慈禧太后改变了装束，打扮成村妇模样。在挟持光绪逃走之前，慈禧命令御前首领太监崔玉贵把珍妃从冷宫提出来，想带她一起走，对她说：“洋人就要进城，兵荒马乱，在这里万一受到污辱，丢了皇家的体面，对不起祖宗。”珍妃却说：“老祖宗可以离京暂避一时，但皇上应该坐镇京城，力挽危局。”慈禧听后训斥她说：“你死在眼前，还敢胡说！”慈禧指着院里的那口井说：“赐你一死，下去吧！”慈禧大声命令崔玉贵：“把她推下去！”崔玉贵连挟带提地把珍妃拉过去。珍妃泪流满面，厉声高喊：“我罪不该死！皇上没让我死！你们爱逃跑不逃跑，但皇帝不应该逃跑！”在悲惨的号哭声中，“扑通”一声，珍妃被扔到井里。可怜的珍妃遇害时仅仅25岁。随后，西太后一伙人仓皇地走出神武门，逃离京城，绕道到西安了。珍妃死后不久，为了掩人耳目，慈禧太后发布谕旨：“去年京师之变，仓促之中珍妃扈随不及，即于宫中殉难。”并称赞珍妃节烈可嘉，追赠贵妃称号。次年，即光绪二十七年（1901年），慈禧与光绪从西安返回。为了掩盖她残杀珍妃的罪行，对外宣称珍妃是为了免遭洋人污辱而投井自杀，并给珍妃恢复了名誉。又知会内务府备办棺材，命珍妃的家人打捞出尸体，装殓入棺，埋葬在阜成门外恩济庄太监公墓南面的宫女墓地。
据此，有人认为珍妃的死是由于珍妃的才貌出众，受宠于光绪帝，使慈禧的侄女失宠，并引起一些后、妃争斗，慈禧对珍妃倍加嫉恨；也有人认为这是戊戌政变的余波。自从戊戌政变后，心狠手辣的慈禧对维新派和光绪帝恨之入骨，屡次想对光绪帝下黑手。但她碍于国内外舆论压力，怕引起封疆大吏的不满，更怕帝国主义国家出面干涉，所以未能如愿。在亡命之前，便把这口怨气一股脑发泄到珍妃身上。更有人说，慈禧之所以下狠心杀珍妃，不是因她原来的“习尚奢华”，“屡有乞请”，也不是因她后来“赞襄新政”，而是因为她主张光绪留京。光绪若能留京主持住大局，则慈禧“西狩”便成流放，永无回京之望！为了恐吓光绪帝，断了留镇京师之谈，便杀鸡儆猴了。
慈禧死后，瑾妃为纪念被害的妹妹，在珍妃被害的那口井北面的小房里布置了一个小灵堂，供奉着珍妃的牌位，上面挂着一块匾额“精卫通诚”，颂扬珍妃对光绪的一片真情。珍妃被害的那口井从此被叫做“珍妃井”。
另一个说法是根据慈禧太后的曾孙叶赫那拉·根正先生口述：珍妃是自己跳下去的。出逃那天，大家都换了百姓布衣聚在寿宁官，领班太监崔玉贵、王德环奉慈禧之命提前将珍妃带到乐寿堂的颐和轩。当时的珍妃非常气盛，不服从慈禧太后的指挥，并当场顶撞慈禧太后。珍妃对慈禧太后说：“我是光绪的妃子，我要跟着去。您有偏见，皇后是您的侄女，所以您带她走。所以我也请求你带我走。”这就让一直高高在上的慈禧太后非常难堪。慈禧太后当时气得脸色发白，直打哆嗦。慈禧太后也是一个非常要脸面的人，所以气得当时抬脚就走，珍妃一直跟着慈禧太后说自己的理由，于是就来到了距离珍妃住所不远处。并继续对慈禧太后说：“我是光绪的妃子，就要跟皇上在一起，不在一起，宁愿死。活着是皇家人，死了是皇家鬼。”慈禧太后一听，就更加生气，本来火烧眉毛的事情，哪还有时间吵架啊，于是就对珍妃说：“你愿意死就死去吧。”当时离说话的地方不远处就有一眼井，于是珍妃紧走两步，说：“那既然这样，我就死给你看。”于是直接就奔井口去了。老太后一看情况不对，这孩子跟我顶撞两句，怎么还真的去死啊。于是对崔玉贵说：“赶紧去拉住她。”但是这个时候已经晚了，当崔玉贵跑过去的时候，珍妃已经跳下去了。老太后一看没办法了，于是没来得及管她，就走了。
据说从珍妃死后，光绪就再也没有接近过其他女人，对皇后和瑾妃依旧是冷冷淡淡，后来他要来了珍妃在景祺阁挂过的一顶旧帐子，常常对这顶帐子出神。以一代帝王之尊，对爱情百折而不变，百年之后，也使人忍不住长叹。
光绪临死前，心中积怨无法消除，又拿慈禧没有办法，只求慈禧太后将残害珍妃的崔玉贵逐出宫，把其家产充公。慈禧面对弥留之际的光绪，不好让他太死不瞑目，便答应了他。光绪帝对珍妃之仇临死不忘，也可见他对珍妃的思念之情。光绪帝死后，葬于清西陵的崇陵。
民国二年（1913年），45岁的隆裕皇后逝世，与光绪合葬崇陵。珍妃的姐姐瑾妃此时已升为皇贵妃，因上面已经没有皇后管着，就成了后宫最大的长辈，成了宣统必须尊敬的皇太贵妃，对宫中事务有了相当的决定权，于是趁机将妹妹从宫女墓地迁葬光绪陵妃嫔园寝。皇家规定，皇帝皇后的墓地称陵寝，嫔妃的墓地称园寝。瑾妃还让溥仪为珍妃立碑，追封“恪顺皇贵妃”，总算为妹妹争到了她应有的名分。
珍妃的叛逆和另类，引起慈禧太后和皇后等人的切齿痛恨，但在光绪皇帝眼里，珍妃许多出格的举动却别有一番韵味，成为吸引他的独特魅力。作为一个皇帝的女人，珍妃是幸运的，因为她得到了皇帝的真爱，但同样，作为皇帝的女人，她又是不幸的，在内外局势动荡的清朝后期，她爱上了一个柔顺软弱却又想奋发图强的皇帝。她的情感因卷入了宫廷内部争权夺势的斗争而遭到倾轧。她爱上的是皇帝，而皇帝又被慈禧控制着，最终造成了珍妃一生的悲剧。
也有人说是因为珍妃的个性十分刚烈，所以亲手断送掉了自己的幸福乃至生命。说她应该明白一个道理，那就是，最高掌权者是慈禧而不是光绪，光想借着光绪这棵大树乘凉是行不通的。在人人都奉承慈禧的时代，她却偏和慈禧对着干，所以最后丢掉了性命。或许，持这种观点的人，只会从利益关系的角度来审时度势，却根本无法明白男女之间的真爱。